1860年6月英国科学协会在牛津召开会议。大家都在谈论《物种起源》。6月21日牛津的道宾尼博士作了一个报告，题目是“论植物性别的终极原因兼论达文的《物种起源》一书”。主席请赫胥黎发表意见，但赫胥黎拒绝了，理由是“大部分听众过于感情用事，这会影响他们进行理智的判断，所以不可能在他们面前展开科学讨论。”奥温表示愿意从哲学的意义上来考察这个问题。他相信有些事实能够使公众断定达尔文的学说正确到什么程度。他认为，大猩猩的脑结构就属于这类事实。他认为，大猩猩的脑同人脑的差异当然比大猩猩的脑同最低等的猕猴的脑的差异要大。
曾经研究过类人猿的脑结构并得出了完全不同结论的赫胥黎，对此发表了如下的意见：“我要直接而明确地反驳奥温先生的这种论断。我的行动方式虽然不同寻常，但看来是必要的。我将在别的某个场合来证实这一点。”
赫胥黎认为，当在场的广大公众都是对科学一知半解时，这种场合就不是进行科学争论的场所。因此，无论是他还是虎克，当他们听说在英国科学协会的会议上英国的芝威柏特将作一个报告，题目是《论欧洲的智力发展兼论达尔文先生的观点》，以及牛津的主教韦勃甫司准备“摧毁”达尔文的无神论学说时，他们都不打算出席这次会议，但是赫胥黎偶然遇到了《创造的痕迹》一书的作者詹博思，他请求赫胥黎一定要去参加会议，“不要抛弃我们”，虽然这个“我们”有点取悦于赫胥黎，但赫胥黎却答应出席会议。出席会议的还有虎克。
韦勃甫司对自然史了解不多，但是，正如达尔文的朋友们所听到的那样，他却被奥温“塞满”了许多反对达尔文的东西。作为宗教界的发言人，他还是很有威望的。因此，当他准备“消灭”达尔文的消息传开后，许多人都来参加会议，其中有许多宗教界的人士和女士，共有7000多人。
赫胥黎在牛津大学讲台上驳斥大主教的偏见
韦勃甫司的演说非常精彩，其中充满了对达尔文的讽刺，博得了与会者的阵阵掌声。他预见到赫胥黎将要起来反驳他，因此他在结束演说时向赫胥黎提出了一个问题：“赫胥黎教授是否认为他是通过他的祖父或者通过他的祖母而来自猿猴呢？”这个问题引起了哄堂大笑，赫胥黎接受了挑战，他很镇静地指出了这位主教在发言中所犯的许多自然史方面的重大错误，然后对这位主教最后提出的一个讽刺性的问题作驳斥，他说一个人没有任何理由因为他的祖先是一个猿猴而感到羞耻，使他感到非常羞耻的倒是这样一个人：“这个人浮躁而又饶舌，不满足于在自己的活动范围内所取得的令人怀疑的成功，而要插手于一窍不通的科学问题，结果只能是以自己的夸夸其谈而把这些问题弄得模糊不清，并且用一些娓娓动听的但却离题很远的议论，以及巧妙地利用宗教上的偏见而使听众的注意力离开争论中的真正焦点……”
赫胥黎的反驳更是精彩，给与会者留下深刻的印象。与会者报以雷鸣般的掌声。英国人应该承认，这位主教由于对赫胥黎的祖母说了那种出自“非绅士之口的”无礼语言而使自己受到相应的谴责。
虎克在赫胥黎后也发了言，他根据自己所知举了几个例子来说明主教对植物学的无知，主教没有提出反驳，会议就结束了。
牛津辩论会使达尔文进化论思想大获成功。主教受到的教训使那些外行人不敢再发表肤浅的言论和进行冷嘲热讽了。毫无疑问，这个教训在伦敦的舆论界对于捍卫新的学说起了转折性的作用。辩论会的一个参加者后来告诉达尔文的儿子弗朗西斯说，就在那天晚上，在好客的牛津植物学教授道宾尼的房间里，挤满了很多人，他们的话题几乎完全集中在《物种起源》的论战上，英国宗教界那些穿“黑礼服系白领带”的人们和赞同《物种起源》的人们，都对韦勃甫司的发言感到愤慨，而对论战的胜利者表示祝贺。
但是反对达尔文进化论的敌对势力并没有屈服。《每季评论》上发表了一篇文章，达尔文的朋友们认为这篇文章是韦勃甫司和奥温写的，其目的是要离间赖尔和达尔文，因为赖尔在社会上享有很高的威望，他对新学说的浓厚兴趣是人所共知的。文章中说：“达尔文先生离开了一个博物学家进行工作的宽广大道而走入了虚幻假设的丛林，这是一大罪恶。达尔文先生认为他可以把赖尔看作他的信徒之一，我们相信他这样认为是打错了算盘。我们当然知道，达尔文先生可以对他那位地质学上的兄弟施以强烈的诱惑……但是没有一个人比赖尔更明确地、更合理地否认了物质可变的说法（文章的作者这样写，暗示的是赖尔的《地质学原理》第二卷，在那里赖尔对拉马克的观点进行了驳斥），他这种否认并不是发生在其科学生活的幼年时期，而是发生在其科学生活的精力充沛时期和成熟时期。”接着这位主教希望依靠赖尔的帮助来“彻底消灭这种浅薄而又抽象的理论，正如彻底消灭它的孪生兄弟……《创造的痕迹》一样。”
