第三部分是机械论的形而上学基础。康德将物质定义为可运动的，只因为它“有动力”。也就是说，他对第二部分的定义作了进一步的补充，因为该定义在物体静止不动的情况下也是有效的。在这里，康德介绍了并试图证明运动法则。虽然康德的运动法则很接近牛顿的三大定律，但是定理二、三、四并不完全与牛顿的第一、第二与第三运动定律对应，虽然康德称他的第二定理为“力学的第一法则”，但不是牛顿的第一定律，也不是他的第二或第三定律，而是质量守恒定律。康德的定理三（他称之为力学的第二法则）与牛顿的第一定律（直线惯性运动原理）几乎相同。牛顿与康德之间的差异之一是：牛顿谈的是“力”，而康德则谈“原因”。康德的定理四与牛顿的第三定律几乎相同，对于牛顿的第二定律，康德并没有作特别的讨论。
康德陈述这些法则的脉络是形而上学的，不是科学的。这个形而上学脉络主要是依据第一批判里发展出来的认识论，在第四部分，亦即“现象学的形而上学基础”，康德定义物质为可运动的，“因为它们可以成为经验的对象”。以经验性空间与绝对空间的差别作为出发点，他声称绝对空间“什么也不是”而且根本不存在。一切的运动都必须以经验性的既与物的相对位置来描述，因此，绝对的运动乃是绝对不可能的；另一方面，若所有运动都指涉经验性的既与物，则“对于所有现象都普遍有效的运动或静止的概念也是不存在的”。然而，我们有赖于这些概念去理解“相对”空间的意义。在康德的想法里，我们因此必须设想绝对空间以作为理性的规定性概念。
虽然康德在自然科学上面采取的是牛顿的立场，但是他企图以形而上学基础去补足牛顿的物理学，显示他更接近莱布尼茨的思想。与康德同时代的人不知道应如何看待这本书，所以在此书初版三年后，也就是第二版出版的两年后，有一篇书评作者对于到目前为止只出现过一篇相关的书评略表诧异。康德的一个学生，基塞韦特在1795年曾说，愿意花时间去钻研《自然科学的形而上学基础》之人“寥寥无几”。康德自己似乎也没有放很多心思在这上面。在他誊完手稿以后，他便立即着手其他的工作了。
四、支持“纯粹理性宗教”
1780年7月，莱辛向雅各比承认自己是斯宾诺莎主义者，至少这是雅各比在莱辛死于1781年2月以后的讲法。这样的自白是很危险的，因为斯宾诺莎被视为“撒旦一般的无神论者”，而其泛神论更是“魔鬼式的假说”。这样的自白若在他的生前公诸于世，莱辛势必卷入生平中最激烈的论战，这将证明他不是有神论者，而他的理性主义也使他否认一个超越性的上帝的实在性。雅各比公开他与莱辛的对话，想要证明他比莱辛某些最好的朋友（包括门德尔松）还要了解他。于是，他与门德尔松开始就莱辛所谓的斯宾诺莎主义开始书信往返。门德尔松不相信有这一回事，而且想要挽救其朋友的名誉，于是对雅各比说，不管莱辛说过什么话，也不可能是他所理解的那个意思。那些书信往返直到1785年雅各比听说门德尔松要出版《晨间》的时候都没有被公开。门德尔松在书中也讨论了泛神论的问题，因此间接响应了雅各比的立场。由于雅各比担心门德尔松披露他们私下的争议，决定先发制人，发表了《论斯宾诺莎之学说：与摩西·门德尔松先生的通信》，也是在1785年出版，公开了所谓莱辛的告白与门德尔松致雅各比的私人信件。
对于批露信件一事，雅各比的解释是，他有更重要的目的。他认为莱辛比其他理性主义的思想家在态度上更加一致，而这种理念上的诚实应该得到肯定。事实上，雅各比认为斯宾诺莎主义与其他思辨体系并没有什么不同，它只是更加一致。因此“莱布尼茨和沃尔夫的哲学的命定论色彩并不亚于斯宾诺莎的思想，而且一个人只要锲而不合地探究前者，便会导出后者的根本立场。每个证明的道路最终都会通往命定论”或斯宾诺莎主义。他同时也指出，除此之外惟一的选择是信仰。
雅各比旋即遭到猛烈的批判，不仅因为他泄漏了私人的秘密，而且也因为他的观点。他最为人所诟病的是其蒙昧主义，未经哲学反省而诉诸信仰。1786年，雅各比的一位朋友托马斯·魏茨曼试图为他辩解。在他的（《雅各比与门德尔松的哲学结论：一个局外人的观察》里，他认为门德尔松的“常识”概念与雅各比的“信仰”原理归根究底是相同的。
康德一直密切注意着这场论辩的发展，并且在（《柏林月刊》编辑的怂恿下决定要为门德尔松辩护，尤其在雅各比宣称自己的立场与康德相似后，他已经无法置身事外。事实上，他在先前已经写信向赫茨表明他早就计划要写一些东西，对雅各比的“怪论”表示意见。在1786年8月，他提出了“何谓在思想中确定方向？”康德并非仅仅在为门德尔松发言；他利用这个机会介绍了他自己的实践哲学。
