但不料又有人为此书写跋，名为《忧危竑议》，说吕坤是想讨好郑贵妃，而郑贵妃重刊此书，是想为自己的儿子夺得太子埋下伏笔，还说吕坤跟郑贵妃外戚结党。此文一出，便掀起轩然大波。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。吕坤称病回家。神宗很生气，但又不好大张旗鼓追查作者，郑贵妃的父亲也被《忧危竑议》提名，也很紧张。便怀疑《忧危竑议》是戴士衡和全椒知县樊玉衡写的。
明神宗不想将事情闹大，便下谕旨，说此书是他赐给郑贵妃的，又将戴士衡和樊玉衡贬谪。因吕坤已抱病归乡，所以对他不加追问。此案虽不了了之，但却充分暴露了明末朝廷中的党争之激烈。
真假楚王引发的牢狱之灾
楚太子狱是明万历年间为勘查真假楚王而形成的党政案件。
隆庆五年，封藩湖北武昌的楚恭王朱英逝世，他的夫人胡氏生下双胞胎遗腹子华奎、华壁。万历八年，华奎嗣王爵，华壁受封为宣化王。
万历三十一年二月，楚恭王的宗人华趆上告华奎为假王，并说华奎和华壁都不是楚恭王的儿子。阁臣、浙党沈一贯由于受了楚王华奎的贿赂，令人下压华趆奏疏，然后上华奎劾华趆欺罔四罪疏，后又因迫不得已，才上华趆奏疏。明神宗令礼部议处。
东林党人郭正域想查出真相，沈一贯从中作梗，并极力偏袒楚王，双方互不相让。最后，神宗对此事不再过问。郭正域被罢职回籍听勘，还没有出京城又因妖书案被关进监狱，在次年五月被释放。华趆因诬告罪，被降为庶人，曾禁锢凤阳，后来也被释放。
庚戌之变的真相
嘉靖十二年（公元1543年），蒙古达延汗去世后，他的子孙们争斗不断，蒙古又开始呈现出割据状态。达延汗的第三个儿子阿勒坦汗的势力逐渐强大起来，成为当时蒙古族中最有影响力和号召力的人物，中原称他为俺答汗。这时，明朝和蒙古之间的“贡市”关系已中断了二十多年，俺答和别的蒙古地区是一样，基本是以游牧经济为主，粮食和手工业产品极度匮乏，他们需要用畜产品来换取中原的农产品和手工产品。
从前的各朝蒙古霸主，都积极要求和中原互相贸易。但是达延汗后期，蒙古各部不断地侵犯中原，导致明王朝中断了和蒙古的和平贸易关系。俺答汗在嘉靖二十年（公元1541年）七月向明王朝要求通“贡市”，遭到拒绝。第二年，他又提出通贡市的要求，又遭拒绝。在这之后，他又数十次要求明王朝重建贡市关系，每次都碰了一鼻子灰。
这下惹怒了俺答汗，他想既然用和平手段无法实现通贡市，那么干脆不如施加武力。嘉靖二十九年（公元1550年）六月，俺答汗亲自率领十万大军南下，进犯大同、宣府。八月，俺答汗围困北京，一向傲慢的明政府顿时慌作一团，急忙调动各路勤王师进京支援，但调来的勤王师却不敢跟俺答汗正面接触。俺答汗捕获了宦官杨增，让他携带通贡市的信件向明王朝通报。明王朝就说只要你先退兵，我们就谈判。俺答汗退出边外，当时明世宗吓得几乎要迁都避难。这一年是农历庚戌年，所以史称“庚戌之变”。
俺答退出了边外的第二年，又向明朝请求通贡市，这次嘉靖皇帝批准了。但是，俺答要求希望能以牛羊换粮食，明王朝不答应这个条件，结果俺答汗又兴兵骚扰边塞。嘉靖皇帝又停止了马市交易。这样，俺答和明朝开始了长期的武装对峙。此后的二十余年，俺答连年南下掠夺，边境的百姓不胜其扰，明王朝完全只有挨打的份，毫无还手之力。
天启大爆炸与“罪己诏”
在漫长的历史长河中，有着许多离奇的故事和传说，但在明朝天启年间发生的一场大爆炸，却至今悬疑莫测。
天启六年端午节的次日上午九点，北京西南角的王恭厂火药库附近发生了一场离奇的爆炸事件。这场爆炸导致两万多人死伤。据收集的目击者见闻说，爆炸当天天气非常好，阳光明媚，突然来了一声轰雷，接着就爆炸了。从京城东北逐渐到西南角，涌起一片遮天盖地的黑云，然后又大震一声，天崩地裂。顿时天空黑暗下来，黑得什么都看不到。
万余房屋顿时变成一片瓦砾，两万多居民非死即伤。断臂的，折足的，破头的，不计其数，尸骸漫天，那场景惨不忍睹。有侥幸存活下来的百姓也披头散发，惊恐万状，鬼哭狼嚎。当时的天启皇帝朱由校正在用早膳，当他发现大殿震动的时候，竟然不顾九五之尊，吓得撒腿就跑，内侍们也跟着他跑。他一口气跑到交泰殿，正好殿内墙角有一张大桌子，他钻进去才逃过此难。