赖尔一直处于观望状态。他对《物种起源》表示赞同，很有兴趣地、仔细地阅读了这本书，但他还不能坚决地“转向”新的信仰。他继续和达尔文进行着频繁的书信来往，经常向达尔文提出一些新的次要的异议，达尔文则逐一给予答复。达尔文知道，赖尔正在准备写一部巨著《人类的古远性》，因此他期望赖尔在这本书中坚决地站到他这一边来。
但有时候他也流露出自己的顾虑。因为赖尔年事已高，赖尔以前曾抱有反进化论的观点，赖尔在“社会上颇有地位”——所有这一切本来是会把赖尔拉向另一边的。然而赖尔却巧妙地处理了“与华莱士的冲突事件”，坚决主张公布“巨著”的摘要。这部巨著的成绩表明，赖尔是对的。因此达尔文在遇到小小的困难时，继续向这位聪明的朋友请教。
探索生物进程，为捍卫“进化论”而进行斗争的达尔文有一篇对《物种起源》的评论使他很激动，他曾准备在《物种起源》的新版（穆瑞已经主张出第三版了）中对这些攻击予以回击。赖尔建议达尔文将原文再稍微扩大一些，在某些地方加进对各种异议的答复，但不提持异议的人的名字。他还建议达尔文不要亲自出面干预论战。达尔文采纳了这一建议，因为他的朋友们都在积极地继续“为捍卫达尔文主义而战斗”，特别是赫胥黎，达尔文在一封信中说赫胥黎“在传播魔鬼的福音方面是他的殷勤周到的代理人”。
赖尔的《人类的古远性》一书于1863年出版，既没有使达尔文本人满意，也没有使达尔文的论敌满意。赖尔所说的最有利于达尔文理论的一句话，达尔文认为，可以说成这样：“如果物种借助变异和自然选择而发生变化这种情况无论何时都被证明是极其可能的话……”人们从这样一句话中当然不可能了解赖尔本人的看法究竟是什么。除了一些似乎足以说明物种变化的事实以外，在关于大脑和智力那一章中，他甚至还暗示在动物智力的最高形式同人类智力的最低形式之间还有着鸿沟。
达尔文非常沮丧的给虎克写信说：“在这个问题上最有意思的是，赖尔认为，他以昔日殉道者的勇气采取了行动。”
1860年1月，他给剑桥的一位老朋友詹宁斯牧师写信时说：“关于人类，我很不愿意把自己的信念强加于人；但我认为完全隐瞒我的意见是不诚实的。当然每个人都可以自由地相信人类是由于一个特殊的奇迹而出现的，但我自己既没有看出它的必要性，也没有看出它的可能性。”
赫胥黎也竭力驳斥奥温关于人在自然界中的地位的思想。早在1857年，奥温就提出了一种哺乳动物新的分类法，在这一分类法中，他把人跟所有其他的哺乳动物加以对比，把人区分出来，列入特殊的一个“哺乳类”的亚纲中。在这一点上，奥温依据的是人脑结构的几个特点（他认为只有人才具有这些特点），即依据下面三个存在：一是大脑半球中从上面盖住小脑的“第三部分”；二是侧脑室后角；三是所谓的小海马，即每一个脑半球的后叶室里的脑壁特别内陷。
赫胥黎反对奥温的观点，他证明这些脑的特点不仅人有，而且类人猿也有。辩论持续了两年左右，直到1867年在剑桥召开的“英国科学协会”的一次代表大会上才结束。会上弗洛乌耶尔教授展示出解剖标本，证明高等无尾猿同人一样，也有人脑的那些特征。奥温的分类法实在荒唐，他把哺乳动物分为三个亚纲：哺乳类亚纲，他把人算作这一类；大量的其他哺乳动物，除了鸭嘴兽，都属于这一类；对鸭嘴兽他又提出了另一个概念。因此达尔文以讽刺的口吻指出：“我不能同意人区别于黑猩猩就像鸭嘴兽区别于马这种看法。那样的话，关于黑猩猩又会怎么说呢？”
