在林语堂回归基督教信仰的过程中，有一个人我们是不能不提到的，这个人就是辜鸿铭。在自己信仰转化的过程中，林语堂把辜鸿铭放到了一个非常重要的位置：“辜鸿铭帮我解开缆绳，推我进入怀疑的大海。”更重要的是，从辜鸿铭的身上，林语堂看到了一个中国基督徒被传统文化接纳并与之相融的可能性，尤其是辜鸿铭对基督教的见解，更是吸引了林语堂：“真正的基督徒是因为爱好圣洁及基督教里面的一切可爱的东西，而自然成为基督徒的。而那些因为害怕地狱之火而做基督徒的，是伪善的基督徒。那些只是为了想进入天堂饮茶及与天使们共唱圣诗而做基督徒的，是下流的基督徒，现在的那些耶会教士是那些自己不大相信天堂及地狱之火，但却是让别人相信这些东西的基督徒。”辜鸿铭那种“东方观念与西方观念的电镀匠”的角色，用东方观念阐述西方文化的方法，也影响了林语堂，特别是他引用孔子的话对基督教的解说，更对林语堂信仰的重建有重大的启示。“人能弘道，非道弘人。无论你是犹太人、中国人、德国人，是商人、传教士、兵士、外交家、苦力，若你能仁善不自私，就是一个基督徒，一个文化人。但如果自私不仁，即使你是世界的大皇帝，你仍是一个伪善者，一个下流人，一个非利士人，一个邪教徒，一个亚玛人，一个野蛮人，一只野兽。”在辜鸿铭的启示和影响下，林语堂站在文化融合的立场，孜孜不倦地向中国人介绍西方文化，向西方人介绍中国文化。这种“中西文化融合”的观念，也深深地影响了林语堂基督教思想体系的重建。因此，林语堂对基督教的信仰，不仅在柏拉图、康德等西方哲人那里寻找根据，对此我们不拟详述；而且还要在东方哲人那里寻找，这是很新奇的观点，值得讨论一下。
儒家文化是一种入世的哲学，它使人可以不需要任何神祇而泰然自若地处理日常事务，况且孔子也曾明确宣称“不语怪力乱神”，要人们专心伦理世俗的现实世界。但林语堂眼中的儒家文化与此有区别，他认为“孔子对上帝意志的关心及他对宇宙的灵性性质的看法，已被儒家通常的实证主义所蒙蔽”。他根据孔子的“君子居以待命”，就断言孔子是信天和天命的。有时林语堂把孔子信奉的天视为上帝，上帝在孔子的信仰里是独一无二的神，因为有人问孔子：“与其媚于奥，宁媚于灶，何谓也？”而孔子回答说：“获罪于天，无所祷也。”
因此，信天和信天命的孔子所创立的儒家，当然也具有这种神秘的宗教色彩，最具有典型代表的是四书之一《中庸》。林语堂认为《中庸》
是儒家学说的哲学根据，它谈及宇宙的灵性及控制它的道德律，只要人活得和这道德律相符合，人便能实现他的真我，得到神的肯定。林语堂这种文化融合观不免带有牵强附会的地方，事实上，当明清之际来华的传教士将儒家之天与基督教之上帝的认同报送罗马教皇的时候，教皇召集学者在反复研究之后，发现儒家的天不脱离感性的物质，和基督教的上帝根本就不能相提并论，从而将皇帝视之为“中国之大礼”的儒家排斥为“异端”，并且遭到了中国皇帝的抵制。
