在物种起源问题上，赫胥黎并没有采取积极态度，而是一直在观望，或者如他所说的，用歌德的术语来说，他是采取了“积极的怀疑主义”的态度。一方面，他不相信创造论，不相信神能超自然地干预自然界的自然过程。另一方面，他也不相信类型的进化，因为当时流行的进化理论（如拉马克的理论和《创造的痕迹》的作者的理论），引用说明进化存在的论据太少，并且对进化方式和进化原因的解释也很少能被人接受。他与赫·斯宾塞就这一题目进行过多次争论。正如我们所指出的那样，赫·斯宾塞是从哲学方面来捍卫进化思想的。
达尔文知道，已经习惯于相信物种创造论的读者，对他的进化观点将产生怀疑，起码最初会是这样。但他暗中希望，他过去一直认为是无私地追求真理的那些科学家在极其详细地了解了他的各种论断和论据之后，一定会转到他这边来的。他把刚刚出版的书分送给他们，渴望知道他们的评论和意见。他首先给自己指定了三位评判者：一位是在地质科学中实行过变革的赖尔；另一位是在读这本书的校样时就已经开始转到他这方面来的虎克；第三位是年轻的、对自然史方面提出的每一个新思想都作出积极反应的赫胥黎。
的确，赫胥黎后来把达尔文和华莱士的初期著作，特别是《物种起源》一书给他的印象和由这样一句话所产生的印象作了比较。这句话是：“闪电的闪光，突然间为在沉沉黑夜中迷了路的人照亮了他回家去的路，或者去别的地方的路，但是一定是他要去的地方。”
达尔文对赫胥黎的评语感到非常满意，这可以从他给虎克的信中的一段话看出来：“我接到赫胥黎的一封信，他对我那本书大加赞扬，由于谦虚的缘故（因为我正在设法为自己培养这种难以培养的品德），我不把这封信寄给您了，我本想把它寄给您的，但是我对我自己有很谦虚的看法。”
赖尔对这本书的态度是由他的特殊的思想方式决定的。达尔文在自传中是这样表述赖尔的思想的：“我总认为，他的思想的特点是：明朗、谨慎、果断，而且富有创造性。每当我向他提出有关地质学方面的问题时，他总是不把问题彻底弄清楚决不罢休，而且他经常使我对问题的认识比以前更加清楚。他对我所作出的一些设想常提出各种各样的异议，甚至在看来没有任何异议可提的时候，他还依然抱着怀疑的态度。他的另一个特点是特别同情别的科学工作者的劳动。”
赖尔思想的两大特点也表现在他对待《物种起源》这本书上。赖尔首先感到由衷高兴的是，他和虎克曾竭力说服达尔文不必再等一些时候才出版这本书，因为纵使达尔文能活到100岁，但是要等到他把自己的许多伟大总结所依据的一切事实都准备好了之后再来出版，那么这种时机大概是永远不会到来的。接着赖尔称赞了这本书的形式。他说：“在许多页中都光辉地表现出严密的推理和一连串的论证；内容高度的集中，对于尚未入门的人来说，也许集中得有点儿过分了……”
因此赖尔认为，需要很快出版一个新的版本，为阅读方便，他认为最好能再增加一些例子来说明那些抽象的原理。但这只是为了便于阅读，因为就证据所具有的力量而言，这些例子并不能补充多少新的东西，因为赖尔认为，即使现在，达尔文的证据也已经是足够有力的了，因此，如果承认达尔文的基本思想，如果“对他作一点让步的话，那么就应当接受他的一切……”
但是赖尔对这本书的赞扬并非真实的，他还向达尔文提出了一系列的异议、意见和困惑难解的问题。
例如，他认为达尔文把眼睛这样完善的器官用来举例是不妥当的。这个例子或者应该加以发展，提出一些更详细的证据说明眼睛是逐渐进化的，或者把这个例子完全删去。接着他认为达尔文对自己的前辈——拉马克和若夫鲁亚，圣伊勒尔——太不重视了。他指出：“最卓越的博物学家们都不同意关于形态的可变性”的观点。他问达尔文，为了说明低等动物和高等完善动物并存，是否可以从他的理论中得出应该存在“单细胞生物”的自然发生这一结论呢？最后，成为赖尔接受达尔文理论的主要障碍是他对人的动物起源表示怀疑，他接受不了人和猿有种属关系的思想。赖尔力求从达尔文那里知道，他是否会让步，是否会假设在人的起源方面一定有创造力量的特别干预。达尔文回答他说：“要是有人使我相信，我必须对自然选择的理论作这样一些补充，那我就会像抛弃无用的垃圾那样把这个理论抛弃。”
