东亚各国的文化联系自来十分密切。进入20世纪，这一地区的政治形势发生重大变化，文化格局随之改观。自朝鲜沦为日本的殖民地后，中朝知识人的往来受到控制。除一部分亡命中国的传统士人和独立运动者，两国的文化交流基本中断。以后外蒙古又宣告独立，政治上附从苏俄，与外界一度隔绝。而中国与日本之间的敌对态势不断强化，使文化交流发生严重阻碍。不过，东亚各国毕竟属于相关文化体系，20世纪20年代至30年代，在政治局势没有根本改变的情况下，由于东亚研究成为国际学术界关注的重心，占据主动地位的日本出于称雄东亚和稳定内部的政治目的以及东西文化差异逐渐显现等原因，又转而鼓吹东方主义。随着研究阵容的加强与扩大以及相关各方政治关系存在空隙的机缘，东亚各国的学术交流一度呈现繁密景象。在重建史实的基础上，可进而探讨其意义。
近代在东亚起支配作用的是积极扩张的日本和与之抗衡的中国，促成交流的动力也主要来自两国，尤其是占据主动地位的日本。德川幕府时期，实行锁国政策，历来深受中国文化影响的日本很少感受到清朝精致的考证学风，其汉学多承明代学术，粗疏扭曲。明治维新以后，不仅对欧美列强敞开大门，中日学者也恢复了联系。清政府派驻日本的使领馆官员何如璋、黄遵宪、黎庶昌、杨守敬、郑孝胥等人，与日本汉学家往还唱和。短期东游的王韬等人，也与日本汉学者有所交往。以后赴日游历者日渐增多，联系日趋频繁广泛。
清末施行新政，全面模仿日本，东渡考察者不绝于途，其中不乏好学之士。严修于1902、1904年两次东渡，相继拜访过尚为《朝日新闻》主笔的内藤虎次郎和东京帝国大学教授井上哲次郎。1903年大阪举行博览会，中国官绅前往观瞻者甚多，不少人曾拜访内藤虎次郎。而日本汉学家如竹添光鸿、冈千仞等先后游华，和俞樾、张濂卿、李慈铭、沈曾植等人结识。不过，日本的传统汉学与近代的中国研究不同，中国的新旧学者也各异，彼此交往前后有别。作为过渡沟通的媒介人物，中国方面主要是杨守敬、陈毅、文廷式、罗振玉等。
1899年9月至1900年3月，任教于武昌两湖书院的陈毅奉湖广总督张之洞之命赴日考察教育及行政状况。陈受教于李文田、梁鼎芬、沈曾植、邹代钧等名宿，“于东洋诸国史传地理盛衰关系，性爱探究。曩致力东胡漠北西域诸史地理，近兼从事西藏滇缅南洋诸岛沿革，间有拙著”。考察期间，他关注日本的东洋史研究，购阅东京帝国大学史学会编辑的《史学杂志》，对白鸟库吉所著《阙特勤碑铭考》、《契丹女真西夏文字考》、《弱水考》等篇，“深服精博”，并拜访了日本史学会评议员、东京高等师范学校教授、东京帝国大学文科大学讲师那珂通世，与之会谈数次，推许那珂通世“识达古今，学贯东西，穷乙部之阃奥，启后学之颛蒙，洵推当代泰斗”。
陈毅归国谒见梁鼎芬、沈曾植时，备述那珂通世学行，“俱不胜钦仰，以不获识面为憾”。那珂通世告以日本缺少元代史料，托其访求李文田、沈曾植等人校著的《元圣武亲征录》、《双溪醉隐集》、《元秘史注》等书。陈毅转请梁鼎芬代觅寄呈，梁“快诺之”，即出所藏《元圣武亲征录》红印及墨印本各一部。其中红印本梁仅藏一部，因喜供异国同好之览，故予割爱。此外还将《春秋释例》、《元儒考略》、《汉儒通义》、《劝学篇》等各样刊本，命陈毅分寄那珂通世及东京帝国大学图书馆。《双溪醉隐集》和《元秘史注》梁氏所藏已尽赠戚友生徒，允诺分别致函刊刻二书的龙凤镳和袁昶索取。“龙、袁二氏所刊书，只赠同好，不肯出售，故各书坊无由获购也。”
