1999年开始，全县加强客运秩序整顿，打击非法营运的“野的”。2005年，县政府发出《关于集中整治客运市场秩序的通知》后，全县进一步加大整治力度，执法人员坚持常年上路稽查，查处非法经营车辆。同年，全县查处“野的”9辆，非法客运两轮摩托车598辆，其他违规客运车辆34辆次，追收规费4.4万元。
（二）货运市场1986年，货运市场管理主要是督促货运质量和运价的执行。1988年，《中华人民共和国汽车货物运输规则》等7个法规相继出台后，全县进一步加大对汽车危险品运输、零担货物运输、货运质量、货运站务管理、货运事故赔偿等方面管理，规范托运和承运方行为。
1993年以后，把货运市场管理的重点放在开业、停业、异动管理和单证管理上。督促运输经营者完成县级以上人民政府下达的抢险、救灾、战备等紧急货运任务，查处非法货运，定期换发《道路运输证》，车况和技术性能检测，强制二级维护，加强对车辆技术安全检查，开展经营资格和经营行为的审验，加强运输货票代启点管理和货运单的发放管理，严格办理货运人员的《从业资格证书》，对危险品货运车辆颁发《危险品道路运输许可证》等。
（三）汽修市场1987年，将汽车维修业正式纳人行业管理范围。开展汽车维修业户登记，按照审批标准和程序核定经营范围，做到统一开业标准、技术标准和收费标准，实行年审制度，取缔不具经营资质条件的维修户。2004年，引导汽车维修企业向集约化方向发展，协助全县9户二类维修企业实现联合，组建安岳县腾运汽修有限责任公司。2005年，重新核定机动车维修经营者类别和经营范围。全县有符合车辆维修条件和资格的业户260家。
（四）驾培市场2003年以前，全县驾驶员培训市场管理较为松散。同年起，加大对驾培市场的管理力度，清理、整顿全县各驾培校（点），定期和不定期深人驾培机构检查教学计划、教案和培训质量，处罚缩短培训时间，花钱买证不培训等违规行为。2005年，实现联合办学，组建“兴达运务有限公司交通联合驾校”，规范全县驾培市场秩序，提高培训质量。一次性培训合格率达95%以上。
（五）运输安全管理1986年以后，运输安全管理坚持“安全第一，预防为主”的方针。每年均开展从车辆维修到发车源头，从行车到驾驶员，从安全制度到应配备的安全设施的安全检查工作，发现隐患及时整改。
90年代后，运输安全管理遵循“安全质量重于泰山”的原则，定期、不定期组织运输企业安全生产责任人学习安全生产法律、法规，督促企业完善安全生产工作计划及责任制，督促各站（点）加强“三品检查”，严格执行“五不出站”的规定。重点抓好客运企业“三把关，一监督”，加强道路运输从业人员、营运车辆、营运车驾驶员的准人关和资质关，强化安全生产源头管理，严格执行《重特大事故责任追究制度》。
二、路政管理
（一）法规宣传1987年《中华人民共和国公路管理条例》颁布，一系列路政管理法律法规出台。按照“电视有形、广播有声、报刊有文、家喻户晓”的要求，全县加强路政法律、法规宣传活动。1997年《中华人民共和国公路法》颁布后，将其作为路政法规宣传的重点，在全县范围内宣传贯彻。2004年，在全国集中治理车辆超限超载活动期间，向过往车辆发放宣传资料，在县电视台播放宣传标语。1987—2005年，向公路沿线群众和车辆驾驶员发放宣传资料10万余份，向公路沿线中、小学生送发宣传公路法规的作业本10万多本，制作护路碑20块，书写墙标和布标300余幅，媒体宣传报道20次，出动宣传车200余次，开展街头宣传咨询活动20余次。
（二）日常巡查80年代中期至2005年，全县把路政日常巡查的重点放在依法制止在公路上打粮晒粮、堆物作业、倾倒垃圾、挖沟引水和各种违章利用、侵占、污染、毁坏路产的行为上。执法人员常年不少于三分之二的时间上路巡查，20年来，上路巡查3万余人次。
（三）建筑控制区管理1988年，全县开展公路建筑控制区管理，清查国、省、县道公路两侧红线内的建、构筑物，登记造册各种永久性、临时性建筑和设施。2001年，省交通厅、国土资源厅、建设厅联合发布《加强公路建筑控制区管理的通知》后，县交通、城建、国土部门按照规定和各自职责，严把审批关、源头关，强制拆除违法建筑物3000余平方米，加水洗车点100余处，非公路标志500余块件。次年，按照省、市、县《关于做好公路用地确权和路产登记工作的通知》要求，完成对国道319线和省道206线122公里的公路用地勘测、图表制作、资料整理，并与沿线乡镇、村社及农户签订《协议书》，埋设界桩。2004年，县国土局颁发了《公路用地产权证书》。
