1727年3月20日，牛顿逝世。他的肉体被安放在威斯敏斯特教堂的一座墓中。而躺在那里的只是肉体而不是灵魂，因为牛顿的灵魂与智慧逸出坟墓，升上天空，安坐在群星之间。
列王纪之第五书，称为达尔文
强者将生存和繁衍。
弱者将死亡。
聪明的温顺者若想生存，
必须藏起来或披上伪装。
这些便是，适者生存的规律。
第1章：达尔文的早年生活
1809年，拉马克发表了《动物哲学》，宣称生物进化是自然的一个普遍原理。虽然这种思想立即遭到了当时所有学者的反对，这一观念的灵魂却上升并进入了一个新生儿的心灵之眼。家人们围聚一旁为这个男孩取名为查尔斯。那年的2月12日，查尔斯·达尔文在英格兰诞生了。
查尔斯·达尔文天生便具有“生物学血统”：他的祖父，伊拉兹马斯·达尔文是一位医生、植物学家、哲学家和诗人。他父亲，罗伯特·达尔文，也是一位有大量丰富经验的医生。
达尔文享受着无忧无虑的美好童年。在他的一生中，父亲的资助使他终生无经济之忧。但在他8岁那年，他的母亲去世了。年轻时他开始研究化学，他发现把化学物混合起来观察会有什么结果十分有趣。他花了数不清的时间收集贝壳、鸟蛋、蝴蝶和甲虫，昆虫和爬行动物吸引着他。现在，达尔文不得不在两种事业中进行选择：科学还是宗教。
16岁时，他进入爱丁堡大学攻读医学，但是他对课程和书本不感兴趣，相反，他把大部分时间都用于和动物学家、地质学家交谈，自然界的动物和地球的结构吸引了他。而后有一天，班级的学生们去看一次手术。那是18世纪初期，还没有任何麻醉法。当着学生们的面，医生们切开一位患者的肉体，病人发出一声痛苦的惨叫。达尔文不得不离开手术室，他无法忍受这般痛苦的景象。此后不久，达尔文离开了学校，放弃了做一名医生。
第2章：事业的抉择
达尔文必须找到一个新职业。这时，达尔文像大多数英国人一样，是一个坚定的宗教信仰者。1827年，达尔文进入剑桥大学的神学院，研究神学和上帝之言，准备成为一名牧师。但是他把许多时间花在狩猎动物和打鸟上面。他和朋友们一同骑马郊游，参加社交。
达尔文也想学习自然科学，生物和地质学，但那时的剑桥未设自然科学学位。不过，达尔文在剑桥结识了一大批杰出的科学家，其中有一位叫做亨斯洛的牧师和植物学家。达尔文常常和亨斯洛一起散步，熟悉动植物。达尔文为科学世界所吸引，这样，他研读神学的兴趣大大减低了，他觉得自己不适合做神职人员。1831年达尔文放弃了在剑桥大学的学业，这一年将成为他事业的一个转折点。
达尔文决定去加那利群岛做一次科学考察旅行。为考察准备，他阅读了洪堡关于在南美北部进行科学旅行的一些着作。亨斯洛建议达尔文去访问威尔士，以获取地质勘察的实际经验。于是达尔文便去了威尔士，研究当地的地貌。
而后在1831年8月，亨斯洛举荐达尔文为皇家海军舰艇“贝格尔”号的义务博物学家——“贝格尔”号是一艘有两个主桅的军舰。达尔文的父亲反对此次旅行，他觉得去南美和太平洋这样遥远地方的旅行是在浪费时间，对达尔文艰难起步的事业不会有什么帮助，但内弟的压力最终使罗伯特做出了让步。12月27日，22岁的查尔斯·达尔文，从英格兰普利茅斯出发，乘“贝格尔”号驶入大西洋，离开了他的家庭。这次航行的目的是考察南美的西海岸，在太平洋建立测时站，航行预计只需短短两年时间。但旅行却持续五个年头。
第3章：“贝格尔”号的航行