此前白鸟库吉著《阙特勤碑铭考》，以未见《双溪醉隐集》为憾，陈毅表示届时当多寄一部给白鸟库吉；并告以“此碑沈师及盛祭酒昱（史学甚精）皆有考，如索得，当亦寄呈。李侍郎及沈师所著书未刊者甚多，当陆续刊行，以资互证。”“沈师尝拟注元汪大渊《岛夷志略》，诚以此书所载南西洋各地，较《诸蕃志》、《岭外代答》、《星槎胜览》、《皇明四裔考》、《西洋朝贡典录》诸书加详，且书成元代，握唐宋明之中枢，苟疏此书，则唐宋明诸家史志所载，自不繁言而解。”沈曾植嘱陈毅注释，陈以近时南洋详细图志无多，一时难以完成，托那珂通世访求日本出版的《寰瀛水路志》自己所缺各卷；又因“白鸟学士著述，闻罗马东洋学会深加赞美，故亟思一读”，请那珂通世代觅其未见或见而不全的白鸟库吉所撰《朝鲜古代地名考》、《朝鲜古代诸国名称考》、《匈奴及东胡诸族言语考》等论文。此外，陈毅从《史学杂志》获悉东京帝国大学坪井九马三教授1900年代表日本出席在罗马举行的世界东方学会第12次大会时演说《岭外代答》，推测当涉及木兰皮国一条，请那珂通世于坪井九马三归国后，“转述所闻，赐教以拓眼界”。
此函传达的信息相当丰富，《史学杂志》全文刊登这一私人函件，正是因为它反映了中日两国学术界的状况及相互看法，从中可见：一、该杂志在中国学者中的身价，二、中国学者对于坪井九马三、那珂通世、白鸟库吉的赞誉和期望，三、中国士人的笃学，四、中国学者的东洋史研究概况。更重要的是表明日本东洋学在开始阶段也得到中国同好的帮助。1902年2月，陈毅再度奉张之洞之命赴日考察教育，滞留三个月，与那珂通世、内藤虎次郎等多有往还，临别那珂通世还到新桥车站送行。
陈毅归国后，除向张之洞鼓吹应当重视国民教育以及模仿日本先例，聘请日籍教员推广师范学校，以谋教育之普及外，继续就史地研究与日本学者进行交流。这时他得到张之洞的嘉许，赞襄两湖总师范学堂，遂托赴日留学的师范生卢弼将西北地图94幅送呈那珂通世。这些地图由当时中国最精地理学的邹代钧据俄国本译刻，详于西伯利亚、中亚及中俄交界之地，陈毅以为：“目下亚东时局日棘，先生夙究心东洋之学，当乐观也。”并告以尚有中国各省及世界各国地图共700余幅，正在刊刻之中；“宋徐霆《黑鞑事略》已在江宁觅得，明嘉靖抄本，约二十余页。霆于元太宗时亲使蒙古，所记蒙古风俗等事，得诸亲见。其亲见成吉思汗墓在胪句河侧，尤可珍贵者也。顷已托人抄写，稍缓即寄呈也。”他曾将此行所获日本史学界近况函告沈曾植，关心那珂通世刊刻《元圣武亲征录》之事的进展，并托那珂代觅东京帝国大学文法科的中国法制史讲义，以供专心此学的两湖书院分教陈庆年（善馀）参考；请那珂通世详告东京帝国大学汉学科史学科各科目讲义的目录次序。
1899年，文廷式为躲避戊戌党祸，桴海东渡，先与内藤虎次郎等人诗酒唱和，偶谈及元史，内藤虎次郎知文氏藏有蒙古文《元朝秘史》，即托其影抄一部。文廷式告以“余平生莫逆二人，一李文田，一盛昱。今皆已归道山矣”。所藏蒙古文《元朝秘史》，即借盛昱藏本，与李文田各影写一通。文廷式与沈曾植等人交善，亦喜乙部之学，他听说那珂通世精通东洋历史，托内藤虎次郎引介。那珂通世得知文廷式为清国有数的历史家，名声颇高，又藏有珍本文籍，爽快答应。1900年3月17日，和白鸟库吉、桑原骘藏一起，与文廷式会晤，笔谈半日，就和林访古图及景教流行中国碑彼此交换意见，表示希望看到蒙古文《元朝秘史》，恳嘱文廷式寄送抄本，并与文氏相约归国后同心呼应，以图斯学发达。