这次大爆炸的消息，迅速传遍了全国，从王公贵族到黎民百姓都震惊不已，天下顿时人心惶惶。有很多大臣以为当时朝廷腐败，宦官专权，他们说这是上天对皇上的警告。所以纷纷上书，要求天启皇帝改革政治，重振朝纲。皇帝看到群臣激愤，加上又经过这次爆炸的惊吓，不得已下了一道“罪己诏”，希望借此能够让大明王朝长治久安。他还从国库中拨出一万两黄金来救济灾民。
这次大爆炸确实很诡异，在爆炸之前也有预兆。据记载，当时前门楼角出现“鬼火”，后宰门的一个火神庙还出现一个大火球。人群失踪的也极其离谱，正在一起走的人突然就消失不见了。据说，长安街一带突然就下起碎尸雨来，天上纷纷落下人头人脸还有人的四肢，一直下了两个多小时。还有，当时不论男女，不论死活，衣服全都不知去向，全为裸体。
不过，天启大爆炸到底是怎么回事。今人猜测是火药爆炸，还有说是陨星爆炸等，但至今还没有人解开这个千古之谜。
明朝的内廷机构：锦衣卫
明王朝给人印象最深的也许就是它的恐怖政治了，而作为恐怖政治的代言人之一——锦衣卫，则更是相当有名。
锦衣卫是明王朝的专有军事特务机构，它的全名为“锦衣卫亲军都指挥使司”。前身为明太祖朱元璋所创。洪武十五年，朱元璋开始改革禁卫军，建立了12个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。锦衣卫的首领称为指挥使，通常是由皇帝的亲信武将担任。
锦衣卫的职能就是“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，它分为两个部门，一个部门负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡；一个部门负责巡查缉捕，这是锦衣卫同其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它给人印象深刻的缘故。明王朝前两代皇帝朱元璋以及朱棣，由于出身比较特殊，所以对皇权的维护欲望相当强烈，这就使得锦衣卫“巡查缉捕”的职能被无限扩大了。
锦衣卫还有一项最为有名的职能，就是“执掌廷杖”。廷杖制度开始于明朝，是皇帝用来教训那些不听话的士大夫的酷刑。若是哪位官员触怒了皇帝，就要被加以廷杖。执行廷杖的是司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使，行刑者为锦衣卫校尉，廷杖刑罚是非常残酷的，受刑的士大夫肉体上和心灵上都会受到极大的伤害。不过明朝的皇帝看起来对此倒很热衷，锦衣卫将校对它也是乐此不疲。
明朝的锦衣卫大多是大明王朝极端专制的帮凶，正是有了锦衣卫这样高效率的工具，明朝皇帝镇压起官员以及百姓来更加得心应手。凡事都是有代价的，如此一来，大明的社会活力也极大降低，这就是大明虽有两百多年的历史，但在政治经济方面毫无进展反而倒退的主要原因。不过，明王朝还是出现过比较正直的锦衣卫，比如袁彬、牟斌。
明朝的情报机构：东厂
东厂的创始人是明成祖朱棣。“靖难之役”以后，朱棣的神经一直绷得紧紧的，一方面有关建文帝的传言不时出现，另一方面，朝廷中很多大臣对他不满。如此一来，他就需要一个强大而有力的专制机构来巩固政权，但他又觉得宫外的锦衣卫使用起来很不方便，因此，他就建立了一个新的机构——东厂。
东厂是一个由宦官掌领的侦缉机构，因为朱棣在起兵过程中，宦官出过很大的力，他觉得宦官很可靠，而且他们身处皇宫，用起来方便得多，所以他让宦官来掌领。东厂是在朱棣迁都北京以后成立的，其地址是东安门的北侧，由此得名“东厂”。它的职能是“访谋逆妖言大奸恶”等，与锦衣卫均权势。开始的时候，东厂并没有审讯犯人的权利，他们只是负责侦缉、抓人。不过在明朝末年，东厂也有了自己的监狱。
东厂首领称为东厂掌印太监，也叫厂主和厂督。除了司礼监掌印太监，厂主就是宦官中的头号人物，权力非常大。除了厂主外，东厂还设有一名千户，一名百户，若干名掌班、领班、司房，役长和番役负责具体的侦缉工作。
