张参将和他的嫡系部队刚撤离不久，林千总就带着几十名士兵，荷枪实弹直奔制造局。前一段时间，制造局按照巡抚衙门的命令加紧赶制枪弹，当时这里一片繁忙景象。如今制造局已骤然停工，偌大的院子冷冷清清，大门紧锁，一片死寂。
门口只有三四名士兵在把守，见林千总来势汹汹，他们不安地问林千总有什么事？林千总冷冷喝令：“现在制造局由我接管，你们可以走了！”把门士兵端着枪戒备地说：“张参将有令，要我们严加把守，不准让任何人进入制造局大门。”林千总眉头一皱：“违反军令，拿下！”几名亲信早已绕到后面，一声令下，便将把门士兵扭起来，从他们身上搜出钥匙，打开制造局大门。
林千总率人冲入院内，环顾一周，发现这里储存着一些枪弹，但并没有预想的多。他问把门士兵，对方解释说：“部队撤离时，带走了一大部分。”林千总又问：“造枪弹的人呢？”把门士兵说：“都撤走了。”林千总令人把所有枪弹运走。把门士兵一看，慌张地说：“林千总，你们把枪械搬走，我怎么向张参将交待？”林千总眼一瞪：“枪弹不用来打倭贼，难道想留给日本人？”把门士兵不敢再吱声。林千总又说：“你们愿意跟我一起打倭贼，就留下来。如果不愿意，趁早走！”把门士兵都是张参将的人，张参将一走，他们也不愿意留在台湾，就说：“张参将本来让我们过几天回福建，既然林千总接管这里，我们就提前走了。”林千总收了他们的枪，放了他们。把门士兵自知势单力薄，一刻也不敢多待，头也不回跑了，也没回营房，直接就奔向码头，寻找船只渡海西去。
林千总令人把枪支弹药全都运回兵营，充实部队。跟随他留守台湾的部队有一百多人，平时一人一支枪，现在一人有了两支枪，还有大量的子弹、手雷、地雷。尽管如此，枪械也还剩余不少。林千总便来到吴氏医馆，对吴大山说：“你找个人去趟客家庄，叫罗复华带人来拿枪。”罗梅一听，当即说“我去我去”，便大步流星往客家庄去。
不多时，罗复华、上杭兵率领几十名客家义军的后生，火速来到县城。吴大山跟他们一起，来到清兵营。
经过一段时间的训练，义军组织纪律性明显加强，走到清兵营门口，上杭兵特意喊了几句口令，指挥义军整齐有序地列队进入兵营，一排排直挺挺地站在林千总面前。林千总打量他们一眼，脸上露出满意的微笑。他跟罗复华说明几句，便让部下给义军发枪。客家后生见到崭新的枪支，一个个喜笑颜开。
这次运回来的枪多，每人发一支，最后还剩余几十支。吴大山见状，来到林千总跟前问：“这么多枪，有没有给闽南义军一些？”
林千总说：“没有，我首先考虑咱们客家弟兄。”
吴大山说：“前几天我看到闽南义军在操练，他们也十分缺乏枪支，有些人连像样的长矛都没有。我觉得应当支援他们一些。”
几个客家后生听见了，嘟嚷道：“上次林秉宗想给我们三支枪，好些闽南人都反对。我们凭什么支援他们？多余的枪，我们留着备用吧。”
吴大山耐心地说：“抗倭保台，光靠闽南人不行，光靠咱们客家人也不行，只有全台联合才能打赢这一仗。现在好些部队已撤回大陆，抗日武装力量弱了不少，客家义军和闽南义军就更应该团结协作，相互支持才能多打倭贼。”
罗复华也说：“大山提醒得对，我们应该支援闽南义军。过去的事不要提了！”
林千总也说：“这事听大山的。”
后生们便不说话了。罗复华和林千总装了五十多支枪，又装了几箱子弹，叫上几个士兵和客家后生，给闽南义军送去。林千总想了解一下闽南义军的情况，就跟大家一起去。先去林秉宗家，一问，林秉宗正在操练闽南义军。操练场离得不远，来到那里，只见二百多名闽南义军正在操练。林秉宗也仿照客家义军，请了两名有带兵经验的闽南籍清兵当教官。闽南义军人数虽然不少，但装备确实很差，远远赶不上客家义军。
看到罗复华，林秉宗疑惑地快步跑过来。罗复华诡秘地说：“我给你们送些宝贝来了。”说着掀开箱子盖。林秉宗一看，简直不相信自己的眼睛，惊叹道：“这么多枪？太好了！我们缺的就是枪，这些日子到处买枪，怎么也买不到。复华，林千总，谢谢你们了！多一杆枪，我们就能少一些伤亡，多打几个倭贼！”转身向义军说：“兄弟们，客家兄弟给我们送枪来了！”
闽南义军一拥而上，人们欢欣鼓舞，很多人没想到，客家人竟然会给他们送枪。
林千总仔细询问闽南义军的训练情况，说了几句鼓励的话，要大家奋勇抗敌。随后他和林秉宗、罗复华叫到一边，商议战时林千总的部队、客家义军、闽南义军三支队伍的分工协作办法。
几天后，终于传来日军抵台的消息。