林语堂的这种认同方式也应用在对道家的解释上。林语堂以道家对圆满与混沌的执著来反对西方科学主义的分裂生命是有的放矢的，但是将道家与基督教捏在一起却不免牵强附会。道家之“道”，在林语堂看来是“一切现象背后活动的大原理，是使各种形式的生命兴起的抽象的大原理”。这种对道的观照，已接近于基督教中的上帝，是世间万物一切的来源。但事实上，老子并不崇拜任何形式的人格天或人格神，道虽费解却并不神秘。所谓“人法地，地法天，天法道，道法自然”，即说明道不是人格神，而是自然本身所具有的规律。在这种思想的支配下，老子很少谈论鬼神，偶尔提及一下，也总是把他们放在“道”的统摄下。所谓“以道莅天下，其鬼不神”。庄子在林语堂的眼中，无疑是一位理想的基督徒。“他是严格的一神论者”，“他相信上帝的无所不在”，坦然“接受上帝的旨意”，坚信世间万物变化无常却“最后在上帝中达到统一”。虽然在庄子的笔下是一个光怪陆离的世界，在这个世界里，草木可以思考，蝴蝶可以做梦，虫鱼也能舞蹈，仿佛一切的背后都有一个人格神在操纵着，但实质上，庄子不信仰任何的神，如果信仰的话，他也不是一个一神论者，而是一个泛神论者，这从庄子的话语中可以看出：“夫道，有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见，自本自根，未有天地，自古以固存；神鬼神地，生天生地；在太极之先而不为高，在六极之下而不为深，先天地生而不为久，长于上古而不为老。”从此可见，在庄子看来鬼神只是由道而来，是道的体现。当然，老子有时描述道的时候，确实有一种神秘主义的倾向，将道说成是“恍兮惚兮”的不可解的东西。于是，林语堂就从此入手，在道家的道中看到了上帝的神秘，而平衡了信仰中的紧张，所以林语堂喜欢自称道家。
仅仅使用焊接法在中西文化中找到了上帝还不够，林语堂还要寻找一种完美的信仰方式。林语堂反对对上帝的一切科学和逻辑的证明，他曾宣称：“最反对的就是灵性上的独断主义。”对笛卡尔的唯理主义在宗教信仰上的运用，林语堂极为反感，他说：“笛卡尔在假定人类存在必须透过认识的推理来寻求他的实在的论据上，首先就造成了严重的错误。他完全信赖认识的理性，及这种今天仍是近代哲学的基础方法的优越性，结果造成近代哲学差不多退化为数学的一支，与伦理道德完全分家，而且有点羞于承认上帝为不可思议不可度量的，是超过他们的方法所及之领域。”林语堂曾说：“科学的武器是显微镜，宗教知识的武器是人心低沉轻柔的声音及热情，是一种用直觉的能力来猜测的微妙的警觉。”科学的论述和逻辑推理无法使我们真正地接近上帝，不是信仰上帝的正确方法，只有直觉“是上帝赋给的，是无条件的，是至高无上的，是一个命令”。凭借直觉，我们才能投入上帝那充满神恩的怀抱，这不但是1600年经院派神学的失败带给人的启示，也是近代哲学家洛克、伯克里、休谟等对现象界和形而上学的情况经过艰苦探索之后的结论。林语堂受到这些哲学家的影响，并在中国传统文化中找到了道家的支持，从而确认了直觉是信仰上帝的最完善的方式。
道家反对任何分析性的知识和理性证明，而是通过对道的直觉体悟，获得人生智慧。林语堂说：“真理是不可证定的。它只能被‘会心于忘言之境’。古人‘知其然而不知其所以然。’老子曰‘道可道，非常道’，庄子云‘已而不知其然谓之道。’道即为真理，固真理这样东西，只能在直觉的体悟中感到。”道家的这种直觉体悟的方式让林语堂感到惊喜不已并推崇备至，长期以来折磨着林语堂的关于信仰方法的问题，终于找到了解决的途径。于是，林语堂在《从异教徒到基督徒》这本专门谈论自己信仰探索的专著中，对道家哲学津津乐道，而且常常把老子的言论同耶稣的训诫相提并论，对庄子喜爱有加，他说：“庄子的智慧的美在于当他到达道的边缘的时候，知道在什么地方及什么时候停止及休息。