为臣者作为臣子的地位决定了必须仰君王的鼻息行事，因为他需要你时，会给你搭建一个施展本领的舞台；他如果对你不再感兴趣，你倒楣的日子就快到了。这里关键的一点是，为臣者要能够察微知著，能够及早发现于己不利的苗头。
刘秉忠虽是忽必烈的“第一智囊”，但长期以来，他的身份是很独特的：无官无爵，而以宾友乃至门客的身份参预政治。
由于早年吃斋念佛的缘故，刘秉忠在生活上也很俭朴，繁忙的政务之余，还不时温习昔日斋居素食的生活，甚至身着僧衣，品尝休闲的乐趣。
随着一批又一批的儒士都做了高官，一些大臣和忽必烈也觉得不能亏待刘秉忠。翰林学士王鄂即上书说：“刘秉忠久侍藩邸，已有多年，参帷幄之谋，定国家大计，忠贞勤勉，应予褒奖。现陛下已御极天下，万物维新，而功臣刘秉忠却仍野服散居，臣深为不安。请授以显爵，藉以勉励群臣。”
中书左丞姚枢、中书右丞廉希宪、翰林侍读学士郝经、国子祭酒许衡等汉族大臣，亦向忽必烈提出类似建议。忽必烈深以为是，下诏拜刘秉忠为光禄大夫，位太保，参预中书省事。又亲自作媒，把翰林侍读学士窦默的女儿嫁给刘秉忠为妻，将豪华的奉先坊赐给刘秉忠作私宅。
面对一连串的“好事”，刘秉忠推辞再三，但忽必烈坚执不许。刘秉忠只好接受了封赏。
尽管有了显爵、豪宅和美妻，但刘秉忠戒慎戒惧，仍时常出居佛寺，过着粗茶淡饭的清贫生活。为了表明心意，他还自号为“藏春散人”，韬光养晦。
君臣相处久了，难免会有误会和猜疑。特别是卷入复杂的人事纠葛时，更会加重君主对臣下的怀疑。刘秉忠在忽必烈身边达三十年之久，遭到的最大怀疑，是因受了中书平章王文统的牵连。
王文统，字以道，山东益都人。金末元初，统治山东的是地方军阀李全、李璮父子，李全死后，李璮承袭父职，管辖山东地区。为了发展个人势力和实现长期占据山东的目的，李璮一面在山东招揽人才，积聚力量；一面在蒙古王朝中积极活动，索要钱粮和兵权。王文统是益都的名士，李璮娶了他的女儿，并努力为他在忽必烈身边谋职。刘秉忠一向爱才，喜欢推荐人才，见王文统博学多识，尤善于理财，便向忽必烈荐举，让王文统当了平章政事，进入了蒙古的中枢机构。当时，廉希宪、张易、高挺、赵良弼等人也都荐举了王文统。
李璮的兵权不断扩大，野心也就随着膨胀。有了岳丈王文统在朝中任职，获取中央情报，李璮更加快寻找机会，谋求割据自立。中统二年(公元1261年)，李璮擅自发兵修筑益都城堑，谎报宋人来攻，请求节制诸道兵马，补充兵器。忽必烈不知实情，下诏拨给十万枝箭。次年二月，李璮认为发动叛乱的时机已经成熟，便派人向南宋表示归顺，同时在海州发动兵变，尽杀蒙古戍兵，率五万余人自海上北归登岸，占领益都，分兵四出，攻占蒲台、淄川等地。
忽必烈闻听事变，立即将王文统逮捕处死，下诏讨伐李璮。元军南下，将李璮包围在济南府。为迅速平叛，忽必烈又派右丞相史天泽至济南督战。七月，元军攻破济南，斩杀李璮，平息了叛乱。
叛乱虽平，但对忽必烈震动很大。忽必烈看到支持李璮的既有近在身边的王文统等执政大臣，又有地方汉族武装如戴曲薛、张邦直等人，从此加重了对汉人的疑忌心理。忽必烈开始采取措施，防范汉人权力过大。
首先是清查王文统的关系网。经查，王文统是由高挺、赵良弼、刘秉忠等人推荐的，这些人自然都受到怀疑审查。忽必烈不忍处罚刘秉忠，但对高挺、赵良弼等人就不客气了。赵良弼被“械系于狱”，差点给割去舌头；高挺被赶出中枢机构，先是调任四川，后又遭诬告，被囚禁于上都。
其次，是解除汉人的军政大权。史天泽虽然攻灭李璮有功，但由于他是汉人，所以忽必烈对他很不放心，暗示他交出军权。史天泽只好上书，说“兵民之权，不可并于一门。行之。请自臣家始。”于是，史氏子弟17人同时解除了兵权。史天泽这么一带头，别的汉族武装，如武卫亲军指挥使李佰祜、东平万户严氏、济南万户张氏等，也都纷纷交出了兵权。忽必烈又罢除了诸侯世袭制度，取消了汉族官员的封地。实行迁转法，官员流动升转，将官随时调遣，使兵将分离。
忽必烈的这些措施，表明汉人的地位日益下降。
至元十一年(公元1274年)元旦，忽必烈在大都接受文武百官的朝贺，正式把都城从和林迁到了大都。
朝贺仪式结束之后，忽必烈去昔日的发祥地上都作短暂巡察，刘秉忠要求随行。
到达上都后，刘秉忠陪忽必烈游览了南屏山，说这里风光宜人，自己愿意在山里盖一间小屋，静心修行；只要皇上不召见，他就不再返大都了。
话说得很委婉，忽必烈沉默了一会儿，批准了刘秉忠的请求。君臣二人对视了一眼，彼此都明白了对方的心意。
此后，忽必烈离开上都，返回大都，继续策划攻灭南宋，统一中国的大业；而刘秉忠留在了上都南屏山的一所小屋，深居简出。赫赫有名的谋士又过起了隐士的生活。
这年秋天八月，刘秉忠悄然而逝，享年59岁。
丧讯传到大都宫中，忽必烈十分悲哀，对群臣说：“秉忠事朕三十余年，小心慎密，不避艰险，言无隐情”。下诏将刘秉忠安葬于大都，赠官太傅，封赵国公，隘号“文贞”。元朝从草创到定型，刘秉忠出谋划策，立下很大的功劳，但刘秉忠从不居功自傲，并且一直不担任何具体的官职，这使他在处理与忽必烈的关系上可进可退，较为超脱。刘秉忠知道自古以来皇帝对于有功之臣都心存猜忌，更何况忽必烈是蒙古族的皇帝。刘秉忠明白，民族利益是无法分享的，蒙古人和汉人之间有着不可逾越的界限。元朝是蒙古人建立的帝国，不管如何汉化，在实质上是维护蒙古人自身的利益的。忽必烈要笼络汉人，利用汉人，但不可能真正信任汉人。
因此，鉴于元朝的统治已基本上稳定，忽必烈对汉儒的需求，已经不再像从前那样迫切了。对于这个政治舞台，自己已经没有存在的必要了，因此，适时而退，应该是自己最明智的选择。
刘秉忠为自己功成名就后的人生作出这样的决策，在一般人或许是不易接受的，但刘秉忠其后的结局却证明，这是十分正确的。刘秉忠的功名荣誉，没有因隐退而消失，更没有重蹈历史的“兔死狗烹”的铁定规律般的覆辙。这对于一个“异族功臣”，显然已经是一种最好的归宿了。