东厂侦缉的范围相当广，所有的大案、重犯他们都要派人听审。朝廷中的每个衙门都有东厂的人坐班，一些重要衙门的文件，他们也要一一过问，甚至连普通百姓的日常生活还有柴米油盐的价格，他们也要侦察。东厂的权力要比当时的锦衣卫大得多，他们获得的情报可以直接向皇帝报告，而锦衣卫则必须采取奏章的方式。东厂和锦衣卫的关系，本来是平级，后来逐渐变成了上下级。
东厂人的所作所为实在很难恭维，他们并非完全为皇帝办事，更多的是为了自己的私利。他们常常诬陷良民，趁机敲诈勒索。明朝中后期，东厂的侦缉范围扩大到了全国，搞得全国上下人人自危，民不聊生。
明朝的特务机构：西厂
西厂只是在明王朝历史上的一个临时产品。明宪宗成化年间，京城内先是出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有妖道李子龙蛊惑人心，网罗太监。虽然锦衣卫最后将李子龙和他的党徒一网打尽，但是明宪宗仍然深深感到侦察的力量不足。他派身边的小太监汪直去宫外打探消息，汪直借助这个良机，搜罗了不少所谓的“秘密消息”给宪宗。宪宗很看重他，鼓励他继续干下去。
数月后，一个新的内廷机构——西厂成立了，首领便是汪直。其厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部。西厂的军官大都是从禁卫军中选拔，然后这些军官再自己选置下属。没过几个月的时间，西厂的人员便迅速扩大，其势力甚至远远超过了它的“前辈”东厂。
西厂成立的初衷，就是为了给皇帝刺探消息。但是汪直为了升官发财，拼命构制一些大案、要案，并有意将案件弄大。
和东厂相同的是，西厂同样弄得朝野上下人心惶惶。大学士商辂等辅臣向朝廷集体上书，陈述西厂的危害，并将汪直的不法之事一一举报。宪宗很是吃惊，便撤销了西厂。
没有了西厂的日子让宪宗很没有安全感，奸臣戴缙得知他的心思，便主动上书吹捧汪直。结果宪宗立刻恢复西厂。西厂恢复后，汪直更加严酷地办案，戴缙也因此升职。西厂的废与立，相隔只不过一个月时间。
此后五年内，汪直办了无数“大案”，将反对自己的人全部铲除。但他的权力过于膨胀，引起了皇帝的警觉，在后来的权力角逐中，汪直失败，最后失意而死。到了宪宗的孙子武宗继位的时候，太监刘瑾掌权，宦官势力又开始强大，西厂再次设立。直到刘瑾倒台后，西厂才被撤销。
“梃击案”的真相
说起“梃击案”，不得不提明神宗期间的争太子位事件，当年就是因为朱常洛做了太子，郑贵妃不甘心，双方之间明争暗斗，直到闹出“梃击案”。
万历四十三年（公元1615年）五月初四中午，一名三十多岁的男子闯入太子朱常洛常住的慈庆宫，他拿着枣木棍，逢人便打，打伤守门官员许多人，一直打到太子殿前的屋檐下，顿时殿内大乱。内官韩本用眼明手快，他将这名男子抓获，宫内才算平静下来，这就是明末著名的“梃击案”。
在戒备森严的宫中，怎么就闯入一名陌生男子呢？当时的太子殿戒备不严，很多太监借病离开，侍卫也就那么几个，所以就发生了这件事件。这名男子叫张差，待他审讯的时候，他起初是装疯卖傻，结果审讯毫无结果。后来再逼供下，他才说出实话，他说有位老公公对他说，要是他闯进慈庆宫，见一个，打杀一个，就会给他三十亩地。他说在后面指使的是两名太监，这两名太监是郑贵妃的内侍。
朝野顿时哗然，所有人都觉得是郑贵妃想要谋杀太子。太子和郑贵妃听到这个消息都来见明神宗，皇帝便让郑贵妃求太子。太子朱常洛知道父亲的意思，便说这件事只是张差一人所为，不再株连他人。最后，张差被处死，这场案件也就不了了之。
“梃击案”最大的赢家应该是朱常洛，自此事后，郑贵妃的势力大衰，他的太子地位愈加稳固了。“梃击案”的背后主使真的是郑贵妃吗？有人怀疑是朱常洛自导自演的“苦肉计”，目的就是陷害郑贵妃。无论怎样，“梃击案”的真相是无人知晓了。
“红丸案”的真相
万历四十八年（公元1620年）七月二十一日，明神宗病逝。就在次年八月初一，39岁的太子朱常洛继位，改年号为泰昌，历史上习惯称他为泰昌皇帝。他一即位，马上就开始大刀阔斧地改革，他罢免了万历朝的矿税，这种税收曾经使民不聊生，叛乱纷起。他还将曾经因为得罪前皇帝被罢免的言官召回。
当时的百姓看到他如此有作为，还指望能够在他的统治下过上安生的生活。可是泰昌皇帝却在这时突然病倒了。原来他在继位之前就好女色，继位之后，郑贵妃又向他进献美女，他的身体本来就虚弱，终于支撑不住了。