进化意味着基因密码的完整传递，作为经济组织的茅台酒厂，其独特的进化路径传递的基因密码是质量本位。这是一种曾经被中国人遗忘多年的生产组织原则。
一、茅台试点
在周恩来亲自过问下，1964年10月，为期近两年的“茅台试点”开始。名为试点，其实是整顿。此时郑光先和同届领导班子的大部分成员已经在几个月前开始的“四清”运动中下台，职务被撤销，下放车间劳动。
试点工作组分成政工工作组和科研工作组两个大组。科研工作组由周恒刚负责。
1956年的工作组解决了恢复传统工艺和建立陈贮工艺制度两个问题。在这个过程中，茅台酒工艺体系的复杂和经验性甚至迷信色彩，给轻工业部技术官员留下了很深的印象。1959年，轻工业部派出《茅台酒整理总结》课题组，试图用现代发酵科学体系解读和研究茅台酒。这个课题组由轻工业部科学研究设计院发酵研究所、贵州省轻工业厅技术研究所、中国科学院贵州分院化工研究所和贵州农学院等单位派人组成，项目被列入当年的“中苏重大科技合作项目”。但由于当时正处于“大跃进”期间，课题组自身人员很不稳定，酒厂的生产大跃进形势给研究留下的空间也十分有限，实际上只有轻工业部西南食品研究室的工程师熊子书一人坚持完成了框架性的总结研究。项目原定的大部分课题都没有完成。
周恒刚是酒厂出身的发酵专家，建国以前即担任抚顺酒厂的副工程师，是新中国白酒工业学科带头人，全国白酒科技协作的负责人，曾担任河北省食品学会理事长、轻工业协会副理事长。1964年，轻工业部发酵研究所所长秦含章主持了“汾酒试点”，周恒刚则主持了“茅台试点”。
轻工业部对白酒业的改造总体指导思想是节粮增产，在技术政策上支持酒精工艺，不鼓励传统的固态发酵工艺。因此全国协作的白酒技术体系主要工作方向是改造传统白酒工艺，提高出酒率，20世纪50年代中期著名的“烟台操作法”就是这种努力的代表。但是名酒特别是茅台酒，除了1955年以前增产节约时期，大多数时候是独立于这个潮流之外的。1956年，被茅台酒的“二锅头”增产节约风波惊吓的轻工业部决定，茅台酒厂的工艺、技术、质量和包装的改变都要经中央批准。上级对待茅台酒技术和质量体系的态度十分慎重。采取的是“保留、统一、写实、查定、试验、谨慎改造”的改良办法。
周恒刚自己就是酿酒大师，他对茅台酒的态度比上级还要恭谨。到了茅台酒厂，他制订的试点方案核心思想叫“倒插笔”法。
酿酒的技术本质上十分简单，两句话即可说清：第一步将粮食中的淀粉转化为葡萄糖；第二步将葡萄糖转化为乙醇（酒精）。传统白酒的主要化学过程也是一样，蒸馏出来的原浆酒精度高达六七十度，化学性质就是酒精。发酵工业的理论体系主干就是酒精生产原理。
但酒又不是酒精。酿造理论研究已经搞清楚，酒之所以甘醇馥郁，并非乙醇的特性，而是得益于这些酸酯醛类有机物。它们构成了酒类的口感、味道、嗅味、回味等一系列感官刺激物，被总称为呈香成分。
从20世纪30年代化学家方心芳对汾酒进行理化分析，中国白酒才开始应用现代科学。中国对白酒酸酯成分的分析从30年代开始，到50年代，可以测定其中大的分类，分别建立了总酸、总酯、总醛的参数指标体系。但也仅此而已。这些有机物具体有多少种，其中哪些是主体呈香物质，哪些有益风味、哪些有害风味，全世界都不知道。日本化学界研究酱油、西方化学界研究香精，可以分析出很多种类的呈香成分，但不能合成。