以自然、同情、怜悯的名义
“贝格尔”号向南进发。在驶往加那利群岛的特内里费火山岛途中，达尔文读完了地质学的最新理论。这个新理论论述了地貌如何随时间而缓慢改变，火山喷发、地震、风与水的侵蚀、江河带来的泥沙、沉积物的淤积等，所有这些自然力都影响到地貌的形成。所以地球表面易受变化的影响，那是一种持续而渐进的变化。这种新观点不同于以往的理论，是上帝和戏剧性的短期事件使高山升起，大地下沉，或者创造了挪亚时代似的世界性洪水。现在很少有人，包括科学家和宗教思想家相信这种新观点。达尔文也同样感到困惑，因为他读过《圣经》，知道上面都说了什么。
在特内里费岛，达尔文研究了地球和它的地质构造，他在大地中寻找某项答案，但他在那里一无所获，却看见了一些自然奇迹，如蓝鸟和龙血树。而后“贝格尔”号继续向南行驶，到达了圣地亚戈，佛得角群岛之一，世界最干燥的岛屿。达尔文在那里继续探求真理。他看见一座悬崖上有一条白色夹层包含有许多贝壳，同样的贝壳在圣地亚戈海滩上也能找到。达尔文认识到这种结构是由熔岩流到一片有贝壳的海床上，而后海床隆起而形成。接着达尔文详细研究了岛上的陆地。他看见巨大的熔岩“舌头”彼此重叠着，他推断形成这样的结构需要许多次熔岩流。他得出结论，该岛的表面是由许多次熔岩流形成的。地球的真理近在眼前。
“贝格尔”号穿过大西洋。达尔文看见海中游动着海豚、抹香鲸和许多其他生物。风吹动着“贝格尔”号的船帆，驶向东海岸的巴西、乌拉圭和阿根廷。达尔文看见火烈鸟、大闪蝶和许多其他生物在天空飞翔。这些异国的风光使他陶醉。当他在阿根廷广袤的大草原上和加乌乔牧民一同策马疾驰时，他变得像牛仔一般狂野。他那在大学生涯中窒息的灵魂，像高耸的火焰一般燃烧起来，他已经被改造成了一个自然主义者。
“贝格尔”号访问了南美南端的火地岛。达尔文看见了麦哲伦海峡屹立的白雪覆顶的群山和山上的森林。在海边，在树林中，是亚干印第安人，用达尔文的话讲，他们是贫穷的裸体民族，驾着漏水的船打鱼拾贝以维持可怜的生存。
“贝格尔”号到达了智利西海岸。达尔文冒险进入内陆，在那里他看见了安第斯群山。“它们多么雄伟、巨大、壮丽，”他想，“我面前的世界拥有伟大的真理。”在4000米高处，他在多岩石的群山中找到了贝壳的化石。“海贝在那里干什么？”他问自己。在日记本上，他写下了他的地质观察。他收集岩石为了进一步的研究和日后之用。
热带南美洲对于他就是一座乐园。他探索隐藏着奇异植物和动物的炎热而潮湿的丛林。虽然野生丛林中处处潜伏着危险，但好奇心使达尔文将危险忘在一边。他观察地上爬行的蜥蜴、甲虫、青蛙和其他生物，研究地上漫游的鹿、美洲鸵鸟、美洲豹、犰狳、美洲驼及其他生物。他发现了一块大型树懒化石和一块栉鼠祖先的化石。这些是真正的发现，因为这些生物的化石以前还无人见过。
当他发现化石时，便把它们带到“贝格尔”号上。这些化石将像自然的雕刻一般，写着关于古代生物的真理。
智利发生了地震，他看见大地上升了两米。当大地恐怖地颤抖时，它也震撼着达尔文的身体、心智和情感。大地的摇撼仿佛是要对他说些什么。达尔文明白，在大地的轰鸣中存在着“智慧”。这是达尔文生平第一次经历地震，它为达尔文带来了某种启示。
在“贝格尔”号离开智利北部的西海岸时，达尔文从他的地质学观察中，已经相信那新的地质理论是正确的：在美洲，他已经看见了规模雄伟的新地貌。他终于知道地球和自然是多么伟大。