（四）治理超限超载2000年，交通部《超限运输车辆行驶公路管理规定》出台。同年10月，全县开始在省道206线设立治超检查站，对车辆超限行驶实施检测。检测车辆10万余台次，收取公路路产补偿费300余万元，罚款10余万元。2004年6月20日，在国道319线毛家段设立治理车辆超限检查站。2005年，在省道206线设立流动超限检查点。严格执行国家七部委制定的超限超载认定标准，对车辆实施检测和卸载。当年，卸载货物2000余吨，车辆超限由90%下降到10%左右。
（五）治理公路“三乱” 1994年，开始治理乱设卡、乱罚款、乱收费的公路“三乱”。坚持以明察暗访为主的经常性监督检查，重点监控“三乱”多发区、易发区，取缔“三乱”违章点20余处。到2003年6月，基本实现境内无“三乱”。
三、港航管理
（一）水路客运市场管理1986—2005年，县海事、航管部门依照《中华人民共和国水路运输管理条例》、《水路运输规则》管理辖区水域水路运输市场。常年开展水上交通安全方针、政策、法律、法规和技术规范、标准宣传，安全检查，办理船舶登记、检验、发证，组织船员培训考试。重点审批客运航线、船舶、经营范围，办理水路运输许可证，监督检查经营活动。实行定航线、定班次、定时间、定停靠点、定船的“五定”管理。对安全、服务质量差的船舶，实行停业整顿，情节严重的取消其经营资格。对全县水路运输市场开展调查、预测，按照每一航线客流量情况，严格控制审批和船舶投人，对同一航线实行“统一票价、统一派载、滚动发班”制度。
（二）水路货运市场管理1986年，全县水路货运市场全面开放，航运管理部门按照交通部《水路运输管理条例》加强水路货运市场管理，调节全县水路运力、运量。1994年，审查船舶经营行为和经营资格，合格者发给《水路运输许可证》、《船舶营业运输证》，严格审查装运危险品及大件运输，处罚无证经营户。
（三）水上交通安全管理1986年，水上交通安全管理，由县航管机关依照《中华人民共和国内河安全管理条例》采取“划航线包、责任到人”的办法进行。重点现场监控客（渡）船。加强对重点码头、重点时段、重点对象监管，取缔“三无”船舶，查堵“三品”，从严处理超载、夜雾等冒险航行的客（渡）船。90年代后，贯彻“安全第一，预防为主”的方针，实行安全工作一票否决制，明确各级行政一把手为第一责任人，培训从业人员，严格船舶检查，严把船舶和从业人员准人关。每年3月召开一次水上交通安全工作会议，安排布置工作，签订《责任书》；每年5月年检营运船舶。按照“一检、二帮、三把关”的原则，强制淘汰年久失修、船体破旧渗漏的船舶。1999年，在各客（渡）码头设置渡口封渡线、警戒水位线、渡口须知牌和安全警示牌。
2000年，贯彻全国安全生产工作会议精神，开展“水上运输安全管理年”和“百日安全大检查”活动。出动人员316人次，进行安全检查61次，检查码头渡口71个，查船462艘次，整治河段5个，水库2座，发出纠正违法行为通知书19份，停航通知书18份，组织船员学习577人次。
（四）渡口管理90年代以前，全县渡口基本上处于船家自行管理状况，安全管理较为松散。
2000年起，全县吸取合江“6.22”特大水上交通事故教训，按照国务院第355号令和《四川省乡镇船舶渡口安全管理办法》的规定，加强全县水运渡口管理。在有船乡镇建立管船机构，落实管船人员。各乡镇与船主签订目标责任书，落实五级安全管理责任制，开展船舶登记、发证，建立安全管理基础台帐等安全管理制度。2004年，依照《四川省渡口客渡船舶签单发行管理规定》的要求，对全县17个有渡口的乡镇实施签单发航制度。对分管乡镇长和管船人员进行有关法律法规培训、考试，合格者颁发《协助执法证》。截至2005年底，全县共建立乡镇船舶（渡口）管理站51个。
四、规费管理
1986—2005年，主要管理公路养路费、客运附加费、货运附加费、车辆购置附加费、车辆通行费征收。
（一）养路费征收1986年，继续开征公路养路费。1993年6月，开征农用运输车养路费。1997年7月，提高客、货车辆的养路费征费标准。开始对营运性运输的拖拉机和畜力车征收养路费。1998年全省公路养路费调整后，全县即按新的征收标准征费。对车辆全年逐月计费总额按一定比例计算全年包缴额，并与车主签订年度包缴协议，由车主一次性缴纳。
（二）客运附加费征收1986年1月，开始征收公路客运附加费。1995年7月，调整征收范围、对象、标准，统一实行客座位月定额结算办法。按包缴办法一次性包干缴纳。
（三）货运附加费征收1992年1月，开征货运附加费。对从事公路货物营运的货车，按每吨公里0.02元计征，对非营业性运输的货车按照车辆养路费计征吨位每月每吨25元计征。计征标准、办法沿用至2005年底。
