1807年末，西班牙爆发内部动乱，西班牙国王遭到人民的唾弃。拿破仑于是乘机入侵了西班牙，并让其长兄约瑟夫·波拿巴坐上了西班牙国王的宝座。这个举动遭到了西班牙人的普遍反对，并且引发了一场暴动，拿破仑也束手无策。大不列颠及北爱尔兰联合王国在1808年介入西班牙争端，英军8月8日登陆蒙得戈湾，8月30日占领了整个葡萄牙。之后他们在当地民族主义者的支持下，逐步将法军赶出了伊比利亚半岛。法国入侵西班牙的失败对拿破仑的政治生涯产生了挥之不去的阴影，在这次战争中法国几乎没有获得任何好处，相反却损失了大量兵力。
正当拿破仑陷入西班牙泥潭之际，1809年初第五次反法同盟组成。奥地利帝国从背后偷袭了拿破仑在德国的领土，疲惫不堪的拿破仑被迫离开西班牙，率军东征。奥地利帝国军队虽然一开始取得优势，但是拿破仑很快就反败为胜，没多久，拿破仑就迫使奥地利帝国签订《肖恩布鲁恩和约》。但再次割让土地。次年，拿破仑娶了奥地利帝国的公主玛丽·路易莎为妻，从此法奥结成同盟，这次的成功只是暂时的，并不能扭转拿破仑走向失败的命运。
接着法俄关系开始恶化，俄国沙皇亚历山大一世拒绝继续和法兰西帝国合作抗英，拿破仑无法容忍盟友的背叛，于是战争爆发。拿破仑率领来自各国的士兵50多万大军进入俄罗斯。俄军采取了撤退不抵抗的战术，博罗金诺一战使拿破仑进入了莫斯科，然而却造成了三万多人阵亡和重伤。拿破仑本以为亚历山大一世将会妥协，没想到俄国人点起了漫天大火，几乎使全城化为灰烬。拿破仑在莫斯科等待了5个星期，最终和解的希望化为泡影，只好无奈地决定撤军。然而为时已晚，俄国的冬天残酷无情，法军供给短缺，这一切立刻使法兰西帝国士兵心惊胆战，乱作一团，最后竟然互相争斗，结果能活着逃命的还不到十分之一。此时国内又传来叛乱的消息，拿破仑只好离开了自己的军队，只身返回法国本土，即刻组建军队准备迎击那些随时有可能出现的背叛者。
1813年，正在拿破仑焦头烂额之际，又一个坏消息传来了，大不列颠及北爱尔兰联合王国、俄国、普鲁士和奥地利帝国组成了第六次反法同盟，双方在德国境内多次激战。虽然法军取得了多次胜利，但是拿破仑的压力却是越来越大，直到10月的莱比锡战役法军被击溃，各附庸国纷纷脱离了法兰西共和国而独立，随后反法同盟军开始向巴黎挺进。1814年3月31日，巴黎被占领，同盟军要求法兰西共和国无条件投降，同时拿破仑必须退位。最终拿破仑宣布无条件投降，并于1814年4月13日在著名的巴黎枫丹白露宫签署了退位诏书，只保留了一个皇帝的称号。
究竟是什么原因导致拿破仑的失败呢？有人认为随着军事冒险的不断成功，拿破仑对权利与胜利的崇拜已到了玩世不恭的程度，认为自己完全可以主宰一切。他说：“要主宰世界只有一个诀窍，那就是要强大，因为力量强大就无所谓错误，也没有幻想可言；这是赤裸裸的真理。”回顾拿破仑帝国的历史，不难发现，在1812年以前，法国与欧洲国家签订的《亚眠和约》与《提尔西特和约》，都承认了法国在欧陆的特权和优势，如果他那时就收手，做一个“仁慈的霸主”，就有可能保持住这种地位。然而他野心太大，最终把几乎欧洲所有的国家都推到了自己的对立面，失败也就不难理解了。
