在上海圣约翰大学读书时，林语堂对进化论与基督教都很感兴趣，他曾说：“有一次在假期回家，我在教会登坛讲道，发挥旧约《圣经》应做为各式的文学读，如《约伯记》是犹太戏剧，《列王记》是犹太历史，《雅歌》是情歌，而《创世纪》和《出埃及记》是很好的、很有趣的犹太神话和传说。”这种无神论倾向的讲道让林语堂的父亲惊恐不已，但对于林语堂来说却不足为怪，因为他这时的基督教思想实际上已进入了文化领域，与做为牧师的父亲理解中的基督教有了不同。
难怪林语堂强调科学进化论与基督教并行不悖，而且他承认进化论更符合真理：“我像一般现代人一样拥护达尔文及达尔文主义，我想教皇也相信科学进化，继续创造的程序当然是比在七日中创造世界的比喻说法更使人感动。”这种认识与那些呼唤“德先生”和“赛先生”的“五四”思想启蒙主义者在科学观上所持有的立场是相同的。
因此“语丝”时代的林语堂，反对国粹主义，主张欧化，极力赞美现代文明，对西方近代科学心驰神往。在《机器与精神》的演讲里，林语堂一针见血地驳斥了国粹派精神胜利法的谬论，明确指出：“没有机器文明不是便有精神文明之证。”“有了科学然后有机器，有了西方精益求精的商业精神，才有了今日人人欢迎的舶来品。”林语堂欢呼着科学时代的到来，在其一系列作品里，他都以十分赞赏的口气谈到了从核科学、轮船、电子产品到电刮胡刀等诸种西方科学成就。即便在晚年的《八十自述》中，也表现了激赏科学的强烈倾向。对科学的热爱，甚至决定了他一生的专业选择，他说：“我酷好数学和几何，故我对科学分析之嗜好使我选择了语言学而非现代文学为我的专门学科，因为语言是一种科学，最需要科学的大脑在文学的研究上去做分析工作。”
科学还培养了他孜孜不倦探求本源和锲而不舍的个性，一生中为发明打字机，几经周折，甚至不惜倾家荡产的举动显然就是一个证明。
然而科学的发展必定会对基督教提出挑战，伴随着哥白尼、布鲁诺、达尔文等科学家前进的足迹，基督教遭到了人们的普遍怀疑和抛弃。福音书中所记载的那些传奇故事，如上帝创造了世界万物，童贞受孕，人子驾云而来，上天堂下地狱等等，对中世纪处于蒙昧状态的人们来说，也许是真实可信的，值得崇拜的；但对于任何有科学常识、不愿侮辱自己理智的现代人来说，这一切不过是荒诞可笑主观臆造的神话，是特定时代的产物。林语堂也一样，随着对科学认识的深入，科学最终对他的基督教信仰提出了挑战，林语堂对此有过明确的告白：“耶稣是童女所生和他肉体升天两款是首先放弃的。”由最初对这两款的放弃，到最终放弃基督教信仰，科学在其中扮演了重要的角色。
但是，在科学胜利的凯歌中，一种过分相信和推崇科学的哲学思潮无法抑制地开始滋长和蔓延，科学逐渐变成了一种信仰和力量，人的情感道德被等同于物质，遭到了机械式的分解。林语堂所处的时代正是科学主义向极致发展的时代，西方文明在科学主义的影响下产生了新的危机，西方人的生存方式和生存价值遭到机械式的分解。
林语堂对此有清醒的认识，并表达了他的痛心疾首：“人文科学教授已陷入了一种境地，只管在人类的活动中，求得机械式的公例。”
