于是，他打算自己率部北援，“拜表即行”。但是，这段时间常到他营中晤谈的张芾却力加劝阻，说：“专为统兵大臣则可拜表人卫，兼为两江总督，则有守土之责，又值皖南败坏之际，未可弃此而他行。”曾国藩听了，认为“其言有至理”。但是他又不愿遵令派鲍超北上，使这位“骁勇之将”成为胜保部下的一员，因此，他在九月初六日（10月19日）的复奏中说：鲍超部自徽州至京，“五千余里，步队趱程，须三个月乃可赶到，而逆夷去都城仅数十里，”“殊恐缓不济急，”又说，鲍超“究非致远之才，兵勇未必乐从，邻饷尤难应手”，把一道‘圣旨”挡回去了。然而，这位“抱道君子”，对待“勤王”这样的封建主义的大是大非，终究不敢等闲视之。他在给弟弟国荃的信中振振有词地说了一大篇：“分兵北援以应诏，此乃臣子必尽之分。吾辈所以忝窃虚名，为众所附者，全凭‘忠义’二字。不忘君，谓之忠；不失信于友，谓之义。令銮舆播迁，而臣于付之不闻不问，可谓忠乎？万一京城或有疏失，热河本无银米，从驾之兵难保其不哗溃。根本倘拔，则南服如江西、两湖三省又岂能支持不败？庶民岂肯完粮？商旅岂肯抽厘？州县将士岂敢听号令？与其不入缓而同归于尽，先后不过数月之间，孰若入援而以正纲常，以笃忠义？纵使百无一成，而死后不自悔于九泉，不诒讥于百世。”这个自候，他想的是，他的湘军、他的江西、两湖基地、他的粮饷厘金、他本人以及他曾氏一家的命运；与清朝廷这个“根本”的命运何等紧密地联系在一起，何等不可分割。”
面对这种情况，曾国藩于九月初六日提出一个办法：奏请皇帝于他自己与胡林翼二人中，派一人带兵北上，在得批复后再行起程。这个很有心计的“主意系希庵所定”，而与曾国藩的“初计相符”、当时，李续宜带勇四营自江北赴援徽州，在祁门住了十多天。曾国藩欣然接受李续宜定出的这个主意，是因为他计算得很清楚：“夷氛去京二十余里，安危之机当在八九月内”，也就是说，在八月或九月间，京城的安危问题早就有了眉目，解决了；而清廷对他们请求勤王的奏折的态度，根据当时驿站的速度，“计十月初七八可奉谕旨”，届时，谕旨便是个马后炮了。因此，他和胡林翼既可博得“勤王”之名，而又无需“勤王”之实。
当然，他们也估计到了另外一种情况，即英法联军与清军在京畿处于胶着状态，战争旷日持久，用曾国藩自己的话说，叫“犹豫相持”，那就很可能朝廷会真的叫他或胡林翼带兵北上，故他在上奏的当天，就在信中提醒胡林翼说：“惟如此入奏，谕旨派出之后，即不可少有濡滞。”曾国藩自己确也做好了这方面的准备，他与胡林翼及其他湘军大员反复商量，对他们中一人走后的安徽战场作了详细的部署，甚至对军事统帅人员的调动也作好了安排，并写成了《七援八议》。
曾国藩北援的直接目的，主要不是去抗击英法侵略者。他“神魂震越，中夜涕零”的是，咸丰帝逃到了热河，他在日记中写道：“念唐皇幸蜀、金宗迁蔡之事，不幸身亲见之。身为大臣，愧愤不能自已。”他之所以定计亲自北援，是认为“君父之难，义无反顾”。虽然勤王”与抗击侵略者是一件事，或者说是一件事的两个方面。但是，曾国藩当时考虑的侧重点绝不是要“制夷”，他一再强调，“此次北行，专言君臣之大义”，“北援专以明臣子之义”，“主辱臣死，理所当然耳”。又说：“入援本难，若但明奔问官守之义，不求补救全局之策，则尚不甚难”，所以，他明知“此行不过明臣子之义，毫不裨于时局”，但仍认为，“若不赴君父之难，则既治治后日之悔，复惧没世之几，成败利钝，不敢计也”。当他从思秋舫的信中知道和议已成侵略者已退出北京，咸丰帝已可以回到京都时，立即表示“差可汴慰”。至于京都大遭劫洗，他轻描淡写地说：“圆明国虽被焚毁，京城尚未大伤”。对于新的辱国丧权的《北京条约》，这年十一月他始见到，“阅之，不觉呜咽，比之五夷乱华，气象更加难堪。”这才表示对侵略者的不满与对国家的忧虑。