拿破仑被迫退位后，路易十八回到巴黎，重新成为法兰西王国国王，波旁王朝复辟。拿破仑的妻子和儿子生活在奥地利帝国皇室。拿破仑被流放到地中海上的厄尔巴岛。保留了“皇帝”称号的拿破仑，领土只局限在那个小岛上。在去往厄尔巴岛的路上，拿破仑差点被暗杀，但是此时的拿破仑没有任何担忧，因为他自己也尝试自杀，只是没能成功。拿破仑不愿任人摆布，这里不应该是他人生的终点，作为一个影响了整个欧洲半个世纪的领袖，这样的离开自己的舞台并不光彩。他时刻想着要与命运抗争，要回到他的法国。
终于在1815年2月26日，拿破仑逃出小岛，率领1000人回到法国。拿破仑作为一位军事家、政治家的个人魅力再一次充分展现，本来被派来阻止他的法兰西王国军队居然继续支持拿破仑。待到拿破仑回到巴黎，此时他已经拥有一支14万人的正规军和20万人的志愿军，路易十八仓皇逃跑。最终他不费一枪一弹夺回了帝位，欧洲的列强惊奇了，恐慌了，害怕了。
但是好景不长，欧洲各国又迅速组成第七次反法同盟。1815年6月18日拿破仑的军队在比利时滑铁卢战役中全军崩溃，滑铁卢成了拿破仑最终谢幕的舞台，7月15日他正式投降，路易十八再度复辟。这一次，拿破仑被大不列颠及北爱尔兰联合王国的军队囚禁在南大西洋的一个小岛──圣赫勒拿岛上，并且再没有回到他的法兰西帝国。几年后，拿破仑在岛上去世。在礼炮声中，这位征服者被葬在圣赫勒拿岛上的托贝特山泉旁。他去世后九年，新的奥尔良王朝在人民的压力之下将拿破仑的塑像重新竖立在旺多姆圆柱上。1840年，法兰西王国七月王朝的路易·菲利浦派其儿子将拿破仑的遗体接回，安葬到塞纳河畔的老残军人退休院（即荣誉军人院）。
拿破仑的戎马生涯矛盾重重，变化莫测。他在战术上的指挥天才令人拍手叫绝，如果仅从这方面来判断，也许可以把他看做是超乎时空的最伟大的将军。但是从重大的战略上来看，他却犯下令人瞠目的错误，如对阿拉伯埃及共和国和俄国的入侵。然而，后代人对于这位法兰西帝国的皇帝多持有一种尊敬和仰慕的态度，也许这可以作为对拿破仑的告慰。
●死因之谜
对于伟大人物的重要事迹，人们总喜欢刨根究底。尤其是关于伟大人物的死因，总会有一些让人猜不透，又放不下的秘密。直到今天，关于拿破仑的真正死因还是众说纷纭。据说，拿破仑的死是由于“心血管疾病”。但是人们并不愿意相信这种说法，原因是戎马一生的拿破仑身体是非常强壮的。大不列颠及北爱尔兰联合王国医生的验尸报告显示他是死于严重的胃病，但新的研究认为拿破仑死于砷中毒，而且从当年贵族爱用的墙纸上，历史学家亦发现含有砷的矿物，估计是因为环境潮湿而让砷在环境中渗透出来。
1821年5月5日17时49分，被流放到南大西洋圣赫勒拿岛上的拿破仑与世长辞，法国当局随后宣称这位皇帝死于“心血管疾病”。
不过，很多人都认为拿破仑的死因绝对不是那么简单，这位曾叱咤欧洲大陆的风云人物很可能是被人下毒害死的。
曾经和拿破仑一起被流放到圣赫勒拿岛的仆人马尔尚在其日记中写道，拿破仑去世前“经常失眠，腿部肿胀无力，掉头发，偶尔抽搐，总是觉得口渴”。
有专家对日记进行仔细研究后认定，上述症状均与人服食砒霜后的情形类似。
1961年，瑞典的科学家对真正的拿破仑遗发进行举世瞩目的研究。在研究中，他们严格地采用了日本著名科学家江上秋彦首创的实验方法。在拿破仑脱落的一根头发中，他们测出了遗发中砒霜的含量，下毒竟有40次之多，由此他们断定拿破仑死于砒霜慢性中毒。