达尔文向赖尔解释他的观点：“智力和身体上的能力一样，都是通过选择逐步发展和进化的，或者可能是通过锻炼和改善，靠遗传而逐步固定下来。”达尔文再次重复说：“如果自然选择的理论要求在进化的任何一个阶段上加入一个‘神圣的东西’的话，那我认为这个理论就没有任何价值了。”
的确，这里是没有折衷的：要么承认自然界的一切都是按“自然法则”进行的，要么承认一切都是受“最高的智能”“创造者”等影响而起作用的。因此达尔文给赖尔写信说：“我想您将被迫拒绝一切，要不就承认一切”，但是达尔文清楚地知道，承认一切对赖尔来说是异常困难的，因此他预料赖尔更倾向于采取前一种态度。
达尔文是这样解释“单细胞生物”的创造问题的，对于自然选择的理论来说，这是个多余的和毫无根据的假说，因为这个理论不包括生物进步的必然趋势的思想。
时间，所有拥护物种不变论的人都开始激动起来。那些盲目相信世界创造说的人都不满起来，那些向人们宣扬关于在生物身上体现着一种抽象思想的自然哲学家们也不满起来，所有承认超感觉的形而上学的原理（这种原理为了一定的目的而创造了生物）并宣扬所谓的“终极原因”（即创造这些生物的目的）的人都不满意，但是使人们感到更为不满的是达尔文在《物种起源》一书中仅仅用一句话所涉及的问题的一个方面。这句话是：“大量光明将投射在人类的起源和他们的历史上。”在哥白尼时代，要人们放弃地球是宇宙的中心这一观点是不可能的，同样，现在要人们放弃人在生物中处于完全“特殊的”地位这一习惯的看法也是不可思议的。乌莫夫教授在他发表于《纪念达尔文文集》中的一篇文章中说：“无论是在我们这里还是在西方，在那些非专家的人中间，都有一些反对达尔文学说的人，在这些人的感情中屈辱感占着上风，他们感到屈辱的是人不是通过奇迹从地球上产生的，而是来自猿或来自和猿同一个祖先。”
植物学家华生盛赞达尔文是19世纪最伟大的科学革命家，他在给达尔文的一封信中说：“关于猩猩和人类之间的连锁中断，您给我的答复正是我所预料的。用自然现象所作的这种解释确实是我以前从来也没有想到过的。和人差不多的最初的人种，同自己的堂兄弟（即近似人的人）发生了直接的、歼灭性的战争。这样就造成了连锁的中断，以后这种中断日益扩大，以致达到现在这样大的规模。这种意见，加上您的动物生命年表，将使许多人的思想大为震动！”
1859年11月，《英国科学协会会报》中的一篇对达尔文《物种起源》的书评初露端倪。评论者认为书中“最主要的问题”是人的起源问题。书评中说：“在迪斯累里写的一篇出色的中篇小说中，列季·康斯坦察·罗乌里认为可以相信人来源于猿猴。《创造的痕迹》一书中也暗示过的这种有趣的想法，经达尔文先生深入研究之后，变成了某种确实可信的东西。从他的观点来看，人是昨天出现的，明天又将消逝。我们不是长生不灭的，我们只是一时的，或者说，是‘偶然的’。”
书评的作者在叙述自然选择理论时，把自己的批评归结为：“由于通过对少数相当远的祖先进行自然选择而产生的变化所形成的起源理论有一定的朴素成分……白菜可能是最早的植物，而鱼则可能是最早的动物。最早的动物也可能是鲸鱼。那么我们在单独的创造行为中需要的是什么呢？……如果说猿猴变成了人，那么人又将变成什么呢？”评论者用他从达尔文那里找来的一些异议，如地质记录的不完全，缺乏中间环节，整批整批的物种在某些地质层中的突然出现等等来反对进化理论。的确，评论者认为，达尔文即使在阐明这些事实时也是在为自己辩护的。但是，评论者说，在这样对待事实的情况下，“理论可以承认您所希望承认的任何形式”。
