即便是在同性伴侣的描写方式上，也出现了与此前那种少年爱大不相同的作品，比如青池保子、摩夜峰夫等人作品中的主人公都不再是少年，而是成人男性，且作品本身也一改过往少年爱作品那种悲切的氛围，而浸润着某种喜剧风格。而秋里和国《沉睡森林中的美男》、《TOMOI》等连载作品则更是描绘出了与美国现实生活中的同性恋伴侣非常接近的一种关系。
与此同时，将同人杂志的写作模式引入主流杂志的作品也尤其引人注目，比如，尾崎南的《绝爱——1989——》（1989年～）就显然是やおい（yaoi）风格的翻版。还有被誉为“同人杂志女王”的高河弓也以新颖的感觉，描写了江端克己因酷似死去的源赖朝而遭到爱慕兄长的源义经胁迫，发生同性关系的漫画《源氏》（1988年～）。只要看看遭到胁迫的江端克己当场所说的话，就会发现，他与其说是一个虚构的历史人物，不如说俨然就是现代青年的化身。
大岛弓子的《爬蔓蔷薇》（1989年）也是一部奇特的作品，描写了一个坚信自己乃是某个女性转世投胎的少年。这部作品带给我们一种强烈的讯息，那就是——无论社会的束缚看起来有多么强大，个人的意识都可以凌驾于它之上。即是说，在坚固的自我意识面前，就连世界也不得不俯首让道，从而暗示了颠覆包括性别差异在内的各种社会既成观念的可能性。除此之外，还有高口里纯的《幸运男子》，秋里和国的《THE?B?B?B》，东宫千子的《青少年充满阳光的恋爱》等等，真可谓不胜枚举。少女漫画就恍如化作了盛开着蔷薇花和绿色康乃馨的百色花园。
当然，这些作品中既有掺杂了男扮女装情节的漫画作品（如川原泉的《月夜的礼服》），也有像名香智子那种以女同性恋者的伯爵夫人为中心人物的《纯爱是面首的乐趣》等等。而在名香智子的《绿色康乃馨》里，诞生于植物中的男孩子既可以变成男孩子，也可以变成女孩子，而主人公也忽而变成女孩子，忽而变成男孩子，从而展开了一个没有固定性别角色的混战世界，似乎强迫我们接受一个观念：“雌雄同体，这难道不是进化了的植物的常识吗？”而且，当植物化作女人的身影，与女主人公的恋人发生关系，并结出果实时，女主人公说道：“哇，居然会从这个果实中生出干彦的孩子来呢！”这部漫画似乎是一个具有代表性的样品，表明少女漫画已经朝着混乱无序的倒错世界走出了多么远的路程。但无论如何，这些少女漫画已经开始走出了单纯描写男扮女装或女扮男装的范畴，而开始探讨性别的自我认同与社会之间的关系，以及双性同体的可能性等等问题了。
与男性漫画杂志中性别越界之比较
那么，男性漫画杂志又如何呢？说来，在男性漫画杂志中以性别越界为主题的作品似乎格外稀少，并没有展开像少女漫画那样一种斑驳陆离的世界，也没有揭示出更多新的性别形象。也许可以把个中原因归结为男性漫画杂志的读者们——即男性读者们并不关心所谓性别角色的问题这一点。至少性别的自我认同或者越界并不是他们在阅读漫画时主要关心的议题。
不过，其中还是出现了像高桥留美子《乱马1/2》（1987年～）那样的作品，其主人公天堂乱马就是一个自从掉进诅咒之泉后，一浇冷水就摇身变成女性，而一浇开水就又恢复成男性的人物，而作为次主角的右京和红则分别是女扮男装的少女和男扮女装的少年。这部作品是同类漫画作品的代表作，散发着少女漫画的芳香，不光在男性读者中间，也在女孩子中间赢得了极大的人气。吸引读者的魅力就在于主人公穿戴女装时的可爱和时而表现出的男子汉的威严吧。特别是在身为男性时的威武与身为女性时的可爱之间，有着一种绝妙的均衡，让读者不禁觉得，乱马对于女性来说或许是一种理想的男性形象吧。
尽管像《乱马1/2》这样的作品在男性漫画杂志中并非绝无仅有，但这种弥漫着少女漫画氛围的作品毕竟还是少数。我们甚至不难断言，男性杂志中的性别越界与女性杂志中的性别越界有着截然不同的特质。比如，与女性杂志不同，男性杂志中的异性（即女性）因为是作为一种欲望的对象来描写的，所以，其中的性别越界也是作为色情路线的一个种类而出现的。换言之，这种性别越界被赋予了因具备女性的外表特征而让男人也能潜入女性的隐秘世界，与喜欢的女孩子骤然接近的便利之处。而真实性别遭到败露的尴尬场面则常常出现在与性密切相关的地点，比如检查身体的地方、更衣室、澡堂等等，显然便于作者频繁地描绘女性的裸体场面。即是说，作者描写男扮女装的主角或者女性化的角色，只是作为一种偷窥的手段，与男性读者一起享受窥伺女性身体的乐趣。比如，石川优吾描写主人公男扮女装打入女子排球队的《春光明媚》，小野新二描写主人公因被飞来的球击中身体下部导致女性化（时而又恢复男性特征），反倒比较容易地接近了意中人的《我是玉三郎》等等，都是走的这条路线。当然，也有不停留在偷窥趣味上，而描写原是花花公子的男主人公因食用遭到辐射的龙须菜而变成女人后，终于体会到了女孩子心情的作品《我是威利》。