在民族矛盾与阶级矛盾同时并存的时候，曾国藩始终坚持把矛头指向太平军。他在给朋僚的书信中一再提出：不可因北援而“掣动南北两岸之全局”，“南服两湖、三江战守各事，仍不可不竭力支持”，“安应决计不撤围，江西决计宜保守”。他说：“大抵天下有理有势。北援，理也；保江西、两湖三省，势也。吾辈但就目前之职位，求不违乎势，而亦不甚悖于理。”他口里说的是“理”，而内心大力在谋画的却是“势”，即保住自己的这点军事力量，保住自己的这块地盘，保住自己的来之不易的顶戴。十月初四日，曾国藩听说和议已成，立即兴高采烈地说：“九月初六日请派带兵入卫一疏，殆必不准，从此可一意图东南之事！”同一天的日记，更接捺不住轻松的心情，写道：“旬日，寸心扰扰无定，因恐须带兵北上入卫，又须进规皖吴，兵力难分也。今接奉此旨［指鲍超不必北上之旨］，可专心南服之事矣”
据载，拒绝鲍超军北上“勤工”，是李鸿章的主意。曾国藩一时举棋不定，因为北援事关“勤王”，无可推诿，但又想用鲍超所部对抗太平军。他召集文武参佐讨论对策，要求每人提出一种方案，结果多数人主张派兵入卫，只有李鸿章力排众议。说：“气氛已迫，入卫实属空言。三国连衡，不过金帛议和，断无他变”，“而楚军关天下安危，举措得失，切宜慎重”，主张“按兵请旨，且无稍动。”李鸿章认为英法联军业已逼近北京，“入卫实属空言“，英法联军势必将以”金帛议和“而告终。危及大清社稷的不是英法联军而是造反的太平军。湘军“关天下安危”，应把刀锋对准太平军。至于北援，应“按兵请旨”，静待时局之变。曾国藩深受启发，一面冠冕堂皇地表示：“鲍超人地生疏，断不能至，请于胡（林翼）、（曾国藩）二人酌派一人进京护卫根本”；一面在实际行动上采取拖延观变战求。结果不出所料，十月便接到“和议”已成、毋庸北上的廷寄。而同时接率勇北上谕旨的河南、陕西等省巡抚闻命即去结果却空跑一趟，劳民伤财。相比之下，则显出曾胡二人的嵩明，而他们二人之所以明，则由于接受了当时正在曾国藩幕中充当幕僚的李鸿章的意见。
还有一件就是曾国藩裁湘留淮的决议。同治三年（1864）天京攻破，红旗报捷，他让官文列于捷疏之首，即有谦让之意，尤其是裁撤湘军，留存湘军，意义极为明显。不裁湘军，恐权高震主，危及身家，如裁湘军，手中不操锋刃，则任人宰割，因此他叫李鸿章按淮平不动，从自己处开刀。
曾国藩到达天京以后，七月初四日“定议裁撤湘勇”，在七月初七的奏折中，向清廷表示，“臣统军太多，即拨裁撤三四万人，以节靡费。”从当时的材料来看，曾国藩裁撤湘军的表面原因是湘军已成“强弩之末，锐气全销”，而时人却认为这完全是借口，实则为避锋芒。时人王定安就说过：“国藩素廉退，以大功不易居，力言湘军暮气不可复用，主用淮军。以后倚淮军以平捻。然国藩之言，以避权势，保令名。其后左宗棠、刘锦棠平定关外回寇，威西域，席宝田征苗定黔中，王德榜与法朗西（法壮西）战越南，皆用湘军，暮气之说，庸足为定论乎？吾日，国藩之方暮气，谦也。”
当时曾国藩所统湘军约计12万余人，但左系湘军进入浙江以后，已成独立状态，早在攻陷天京以前，江忠义、席保田两军1万人已调至江西，归沈葆桢统辖，鲍超，周宽世两军2万余人赴援江西以后，随即也成为沈葆帧的麾下人马，剩下的便只有曾国查统率的5万人，而这些人也正是清政府最为担心的。于是，曾国藩便从这5万人开始进行裁撤。
曾国藩留张诗日等1万余人防守江宁，15万人由刘连捷、朱洪章、朱南桂率领，至皖南、北作为巡防军队，裁撤了助攻天京的萧庆衍部（李续宜旧部）近万人和韦俊的2000余人。但实际上，曾国荃的嫡系部队基本被保留下来。同治四年正月（1865年2月），又裁撤了八营。五月，曾国藩奉命北上山东剿捻，当时江宁未撤防军还有十六营8000人，但只有张诗日一营愿随曾国藩北上，其余都不愿北上，于是曾国藩又裁撤了其余的7500人。之后，又陆续裁撤了刘连捷、朱洪章、朱南桂三军。此时，曾国藩能够调动的部队争剩下张诗日一营和刘松山老湘营6000人。