文廷式归国后，适逢义和团之变，又卷入中国国会和兴中会的密谋，直到风波过后，才于1901年底将一部抄本寄送内藤虎次郎。其于书首记述此书流传及此事缘起道：“此书为钱辛楣先生藏本，后归张石洲，辗转归宗室伯羲祭酒。余于乙酉冬借得，与顺德李侍郎各录写一部，于是海内始有三部。其中部落之名，同功之将帅，汉文刊落者太多，得此可补其阙。又元时蒙文，今无解者，故元碑多不可读。若用此书合陈元靓《事林广记》、陶南村《书史会要》各书，互证音译，或犹可得十之三四乎。日本内藤炳卿熟读我邦经史，却特一代，尤所留意，余故特抄此册奉寄，愿与那珂通世君详稽发明，转以益我，不胜幸甚。”
中国学者的协助，对于尚在草创中的日本东洋学以积极推动。近代日本的中国研究，以东京的东洋学和京都的支那学为代表，与传统汉学明显有别。而那珂通世是东洋学的重要创始人。1894年，他在关于中等学校学科设置的研讨会上首先提出，历史科的外国历史应分为西洋、东洋两大部，得到与会者的赞成，是为东洋史成为一科目的发端。1897年，文部省召开的夏期讲习会分成日本、东洋、西洋三科，正式认可三分法，由那珂通世担任东洋历史讲师。该科目的重要内容之一，是以中国历代兴亡为主，说明东亚诸国以及汉、突厥、女真、蒙古等民族的盛衰消长，蒙元史自然成为研究的重点。
日本的传统汉学，受朱舜水的影响极深，多宗明代王学末流，罕知清代朴学新风。明治以后，发展教育，引进洋才，史学一科学习德国，东洋研究也受欧洲汉学影响。此前那珂通世著《支那通史》，即仔细阅读参考留学欧美的三宅米吉带回的欧洲诸家关于东洋著书数十种。不过，当时欧洲汉学尚未进入正轨，成就远不能与20世纪相比。而中国方面，自海通以来，边疆史地之学兴起，其间虽经太平天国的震荡，乾嘉朴学几乎中绝，但在所谓同光中兴后，考据正统复活。“光绪初元，京师士夫以文史书画金石古器相尚，竞扬榷翁大兴、阮仪征之余绪。”其中史地金石一脉，特重西北史地。尤其有京师士林之“厨”之称的国子监祭酒盛昱等人为之提倡，盛著《阙特勤碑跋》，“门下之士多留意于蒙古史地之学”。虽然鲜有博通域外语文及掌握各种新出史料者，毕竟于中文文献发掘甚多，且能运用蒙古、俄文资料。
那珂通世收到陈毅寄来的《元圣武亲征录》，即遵所嘱，欲刊刻发表。陈建议刊于《史学杂志》，那珂通世与白鸟库吉等商议，决定作为史学会丛书的一种出版。后来那珂通世以为何秋涛、张穆、李文田、沈曾植等人的注释尚有未尽之处，着手增补，又据蒙古文《元朝秘史》修改，用功数年，成《校正增注元亲征录》。对于文廷式寄赠的蒙古文《元朝秘史》，那珂通世也与东京高等师范学校及早稻田大学藏本相互参证，译著为《成吉思汗实录》。那珂通世号称日本蒙元史研究的一代大家，很大程度上是凝聚了中日两国学术前锋的精华而得以成就。
至于京都支那学的形成发展，与中国学者的关系更为密切。其主帅内藤虎次郎和狩野直喜均多次来华，与中国学者广泛交往。内藤虎次郎原来是记者，进入京都大学文科前，于1899、1902、1905年几度来华，遍游大江南北。而赴日游历的中国人士也往往前往拜访，因而与文廷式、罗振玉、曹廷杰、刘鹗、夏曾佑、陈毅、张元济、严修等人结识，尤其推崇沈曾植，认为是对整个中国学问通达有识的伟人。狩野直喜从1901年留学上海时起，即与罗振玉结识，并与沈曾植、郑孝胥、陈毅等人往来。1910年，内藤虎次郎、狩野直喜、小川琢治、滨田耕作、富冈谦藏等人来华考察学术，除调查敦煌文献外，还与王国维等就戏曲研究交换了看法，与端方、徐枋、宝熙等人订交。