康德以门德尔松的启发原理（或者准则）作为出发点：“在理性的思辨当中，我们有必要有某种准绳，有时称为常识……有时称为健康的理性，或者朴素的知性。”康德认为，这样的准则不仅掏空了门德尔松自己的思辨形而上学，而且容易导致狂热与理性的翻覆。康德在这一点上也认为，魏茨曼、雅各比的“信仰”其实与门德尔松的“常识”导致同一个结果。康德是想让门德尔松跳出自己的困境，同时也让雅各比知道，理性里有信仰所需要的资源。我们可以透过主观的工具去确定自己的方向，亦即“去感觉理性自身的需要”。理性的需要是双重的：实践的需要与理论的需要。第一种需要在（《纯粹理性批判》已经详述，可以表述为如下的条件句：“如果我们想正确判断偶然事物的第一动因，尤其是对于世界真实目的的秩序，则我们必须假定上帝的存在。”但对此我们仍然有选择的余地，也就是说，我们不一定要对于第一动因作出判断。相反的，理性在实践上的需要则是绝对必须的且无条件的。就此而言，康德认为判断是不可免的。“因为理性的纯粹实践用途在于道德法则的规定，而一切道德法则都指向在世界里可能的至善。”至善代表的是世界的状态：最大的幸福与最严谨的道德法则互不抵触。因此，对康德而言，至善有两个元素，其一是依据定言命令的道德（在《道德形而上学基础》中已有讨论），其二是与道德价值一致的幸福生活。但道德与幸福之间并没有必然的关联。事实上，我们经常可以看见好人命运多舛，尽管如此，我们还是必须相信善行可能改变这个世界，因此理性有必要相信与道德成正比的幸福是可能的，即使我们不能期待自然会促成这样的结果，只有一个有智能又全能的道德行为者才可能有如此能耐。因此，由于至善的缘故，道德行为者必须假定有另一个原因使至善成为可能。它必然是个有道德关怀的至高智能的存在者，也就是神。因此，我们必须假定神的存在。最后一点是新的看法，预告了《实践理性批判》的中心论旨。
康德接下来指出，理性的这个需要并不能告诉我们上帝是否存在。它只是证成了一个信仰。然而（这似乎是康德这篇文章里最重要的义蕴）那是个理性的信仰。“任何信仰，包括历史性的信仰，都必须是理陛的（因为真理的试金石始终是理性）；理性的信仰除了纯粹理性本身的予料以外，没有任何外来的凭借。”理性的信仰必须取代门德尔松的“健康理性”。使我们在思辨里确定方向的也是它。理性的信仰不只是指相信理性所推荐的某些信条；而是对理性本身的信仰。雅各比与门德尔松似乎都失去了这个信仰，因此两者都为狂热主义开门揖盗。狂热主义是思想自由的敌人。只有在我们遵循理性的法则时，才可能有思想自由。试图把自己从理性中“解放”出来，无疑是在抛弃思想的自由。“要理性脱离自己的需要（放弃理性信仰），这个准则是一种不信仰。”这个理性的不信仰是不足取的，并且将导致我行我素或“原则上不再承认任何义务”。我们唯有继续承认理性的优位，使理性成为“俗世的至善，亦即真理最终的试金石”，我们才有资格成为自由的人，而且如此我们才能企求整个时代的启蒙，而不仅是个人的启蒙。门德尔松终究对理性没有足够的信心，而雅各比则全盘否认了理性以接纳信仰。就此而言，正如康德所了解的，他的立场很接近自己的朋友哈曼以及从前的学生赫尔德。康德请求他们，“作为人类的朋友”不要屈服于非理性的恐惧或期待的试炼，而要继续对抗迷信与狂热主义，为启蒙奋斗。但他的呼吁被当成了耳边风，至少他所在意的那些人是如此。惟一可能倾听其见解的门德尔松，甚至已在康德完成这篇文章前就过世了。哈曼、赫尔德、雅各比，以及其他与他们理念相近的人，不仅已放弃了对启蒙的憧憬，而且早已投入寻找新理想的工作。对康德而言如此重要的“客观性”观念，如今成了他们极力要克服的东西。他们的愿景是以诗意自然观来取代单纯科学的或道德的思考。对康德而言，这表示他们已经失去勇气，即将有极大的负面效果。
“何谓在思想中确定方向？”与康德的另一篇文章《关于雅各布对于门德尔松<晨间>的审视的几点意见》有密切的关联。后者是为雅各布于1786年的新作撰写的前言。雅各布在1786年3月向康德探询，谣传中康德将撰写一篇批评门德尔松的文字，是否确有其事。如果答案是否定的，则雅各布将从事这项工作。康德回答他说谣言是错的，并鼓励雅各布积极从事，甚至承诺将贡献一部分的心力。”这篇前言便是兑现了这项承诺。康德似乎是在把“何谓在思想中确定方向？”寄给比斯特的同时，也把前言寄给了雅各布。如此看来，他同时着手撰写这两篇文章。