同年，孟郊离长安东归，韩愈虽然还没有一官半职，但他热情地推荐孟郊去徐州拜访徐泗濠节度使张建封，他写了《孟生诗》，向张建封介绍孟郊的才干和遭遇，希望能得到他的录用。为此，孟郊离长安时作诗《答韩愈李观别因献张徐州》，又作《下第东归留别长安知己》。尽管孟郊在献诗中也对张建封表示歌颂，但最终仍未能得到他的引拔。
贞元九年（793），孟郊又到长安参加进士科考试。李观为他写了《上梁补阙（肃）书》，向主考官梁肃推荐；孟郊也作《古意赠梁肃补阙》诗，乞为推举，结果还是没有考取。他从长安至朔方（今陕西靖边），再游楚湘，后来到汝州（今河南临汝）依靠刺史陆长源。韩愈从这年开始，自己忙着应博学宏辞科考试，连续三年考三次，都没有考中；三上宰相书，也全都未获答复。由于这两三年来韩愈和孟郊各自都皇皇奔波，无暇相聚交游，亦未见有诗歌酬答。
贞元十二年（796），四十六岁的孟郊终于考中了进士。这年汴州（今河南开封）军乱，朝廷以董晋为宣武军节度使，去汴州平乱。韩愈谒见董晋，要求从军，晋任韩愈为观察推官。这是韩愈第一次开始做官，年已二十九岁。七月，韩愈随董晋赴汴州，当时尚滞留长安的孟郊，作诗《送韩愈从军》，和他在“旗鼓前”“笑别”。此后，孟郊从长安去吴（今苏州），道经和州（今安徽和县），与张籍相会。翌年，孟郊来到汴州，依行军司马陆长源，和韩愈会面，向韩愈推荐张籍。同年十月，张籍便从和州到汴州，从韩愈学文。贞元十四年（798），李翱也来到汴州。他们朝夕相处，情谊比以往更加深厚。
孟郊稽留汴州，前后约一年半。这期间，他和韩愈一起作诗，互相争胜斗奇。着名的《远游联句》诗，便是他们在贞元十四年冬孟郊打算南归时所作。此诗三百八十言（一本三百九十言，“野蔬拾新柔”下多“独含凄凄别，中结郁郁愁”二句），三十八韵，其中除李翱有二句外，均为韩愈和孟郊争胜斗奇之作。清人赵翼在《瓯北诗话》中曾说：“昌黎本好为奇崛皇，而东野盘空硬语，妥帖排，趣尚略同，才力又相等，一旦相遇，遂不觉胶之投漆，相得无间，宜其倾倒之至也。”这个说法，大体上是符合他们的实际情况的。
贞元十五年（799）早春，孟郊离汴州南归，韩愈、李翱设宴送别，韩愈作诗《醉留东野》：昔年因读李白杜甫诗，长恨二人不相从。吾与东野生并世，如何复蹑二子踪！东野不得官，白首夸龙钟。韩子稍奸黠，自惭青蒿倚长松。低头拜东野，愿得终始如蛩。东野不回头，有如寸撞巨钟。吾愿身为云，东野变为龙，四方上下逐东野，虽有离别无由逢。韩愈平生比较自负，不轻易赞许别人，但对孟郊却十分敬重。他把自己和孟郊的关系，以李白与杜甫相比，这不仅为了说明他们之间的深厚情谊，而且反映了他渴望和孟郊一道在中唐诗坛称雄的气概。
孟郊离开汴州后，即南游吴越。这年二月，汴州节度使董晋去世，行军司马陆长源为留后。韩愈护送董晋灵柩去洛阳，四天后，汴州便又发生兵变，陆长源惨遭杀害。孟郊听到这个不幸的消息后，作诗《汴州乱离后忆韩愈李翱》。他怀念韩愈和李翱，并对陆长源被害表示深切的哀悼，控诉在这场变乱中自杀被杀，是非不分，人心不类，天道反常。韩愈对汴州再次暴乱一事，认为问题就出在中央政权的软弱无力。“朝廷不肯用干戈”（《汴州乱》）一句，就明显地反映了他对朝廷姑息政策的不满。二月底，韩愈带着从兵荒马乱中逃出来的眷属到达徐州。直到同年秋天，才被旧友张建封安插在他的幕府中为节度推官。