基督教神学的愚蠢在于不知道何时何地当止，而继续用有限的逻辑，把上帝定义成像一个三角形，且为了求本身知识上的满足，而说怎样B是A所生，而C又怎样来自B，而非直接来自A。”在这里，林语堂已经同基督教神学传统分道扬镳，而将卢梭、康德之后的信仰主义在道家的助力下极端化，使他回到了分别30年之久的基督教。林语堂说：“我之回到基督教会，不妨说是由于我的道德的一种直觉，由于中国人最为擅长的‘从深处发出的讯号’的感应。”
由于受到中国传统文化直觉体悟思维方式的影响和人文主义的熏陶，林语堂虽然回到了基督教，却已与纯粹的西方式的基督教认识观不同，而具有了东方色彩。这也表现在对基督教“原罪”的认识上。
对于“原罪”，林语堂曾进行过长篇的论述，他说：“基督教原罪的观念太神秘了，亚当的罪当然在意义上是象征的，因为我们生于这个肉体，生而具有同样的冲动，同样的软弱，以及从祖宗遗传下来的有害的本能。它在与生俱来的意义上是原始的，没有动物生而不具有饥饿、求偶、恐惧、仇敌等等本能的，它是在丛林中求生存不可缺少的本能。没有必要把这种原罪造成神秘的需要，好像每一个人都生而烙上罪印而命定要坠入地狱。也没有必要诽谤上帝，把他说成是因为一个罪人的一次行为，而罚他千代子孙的暴君。即使假定这种犯罪的倾向是遗传的，是原有的，但在他没有干犯法律的行为以前，我们不能因为他有这种倾向而罚一个罪人。”“宗教最使我不满的一端便是它的着重罪恶”，“我并不自认罪孽深重，更不觉我有何为天所不容之处”，“在法律方面，我是完美无疵的，在道德方面则不能十全十美。
但是我道德上之缺点，——叫我妈妈去审判，充其量，她也只能定我3年有期徒刑而已”。“我们在这里面有着一种宇宙的奇怪的事实，就是人有纯洁的，神圣的为善之欲，而爱人及助人是不需解释的事实。人努力向善，而觉得内心有一种力量逼他去完成自己，差不多像鲑鱼一样本能地漂到上游产卵。”从这些引文中可以看出，林语堂对基督教“原罪”的理解仅仅是基于对现实的“罪”的理解，把罪等同于法律上或伦理学上的罪，显示了对自我本性的肯定，这与中国文化的主流一直强调“人之初，性本善”的文化传统颇吻合。林语堂的文化选择注定了他追求的是宁静和谐的东方境界，避免了西方灵与肉、善与恶冲突的二元对立，从而也决定了林语堂的小说创作缺乏惨厉的悲剧意识和深刻的美学内涵。
林语堂后期的基督教信仰比较集中地体现在《奇岛》这部小说中。《奇岛》又称为《远景》，小说中所描写的是一个乌托邦式的尽善尽美世界，是一个“年轻、新鲜、有生气的社会，像古希腊一样”的世界，没有战争的硝烟，不再遭受金钱和物质的奴役，人性得到了完善的发展，找回了“更多一点生命，更多一些想像，更多一些诗歌，阳光，固有自由和个性”。岛上的人们一律平等，各尽所能，淳朴自然。碧蓝的海水，茂密的橄榄林，怀旧的圆形剧场，畅所欲言的宴会，激情四射的艾音尼基节，这一切都构成了天堂般祥和欢乐的气氛。因此，对《奇岛》的解读是我们了解把握林语堂后期基督教思想的重要依据。
