如果某些事情我未能做好，那是因为这些事情本来就是办不到的，或者是超越我的知识和能力范围之外的。
——哥伦布
（一）
当哥伦布赶到的伊斯帕尼奥拉岛时，这里已经是一片混乱。对于哥伦布来说，唯一值得欣慰的消息是肮脏可恨的伊莎贝拉城堡已经放弃，圣多明各正在兴建起来。但由于缺少劳力，城市建设现在也只进行了一半。
其实更为主要的原因，是巴托洛梅必须把主要精力集中在其他事情上。在哥伦布不在期间，作为代理总督，他并未能赢得人心。这里的移民和印第安人对他的不满情绪日渐增长，后来终于爆发了由岛上大法官弗朗西斯科·罗尔丹领导的叛乱。
当哥伦布到来时，罗尔丹和他的追随者们正在岛屿的西南部的哈腊古尔正与当地酋长贝西奇奥拉关系，其中还有贝西奇奥的妹妹安娜科纳。她是死在前往西班牙的船上的酋长科阿博的遗孀。
而哥伦布之前从加纳利派出的3艘快帆船也因计算错误而未能直达圣多明各，错开的距离竟然达好几百里。更糟糕的是，他们竟一下子走到了哈腊古尔半岛罗尔丹叛军的营房旁边。
船长们此时并不知道罗尔丹已经发动了叛乱，因此纷纷欢迎他登船，还交给他给养和武器，让自己的船员上了岸。这些船员中有许多都是罪犯，罗尔丹轻而易举地就把这些人收编了，结果这伙约有70多名叛乱分子组成的队伍大大地增强了罗尔丹的威慑力量。
罗尔丹在哈腊古尔扎下营寨后，在那里建立了一个由他发号施令的独立团伙。为壮大声势，罗尔丹还公开宣布全面将“保护”印第安人的政策，以此与巴托洛梅分庭抗礼。
其实，罗尔丹提出的所谓的“保护”印第安人政策，就是把印第安人分给西班牙殖民者个人所有，成为他们的私有财产。哥伦布从西班牙带来的劳动者，现在在得到印第安人以后，个个都成了主人，过着强迫印第安人替他们劳动、并让他们服侍自己的王公贵族般的生活。罗尔丹的这项政策既缓和了西班牙人与印第安人的正面冲突，又赢得了大多数西班牙殖民者的拥护。在这种情况下，哥伦布兄弟不能组织力量向罗尔丹开战，只能与他讲和。
经过差不多一年的谈判，罗尔丹在谈判过程中所提出的条件越来越高。哥伦布同意恢复叛乱头目的法官职位，同意在宣布所有对当局的指责全无根据后，让所有愿意回国的叛乱人员都能免费携带黄金和奴隶返回西班牙，其在哈腊古尔地区所留份地则交给那些愿意继续留在伊斯帕尼奥拉岛上居住的西班牙人。
作为与罗尔丹和解的条件之一，哥伦布最终废除了海外商战制度，改用后来通行于西班牙统治的美洲大部分地区的瓜分制度。按照这个制度，每个西班牙移民都能分得一份耕地，并将住在耕地上的土人连同其他早已变成私人奴隶的土人都归私人所有。本地的酋长由于希望免除缴纳黄金的沉重负担，因此忍痛接受了这一权利。
由于这个制度保证了西班牙人获得耕地、获得无偿劳动力以及获得从份地里采得的全部黄金（除向国王和统帅缴纳的之外）的权利，所以他们也都乐意采用。
不过，瓜分制并没有一下子就令殖民地增加收入，也没有拯救哥伦布，使他不失去国王的恩宠，但它结束了残酷的强征黄金制度，使西班牙移民定居下来，因此对海岛的殖民地化起到了一定的推动作用。
（二）
当哥伦布在伊斯帕尼奥拉岛忙得不可开交时，他发现帕利亚湾的消息已经传回了西班牙，并引起了轰动。阿隆索·德·奥赫达千方百计地弄到了一张哥伦布的航行路线图，认为这是一个千载难逢的发财机会。因此，他怂恿主持发现事务的主教方塞卡给他颁发一张许可证，授权他装备一支船队前往帕利亚湾和盛产珍珠的沿岸地区去探索。这个消息一传出后，人们都认为哥伦布的位置已经被奥赫达所取代了。
1498年秋，德·奥赫达的船队从西班牙出发了。他的随行人员中有善于绘制地图的胡安·德·科萨，此外还有佛罗伦萨的冒险家亚美利哥·韦斯契浦，他是第一次参加横渡大西洋的航行。
1502年，亚美利哥·韦斯契浦从南美探险回到欧洲，印行了《新大陆》一书，得到了广泛的传播。1507年，日耳曼地学家马丁·瓦德西姆勒提议称此新大陆为亚美利加洲，即以亚美利哥的名字作为洲名。到了16世纪末，北部大陆也被包括进去，统称为北美利加洲。这也是美洲大陆现在名称的由来。