并且科学主义在宗教范围内的应用更是激起了林语堂对科学与宗教的双重反感。林语堂在圣约翰大学神学院注册研究神学的短暂求学期间，经院派用科学逻辑实证主义三段论的方法来论证上帝的存在，这种机械式的论证的凡庸琐碎和荒谬让林语堂深感不满，并最终导致了他对基督教信仰的放弃，并对科学主义也提出了批判：“科学的方法并没有错，但它完全不适用于宗教的范围。”科学主义使“人沦为野蛮的危险性何等之大，尽管物质财富生活和技术知识是很进步的。”林语堂不但明确表达了反科学主义的立场，而且把科学主义和物质主义称为二次大战的根源。
1936年，林语堂举家迁美，开始了海外旅居的生活。当时处于二战之中，科学的发达并没有给美国带来繁荣和安定，美国同样深陷于战争的灾难之中，“各处都是饥荒，遍地都有土匪。”科学只为战争制造了杀人的武器，而无法给人们带来幸福和精神的安慰，传统的道德信仰已被残酷的战争粉碎。上帝死了。在一片思想混乱之中，西方人为自己的生存寻找着合理的理由和完美的方式。西方研究中国的兴趣开始高涨，“有些西方学者之羡慕中国型的生活底健康，欣赏中国艺术哲学底高明。”同时，客居异国，求生的功利打算和寻根的情感要求都使林语堂在放弃基督教信仰，在反对科学主义的同时，高擎起“人文主义”的旗帜，宣扬中国传统文化中的人文主义思想和生活的艺术。
对于“中国的人文主义”，林语堂有过明确的界说：“它包括第一点，人生最后目的之正确的概念，第二点，对于此目的之不变的信仰，第三点，依人类情理的精神以求达到此等目的。”人生正确的目的，就在于乐天知命享受朴素生活，“尤其是家庭生活与和谐的社会关系。”林语堂认为，以这样的人生目的为信仰，肯定人生，享受生活，再加以乐天知命回归自然的道家思想，就是一种理想的人生。西方人过于追求物质主义，为机械所奴役的生活是应该批判的，是不足取的。从此可见，在当时林语堂的认识中，中国的人文主义，不仅是与西方科学的对立而存在，而且已成为一种新的信仰，取代了基督教信仰。这种新的信仰的建立是在林语堂对传统文化的不断加深认识的过程中逐渐建立起来的。
1917年，林语堂从上海圣约翰大学毕业，到清华大学执起了教鞭。开始以一个基督教徒的身份陷入了有数千年悠久历史文化的中国现实生活中，北京辉煌的宫殿和庙宇，壮观的皇家园林都蕴含着历史的变迁和沧桑，只有深切明了中国传统文化的人才能对它们有正确的解读，还有不信上帝而仍然愉快安分的人民，这都使林语堂认识到了基督教信仰和教育对他的人生所造成的缺失，不禁发出了“在中国做一个基督徒有什么意义”的追问。林语堂曾说：“我早就知耶和华令太阳停住以使约书亚杀完迦南人，可是尚不知后羿射日什落其九，而其妻嫦娥奔月遂为月神，与乎女娲氏炼石——以三百六十五块石补天，其后她所余的那第三百六十六块便成为《红楼梦》中主人宝玉等等故事。”这种对传统文化的隔膜引发了林语堂的羞耻感，“身为基督徒，移进一个所称为真正的中国世界里面，敞开了他的眼和他的心，他就会被羞耻刺痛，面红耳赤，一直红到耳根。”那一时期，林语堂沉浸于北京琉璃厂的旧书市中，忙于补中国传统文化这一课，他被中国既宽大又精细，既深刻又幽默的传统文化所深深吸引，但是对上帝的信仰还维系着林语堂和基督教的关系。因为从基督教家庭和基督教文化氛围中走出来的林语堂，无法设想一个无神的世界，“上帝如果不存在，整个宇宙将彻底崩溃，而特别是人类的生命。”