5月28日，20多艘日本军舰、运输船陆续驶抵台北海口，停泊在基隆口外，从基隆到淡水，沿岸凡是能够登陆的地方，都停泊着满载士兵的日本舰船。唐景崧分析日军可能会在基隆、淡水登陆，就在两个地方部署重兵把守。日军来到近海，没有贸然登陆，先派侦察船进行侦察，发现岸上防守严密，登陆困难，第二天一部分军舰就离开淡水、基隆，行驶到东边的三貂角、澳底一带，强行登陆。守军立即阻击。但这一带防守比较薄弱，双方火力差距悬殊，在日军猛烈进攻之下，清军不得不撤离，日军很快上岸，占领海边工事。第三天日军主力在澳底登陆，随即向基隆进发，几天后基隆失陷，溃退的清兵进入台北。一些官兵进入总统府，请求台湾民主国总统唐景崧率队出战，谁知唐景崧看见日军攻势强猛，夜里却从后门溜走，两天后乘德国轮船逃到厦门。守军群龙无首，缺少统一指挥，只能各自为战。6月6日这天，日军开始向台北进攻，几天后便占领台北城区。随后，日本内阁任命的首任台湾总督桦山资纪从淡水抵达台北，举行“始政典礼”，宣布台湾总督府正式成立。
吴大山原本以为，日军会很快向南推进。但日军占领台北后，却迟迟按兵不动。很显然，抗日武装的抵抗使他们不敢轻举妄动。
县城地处台湾中部，日军暂时还没到达这里，这为林千总和义军的备战赢得了一些时间。
县城是沟通台湾北部和南部的交通要地。日军从北向南推进，或从南向北推进，这个小县城都是必经之地。县城又临近大海，与澎湖隔海相望，如果日军从海上进攻，这里更是前沿阵地。早在日军在台北登陆之前，林千总猜测日军可能以澎湖为基地，从海上发起进攻，为此他带领部队在海边构筑工事，架设重炮，做好了充分的防御准备。日军攻占基隆、台北后，林千总发现日军都集结在台北一带，在南部和西部海岸没有发现敌情。这些迹象表明，日军进攻县城，也一定从北部来袭。林千总赶忙调整兵力，把防御重点改为北线。
在县城以北几十里处有一个峡谷路段，两边都是陡峭的高山，山下的路曲曲弯弯，地势极其险要。这是是日军往南推进的必经之路，把住这个咽喉地段，就等于切断了日军的南进之路。林千总在峡谷紧急构筑工事，还费了很大力气，将两门大炮转移到这里，兵力也从海边抽调过来，对峡谷进行重点防守。林千总的部队人数不多，但终归是正规部队，装备精良，平时训练严格，战斗力最强。他把自己的部队安排在最北侧，构筑成第一道防线。罗复华带领的客家义军和林秉宗带领的闽南义军，则部署在其后，一东一西，对峡谷形成左右夹击之势，构成第二道防线。
吴大山也分外忙碌。这些天他经常去客家庄，与刘医生一起落实医疗救护的具体事项。他们把救护队员召集起来，进行详细分工，还组织了几次演练。趁着战斗还未打响，这一天他和刘医生带着几名救护队员，来到峡谷熟悉地形，以便战时能够快速救护。
吴大山还是第一次来到这个峡谷，看到鬼门关一样的大峡谷，他心里感到欣慰。峡谷犹如天险，易守难攻，在这里打伏击，既能阻击敌人，又能减少的伤亡。但在山上走一走，他渐渐又感到不安。峡谷地形狭长，山坡极为陡峭，坡上的羊肠小道仅容一人通过，很多地方甚至根本没有路，即便一个人走也得小心翼翼，否则一不小心就可能跌下悬崖。一旦有义军受伤，光赶到伤员所在的位置就要很长时间，稍有不慎就会耽误治疗。如果背着伤员行走，也相当危险。
吴大山赶紧同刘医生商量，决定为每名客家义军配备止血药，一般的轻伤先由义军进行自我救护，避免流血过多加重伤势。刘医生称赞吴大山想得周到，同意吴大山的意见。于是救护队紧急行动，将石灰碾成粉末，配上其他止血药，用油布纸包好，制成一个个能够随身携带的小药包，分发给客家义军。趁义军操练的时候，吴大山还特地前来，现场示范药包的使用方法。
吴大山每天仍要去一次清兵营，为连城伤兵换药、清洗伤口。经过吴大山的精心护理，连城伤兵的伤口不再化脓，肌肉生长加快，断骨的愈合也在加速，原本丝毫不能动弹的腿，已经能轻轻抬动。连城伤兵却很心急，总觉得伤口恢复太慢，每次看到吴大山，都要焦躁地问：“我的伤几时能好？在日本人到来之前，伤能不能好？”吴大山只能劝慰他安心静养。
这一天吴大山来到清兵营，一进病房，猛然发现连城士兵趴在地上，试图站起来，却又站不起，急得满身虚汗。吴大山连忙上前用力将他扶起，一边询问究竟。连城士兵说：“我想练习走路，没起到腿吃不住劲，摔倒了。”吴大山赶忙为他检查，发现他原本已经愈合的伤口，因为摔跤竟又开裂出血，断骨也再次错位。吴大山将他抱到床上，重新为他正骨、止血、敷药。这么一折腾，连城伤兵短期内更不可能痊愈。