奥赫达沿着哥伦布第三次西航的航程，通过南美洲的海岸到马加里塔岛。在这里，他收集到了大量的珍珠，还发现了阿鲁巴岛、库拉索岛和马拉开波湾。他看见一些土人将村庄建筑在靠岸的水边高高的木桩上，便将之称为委内瑞拉，意即“小威尼斯”的意思。
在马拉开波海湾的西边，奥赫达离开了大陆，转而向北面的伊斯帕尼奥拉航行。他的船队小心地避开了圣多明各在哈腊古尔登陆，在这里，奥赫达与罗尔丹的人还发生了冲突。紧接着，他的船队又继续向巴哈马群岛驶去，船舱里装满印第安奴隶，返回到西班牙。
奥赫达是1500年返回西班牙的，此后，原“圣·玛利亚”号上的舵手佩拉隆索·尼尼拉从海外运回了大量珍珠，而“尼娜”号船长维森特·亚涅斯·宾松又发现了亚马逊河口。不久，所有贪图名利的航海家、发现者们都纷纷准备船只，争先恐后地前往美洲去航行，既不通知哥伦布，更不会经过他的同意。
此时，哥伦布在西班牙宫廷中的威信正在不断下降，反对他们兄弟统治的怨言越积越多。他们对殖民地的管理受到众多谴责，被指斥为“暴君”，“不惜用西班牙人的血维持残酷的统治”。满怀怨恨的殖民地人继续不断返回西班牙，他们衣衫褴褛，身无分文，向国王请求发清“欠饷”。国王无论什么时候出门，总会有人对他高呼“发饷”、“发饷”！
仇恨还扩展到了哥伦布儿子的身上，在宫殿里做伴童的迭戈和弗兰多几乎不敢在公开场合露面。他们都纷纷嘲笑迭戈和弗兰多说：
“瞧瞧，统帅的儿子在那里呢！什么统帅，蚊式小舰队的统帅！他发现的土地是无用的、骗人的土地，是卡斯蒂利亚贵族的墓地！”
最令两位国王恼火的问题，是殖民地花费了西班牙大量的钱财来制造船只和保证为殖民地提供他们所需的一切物资，而哥伦布关于从“印度”群岛带回大量财富的承诺却变成了一句空话。
哥伦布作为财富运回西班牙的大批奴隶，也没有为西班牙王室带来多大的经济效益，反而惹恼了伊莎贝拉女王。女王曾明确指出，她不再需要那些还未皈依天主教的土着人来到西班牙。当又一船奴隶到达时，伊莎贝拉女王再也不能忍耐了，她下令马上把这些奴隶送回伊斯帕尼奥拉去。
虽然费迪南国王和伊莎贝拉女王对哥伦布仍然怀有好感，也肯定了他的发现功绩，但对他在伊斯帕尼奥拉的管理的确产生了很大的怀疑，因此下令对那里进行全面的调查。
于是，在获悉哥伦布已与罗尔丹和解、瓜分制已经实行的消息之前，两位国王便派遣忠诚可靠而又受人爱戴的弗朗西斯科·德·博巴迪利亚前往伊斯帕尼奥拉，授权他以全权处理那里的混乱局面。
博巴迪利亚的权力是绝对的，他有权逮捕伊斯帕尼奥拉岛上的任何反抗者，没收他们的财产；他有权处理那里的一切控诉，恢复法律和秩序；他有权接管所有要塞的防务、武器和王室的财产。从这个程度上来说，博巴迪利亚就是费迪南国王和伊莎贝拉女王派出的钦差大臣。
（三）
由于资金长期缺乏，博巴迪利亚推迟了整整一年才起程驶往伊斯帕尼奥拉岛。即便博巴迪利亚是个尊重客观事实、不偏不倚的人——何况这个穷困潦倒、虚情假意的卡拉特拉瓦骑士根本还不是这样的人——那么，当他1500年8月23日到达圣多明各港口时，港口的某些情景也必然会给他造成一定的消极影响：在港湾的入口处两旁，他可以清晰地看到绞刑架上7名西班牙叛乱者的尸体在摇晃着。
将这7个人和另外5个等着送上绞刑架的人，自然就是哥伦布了。此时，他正与巴托洛梅一起留在哈腊古尔追捕其他的叛乱者。因此，当博巴迪利亚次日大张旗鼓地推翻哥伦布的集团时，首先只能对付哥伦布的另一个弟弟迭戈和几名忠于哥伦布的人。
博巴迪利亚选了大教堂作为现场，带领他的全部随从去做弥撒，并利用居民都在场的机会，在弥撒结束后宣布国王授予他的全权委任书。他还命令迭戈·哥伦布、市长罗德里格·佩雷斯和要塞司令米格尔·迪亚斯交出其他的囚犯，但三人拒绝了博巴迪利亚。因为在这里，只有哥伦布的决定才能产生这样的效力。
第二天，博巴迪利亚继续重演这场戏。这一次，他宣布了国王于1500年5月30日颁发的命令，授权他补发所有拖欠的薪饷。于是，移民中的很多人马上转变态度，听从博巴迪利亚的指挥，一起冲向了城堡和监狱。