书评最后抨击说：“达尔文先生对得到年高德重的科学家的赞许并未抱多大希望，他主要寄希望于青年，正如他曾经说的，寄希望于摆脱了枷锁的人……对我们来说，只要补充说，无论是这本书，还是它的作者，或者是书中谈的事物，完全是普普通通的就足够了。这本书是值得注意的，而且我们也不怀疑，它应该受到注意。有学问的博物学家们将根据作者本身的情况来研究作者，而这里，我们想象，为使这一理论彻底存在下去，必将发生一场严酷的斗争。神学家们说（他们也有权洗耳恭听），创立复杂的、把神排除在重复的创造行为之外的理论有什么意思呢？为什么不老老实实地承认，新的物种是由上帝的创造力量创造的呢？为什么对不必要的非直接行为不进行直接的干预而要使用进化法则呢？我们在向读者介绍作者及其著作之后，应该把他交给圣学院、大学院、教室和博物院去摆布才是。”
达尔文看了书评之后，写信给虎克说：“他把不朽的问题也扯了进来，并用这种手法唆使那些僧侣们来攻击我，让他们来折磨我，这种手法是卑鄙的。诚然，他不是要烧死我，但是却准备好了干柴，并告诉那些黑色的骗子们怎样可以捉到我。”
很显然，对达尔文的无神论的攻击，不是刊登在神学杂志上，而是刊登在自然科学杂志上。
地质学家塞治威克的批评，语气特别尖锐，令人不能容忍。他过去某个时候曾经是达尔文的老师，达尔文在作环球旅行之前曾和他一起进行过地质考察。
这篇文章的语气充满了愤恨、嫉妒和讽刺，因此达尔文在给爱沙·葛雷的信中提到“可怜的老塞治威克对《物种起源》发出的狂怒”时说：“我永远不能相信宗教裁判者会是一个好人，但是现在我知道了，一个人可以火烧另一个人，同时又可以有一颗像塞治威克那种又慈善又高贵的心。”
英国所有的媒体都注意到了达尔文的这本书，持敌对态度的文章越来越多。
然而在很有影响的《泰晤士报》上却刊载了一篇未署名的非常精彩的文章，对《物种起源》这本书作了高度的评价。达尔文根据这篇文章独特的风格，立即猜到了它是赫胥黎写的，虽然他也知道，赫胥黎并不是这家报纸的撰稿人。这篇文章的作者建议人们不要只停留在那些正统的观点上，因为根据这种观点来看，有机界是“创造者的命令的直接产物，因此它应该完全被排除在科学研究之外”。
原来事情是这样的：《泰晤士报》的记者鲁克斯收到一本《物种起源》，请他加以评论。鲁克斯是一位优秀的新闻记者，但是，据赫胥黎说，在自然科学方面他却像婴儿一样的淳朴无知，因此他很为难。有人建议他去找赫胥黎帮忙，于是他们商定，由赫胥黎写一篇书评，而鲁克斯则加几句开场白。结果这样做了，双方都很满意。毫无疑问，书评刊登在信中称之为“奥林普山的丘比德”的报纸上，这对于提高这本书的声望起了巨大的作用。
赞同达尔文的书评只是个例外，当时出现的对这本书充满敌意的文章则是大量的。
对于那些直截了当的恶毒攻击和侮辱性的文章，达尔文能够泰然处之，宽大为怀。但是一些评论者和批评者随心所欲地歪曲达尔文的思想和学说，使他大为恼火。
批评者们对达尔文的著作抱着这样一种“卑鄙态度”：他们根本不想知道达尔文要说的话，他们对达尔文的思想进行种种歪曲，这一切使达尔文越来越苦恼。他于1860年6月给赖尔的信中说，他担心所有这种反复不断的攻击会使那些纷纷前来“向他请教的人”从此止步，其中许多人也可能向后转。这个期间他在给虎克的信中忧郁地表示怀疑，他能否把自己的思想解释清楚，因为他这本书的评论者们根本不懂得他的论断过程。他说：“我开始认为我自己是完全错了，我成了一个最愚蠢的人，但是我还不能使自己相信，难道赖尔、您、赫胥黎、卡本德、爱沙·葛雷和华生等人也都是蠢材吗？……不管怎样，时间会说明一切，而且只有时间。”