因此，和酒精生产是一种有机化学工业不同，白酒生产是一种经验工业。有机化学和微生物化学可以构造酒精工业，但构造不了白酒工业。越是名优酒，化学成分越复杂，生产过程可控性越低。20世纪50年代一个工人已经可以生产28吨酒精，21世纪茅台酒厂一个工人也才能生产不到两吨茅台酒。
第一个五年计划期间，在主管部门的催逼下，茅台酒追求增产节约，对传统工艺多有突破和忽视，结果是“多、省、不好”。
倒插笔法的核心是从产品实物标准出发而不是从发酵理论出发，重点放在工艺环节上，设定几个大的质量指标，反复改变参数，由果推因，对比排除，尽量逼近茅台酒品质核心，反过来确定有利于质量稳定的操作路线，取得了一些重要的成果。
试点结束后，周恒刚总结了4点主要结论：
1.重阳下沙、伏天踩曲和季节性生产是科学的。
2.堆积发酵是茅台酒独有的工艺。此操作网罗筛选繁殖了微生物，弥补了大曲微生物品种和数量之不足。同时生成大量茅台酒的香气味物质和香气味的前驱物质。
3.茅台酒是由三种典型体构成的。
4.茅台酒的浓度是合理的。
试点组还肯定了烧窖和回尾酒工艺，比较了水源，认定河水好过井水。这些研究基本上是肯定传统做法的。
1964年季克良、徐莹夫妇从无锡工业学院毕业，分配到茅台酒厂。他们的第一个任务就是参加试点工作组的科研组工作。副厂长李兴发长期负责成品库和勾兑工序，在试点中担任了贮存组的组长，季克良就在这个组协助李兴发。
茅台试点的重大理论突破就来自这个研究小组。
二、三种典型体理论
勾兑是茅台酒独特的工艺。白酒蒸馏出酒时，不同阶段酒质也不一样，一般头尾差，中间好。好酒历来有“摘头去尾”的操作习惯。在大部分白酒工艺操作中，白酒蒸馏出甑之后，酒精度接近70度，需要加浆调度，大部分品种是直接加水稀释。除此之外，对于酒的品质和风味，只有评价选择，没有再加工。
茅台酒在烧坊时代就存在再加工，因为高温馏酒，出甑酒的酒度不高，因此在加浆环节不加水而加酒。加酒除了调度之外，还有调整风味的效果。这就是勾兑。
在烧坊时代，勾兑是酒师的不传之秘。有经验的酒师勾兑过的酒风味就要好一些。某种意义上说，生产环节的不足，可以依靠勾兑来弥补。勾兑完全靠酒师的感觉和经验。烧坊的成品酒在外人看来随意存放，不同轮次、不同质量的酒，酒师虽然心中有数，但也无法用某种标准分类。
李兴发的师父郑义兴各个工序包括勾兑水平都很高，但没有文化，在1956年恢复传统工艺的“运动”中，他把毕生心得都倾囊献出，制定了“14项操作”的茅台酒工艺框架，但勾兑环节却无法用文字准确表述。他勾兑酒主要依靠眼睛和嘴，判断风味品质靠口感，判断酒度靠“看花”：把酒在碗里晃动，会有酒液泡沫出现，酒度不同，泡沫的大小也不同。酒度最高时，酒花大小如鱼眼，称作鱼眼花，酒度最低的酒花细碎如小米，碎花在碗里形成一个圈，叫做圈花。其他还有“堆花”、“满花”、“碎米花”三种。酒师勾兑之后，靠看花判断酒度是否合适。1959年，技术人员用酒精表核校，发现不同老酒师看花判断的酒度总体上相差不到1％。
李兴发拜师郑义兴之后，专攻勾兑。经过十几年不断的筛选、对比品尝和数据记录总结，逐渐形成了他自己勾兑的一套方法。在1959年的茅台酒查定写实研究中，课题组专家记录的就是李兴发的勾兑方法：