博巴迪利亚干劲十足地占据了哥伦布的住房，并命令没收哥伦布所有的家产和日记，释放了被囚禁的叛乱分子，并下令逮捕迭戈。同时，他还使出了笼络自己同胞的方法：金产量上交比例从以前的三分之一降十一分之一，采金权也延长到20年。
西班牙两位国王派来的这位专使为自己的私欲大开方便之门，殖民者们也都兴高采烈地追随他，哥伦布独自开发“印度国”的幻影破灭了。
不久，哥伦布就获悉了这一切的情况，他怀着被深深伤害的心疑惑不解地赶到圣多明各。在此期间，博巴迪利亚已经收集了大量的指控材料，因此，现在对付哥伦布这个被赶下台的副王简直是不费吹灰之力。哥伦布还没等到这位新总督那里去，新总督就已经委派差役带着手铐来捉拿哥伦布了。
开始时，没人料到会有人逮捕他们的统帅。正如在现场的编年史作者拉斯·卡萨斯所写的那样：
在场的人当中，没有任何人愿意给统帅戴上手铐，因为大家的心中都对他充满了敬重和同情。但是，最后，居然有个卑鄙无耻的小人提出愿意做件事。他曾在统帅那里做过一段时间的厨师。他厚着脸皮给统帅戴上了手铐，无动于衷，似乎他是在……制作美味佳肴一般。
……后来，那副手铐一直被统帅小心翼翼地保存着，并且让人有朝一日把这副手铐与自己的遗骨放在一起。
当然，哥伦布的这个愿望并没有实现。但在当时的情况下，哥伦布的确不由自主地感到了死忘的恐惧。
（四）
1500年10月，当准备开往西班牙的两艘三桅杆船的指挥员安东尼奥·德·巴莱霍来到哥伦布所在的监牢，要将他带上“拉格达”号，送回西班牙时，哥伦布大概认为他们是要将他送上断头台。
与此同时，哥伦布的两个弟弟——迭戈和巴托洛梅也和他们的哥哥一起随船被带回了西班牙。在“拉格达”号航行过程中，巴莱霍想为哥伦布取下手铐，但哥伦布拒绝了。他认为，只有下令给他戴上手铐的王室才有权这样做。
在那段日子中，哥伦布每天所说和所写的东西中一定有许多富有戏剧性的东西，但人们不得不考虑到，这位49岁的人——按当时情况来说已经是一个了老人了——面临着怎样的深渊。
在回西班牙的途中，哥伦布给自己忠诚的朋友、当时在宫廷工作的唐·胡安·德·托雷斯写信。这封长信正是哥伦布遭受困难的呼吁和备受侮辱的凭证，同时也是他自信自己行为正确的自豪的判断。
在信中，哥伦布声称是天主上帝让他成为“新天和新地”的报信人，在《启示录》和《以赛亚书》中对这些新天和新地都已作过预言。上帝启示伊莎贝拉女王相信哥伦布的使命，他以女王的名义出发远航，获得了统治另一个大陆的权利。然而，眼下女王的臣民中竟有人这样卑鄙无耻，侮辱统帅，这一定是会受到惩罚的。
哥伦布承认，自己的一些行为不合法，他曾主动粉碎了反对王权的叛乱。但如果他按照平常的法律手续赶回西班牙请示后再动手，又怎么能平定叛乱呢？
他大量收集黄金，保卫了两位国王的利益，但现在博巴迪利亚来了。他听信各种造谣诽谤，称哥伦布三兄弟违法，将三人逮捕后投入监狱；他还取消了采集黄金的一切限制，结果让一个流氓在4小时之内弄到价值30多几尼的黄金！而最令哥伦布痛心的，是博巴迪利亚拿走了他的全部资料，以及能够最清楚地表明他无罪的证据，让哥伦布蒙受不白之冤。
最后，哥伦布又用心酸动人的语言结束了自己的长信，宣泄了自己尊严备受伤害的苦恼心情，表示渴望有人能站出来为他主持公道。他写道：
在西班牙，人们总像看待一个派驻西西里或其他城市的总督那样看待我。在西西里或其他城市，国家秩序可以正常维护，那里可以完全依法办事而不怕损失……可是我去的地方不是西西里，而是新天地！所以，应该把我看成一个船长，这个船长从西班牙出发，朝印度航行，他的目的是要使众多的、其宗教和风俗与我们大不相同的海外好战居民臣服。
……我到那里根据神的旨意，已经使另一个大陆服从了国王和女王的统治，从此向来被认为贫困的西班牙变成了一切国家中最富足的国家……我们的天主上帝仍然威力强大，智慧无比，与从前一样和我同在，而忘恩负义和损人利已的行为终将会受到特别的惩罚。
哥伦布是个十分敏感的人，他不像当时的一般硬汉那样经受得住打击，所以那些侮辱给他的伤害的确是非常严重的。