在裁撤湘军的同时，他还奏请曾国荃因病开缺，回籍调养。此时，曾国荃在攻陷天京的所作所为，一时间成为众矢之的。同时，清政府对他也最为担心，唯恐他登高一呼，从者云集，所以既想让他早离军营而又不让其赴浙江巡抚任。无奈，曾国藩只好以其病情严重，开浙江巡抚缺，回乡调理。很快清政府便批准了曾国藩所奏，并赏给曾国荃人参六两，以示慰藉。而曾国荃却大惑不解，愤愤不平溢于言表，甚而在众人面前大放厥词以发泄其不平，致使曾国藩十分难堪。曾国藩回忆说；
三年秋，吾进此城行署之日，会弟甫解浙江任，不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。
所以，曾国藩只好劝慰他，以开其心窍：
弟何必郁郁！从古有大劳者，不过本身一爵耳。吾弟于国事家事，可谓有志必成，有谋必就，何郁郁之有？
在曾国荃四十一岁生日那天，曾国藩还特意为他创作了七绝十二首以示祝寿。
曾国藩的至诚话语，感动得曾国荃热泪盈眶，据说当读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔于独贤劳”时，竟然放声恸哭，以宣泄心中的抑郁之气。随后，曾国荃返回家乡，但怨气难消，以致大病一场。从此，辞谢一切所任，直至同治五年春，清政府命其任湖北巡抚，他才前往上任。
军在裁湘军之前，曾国藩就写信给李鸿章说：
惟湘勇强弩之末，锐气全消，力不足以制捻，将来戡定两淮，必须贵部淮勇任之。国藩早持此议，幸阁下为证成此言。兵端未息，自须培养朝气，涤除暮气。淮勇气方强盛，必不宜裁，而湖勇则宜多裁速裁。
曾国藩书中之意极深，只有李鸿章才能理解他的苦衷：朝迁疑忌握兵权的湘淮将领，舆论推波助澜，欲杀之而后快，如湘淮并裁，断无还手之力，若留淮裁湘，则对清廷可能采取的功高震主者杀起到强大的牵制作用。李鸿章既窥见到清廷的用心，又理解了曾国藩的真实意图，因而决定投双方之所好，坐收渔人之利。他深知在专制制度下“兵制尤关天下大计”，淮军兴衰关乎个人宦海浮沉。他致函曾国藩表示支持裁湘留淮的决策，说“吾师暨鸿章当与兵事相终始”，淮军“改隶别部，难收速效”，“惟师门若有征调，威信足以依恃，敬俟卓裁。”由于曾、李达成默契，所以裁湘籍淮便成定局。
曾国藩在官场中的精明还表现在他的激流勇退。
晚年的曾国藩心情十分矛盾，他不想做官，可又不能不做；他想上疏请辞，可语气又不能太硬，可语气不硬，又怎么获得恩准；即使获得思准，万一战事又起，他不也还是被征召吗？前后不能，进退两难，怎么办呢？
曾国藩为什么不愿做官，他有三条理由：一是“督抚不易做，近则多事之秋，必须筹兵筹饷。筹兵则恐以攻挫致谤，筹饷则恐以搜刮而致怨。二者皆易坏名声。”二是自己“用事太久，恐中外疑我后权太重，利权太大，不能不缩手以释群疑。”三是他认为“凡做大官，处安荣之境，即时时有可危可辱之道，古人所谓富贵常蹈危机也。……平世辞荣避位，即为安身良策。乱世辞荣避位，尚非良策也。”
于是他上疏告病请求退休，李鸿章听说后写信告诉老师：“奏章的语气不可太坚决，这样除了让人觉得痕迹太重没别的用处，而且未必马上就能退休，即使退休一二年，其他地方若发生战争，仍然免不了被皇上征召，到那时就更加进退两难了。”曾国藩觉得他学生的这些话都切中事理，这使他陷入思考之中。他想到了这样一个办法，他在一封信中写道：“我决计今后不再做官，也不打算回老家享清福，只求在军营中照料杂事，维系军心。不居高位，不享大名，这样或许可以避免大祸大谤。如果遇上小小的凶咎，我也只将听之任之。”
在给弟弟曾国荃的信中，他还陈述了不能逃避的看法：“我们兄弟蒙受国家厚恩，享有赫赫六名，终究不能退藏避事，也只好像以前所说的那样，将祸福毁誉置之度外，坦坦荡荡，行法俟命而已。”曾国藩只求能将自己闲置起来，不进不退，不露不退，这样既可以消除心腹们的后顾之优（李鸿章之所以不愿曾国藩退体，不就是怕失去他老师这一靠山吗？），也可以避免其他同僚的闲言碎语；既不至于让皇上为难，也不至于让自己处于被动之中；既可以保持自己晚节和清誉，又可增加自己的体恤皇上的名声。真是一箭数雕！