同样频繁见诸于男性杂志的性别越界现象，还有侦探故事和格斗故事里的男扮女装。要么是犯人利用男扮女装瞒过了侦探的眼睛，要么是侦探利用男扮女装来调查案情。其目的无非是为了给读者带来真相大白后的惊讶，增加作品的悬念和惊险性。在这种意义上，其中的男扮女装与少女漫画中的女扮男装有着某种相似性。因为都具有当谜团揭开后反而更加凸显出本来性别的效果。不过，两者之间的区别也是显而易见的，女扮男装的少女真相大白时，少女漫画突出的乃是少女作为女性的存在，而男性杂志则强调的是主人公由假扮的女性恢复原貌时那种男人的强大力量，而不是性别本身。
男性漫画所走的色情路线与故意设置的那种紧张悬疑中的意外性，无疑都不可能动摇或颠覆过往既定的性别形象，毋宁说是在沿袭那些固定形象的基础上得以成立的，甚至不妨看作是男权思想的具体体现。因为男性在社会中对女性的主导地位，因而不会去怀疑或反抗男权社会中所形成的性别形象。也许可以说正是基于他们在两性关系中的支配地位，才得以居高临下地把女性作为一种窥伺的欲望对象。所以，男性主流杂志上的性别越界除了前面举到的“乱马”等少数几个例外，几乎都可以归纳到上述两种模式中。
而另一方面，少女漫画却为我们提供了各种各样崭新的性别形象。即便它诞生在半带空想的世界里，但却确实具备了一种改变社会的力量。少女漫画之所以能够塑造出这样一些形象，或许可以归结为下面的因素：因为在现行的性别体制中女性常常被迫处在不利的位置上，容易遭受压迫和剥削（对性本身的恐惧就是源于这一点），从而对现行体制并没有太多的留念，渴望借助性别的越界来消除或颠覆既定的性别差异。所以，即便在现实中不可能轻易实现性别的越界，至少希望在幻想中达成这样的变革。于是，少女漫画作为少女飞翔的翅膀，因其特有的幻想色彩而自然化作了一种最好的载体。
SSF——逾越生物学上性别差异的可能性
到此为止，我们一直是以现行的社会体制和生物学上的性差为前提来考察少女漫画中的性别越界的，可事实上，少女漫画中还存在着另一类SF作品，它们将生物学上的性也加以相对化，大胆地设想宇宙里存在着与现实的性完全不同的性别，以至于有人把它们叫做SSF（sexualsciencefiction），即性别科幻作品。萩尾望都就是这种倾向的代表性作家，她发表了各种带有实验性的幻想作品，比如在她的《有11个人！》里，就出现了在孩提时代所有人都是中性的存在，直到某个时期到来之后，才选择成为男性或者女性（唯独长子一般有义务成为男性）的那样一个种族，而在《红色星球》中，主人公星是从一个名叫约达卡的男人腹中出生的，另外在《宇宙尽头》里，则描写了那种在清一色的男性中只有一个母亲的蜜蜂型社会。
而竹宫惠子也从1982年开始连续发表了《伊扎龙伝説》，塑造了一个因双性同体而被魔鬼附体的王子形象——阿尔?逖沃奇亚。为了不受到自己内部那个魔鬼的诱惑，他进行了殊死的搏斗，尽管最终被处以火刑，但却绝不依靠魔力，而甘愿作为一个人死去，并把自己的身体作为结界，降服了魔王。特别是在他内心中所展开的那种试图将分裂的自我统合起来的壮烈斗争，就仿佛是在印证着性科学中的下列定论一样：人如果不认同自己的性别，对自己的性别加以界定，就很容易陷入两难的境地。
清水玲子也从1988年起发表了《月亮之子》（又译《月光迷情》），在这部作品中塑造了幽玄而鲜明的人鱼形象。只等时期一到，人鱼就会在宇宙中遨游，返回母星去产卵。作者运用丰富的想象力，提出了如下的大胆设想：当一胎产下三子时，其中只有一个会女性化，但如果她不幸死去，则又会从剩余者中递补一个女性化的个体，完成产卵生子的任务。而且，其女性化也只出现在自己喜欢的男人面前，而一旦遭到其他男人的胁迫，她就会摇身变回到原来那个小男孩的模样。这或许可以说是女人的理想境界吧。就像前面已经讨论过的那样，只想在自己喜欢的人面前才是女人，这几乎是所有女人最深切的愿望吧。
