忽必烈为了夺取汗位，便抢在他前面行动，他率军从南昌北上，在中蒙边界的上都府（位于今察哈尔和热河之间的多伦诺尔附近）建大本营。公元1260年，忽必烈在此称大汗。
按照传统，库里勒台应该在蒙古召开，并且会前要召集成吉思汗的四个兀鲁思的代表们出席。很显然，忽必烈没有按套路出牌。于是，阿里不哥也毫不犹豫地称大汗。
在中国，控制着陕川两省的蒙古将士们倾向于阿里不哥这边，但忽必烈不久就把这两支军队争取到了他这边。忽必烈的副将们在甘州东部将阿里不哥军打败，这次胜利巩固了忽必烈对蒙辖制下的中国的所有权。
公元1262年年底，曾经受过阿里不哥帮助，从其堂兄妻、兀鲁忽乃手中夺得察合台兀鲁思的阿鲁忽背弃阿里不哥，投奔忽必烈。这就改变了两军曾经势均力敌的形势，忽必烈占了上风。忽必烈便赶走了阿里不哥，占领和林。
公元1264年，阿里不哥投降忽必烈。忽必烈没有杀他，只是处死了他的一些重要支持者。为了谨慎起见，忽必烈将阿里不哥囚禁起来，直到公元1266年阿里不哥去世。
对日本、印度支那和爪哇的战争
作为中国的新皇帝，忽必烈要求远东的诸国都要服从于他。高丽国尽管已被蒙古人驻守，但他们依然处于经常反叛的状况。后来，元朝通过联姻使高丽王朝成为一名顺从的顺臣。
忽必烈还要求日本顺从，遭到两次拒绝。公元1274年，忽必烈派舰队向日本群岛进发，由于草原骑兵不习惯海上远征，结果以失败告终。公元1276年，忽必烈重申要日本效忠的要求，再次遭到拒绝。公元1281年6月，忽必烈再次派出更大的舰队进攻，但这次，蒙古兵败得更惨，杀的杀，被俘的被俘，蒙古部队失去了根基。
忽必烈在印度支那的进展也好不到哪儿去。这一地区分为四大国：安南国、占婆国、柬埔寨国以及缅甸国。公元1280年，忽必烈威逼占婆国的摩诃罗阇（国王）陀罗诺曼四世接受蒙古人的保护，受到拒绝。公元1285年，忽必烈派大军攻打安南人，遭到失败。虽然忽必烈十战九败，但安南王还是明智地承认自己是忽必烈的属臣。占婆国王也履行了封臣的义务。
公元1277年，蒙古兵进攻缅甸，夺取了八莫。经过几次战役后，缅甸国王为了避免灾难，承认自己是蒙古的属臣。蒙古人的影响一直到达柬埔寨，从公元1294年起，清迈和速古泰两个泰族王国都成了元朝的属国。
最后，忽必烈又派兵远征爪哇，在一位爪哇首领土罕必阇耶的援助下，打败了爪哇的主要统治者谏义里王。但战胜后，土罕必阇耶转而针对蒙古人，迫使蒙古军返回船上。而后，土罕必阇耶解放了爪哇岛，建满者伯夷国。
利用海盗拓疆域的皇帝
忽必烈建立大元后，开始实施攻打南宋的计划。这时南宋占据着临安等地，所以忽必烈需要一条通道，来把南方的粮食运输到北方。
蒙古人是马背上的民族，一向善于陆战，但他们向南方进军时，也很懂得如何利用海洋：他们不但收纳了背叛的南宋海军，获得大批海洋战舰以及大型海洋货船，还从海盗那里得到了帮助，建立了从东南亚到波斯湾的海外贸易，以及一个稳固的海上粮食运输渠道。
长江出海口的岛屿，最大的要数崇明岛。崇明岛四面环水，易守难攻，13世纪便是海盗的自有天堂。13世纪中叶，这里有两个有名的海盗：朱清和张瑄，他们贩卖私盐，掠夺富商巨舶。后被南宋招安。但公元1273年，他们背叛南宋，投靠大元，成为元水军的重要力量，元朝授予朱清代理管军千户的武职。
公元1276年，他们接到一个任务：运送南宋库藏。他们成功完成任务，将南宋的库藏，包括档案、图表、祭祀器具都运到了当时的大元首都。
公元1282年，忽必烈任命他们俩为海道运粮万户，负责海上漕运。结果又大获成功。出航的成功使得忽必烈对海上漕运更加重视，开始建造更多的漕船。
后来，忽必烈想入侵日本和占婆，这样便需要大量船只和水手。于是他又把组织人员运粮的任务又交给这两位海盗。于是，他们手下聚集了盐商、盐工、船主，渔民、漕运官员和水手几万人，并且还邀请东南沿海的海盗加入。
元世祖平定海都之乱