达尔文看见了一点光。
现在，每到一处，他都采集标本。并随时在日记中记下他的发现。几个月的观察磨利了他的眼光，几个月的写作也磨利了他的文笔。通过所有这些活动，他收集资料的能力提高了。
1835年，“贝格尔”号在加拉帕戈斯群岛靠岸。这些岛屿是生命的乐园。达尔文为自然的壮丽而深深敬畏，为各种各样的动物而神魂颠倒，实际上他从未在任何其他地方见过这些动物。他走在一只大陆龟旁边，判断它爬行的步距。他了解到这些巨大的陆龟只产于加拉帕戈斯群岛。他被奇异的海鬣蜥迷住了，它们以海草为食，成百只成百只爬满岸边的礁石。他尤其困惑于雀科鸣鸟的喙和繁多种类。他详细记录了生活在这些孤绝岛屿上的14种雀鸟。在这些雀中，有两种利用仙人掌刺挖掘树皮中的昆虫。奇怪的是，在这些温暖的热带海岛上居然生活着与南极类似的有毛海豹和企鹅。达尔文还看到了鸬鹚，这种鸟不能飞，却可以像海豚一样游水、捉鱼。
他被地球和自然迷住了。他经历困惑，领悟自然。
“贝格尔”号向西航行。在太平洋中，“贝格尔”号就像一片有目的的叶子，它驶向塔希提岛。一路上，达尔文看了军舰鸟和翼宽两米的信天翁。令人惊异的是，这些鸟可以翅膀一动不动地滑翔好几个小时。
塔希提是个风景秀丽、诱人的岛屿，有着起伏的群山，塔希提很久以前就是在两座磨蚀的锥形火山上形成的。达尔文看见，在下大雨时，雨水如何变成湍急的溪流。多么奇异的塔希提！岛上充满了热带果树，珊瑚礁给它缀上了流苏。达尔文看见裸着胸脯的美丽妇女。这些由大家庭组成的民族在一位使用魔法的部落首领领导下，实行禁忌、举行仪式并崇拜诸多神明。在温暖怡人的天气中，达尔文品尝着甘甜的水果和椰子。塔希提迷人的魅力诱惑他留下。但达尔文没有停留，而是继续随“贝格尔”号向南方其他群岛驶去。达尔文看见了鳞鲀和箱鲀这样奇异的鱼类。在太平洋的航行中，英国水手把钟表留在测时站上记录时间。但是达尔文在船上有记录历史不同的时间片段——化石，远古破碎的钟表。
达尔文研究岛屿及周边水域的地形，是火山导致海床上升，随后又缓慢下沉，这为地壳的大规模垂直运动提供了进一步的证据。后来，太平洋西南这片广袤地区将命名为达尔文隆起。
在南太平洋群岛和美洲，达尔文观察过各种不同的陌生种族。他想：“这些不同种族的部落，他们的文化、语言和生活是多么不同！他们的身材、皮肤和相貌多么不同！”
这一次，自然正在给他以暗示和象征。
在新西兰，他看见冰川如何在雄伟的雪山山坡上切开深深的“U”型峡谷。在生长着几十种不同树木的广阔森林，他看见短翅水鸡和几维鸟这些不能飞的鸟。在澳大利亚东南海岸，他发现了鸭嘴兽、袋鼠和其他非欧洲动物，还有色彩艳丽的鸟，如深红色的玫瑰鹦鹉和粉色的孔雀。“贝格尔”号冒险驶向塔斯马尼亚岛，那里生活着袋狼和袋獾。
接着，达尔文和“贝格尔”号驶向地球的第三大洋——印度洋。海中可以看见扁平的蝴蝶鱼和刺尾鱼，还有飞鱼，可以在空中做短距离滑翔，海角的鸽子、美丽的燕鸥和塘鹅在大洋上空飞翔。达尔文看见并研究它们。在航行的宁静时刻，当他被海浪轻轻摇晃，他思考着，对他所看见的一切进行理论推测。