还有在以人界与神界?仙界尚未分离的古代中国为舞台的《火轮》（河惣益已作，1993年～）中，主人公李安被设定为一个可以任意改变自己性别的人。因母亲是一个无性的珍珠精，所以，他幼时一直性别不明，而长大以后，则可以顺应自己喜欢的对象，从男人变成女人，或是从女人变成男人。据说是因为思春期情感和想法的多变性，其性别的变化也表现得游弋不定，但随着终身伴侣的确定，其性别也会固定下来。到了后来，只要他拥有强烈的意愿，依旧可以改变其性别，所以，当听到心仪的龙王说“如果你变成女儿身，我就娶你做龙王妃”时，他就又恢复了女儿身。
当然，关于性别越界社会的终极形象，或许还是要数秋里和国《文艺复兴》（1989年～）中那种彻底的双性爱社会吧。那是一个真正富于多样性的社会，一个可以纯粹按照灵魂的欲求和喜好的比例来将男性的性和女性的性加以调制混合的社会。而且这种选择的权利不仅被赋予了自己，也被赋予了对方。
也许要实现人在性别越界上的绝对自由，就不能不逾越生物学上的性差这堵最后的墙壁吧。尽管女性主义者们反对把两性性别特征或行为方式看作是某种性别的人所天生具有的，强调性别特征的非自然化和非稳定化，但只要两性还存在着生理上的差异，那么，要完全消除人们在文化学上和社会学上对两性性别差异的固定看法，就还是不无困难的。也正因为如此，少女漫画家们才会在自己笔下创造了上述那些将生物学上的性别差异也加以相对化的科幻世界，把主人公们塑造成男女未分的双性同体者。显然，在《文艺复兴》那样一个彻底的双性爱社会里，围绕着文化或社会学上的性别认知等产生的一系列问题都会迎刃而解。在那样的社会里，既然女性和男性乃是一个没有完全分化的连续体，性别角色的差异也荡然无存，那么，少女漫画中那些男扮女装的少年也就不必执著地强调自己的性别，男人们也就不必战战兢兢地怀揣着被阉割的恐惧了。
但是，我们又不能不看到，，要想消除两性在生物学上的性别差异，即便不是绝对不可能的，但至少也是非常困难的。因此，彻底的双性爱社会就只能是一种设想。正如SSF这个名字所象征的那样，那样的故事只可能发生在一个虚构的世界里，即要么是在距离遥远的另一个星球上，要么是在时间久远的古代王国。但不管如何，这些少女漫画毕竟描绘了一种可能性，一种不乏意义的构想，从而使我们不能不审视这样一些问题：“所谓的性究竟意味着什么？”“文化或社会学上的性差与生物学上的性欲望究竟处于怎样的一种关系中呢？两者又是否可以分离呢？”对于这些问题，我们显然还不能给与一个明确的答案。在现在这样一个异性爱占绝对主流的社会里，关于性别差异的感觉显然根植于人们自我认同的最玄奥的部分中，所以，要想究明什么是可以改变的，什么是不可以改变的，远不是一件容易的事情。
但这并不妨碍少女漫画提出自己的假设，想象会出现一个全新的社会，在那个社会里，人们彻底超越了两性的性别差异，或是抛却了对性爱对象之性别的执著。只有在那里，人们不仅消除了文化意义上的性差，还消除了生物学上的性差。因而，在那里女人和男人获得了一种绝对意义上的平等，是一个少女们无需藏匿起自己性别的乐园。这种想象或许比女权主义者们的理论阐释具备更大的力量。
尽管当我们放眼现实时，会发现生物学上的性差其实是很难消除的，人们在生理上也不可能永远只是一个性别混沌未分的少年（少女），但少女漫画的想象和创造力却仍旧不是毫无意义的。我们甚至可以说，它带动了日本当代女流文学对性别越界这一课题的探索，催生了长野真由美的《少年阿丽丝》、氷室冴子的《TheChange》、松浦理英子的《大拇指P的修炼时代》等一系列作品。与女权主义者从理论上向男权社会发起的正面进攻相比，少女漫画通过塑造种种性别越界的角色，提倡了一种看待性别问题的历史和发展的眼光，更加富于感性地向我们昭示出了文化或社会学上的性别角色并不是固定不变的，因此也就不存在着所谓性别上的绝对差异。也就意味着，因这种差异而导致的不平等乃是荒谬的，而男性和女性并非绝对对立的性别，而是一个混沌未分的统一体，有着通向彼此的路径。哪怕生物学上的性别差异不可能完全消除，但有理由相信明天的人们会在各个方面变得更加自由，或许也包括在性别的认同上。而且我们有理由说，即便撇开少女漫画这些形而上的意义，就单凭它对性别所展开的那些丰富多彩的幻想故事本身，也足以让我们感到妙趣横生。