对于忽必烈而言，对日本、印度支那等“殖民地“的远征远远不如平定成吉思汗其余余支的战争来得重要，尤其是对窝阔台的孙子海都的斗争。忽必烈与阿里不哥争位的时候，海都站在阿里不哥这边。阿里不哥投降后，海都以大汗位当属窝阔台后裔为理由，想要自立为大汗。忽必烈多次要他入朝，他都说马瘦，没有资格入朝。海都聪明能干，且非常狡诈，他逐渐纠集部众，扩展自己的领地，以海押立为基地，势力日渐强大起来，成为阔台系诸王的首领。
忽必烈无暇西顾，一面对海都表示优容，一面又派在中原的察合台曾孙八剌回本汗国夺取汗位，好牵制海都。
至元六年（公元1269年），海都被蒙古其他部众推为盟主，一致对抗忽必烈，誓约保持游牧生活和蒙古习俗。七年，忽必烈针对海都的威胁，派兵镇压海都，在别失八里大败海都。
十一年，元军大举伐宋，海都趁机又进袭。十二年八月，忽必烈派大军北征。十三年冬，从征中的一些人叛乱，并和海都等一些叛军共同响应。忽必烈调征宋主将伯颜、阿术、别吉里迷失等回师北征，各个击破了叛军，稳定了漠南北的局势。
二十四年，海都又联合其他各部叛乱，这次叛乱声势浩大。忽必烈亲征，平定东部乃颜叛乱。成宗大德五年（公元1301年），海都、笃哇联军越过阿尔泰山南下，甘麻剌和皇侄海山率元军迎击，两军大战。海都和笃哇均受伤，海都因伤死于回去的路上，他的儿子察八儿继位。
剿灭南宋的崖山海战
崖山海战，也叫崖门战役，是南宋军队和元军的一次战役。这次战役标志着南宋的灭亡。这是一场以少胜多的战役，相传南宋投入到战争的人数多达二十多万，不过这二十万中还算上了文臣及其眷属、宫廷人员以及普通百姓等，实际的战斗力也就是几万人，最终宋兵全军覆没。这也是元朝灭宋的最后一战。
公元1267年，元朝开始入侵南宋，他们先占领湖北的襄樊，然后利用襄樊城边的汉水组建水军，水陆沿汉水直下武汉。公元1276年，元兵占领南宋首都杭州。面对这种形势，南宋的君臣吓破了胆，陆秀夫、张世杰一味南逃，将抗元的斗争全部丢给了文天祥。
南宋的君臣一直往南逃，船只退到了湛江附近，这已经到了天涯海角，实在没有地方可退了。他们想要联系越南越海而去，但好久却杳无音信。两千多艘船，二十多万人不能在海上长久漂流。又遇到了海风，导致一部分船只沉没。他们便又北返，最后停靠在了珠江口相邻的崖山海域。
面对蒙古人的攻势，南宋君臣采取消极躲避的政策，主动将崖山附近数百栋军营烧毁，人员全部转移到船上。本来海战是宋军的优势，而且宋军的人数也居多。但张世杰却将船只全部连在一起，采取消极防御的战术。结果，蒙古人先是切断了淡水来源，这样宋兵只能吃干粮，喝海水，如此一来，全军上吐下泻，疲惫不堪，战斗力大大减弱。
经过数日的消磨，元朝决定对南宋决战。公元1279年二月初六，元军张弘范率领部队分四路轮番夹击宋兵，并利用海水的涨落从南北冲击宋兵船只。最后，宋兵部伍大乱。丞相陆秀夫眼看突围无望，背负七岁的小皇帝，跳海自杀。宋朝自此灭亡。
元朝的南坡之变
元朝建立以后，朝政非常混乱，宗室内乱、宫廷政变、后妃干政、权臣用事等接连不断。
元仁宗延祐七年（公元1320年），元仁宗驾崩，硕德八剌继帝位，即元英宗。他即位以后，决定改革朝政。但因朝政被权臣铁木迭儿把持，很难推行新政。至治二年（公元1322年），铁木迭儿去世，英宗便起用太常礼仪院使拜住为中书右丞相，表示要励精图治，同时处死铁木迭儿之子八思吉思，还追查其党羽。这些措施遭到部分保守的蒙古贵族反对，以御史大夫铁失为首的余党密谋发动政变。
至治三年（公元1323年）八月五日，元英宗、拜住由上都启程返京，途经南坡店（上都西南三十里）驻营，被铁失等刺杀，史称南坡之变。随后，迎立晋王也孙铁儿（泰定帝）即位。
元顺帝的至正新政
至顺四年（公元1333年），妥欢贴睦尔继位，也就是元顺帝。年仅13岁的妥欢贴睦尔一即位，便深感社会危机的严重，决心大展鸿图，力图推行新政，实现中兴，以摆脱危机，这就是历史上的至正新政。因是在元顺帝至正年间所实行的改革，故得名。