《物种起源》第二版（1860年1月3日出版，印数3000册）也很快就被抢购一空。达尔文在爱沙·葛雷的帮助下开始准备另出一个美国版。他打算为美国版写一个历史性的序言，并想在序言里提到自己的那些先辈进化论者。促使达尔文这样做的是如下一种情况，即现在，当大家的注意力都集中到进化论和选择原理时，突然出现了许多人，他们都妄想以首先发现这种理论和原理而自居。1860年4月，马太在一家园艺杂志上发表了一篇简讯，说他早在1831年就已经发表了20年以后的今天达尔文先生想证明的一切。人们还向达尔文提出，法国植物学家诺丹在1852年时曾发表了一部书名为《关于物种的起源》的著作，其中也提出了选择的原理，人们曾运用这一原理来培植栽培作物的种子。最后，赖尔告诉达尔文说，德国人夏福浩森于1853年发表在德国一个省的协会杂志上的《关于物种的不变性和可变性》一文引起了他的注意，这篇论文发展了地球上的物种是由过去存在的物种变来的这一思想，还提到了中间类型的灭绝问题。所有这些作者，达尔文决定在自己的序言中都要提到。例如，达尔文在提到马太的《论造船业和育树》这部著作时说，它是一部“作者清楚地看到了自然选择原理的意义”的著作。达尔文接着说：“不幸，马太先生对于这一观点的叙述非常简略，只是以片断的形式发表在阐述完全是另一个问题的一个著作的补遗中，因此没有被人们所注意。”达尔文在先驱者的名单中提到这些竞争者。但由于同他指出的那些人中一些人“在观点上的小小分歧”极端重要，所以显然不可能认真对待他们的主张。
总之，《物种起源》是自然科学史上一个重要的里程碑，因为它成了19世纪绝大多数有学问的人改造世界观的开端。
《物种起源》，一部划时代的著作。
标志着19世纪绝大多数有学问的人对生物界和人类在生物界中的地位的看法发生了深刻的变化。
影响历史进程的经典著作。
震撼世界的10本书之一。
对人类发展进程产生过广泛影响的巨著。
影响中国近代社会的经典译作。
1985年美国《生活》杂志评选的人类有史以来的最佳图书。
1986年法国《读书》杂志推荐的理想藏书。
1859年11月24日，在英国伦敦，这是很不平凡的一天。这一天，伦敦众多市民涌向一家书店，争相购买一本刚出版的新书。这本书的第一版1250册在出版之日全部售完。
这本轰动一时的新书就是《物种起源》，它是进化论的奠基人达尔文的第一部巨著。这部著作的问世，第一次把生物学建立在完全科学的基础上，以全新的生物进化思想推翻了“神创论”和“物种不变”的理论。
《物种起源》，在欧洲乃至整个世界都引起轰动。它沉重地打击了神权统治的根基，从反动教会到封建御用文人都狂怒了，他们群起攻之，诬蔑达尔文的学说“亵渎圣灵”，触犯“君权神授天理”，有失人类尊严。与此相反，以赫胥黎为代表的进步学者，积极宣传和捍卫达尔文主义。进化论轰开了人们的思想禁锢，启发和教育人们从宗教迷信的束缚下解放出来。
达尔文的《物种起源》非常有意义，这本书可以用来当作历史上的阶级斗争的自然科学根据。
从最古老的单细胞到有着复杂生命结构与思维的人类诞生，在漫长的30多亿年生命行进征程中，形形色色的生物从出生到灭亡，从低等到高等，究竟是何种神奇的力量推动着生物的进化发展呢？多少个世纪以来，人们绞尽脑汁，企图找到令人信服的答案，最终都以百思不得其解而告终。
达尔文的《物种起源》一书成了生物学史上的经典著作。如今，《物种起源》所提及的许多观点已成为人尽皆知的常识。达尔文的生物进化论后来不断地得到发展。20世纪40年代初，英国人霍尔丹和美籍苏联生物学家杜布赞斯基创立“现代进化论”。
现代进化论者摒弃了达尔文把个体作为生物进化基本单位的说法，他们认为，应当把群体作为进化的基本单位。突变本身是物种的一种适应性状，它既是进化的动因，又是进化的结果，自然选择的作用不是通过对优胜个体的挑选，而是以消灭无适应能力的个体而实现的。现代进化论很好地解释了古典达尔文主义无法解释的许多事实。
自然选择对生物体型有重大影响
遗憾的是在达尔文时代，遗传学先驱孟德尔还没有让世人相信他的遗传学说，否则，达尔文定会痛不欲生，因为1838年，他选择了亲舅舅的女儿——表姐爱玛作为终身伴侣。据说，到了晚年，达尔文对孟德尔和他的遗传学略有所闻，他常常为他的近亲结婚感到不安。
达尔文进化论中的自然选择学说为科学方法和哲学思想提供了一个崭新的观念。在达尔文之前，几乎所有的思想家和科学家都是决定论者，认为自然现象是可以用普适定律加以精确的描述和预测的。