贞元十六年（800）春，孟郊到洛阳应铨试（选官考试）。这时韩愈和孟郊分别已一年有余。由于韩愈在张建封处一切都感到很不如意，心情非常苦闷，这就使他更加怀念自己的知心老友孟郊，为此他写了《与孟东野书》，向他倾诉内心的苦闷，抒发他对孟郊的怀念之情。孟郊在这年经过铨选后，被分发为溧阳（今属江苏）尉。这时孟郊已五十岁，考中进士也已经四年，才得到这么一个职位低微的小官。到任后，他才把一再鼓励并支持他考进士的老母亲接到自己身边奉养。
孟郊所任的溧阳尉是个武官，以文人任武职，避其所长，用其所短，自不易称职。也许就因为这个缘故，孟郊任溧阳尉不久，翌年，便被上司以“不治官事”为由，降职为溧阳假尉，并降半俸。这样又使他在生活上陷入了困境。贞元十九年（803）冬，孟郊因事到京师长安，当时韩愈刚任监察御史，两人得有机会再一次在一起相聚。孟郊怀着满腔悲愤，向韩愈诉说自己的不幸遭遇。临别，韩愈以深切的同情和惋惜写了《送孟东野序》。孟郊的遭遇使韩愈深感不平，但他又不可能给孟郊指引一个更好的出路，因此他便只好在“不平则鸣”的问题上大做文章。他想到古往今来有很多着名人物，虽然往往在政治上不得志或不甚得志，由于能“鸣其善鸣者”，因而在文学上或撰述史书上取得很大成就。他在序文中便以此勉励孟郊，鼓励他在自己的诗歌创作中，以自己怀才不遇、困厄下僚的不幸遭遇，“自鸣其不幸”。序文反复论证，文笔纵横恣肆，把“物不得其平则鸣”的观点发挥得淋漓尽致。他肯定孟郊的穷愁潦倒会他他在诗歌创作上取得更大的成就，就是韩愈对文学的一个重要的认识，是对司马迁“发愤着书”说的进一步发展。
贞元二十年（804），孟郊辞去溧阳假尉，带着母亲回故乡湖州武康（今浙江德清）。这时韩愈已贬官阳山，后又到江陵任法曹参军。他们大约有两年半未能见面。
元和元年（806），孟郊客游长安。六月，韩愈自江陵还朝，任国子博士，与孟郊、张籍、张彻相会于京师。久别重逢，当然分外高兴。他们在一起饮酒赋诗，同作《会合联句》，首联“离别言无期，会合意弥重”二句，反映了他们相会时的共同心情。孟郊有“国雠未销铄，我志荡邛陇”句，可见他虽然仕途坎坷，而报效祖国的壮志并未泯灭。这次孟郊和韩愈相会后，便有将近半年时间没有分离。闰六月，韩、孟一起乘凉，有《纳凉联句》；夏秋之际，韩、孟同宿，叙韩南迁召还始末，同作《同宿联句》。他们在这段相会时间内所作的联句诗，尚有《城南》、《斗鸡》、《秋雨》、《征蜀》、《雨中寄孟刑部》等数篇。其中《城南联句》一篇，是这年秋天韩愈和孟郊同游城南韩庄时所作，全诗一百五十三韵，一千五百三十字，是他们所作联句中最长的一篇。诗中历叙城南景物，巨细兼收，虚实互用，极尽争奇斗巧之能事。读韩、孟联句诸作，既可以看到他们才力不相上下，也可以看到他们诗歌的风格确实比较相近。但这些联句诗，争一字之奇，斗一韵之巧，连篇累牍，似未免有文字游戏之嫌。
同年九月重阳节前夕，郑馀庆将由太子宾客迁国子祭酒，韩愈作《荐士》诗，向他推荐孟郊，推许孟郊是李白、杜甫之后杰出的大诗人，而且品德高尚，安于贫贱，不愿吹牛拍马。李翱也在郑馀庆面前推荐孟郊。十一月，国子祭酒郑馀庆为河南尹水陆转运使，便任用孟郊为水陆转运判官，寓居东都洛阳。