康德对《关于人类历史哲学的思想》第二部分的书评刊登在1785年11月15日的《大众文学报》。他刚在11月8日取得这本书的稿件，便以极快的速度完成了书评。在前两页里，康德仅仅作了第六卷至第十卷的简述，并指出第十卷无非是赫尔德（《人类最古老的文献》的重复。然后他又指出，第七卷与第八卷中关于种族的描述“择例娴熟、安排洗炼”，并“佐以作者精巧的判断”，同时包含“充满诗意的优雅段落”。但康德只是为一连串的疑问拉开序幕而已：该书洋溢的诗意不是与作者的哲学格格不入吗？“大胆的比喻，诗意的图像与神话的暗示交织在一起，不是像女裙环箍一样遮蔽了思想的主体，而非让它像透过薄纱一样隐隐可见吗？”当然，康德认为它的确被遮蔽了，并且列举了许多实例。他相信，赫尔德如果在举证上更有批判性的保留，对这本书将会有莫大的好处。令康德不悦的，还有赫尔德对于种族概念的排斥，特别是关于“肤色的区别”。对于赫尔德基于古代与人类教育有关的文献的讨论，康德谦称自己不是语言学家，而且只熟悉“自然”，所以没有资格判断，但他继而又对赫尔德反对的几个论点表示支持，康德第一个支持的论点是“人是动物，而且需要主人”。赫尔德在书中称之为“舒适”又“带有恶意”的原理。当然，这是康德在自己的书中接纳的原理。康德说明了为什么他认为这个原理没有恶意，而且是健康的，之后他又讽刺地补充道，“当然这个原理可能出自一个恶人之口”。
比起第一篇书评，赫尔德对这段文字并没有较多的好感。他祈祷说：“愿神让我也渡过此劫。”但康德还没有结束。在1785年，他又在（《柏林月刊》发表了“论人种概念的确定”一文，至少可以部分视为对赫尔德的回应。康德说明了种族的差异必须以遗传特征为准，例如肤色便是。因此，他主张人类总共只有四个种族，即白种人、黄种人、黑种人与红种人。接下来他还主张，除了肤色之外，人类并没有其他必然的遗传特征。对康德而言，这意味着混种的小孩必然接受两个种族的遗传，并且无可避免地将继续把这些特征遗传给自己的小孩。他拒绝不同的种族源自于不同的族系的说法，认为一开始人类都是同宗的，而且在自身当中都同时具有四种可能性，后来分化成种族，是为适应世界各地不同的环境使然，人类并没有种属的差异，只有种族的差异。“白种人不应视为与黑种人不同种属的人，人类之间毕竟没有不同种属可言，这样的假设否定了人类共同的起源。”
赫尔德曾表示，种族的概念没有任何意义。人与人之间的差异是如此“变化多端而且难以确认……不同的颜色彼此融入对方：相貌凸显了遗传的特性；整体而言，一切都只是占有了整个时间与空间的巨幅画卷里的颜料”。奴隶制度没有任何成立的理由，它不仅仅残忍，而且是犯罪的行为。不管人类的差异有多大，最终都仅只是气候所造成的。康德反对赫尔德的看法，并宣称种族的概念有其根据，而且也是有用的（当然，这并不表示他反对赫尔德的结论）。康德再次强调人种之间存在着真实的差异，即使这最终仅仅是肤色的差异。就如他在赫尔德《关于人类历史哲学的思想》第二卷的书评中所说的，这个小小的差异是他与赫尔德之间惟一的歧见。
康德虽然不愿再为赫尔德的《关于人类历史哲学的思想》的续集作评论，却写了一篇文章来讨论与赫尔德有关的问题，亦即“对人类历史起源的推测”，其因缘可以追溯到70年代早期康德与哈曼关于《人类最古老的文献》的通信，但其直接的触媒则是赫尔德《关于人类历史哲学的思想》的第十卷。康德在1785年11月8日把他的文章寄到柏林，由《柏林月刊》在次年元月号中发表。康德认为，关于人类起源的推测之所以有意义，乃是因为在其中可以看见“人类从最初的原始天性中发展出‘自由’的开端”。康德以（《创世记》2—7章作为出发点，表示最早的人必须可以“直立与行走，有语言的能力……甚或可以交谈，亦即使用融贯的概念去谈话，因此也必须能够思考”。康德认为这些能力必须靠后天的努力去获致，但仍然可以予以预设，因为他所关切的只是以伦理学的角度探讨人类的发展。在一开始，人类完全听从他的本能，而且是快乐的。但他“很快地感受到理性的存在”。在想像力的驱使下，他发明了没有任何自然基础的渴望。首先出现了美食的享乐，其次，性的想像与欲望催化了遮羞叶的产生，而且“使人类发展为道德存在的最初诱因，是他的礼节感”。接下来，人可以看见未来的需要，最后他了解了我们是“自然存在的目的”，并且与其他一切动物不同。