一股风有意地吹在印度洋中“贝格尔”号的帆上。1836年，它停靠在柯林群岛，长满椰子树和棕榈的小珊瑚岛。达尔文到处收集贝壳。在这片地区，他观察了寄居蟹，详细研究了珊瑚的构造。达尔文已在太平洋和印度洋观察过许多种礁石和环礁，逐渐认识到珊瑚礁的形成是一个缓慢的过程，即只在浅水中生长的珊瑚，在它生长的同时形成了海床。过去，环礁被认为是偶然产生的是锥体和边缘处于海平面上的火山喷发的结果。但是达尔文认识到环礁形成的真正方式：首先，珊瑚在一座岛周围形成海床。如果岛的下沉足够缓慢，那么珊瑚礁就能维持生长。那样，如果岛屿浸入海水之下，留下来的将是围绕以前海岛形成的一个圆环。通过观察，达尔文发现了地球和自然是如何运作的。
达尔文看见的自然已与他人眼中的不同。于是达尔文获得了某种与自然界的“统一”。
“贝格尔”号绕过非洲南端，再一次穿过大西洋。在南美洲西部停顿一次后，它向家乡驶去。
达尔文周游了世界，达尔文看见了世界，达尔文目击了自然的本来面目。
在5年的旅行后，他于1836年10月2日抵达英格兰。他已真正地变成了自然现象的冒险家。
第4章：达尔文的新生：对真理的探求
达尔文将他收集到的大部分标本交给可以进一步详细分析的专家。达尔文偶然在南美洲发现了新的生命形式，如一种新蜥蜴、新的唐纳雀、新的雀科鸣禽、新的青蛙和新的美洲鸵。最后这些新的物种以达尔文蜥、达尔文唐纳雀、达尔文雀科鸣禽、达尔文蛙和达尔文美洲鸵闻名。
他在加拉帕戈斯群岛看见的13种雀科鸣禽，不仅不同属，而且不同种。在加拉帕戈斯的陆龟中，有两种仅生存在该群岛上。达尔文认为这些事很不寻常，按照当时的信条，几乎每个人都相信，每一物种自被创造的那一刻起，一直保持不变。
在他的化石中碰巧有一种已灭绝的犰狳，而这犰狳化石不同于任何活着的犰狳。达尔文觉得这很不寻常。
考察已使他具备了深湛的有关地球动物、植物及地质学知识。在他访问过的群岛，达尔文有机会观察到与外界隔绝的生命演化。
在英格兰，达尔文公开的工作是对他访问过的地方的地质与自然史进行研究与讲学，但私下里他被所谓的“物种问题”所迷惑。这个问题便是生物的起源。他详细研究隐藏着问题答案的日记和标本。达尔文注意到在动物种类之间的一个地理上的区别：在阿根廷某处的大美洲鸵，它们在另一个地区要小得多。两者都与非洲的鸵鸟不同。加拉帕戈斯的动物一般都不同于南美的动物，但奇怪的是，海鸟和海龟却是相同的。达尔文发现这很不寻常。同样，其他群岛也有自己的种类，与邻近的大陆相像，但仍不相同。
1837年，达尔文开始在日记中写下关于地球物种问题的信息。
他与动物饲养员、看守员、博物学家和植物学家讨论问题。他阅读所有与这个主题相关的东西。他秘密地进行着。他知道物种起源问题极易引起宗教争论，因为英格兰极其信赖《圣经》；达尔文知道他可能因为自己持有的思想而被吊死。他非常非常害怕，因为他知道人们是如何迫害文艺复兴时期的天文学家的。
至于他的公共生活，他是较为保守和谨慎的：从他的考察日记中，他写出了三本有关南美地质学的着作。这些着作马上为他赢来了科学声誉：他被选为伦敦地质学会会员。三年后他当选为伦敦皇家自然知识促进学会会员。在英国科学界，查尔斯·达尔文声名显赫。
1839年，他与他的表妹结成伉俪，后者是一位虔诚的基督徒，不久就成为一位慈爱的母亲和出色的主妇。英国唐恩镇上的一所房子成了他们的家。他们养了许多动物作宠物：十几只猫狗在院子里疯跑。当他观察动物们的行为时，他的家成了一个研究室。而在某种意义上，达尔文的房子有一天将变成一座神庙。