（四）车辆购置附加费征收2001年以前，车辆购置附加费按购车价15%计征。2002年《中华人民共和国车辆购置税暂行条例》实施后，降至10%。
（五）车辆通行费征收1990年3月，经省物价局、财政厅、交通厅批准，首次在国道319线设置塘坝，毛家公路收费站收取车辆通行费。1992、1993、1995、1998年在国道319线和省道206线设置金花、玉清、周礼、天马、安大路口、龙台、永顺、鸳大、安农等收费站。到2005年，仅存鸳大、龙台、白石岩、天马4个收费站收取车辆通行费。1990—2005年，征收车辆通行费1亿余元。
（第二节）机构
一、县交通局
1986年，安岳县交通局（简称县交通局）仍沿用原名，与安岳县交通运输管理所（简称县交管所）合署办公。内设行政办公室、党委办公室、政工股、财务股、工程股、交运股、安全股。在编人员26名。1990年，交管所分出单列，局内股室未变，人员编制减为23名。1993年，安全股与县渡口管理组合署办公，实行一套人马，两块牌子。1996年，工程股与工程测建队合署办公。2000年，党委办公室与政工股合并。2005年，将财务股更名为财务监督股，工程股更名建管股，安全股更名为运输生产安全股。局内设行政办公室、政工股、财务监督股、建管股、运输生产安全股，人员编制减为17名。20年间历任局长：吴英豪、吴进学、彭永和、陈于友。
二、县交通战备办
2002年7月，设安岳县交通战备办公室，下辖安岳县交通运输分队、安岳县民兵应急连驾驶一班、二班，人员编制2名。职责是拟订全县交通战备工作规划、交通战备保障计划；组织交通战备专业保障队伍。
三、县路政大队
1990年2月，设四川省内江市公路养护管理总段安岳分段路政队、安岳县公路养护段路政队、安岳县交通局路政管理队。1998年，按照“一县一队”的要求将三队合并，组建成立安岳县公路路政大队，设办公室和三个中队，人员编制26名。2005年6月，将三个中队合并，组建安岳县路政管理大队。设办公室和两个巡查中队，设超限稽查队、固定超限检测站、流动检测点各1个。
四、县地方海事处（安岳县航务管理处）
1986年，设内江中心航管站安岳工作组，编制3名。1988年，更名为安岳县港航监督所，编制减为2名。1996年，更名为安岳县航务港监所，编制增至4名。2002年，安岳县航务港监所撤销，同时分别组建安岳县地方海事处和安岳县航务管理处两个局直属事业机构，人员编制5名。
五、县收费公路管理所
1996年11月，设安岳县收费公路管理所。内设行政办公室、稽查队，人员编制9名。1998年人员编制增到12名，2005年减为10名。
六、县交通规费征收稽查队
1993年6月，设稽查股，编制2人。1995年，正式组建安岳县交通规费征收稽查队，编制5人，为自收自支事业单位。
七、县路桥工程测建队
1996年，安岳县交通局工程测建队更名为安岳县路桥工程测建队，与建管股两块牌子一套人马合署办公，人员编制7名。
八、县交通运输管理所
1990年，交通局、交管所分设后，交管所设行政办公室和稽查股，在岳城、永清、龙台、石羊、李家、兴隆、镇子、周礼、驯龙、通贤设10个区运管站，人员编制46名。次年，增设财务股。1993年和1995年，增设运政股和法规室。2000年，调整岳城等10个区管站的设置，改设为城区、龙台、兴隆、镇子4个中心运输管理站。2005年，内设机构和派出机构有办公室、法规室、运政股、企指股、财务股、稽查队和城区中心管理站、龙台中心管理站、兴隆中心管理站、镇子中心管理站。人员编制46名，实有48人。
九、县交通稽查征费所
1987年6月，安岳县交通稽查征费所成立，核编8人，设办公室、稽查队。
十、县公路养护管理段
1986年，公路养护管理机构有内江公路养护总段安岳分段（简称安岳分段）和安岳县公路养护管理段（简称安岳段）。安岳分段有职工186人，安岳段136人。两个养护段均下辖公路养护站（道班）。1999年，安岳分段和安岳段分别更名为：安岳县公路养护管理一段和安岳县公路养护二段。2001年3月，合并为安岳县公路养护管理段。设党政办、工会办、医保办、退管办、劳资人事股、计政股、工程股、养护股、机料股、安全股、路政队、机修机运组，下辖26个公路养护站（道班）和一个沥青拌和站，有职工381人。2005年7月，路政队被收回交通局路政大队管理。公路养护管理段职工降为373人。
十—、县交通运输安全管理组
2005年12月，撤销安岳县渡口管理组，同时设立安岳县交通运输安全管理组，核定全额拨款事业编制5名（含渡口管理组3名，渡口管理组人员、职能转人交通运输安全管理组）。