这样的认识“使人超越了动物”，让他“与一切理性的存在者站在平等的地位，因为他同样有权利要求被视为目的”。在以下的段落里，康德以典型的口吻说：在理性被唤醒之前，没有所谓的诫命和禁忌，因此也没有所谓的违犯。当理性开始工作以后，虽然它还是如此弱小，却尽全力与动物性搏斗，而恶也必然随后产生……从道德的角度来看，那个第一步是个堕落……以自然的角度来看，这个堕落的结果是生命中一连串空前的灾厄，即所谓惩罚。因此，“自然史”的开端是善，因为它是神所创造的，“自由史”的开端则是恶，因为它是人的造作。康德认为这个故事虽然证明了，尽管理性与自由对于个人似乎是有害的，因而有了罪恶，但以整个人类的角度来看，它们却是值得赞叹的。因为“不断增长自己善的能力”是人类的天命。
在结论中，康德提到了某种懂得思考的人才会感觉得到的抑郁，而没有思考的人们却一无所知，亦即“不满于那主宰整个世界的方向的天意”。康德认为，顺从天命是善的开展的必要条件。相反的，责怪命运只会让人们错失改善自己的机会。前述的抑郁表现在对战争的恐惧，对于人生的短促的不满，以及对于不虞匮乏的黄金岁月的渴望。康德试图说明，为什么战争是必然的，生命的短暂于人们是个恩惠，以及为什么黄金岁月不值得渴慕。在这个世界上，表面上看起来严酷的事实，其实是追求善的能力不断淬炼的条件。因此，每一个个人都必须体认到，“他有理由把先祖们的行为视为自己的行为，而且必须对于理性的滥用所造成的恶负起责任”。由于我们的作为可能与先祖们没有两样，因此我们要懂得知足。这个世界并没有由善转为恶，而是由更糟变得更好。
赫尔德当然不能同意。对他而言，“一个野蛮人，爱自己的妻儿……为自己以及自己的部落而辛勤工作，是更加真诚的……而一个有学识的人也可以是虚假的影子，所谓爱全人类其实只是在爱一个幻影，爱一个概念。在野蛮人的茅屋里，任何异邦人都可以有落脚之处，但是悠闲的世界主义者滥情的心里，却是个容不下任何人的茅屋。”赫尔德以前是康德的学生，而现在却成了他的敌人。一个人眼中的进步，在另一个人眼中是堕落，是灭绝人性。而且，赫尔德继续相信他们的冲突是对人不对事的，而康德则认为他只是在尽他做一个人的义务。（《对人类历史起源的推测》里的最后一句话是：“自然赋予每个个人在能力范围内这种进步作出贡献的职责。”或许康德对赫尔德的批评的确掺有个人因素，但即使如此，这个因素也不是像赫尔德认为的那么重要。康德已经开始把自己看作一个政治力量，对人类的进步有确切的贡献。
哈曼并不喜欢康德的“什么是启蒙？”，理由与赫尔德相去无几，而且他继续写文章反驳康德，虽然这些稿件都没有发表。在1785年降临节的第四个星期天写给克劳斯的信里，他问道：“这是什么样的良心呢？一个戴着睡帽坐在壁炉前面绞尽脑汁玄想的人，指控未启蒙者是懦夫，同时却有一队追随者组成的大军盲目接受他的指导，捍卫其神圣不可侵犯性与正统性。一个人怎么可以如此取笑蒙昧之众的怠惰，如果这个英明的指导人甚至不把他们看作机器，而是仅仅把他们视为庞大的概念之下的影子？”令哈曼感到不快的成分，也早已让莱辛感到不快。他在写给尼古拉的信里说：“请不要再告诉我柏林有多么伟大的自由。在那里惟一的自由不过是一个人可以随意写写反对宗教的小册子……告诉我在柏林有哪一号人物胆敢为可怜的臣民争取权利，大声反对剥削与高压统治？这样的人如今在法国与丹麦已经比比皆是，不久之后你将会知道欧洲最奴役而没有自由的国家是哪一个。”对于像康德这种经过“审查”的知识分子而言，腓特烈大帝的普鲁士诚然是个好地方。但它却不是一个生活的好地方。在这种处境之下，康德的文章真是对受害人的侮辱。
虽然哈曼试着原谅康德对待赫尔德的方式，虽然他自己也不完全同意赫尔德的思想，但毕竟他在精神上较接近赫尔德。从1785年以后，哈曼与赫尔德的书信往返已经逐渐减少。这或许不是偶然，但是也不能表示他反对赫尔德的计划。随着与赫尔德的关系的降温，他与雅各比的关系则日趋重要。
三、自然科学的形而上学基础
哈曼于1785年3月28日写信告诉赫尔德说，康德“正在为《柏林月刊》写一篇新文章，讨论自然的形而上学以及物理学。其道德‘基础’也将在复活节书展里出现。他计划反驳加尔弗的附录将不会写成，据说他删节了这份稿件。他目前似乎有腹泻的困扰，而且我担心他会因为作品产量太多而毁了作家的名誉”。确实，康德从1784年春到1786年秋期间的产量的确颇为惊人。他不只完成了《道德形而上学基础》、五篇重要的文章、三篇关于赫尔德《哲学思想》的书评，而且还另外写了两篇短论，为雅各布的《对于门德尔松的<晨间>的审视》作序，以及另外一部专著《自然科学的形而上学基础》。虽然他有长年累积的教学资料可以应用，而且有个抄写员供他差遣，其产品无论在量上与质上都令人诧异。