奇岛与其他理想世界一样，与世悬隔，是一个远离货轮航线的孤岛，是以劳思为首的一批优秀人才组建的理想王国。他们沉浸在伊甸园似的环境中，忘记了归返，他们几乎与周围的世界完全断绝了联系，而且也不想与外界联系。对于尤瑞黛等因偶然的原因而闯入的外来者，岛上的人们会认为这些外来者是上帝派来接受拯救的，并以全岛人们的爱心和淳朴健康的民风来感化他们，熏陶他们。最终这些闯入者会忘记原来生存立足的世界中的一切烦扰和灾难，他们在奇岛上找到了新生活，用基督教的语言来表达，就是他们的灵魂得到了拯救。
劳思是岛上的精神领袖，是奇岛的构想者。他的身份就表明他是林语堂中西文化融合观的代表，他的外祖父是中国人，父亲是希腊人，接受的是希腊化的教育，游历过欧洲各国。他认识到人类对纯粹物质进步的自豪，已被世界大战无情的摧毁，物质的进步不仅没有给人类带来安宁和幸福，而且使人类逐渐远离自然与自我。于是，劳思希望建立一个理想中的社会，使人恢复他所失去的个性和独立性，和自然和谐相处，享受宇宙的和谐，过一种单纯的生活；而且社会中的人能够发挥他的优点，能自由自在地顺从他的长处来发展。但劳思出于老庄又不同于老庄，他不否定一切的文明和社会的进步，他的目的只是在于延缓科学和文明的进步，以保持文明与人性的平衡。同时，劳思提倡儒家享受生活的态度和近情入理的生活方式，不否定现实生活，也不执著于未来。他试着把生活简化到最基本的条件，“但他没办法脱离美食，一张好床或提琴的音乐”。劳思是异教徒，却信仰上帝，上帝在他的认识范围里，已超越了教条的种种束缚和教会的种种形态，成为一种精神力量，激发着人的想像力。劳思把上帝看作惟一的神，他对此用幽默方式对其他众多的神进行了否定，劳思指出了对上帝的分解是人自私自利的表现，是对上帝的真正意义上的亵渎。在信仰上帝的同时，劳思主张宗教不再束缚人类心灵的自由舒展，应该与艺术携手，使美感与虔诚结合。“它不应再为活着而道歉，而应是感谢生活的赐予”，人与人之间应该互爱和宽容。因此岛上没有尖锐的冲突，异教徒和基督徒和谐相处。从这些有关奇岛的构思来看，劳思在力图把中西文化的精华融合在一起，从而建立起一个理想中的世界。但是，这种构思因缺乏对现实各种复杂因素的思考，而使林语堂的这部小说成为一种观念的图解。小说中“中西融合”的复杂的文化思想也决定了奇岛必然会与基督教观念中的天堂差异甚大。虽然上帝做为惟一的神在奇岛上得到了崇敬，但奇岛失去了天堂的那种超然性，已不是众多基督徒禁欲苦修，翘首以待千年之后，在上帝的末世审判中可以走进的乐园。它只是远离嘈杂尘世，物欲横流的现实世界的一个孤岛。它不是古希腊社会图景的复现，尽管岛上茂密的橄榄林，狂放的艾音尼基节很接近古希腊人的生存环境和酒神节，但奇岛上没有了古希腊的崇高悲壮，没有了众神的吵闹、战争不止和酒神的迷狂，取而代之的是一种理性节制下的平静和谐的生活。而且奇岛把理想世界由虚无飘渺的彼岸世界，仙山异岛，迁徙到了凡尘俗世。奇岛上没有谁能够长生不死，包括它的创建者阿山诺波利斯和精神领袖劳思。没有谁能够不食人间烟火，永远超脱于凡尘俗世之外。岛上的人们虽然可以像神仙一样逍遥自在，品尝人间美味，参加各种宴会，但在这一切的繁华曲终人散之后，他们依然要被岛上杂事所缠绕，包括人口的出生和收税问题，没有人能够逃脱。如果说天堂、仙山、西方极乐净土是做为一种外在的诱惑而存在，是人们向外努力寻找的理想世界；那么，林语堂对奇岛的描绘，却把过去人们这种单纯向外的欲求转化为向内心寻找宁静心境的心理体验，奇岛只是一个心灵上的伊甸园。