有一次，他的清华同事刘大钧告诉他，我们不信上帝，“我们还可以做好人，做善人呀，只因为我们是人的缘故。做好人正是人所正当做的咧。”这些话是一个中国学者以传统文化为武器对基督教进行的一次有力冲击，他以肯定人的世俗性否定了上帝存在的必要。这些话使林语堂逐渐加深了对基督教的怀疑。有人说30年代林语堂对中国文化的感觉是“初接触中国文化的西洋人”，但是发起新文化的人，往往是国学根底很深的人，即使在他们之中，没有旧学根底在潜在意义上也会为人所小视。在1927年的寂寞之后，林语堂在30年代的幽默小品中颂扬了中国人的达观精神和热爱生命，充满闲情逸致的人生态度。后来，林语堂把这些精神归纳为“中国的人文主义”。
在1936年到了美国后，林语堂把“中国的人文主义”做为一种人生理想而加以宣扬，肯定儒家近情入理的精神，赞扬道家放纵心灵、逍遥自在的思想。
迁美前后，林语堂写下了《吾国与吾民》、《生活的艺术》等著作。
林语堂在《吾国与吾民》的扉页题道：“子曰：‘道不远人，人之为道而远人，不可以为道’。”在《苏东坡传》中推崇赞扬苏东坡超脱的人生精神，说：“他始终在政治漩涡中，却始终超脱于政治之上。没有心计，没有目标，他一路歌唱、作文、评论，只是想表达心中的感受，不计本身的一切后果。”这些作品曾在海外畅销一时，让林语堂名利双收。
但在当时的中国这些作品却引起了许多人的反感。这并不是出于妒忌，而是林语堂这种对传统文化的认识与其他现代作家大异其趣。
如果说，在《吾国与吾民》中，林语堂还能对传统文化进行批判反省，但在《生活的艺术》中，林语堂对传统文化却颇有几分幼稚的美化和浪漫的崇拜，明明是麻木不仁、萎缩忍让、委曲求全，却说是豁达大度、和平主义；明明是保守消极、因循守旧、知足不争，却说是成熟、宽厚。人文主义是来自欧洲的一个名词，前面加上中国二字，便可见林语堂意欲实现中西文化融合的苦心，努力扮演“中西文化电镀匠”的企图。儒家对人本身的关注和对现实生活的肯定，道家的个性自由和万物平等，在林语堂的阐发下都与欧洲人文主义相符，也与基督教精神中平等与博爱的思想一致，但这种焊接的实用性已经压倒了学理性。
有的学者在对林语堂的研究中，注意到了林语堂文化思想中存在着科学与人文相冲突的矛盾，并且指出林语堂选择的“人文主义”与西方20世纪重新复活的人文主义精神有直接的思想联系，因为林语堂在文章中对其主要代表人物叔本华、弗洛伊德、尼采、柏格森等都曾大力推崇。但这里一个问题需要搞清楚，西方的现代主义思潮能不能称为“人文主义”？现代主义思潮虽然也主张一切从人出发，而不是从物出发，但它是反理性的思潮，而“人文主义”是肯定理性的，“人文主义”在文艺复兴中做为新兴资产阶级反教会反封建的思想武器，从一开始提出就是肯定人的理性的。而且林语堂在《从异教徒到基督徒》中曾说过：“30年来，我惟一的宗教是人文主义，即相信人有理性的指引就什么都不加外求，而只要知识进步，世界就会自动变得更好。”可见，林语堂在提倡人文主义的时候，也是肯定人的理性的，与现代主义思潮的主张并不相同。
事实上，现代主义思潮并没有促使林语堂选择“人文主义”，而是使林语堂由“人文主义”又重新回到了基督教。林语堂在谈到叔本华的“唯意志论”，弗洛伊德的“精神分析说”，荣格的“集体无意识”时说：“任何对个人心理较深的理解，必然适用于他对同伴的关系，及导致控制人心理的较深的势力。下意识重要性的提高自然会减少人对宇宙全部反映中理性的重要性。它领导人离开唯物主义而向着人生较为灵性及神秘的看法方面走。”第二次世界大战给西方人带来了巨大的精神危机，随着战后资本主义现代化的发展，机械化程度的不断提高，人逐渐被异化为工具，丧失了自由尊严，人的命运被这种强大的异化社会所控制，就像卓别林在《摩登时代》里扮演的那个机械师一样，怎样挣扎也无法摆脱。上帝已经死了，人的存在需要一个新的支点。