然而，一位名叫科斯坦的专家日前在研究了拿破仑生前最后一位医生安托马奇书写的病历后，提出了新的观点：拿破仑死于胃癌。
在拿破仑的病历中记载着这样的话，死前上腹部剧痛难忍，打嗝呼出的气味非常难闻。他还有慢性神经衰弱和厌食迹象。此外，拿破仑患有慢性泌尿系统疾病，夜里常咳嗽，并出冷汗。科斯坦说，这些症状很像胃癌病人。另外这位专家还表示，他曾经详细地分析了当年的验尸报告，其中用医疗术语暗示，医生在拿破仑体内发现了一个胃瘤，但负责解剖的医生并不认为拿破仑死于胃癌。
围绕着中毒和胃癌两种说法，一场广泛的争论在学术界拉开了帷幕。在中毒一说中，下毒谋害拿破仑的主要嫌疑犯名叫查尔斯·蒙托隆。人们从蒙托隆第五代子女家中发现的书信为“下毒”的说法提供了“确凿证据”。据说，蒙托隆当年利用自己是拿破仑好友的身份，秘密在其饮用的酒中放入了砒霜。根据当时的文件记载，拿破仑在其遗嘱中为蒙托隆留下了价值200万法郎的金币。英国历史学家钱德勒认为“中毒说”非常可信。他表示，蒙托隆后代家中发现的文件表示，身为律师的蒙托隆当时陷入严重的财务困境，因此才产生了“提前获得拿破仑遗产”的想法。
支持这一说法的还有一些历史学家，他们宣称蒙托隆是法国保皇党和英国的“走狗”，而这两派力量均希望能“尽早除掉拿破仑”，以防他再次回到法国“闹革命”。当年为了防止拿破仑从南大西洋逃跑，英国派遣了一支舰队和5000名士兵来监视圣赫勒拿岛，每年军费开支高达800万英镑。据说，在法国国王路易十八的兄弟阿图瓦公爵指使下，蒙托隆多次阴谋杀害拿破仑。这位公爵作为王室继承人，担心拿破仑复出推翻君主政体，因此非常热衷组织和资助暗杀拿破仑的行动。不过，也有历史学家表示，蒙托隆参与暗杀拿破仑的说法是没有确切证据的猜测，因为“他根本没机会接近拿破仑的酒杯”。
支持胃癌一说的专家并不否认在拿破仑头发中发现了砒霜，但由此引发的问题是，这些砒霜到底哪来的？有人指出，砒霜可能是拿破仑从环境中“慢慢吸收”的结果，而且这让他对这种东西产生了免疫力。当时的墙纸、弹药、老鼠药、火柴和海产品中都含有砒霜成分。还有一种解释认为，拿破仑为防有人毒害自己，故意服用砒霜来增加抵抗力。
最终由于那根证明“中毒说”的头发是在拿破仑被流放前提取的，巴黎警察局毒药实验室主管因此指出，如果砒霜是拿破仑死因的话，这位领袖在流放前就“至少死了3次”。
面对众多的猜疑，一些专家指出，弄清拿破仑死因的最好方法就是能“开棺验尸”，并对其遗体进行“DNA测试”，但这对许多法国人来说，是件“完全不能接受的事情”。一些拿破仑的亲属则认为拿破仑的真正死因并不重要，因为有关他的许多更重要的问题需要进行研究。
虽然人们对拿破仑的死因争论不休，但法国人提起这位曾经叱咤风云的皇帝，仍感到十分自豪，因此他的墓碑前每天都围满了参观者。就此拿破仑国际研究协会主席也指出，拿破仑的死因是个敏感问题。对于法国专家和法国普通民众来说，他们实在不愿接受法国伟大领袖死于“中毒”的结论。
然而，关于拿破仑的死因，人们还会继续争论下去，也许这是对伟人的另一种关注形势。