康德在1785年9月13日的信里表示，他在夏季完成了一本著作，但因为手伤的缘故，该手稿将在他的书桌上留到复活节。这本新作后来的确于复活节出现在莱比锡的书展当中。在9月13日的信中，他说明本书的宗旨如下：在我着手进行从前所承诺的自然形而上学以前，我必须先处理一个仅仅涉及其实际应用的问题，但它还预设了一个经验性的研究，即物体论的形而上学基础，也会在附录里讨论灵魂论的形而上学基础。灵魂论后来被删除了。康德在前言中表示，对于灵魂的经验性知识永远无法成为科学。“因为数学无法应用到内在感知，或也无法处理其法则。”一个对象里面有多少数学，便有多少科学性。因此，以内在感知为基础的灵魂论无法成为（《自然科学的形而上学基础》里面的一部分。
康德认为自己必须写这本书，因为在他的观念里，科学必须有必然的确定性。仅仅具备经验性的确定性是不够的，但是必然的确定性只能是先天的。因此，我们只有“先天地认识了自然法则以后”，才能拥有自然科学，意思是说，“一切真正的科学都需要一个纯粹的部分，以便能建立理性追求的必然的确定性”。这个纯粹的部分只能来自普遍性的思想法则，最终是以范畴为基础。康德的进路也就是书里头的核心概念，也就是在“四个知性概念”下去探讨物质，亦即质、量、关系和模态。是故，这本书分为四个部分，分别涉及运动学、动力学、力学与现象学的形而上学基础。康德以数学的方法去阐述，“即使不是完全照抄……至少是很肖似”。因为这个缘故，该书的四个部分又细分为界说（也许最好翻译成“定义”）、说明、命题、定理与证明。这样的架构使得我们很难摘要叙述该书的论证。
在第一部分中，康德提出了物质、运动、静止、复合运动等概念的定义，并说明以下的原理：“作为可能经验的对象，所有运动皆可以视为物体在静止空间里的运动，或者是物体静止，而空间以等速朝着相反的方向运动。”在此康德所处理的“运动论”，物质被认为是纯粹的运动学，并不考虑运动的“原因”。在把物质定义为“在空间中移动者”的同时，他也借机区分了两种空间：“其一是可移动的，亦即物质的或者相对的空间，其二是一切运动最终指涉的空间……亦即纯粹的或者绝对的空间。”
在第二部分中，康德讨论了动力学的形而上学基础，亦即作为运动原因的“力”。在此，他在“实在”、“否定”与“限制”等范畴的架构里讨论物质的问题。首先他将物质定义为“充满空间的运动物”，并解释“充满空间”的意义乃是“对一切努力以其运动侵入某一确定空间的运动物加以阻抗”。这衍生了定理一：“物质充满一个空间并非通过其单纯的实存，而是通过一种特殊的动力。”接下来的六个界说与七个定理都在说明“形而上学和动力学”的物质概念的结论。例如关于引力与斥力的定义，便是根据该命题得出来的，并认为物质以斥力占据空间（命题二）。然后他又主张物质可以“无限地被压缩”，却是不可透入的（定理三）。他以定理三批评了笛卡尔等人。笛卡尔认为藉物质的扩延可以导出其不可透人性。接着他又想办法证明物质是无限可分的（定理四），引力也是物质存在的必要条件（定理五、六），引力是一个物体直接通过空的空间对另一个物质产生的作用（定理七），而在宇宙里存在着一个无限延伸的本源引力（定理八）。
康德相信自己已经成功证明了所有外感的对象里的实在物，其性质若非单纯的空间性，就“必须视为力”。因此，他也认为自己已经把坚实的或绝对的“不可透人性”的“空的空间理念给逐出自然科学”。由于“以原子论或微粒子哲学为名……的机械的解释方式”，必须依赖绝对不可透入性或者绝对的不可克服性的理念，他相信自己也已经间接否证了它。这个理论虽然“对数学而言十分便利”，从德谟克利特到笛卡尔，也可能一直很有影响力，但是没有任何意义。当然，这个发现对于康德看待牛顿及其追随者的理论的方式带来一些变化。因为这个理论蕴含了原子论的思想，康德必须拒绝牛顿思想的这个侧面。然而康德的“力”的观念又搭上了牛顿思想的另一个侧面，亦即其对于万有引力的坚持。所以康德可以说是在试图澄清牛顿学说的信奉者对自己的误解。