现代主义哲学大师对此进行了不懈的探索，对人本身进行了深层的观照，但有些问题仍然无法说得明明白白清清楚楚，就像弗洛伊德的本能冲动，荣格的集体无意识，它们来自何处，是谁赋予人类的？这些问题同样都带有神秘性，背后隐藏着上帝或魔鬼的影子，显示了基督教对现代人的深层影响。因此，在现代主义思潮的影响下，面对二战后的美国现实，林语堂在信仰了30多年的“人文主义”之后，又回到了基督教信仰，他说：“在观察20世纪物质主义的进展，和不信上帝的国家里所发生的种种事态后，我深信人文主义还不够，深信人类如果还要继续生存，需要接触自身以外的比人类更伟大的力量。”这种伟大的力量就是上帝。
人文主义者以人的情感和自然理性置换了神性的根基，相信自然情感的善和理性能征服本性冲动。但一战的爆发，二战的阴云，经济危机和种族冲突都证明了人文主义者对人本身乐观态度的盲目性，人类有时是无法控制自己的，而这就使上帝的存在有了新的依据。
林语堂又回到了基督教信仰，对曾经挑战它的科学，林语堂也重新进行了定位。林语堂认为，科学的发展虽然能促进物质的发展，满足人们的物质要求，但科学再发达，也永远不能满足人类内心深处隐伏着的对上帝的渴望和对天国的追寻。科学应该在应当停止的地方停止，否则将会破坏人对上帝的敬畏心，使人沦入野蛮状态，引发战争，造成自我的毁灭。林语堂说：“我指出一切物理化学的解释只能解释‘怎么样’，而不能显示‘为什么’。例如，对于草的内涵，我们已经知道它用叶绿素进行光合作用的化学特征。可能我们还不知道化学反应的精确细节，但我们知道它确实已经发生。它帮助我们增加植物生活的知识。至于为什么那片草能有‘超自然’的能力来执行这种化学反应，我们一无所知，而且永远不能发现。”因为“为什么”
的钥匙握在上帝的手中，用科学的方法接近上帝是愚蠢的，也是不可能的，只有对上帝保持永远的敬畏心，在上帝允许的范围内发展科学，才是最明智的选择。
三、上帝与直觉：基督教信仰的重建
“信仰上帝”和“寻求满意的崇拜形式”构成了林语堂宗教信仰探索的两个重心。从童年时期信仰基督到老年回归基督信仰，这其中经历了信仰及反信仰到回归信仰的曲折。这种牢固的上帝观来源于家乡的高山对他的启示，家乡那峰外有峰，神秘莫测，不可捉摸的高山以非常直观的形式引起了儿时林语堂对天的思考，发出了在这一冥冥天地之间是否有什么在主宰的疑问。亲情似海的基督教家庭的影响和所受的基督教会的教育，使林语堂轻而易举地得出了思考的答案，是上帝在冥冥之中主宰着这滚滚红尘，茫茫世界。但是，林语堂回归的基督教已经不是西方传教士所传的基督教，而是容纳了中国文化的基督教，在基督的面影中闪烁着老庄、孔子的神气和风范，显示了中西文化融合的特点。林语堂曾形象地道出了他的信仰演变过程：“我曾住在孔子人道主义的堂室，曾爬登过道山的高峰且看见它的崇伟，我曾瞥见过佛教的迷雾悬挂在可怕的空虚之上，而也只有在经过这些之后，我才降在基督教信仰的瑞士少女峰，到达了云上有阳光的世界。”