至元六年（公元1340年），元顺帝支持脱脱发动政变，驱逐权相伯颜，而后任脱脱为中书右丞相。第二年，改年号为至正，开始进行大刀阔斧的改革。至正新政一共有九年的时间（公元1341年-公元1349年），前四年是由脱脱主持，后五年由元顺帝亲政。
前四年，脱脱废除了伯颜旧政，为诸王冤狱昭了雪，并恢复科举制（至元元年被伯颜废除），还撰修辽、金、宋三史，实行开马禁和减盐额等措施。脱脱的这些措施，调整了蒙古贵族和汉族豪强的关系，巩固了上层统治者之间的团结，还加强了文治。
后五年由元顺帝亲政，他颁行了《至正条格》，来完善法制；为了加强廉政，他订立了举荐守令法；他还起用隐逸之士，任用优秀人才。
至正新政取得了一定的效果，但年复一年造成的政治局面已积重难返，因此，它并没有从根本上解决社会危机。
谁是第一个反元的农民
方国珍（公元1319年-公元1374年），元末台州黄岩人，他们家世代以浮海贩盐为生。元朝末年，统治者对百姓的压迫和管制非常恶劣。加上当时饥荒严重，真是民不聊生。至正八年（公元1348年），黄岩人蔡乱头起兵反元。有人告方国珍与其勾结，于是官府追捕方国珍。方国珍便杀掉告发的人，并和其兄弟逃入海中，聚集群众数千人，劫夺海运粮。
方国珍首先反元，比刘福通、徐寿辉起义等早两三年，比郭子兴早四年。他是第一个反元的农民。方国珍第一个起来反元做了不少有实际意义的事情，他安定台州、温州、庆元（宁波）后，就致力于保境安民，劝农桑、轻徭役，使得百姓安居乐业。比起当时的中原，浙东已算是天堂了。后来方国珍投奔了朱元璋。
红巾军因何起义
元朝末年，元朝统治阶级对各族特别是汉族人民的掠夺和奴役非常残酷，他们大肆兼并土地，将广阔的良田变为牧场，广大的农民失去土地沦为奴隶。官府上苛捐杂税的名目繁多，全国的税额比元初竟增加了二十倍。
元朝统治者荒淫无度，他们在民间四处搜罗美女，日日供佛炼丹。政府财政入不敷出，还滥发货币，祸国殃民。加上黄河连年失修，多次发生水灾，弄得民不聊生。百姓生活不得安宁，反抗的火焰在人民心中越来越烈。社会上有这样的歌谣：“一日三遍打，不反待如何？”
公元1351年，元朝统治者强征十五万农民挖黄河河道，监督挖河道的官吏乘机克扣饭钱。百姓们挨饿又受冻，都非常气愤。颍州人刘福通，派了几百名白莲教教徒做民夫，在工地干活，并在工地埋了一个只有一只眼睛的石头人，还散布“石人一只眼，挑动黄河天下反”的歌谣。民工挖出石人后，反抗的火焰立刻燃起。起义者头扎红巾，并打红旗，号称红巾军，又称红军。
红巾军所到之处，开仓散米，赈济百姓，深得百姓欢迎，队伍迅速扩大到几十万人。在红巾军的影响下，各地农民纷纷响应。
元朝的疆域版图
公元1279年，元朝消灭南宋残余势力，统一中国。元朝的疆域空前的广阔，今天的新疆、西藏、外蒙古、云南、东北、澎湖及南海诸岛，都在它的统治范围之内，另外西伯利亚的大部分，也在其统治范围之内，东到白令海、锡金、不丹、克什米尔东半部、缅甸北部、泰国北部、老挝、朝鲜东北部。元朝的领土面积超过两千两百万平方公里，是当时世界上疆域最广阔的国家，也是从古至今，人类以来最大的国家。
行省制度的确立
元朝统一中国之后，为了加强统治，元世祖实行“汉法”，在政权上加强中央集权。他首先确立了皇帝在全国的最高统治地位，在中央设中书省；枢密院掌管军事，相当于现在的国防部；御史台负责监察。然后在各地方设立行中书省，简称为行省或省。
每个行省设有丞相一人，掌管全省军政大权。行省下又有路、府、州、县。元朝的行省有岭北、辽阳、河南、江北、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广十个。除此之外的山东、山西、河北和内蒙古等地被称为“腹里”。
行省制的确立，从政治上巩固了国家统一，使得中央集权在行政体制方面有所保证。虽然元朝的行省制度与唐宋以来汉族社会日益强化的中央集权思想有很大的冲突，但它作为元朝社会发展的产物，还是起到了加强中央集权的作用，同时对后世的政治制度尤其是地方行政区域划分产生了很大的影响。