勾兑由成品车间主任负责，须有一定实际经验且对酒库中的陈酿酒有全面的了解，勾酒前查阅酒库陈酿酒登记卡片，了解年份、轮次、酒精度等，决定取哪几坛酒。然后到酒库中取酒样尝味，无水、油、苦味则取一小杯倒入酒瓶，所取酒样每坛都如此取一小杯，混合均匀，即是勾成酒样。送尝评委员会尝评，认为符合标准，乃可正式勾酒。（《贵州茅台酒整理总结报告》P71）
1959年第一次茅台试点，课题目标包括了对茅台酒的神秘风味的研究。也积累了大量化验数据，但在多快好省的大气候下，总结更着重的是工艺的经济性，对勾兑工艺只进行了写实记录。此时总结的李兴发勾兑经验，已经有了基酒分生产日期、分轮次存放登记的成品管理制度，但取酒样的依据是什么？记录没有介绍。李兴发在勾兑工艺环节成为权威，关键在于只有他才知道酒库中不同年份、不同轮次的上百个酒样中，谁和谁兑在一起就能成为同上一批成品相同或相似的成品。
按照原来的课题计划，1959年整理总结的研究计划包括了茅台酒酿造过程中微生物种类与活动，茅台酒特殊芳香等课题。当时生产“大跃进”压倒一切，试验窖依然要正常生产，不能满足经常开窖取样的条件，加上人员经常变动，研究实验进行得并不顺利，研究结果也没有受到上级的重视。
在1964年的茅台试点中，在试点工作组的鼓励下，季克良帮助李兴发总结发表了李实践多年的“三种典型体”基础酒分类和配比的勾兑心得。主要内容是：茅台酒成品由三种基础酒构成，这三种酒按照感官指标（嗅和味）分别被命名为窖底香、醇甜和酱香。达到茅台酒品质指标的成品酒，虽然基酒的生产时间和条件不相同，但这三种典型体的比例是相同或接近的。三种基础酒中，酱香的产量最低，对茅台酒风味的作用也最重要。
“三种典型体”理论，被试点工作组和上级认可之后，带来了茅台酒工艺的重大完善，使茅台酒生产向工业化跨进了一步。从此茅台酒拥有了稳定的质量工艺，取酒、分类有了“客观”的工艺标准。
有了这个理论，勾兑从秘方变成了工艺，从经验变成了技术。勾兑员成为茅台酒厂的一个技术工种。20世纪70年代的质检科长汪华后来当了副厂长。她去苏格兰的威士忌酒厂参观，发现那些著名的老酒厂的勾兑和质量品评的过程和茅台酒完全一样，“是舌头而不是微机在发言”。
第二次茅台试点的三个典型体理论来自对茅台酒的分析，想解决的是茅台酒风味的构成，从感官上分析了茅台酒主体香的三个组成，但还没有解决主体香的化学分析问题，反而是其中“窖底香”的发现，解决了泸型白酒的主体香化学分析问题。周恒刚等专家对三种典型体中的“窖底香”酒的分析发现，这种典型体就是泸型白酒的主体香，其主要香气成分是己酸乙酯，并且在窖泥中初步分离得到了己酸菌。
这个发现改变了中国白酒发展格局，它对中国白酒业的影响，有人用蒸汽机发明带来“工业革命”来类比。
泸州老窖、五粮液等浓香型名酒的质量取决于酒醅发酵的窖龄。在老窖发酵的酒醅酿出的就是好酒。以泸州酒为例，在达到一定窖龄的老窖发酵的原料酿出的成品，才能达到“老窖”品种质量要求，可以叫做泸州老窖“特曲”。其他的产品只能叫“头曲、二曲、三曲”。因此计划经济时代，虽然浓香型受欢迎程度超过了清香型，但优质酒比例低，产量比汾酒低得多。80年代以前，无论是产量还是市场覆盖面，“汾型”酒绝对占主导。
茅台试点发现了泸型酒主体香成分并且分离出己酸菌。70年代，己酸菌研究进一步突破，人工合成己酸乙酯香精成功。1988年，周恒刚主持了“北斗计划”，研究成功了“人工培育老窖”的新技术，泸州老窖和五粮液等泸型名酒生产的好酒率得到大幅度提高。这项技术迅速被全国许多酒厂引进，泸型酒跨越数百年来只出产于四川的界限，在中国遍地开花。与此同时，其他几种香型还在继续着艰难的主体香化学分析探索。因此，泸型酒（1979年改称浓香型）在极短时间内覆盖全国，取代了汾型酒上百年来的第一大品种地位。
三、工程师和酒师
酿酒界公认，1964年~1966年茅台试点是以质量为中心，科学地总结传统生产工艺的典范。在这次试点中，茅台酒厂党委终于深刻领会了上级对茅台酒厂的期待，提出了“质量是一切工作的第一标准”的工作方针。重申了“三老”原则：老操作、老设备、老水分。也是在这次试点中，茅台酒厂提出了至今仍在执行的质量宪法：产量和质量发生冲突的时候，产量服从质量；效益和质量发生冲突的时候，效益服从质量。
季克良是21世纪茅台酒的掌门人，他也是茅台酒厂第一个发酵专业毕业的大学生。1964年从无锡轻工业学院毕业分配到茅台酒厂时，他说了一句话：“我们能做的就是慢慢看、慢慢琢磨，最少要先看10年。”
季克良的态度实际上代表了20世纪60年代以后中国发酵科学和发酵工业界对茅台酒的态度。
两次茅台试点，让白酒专家和行业决策部门认识到，要保持茅台酒的风味和质量稳定，只有以原有工艺体系为根本，有机化学和生物化学技术的应用不能改造工艺，而只能改进工艺。从此茅台酒的工艺技术和质量标准走上了一条的独特的技术进步道路：先复古，后改良，工艺为体，技术为用。
50年间，如果没有这种态度，茅台酒的命运很有可能和传统戏曲一样——先被时代革新，然后被时代抛弃。
以工业化标准看，茅台酒厂是一个落后的工厂。数以千吨计的生产用水靠工人用扁担水桶挑，制曲车间的工人在夏季30多摄氏度的气温、接近40摄氏度的室温下打着赤膊、用光脚踩曲。茅台酒的工艺特点是回沙重蒸，酿酒车间的工人靠背篓把几千吨酒醅从三四米深的酒窖里背出来，装到酒甑里去，一年反复8次。溶解力极强的白酒，被装在用石灰、猪血、豆腐涂抹防渗的容器里面，用牛车转运。
酒师制是烧坊的质量技术管理制度，酒师既是技术负责人又是生产负责人，还是质量负责人。1956年，在恢复传统工艺的同时，上级任命了郑义兴、王绍彬、李兴发三个酒师担任副厂长，负责工艺、质量和生产现场管理。上级派来蹲点的轻工业部或省工业厅的技术干部主要做一些了解记录茅台酒工艺的工作。茅台酒厂1956年建立实验室，仅有三个初中文化程度的练习生，连一个温度计和酒精计都没有，也不知道哪里可以买，专门致函西南专卖局，请求代买。1960年，成立了研究室，主要任务是“对主品进行分析研究，向厂党委和厂长提出研究报告；负责全厂的技术学习”，既无课题任务，也无技术权力。轻工业厅长期有两个工程师蹲点茅台，工资由轻工业厅拨款给酒厂时一并按原单位标准拨下。但他们一般不介入工艺环节，主要工作是提供上级和国际市场需要的一些分析数据。
1961年，茅台酒厂第一次成立了技术科，杨仁勉被提拔担任了副总工程师。但这个技术科基本不管生产工艺，和生产科、质量检验科三个部门之间一直权责不明，因此十几年中间分分合合：1963年，成立质量检验科，副厂长李兴发兼任科长，技术科被并入了质检科。技术被局限于成品勾兑范围；在1965年之前，没有技术标准，工艺标准和质量标准在分工上由生产科掌握，实际由三个酒师副厂长负责。