辛亥以后，罗振玉、王国维等人避祸东瀛，与京都的学者长期交往，彼此影响。其时京都的戏曲小说研究盛极一时，发端虽然由于欧洲汉学的影响，但王国维此时出版的相关著作不无推动作用。
此外，罗振玉、王国维等人全力研究甲骨文，对日本学术界亦有所刺激。甲骨文发现之初，伪物甚多，日本学者中虽有人较早从事此项研究，如林泰辅等，但东京方面怀疑论者占上风，研究者逐渐减少。呼应罗、王的努力，内藤虎次郎撰写了《王亥考》，成为日本以甲骨文证上古史的重要著述。
中日两国相互影响深远的还有古籍收集保存和版本目录学。明治以前，日本收藏汉籍，仅知宝贵唐卷子本，而四部之中，唯注意于经子。自杨守敬到日本访求翻刻中土佚籍，日本人士始重宋元版。20世纪后，随着日本国力增强，教育发展以及注重东亚文化，注意收求汉籍。尤其是1906年日本岩崎氏收购了陆氏皕宋楼、十万卷楼、守先阁之书，存于静嘉堂文库，刺激学界书商重视史部和集部，“频年日本书估辇重金来都下，踵项相望”。文求堂主人田中庆太郎甚至在北京设立分店，专门收购汉籍，运回日本出售。经过义和团的震荡，中国社会剧烈变化，加上清政府推行新政，旧籍为世人蔑视，著名藏书如铁琴铜剑楼、海源阁、八千卷楼、艺风楼等，均有朝不保夕之虑，而为日本书商觊觎染指。
日本骤然获得大量汉籍，原有知识显然不足，因而多借重中国的版本目录学者。1902年董康客居京都，与汉学名宿神田香岩结交。1906年夏董康再游日本，延聘商法教师，与管理静嘉堂文库的岛田瀚结识，岛田瀚为日本汉学名家之后，耆儒竹添光鸿的门人，“少年校书中秘，以故精校勘之学”，皕宋楼藏书捆载东去，即因其1906年初游历江南，破例数登楼尽读所藏，遂极力撮合而成。董康侨寓东京小石川的松叶旅馆月余，“彦桢频来寓所，析疑质难，无虚日”，相互交换稀见古籍。时岛田瀚被同人倾轧，欲辞职来华。董康遂推荐给负责新设江南图书馆的缪荃孙，认为：“如得此君襄助其间，一则可杜旧书之外溢，一则可将唐宋轶出之秘册稍稍收辑，于国粹前途获益良多，且所需甚廉，实优于延聘寻常科学教授万万。又安知东西两京名刹故家之旧藏，不尽为我所奄有，以为皕宋楼之报复也。”
湖南名宿叶德辉也与竹添光鸿通问订交，并为岛田瀚所推重。岛田瀚精于目录之学，于中土人士多致讥讽，独于叶氏“诚服无间”。而叶认为：“岛田少年劬学，可敬可畏。闻日本友人言，其求书行境兼有伯羲祭酒、杨惺翁之长；屡言渠若来湘，凡秘书珍物切勿令其假借。想其在彼国，人皆畏之，不独中人箸书皆办海防也。”
日方的古籍抢购之风，引起中国士林的极大关注。董康译载岛田瀚《皕宋楼藏书源流考并购获本末》特加跋语，一刻成名。沈曾植读了董康寄来的“东人得皕宋书纪事一篇，阅之数日作恶。闻铁琴铜剑行且继往，江左有人，得不豫为作计乎？”但当时公私两面或实力不足，或重视不够。皕宋楼藏书，商务印书馆曾开价8万谋购，不成；张元济劝学部尚书荣庆拨款购入，以为京师图书馆基础，亦无下文。以后张元济等人积极设法保护丁氏八千卷楼和海源阁藏书，“不可拍卖，恐日本人来出重价”，“切勿任意流入东瀛”。
不过，张元济与日本汉学家也多有交往。商务印书馆为了编辑教科书而聘用的日本专家中，长尾甲即为京都支那学的同道。年轻时他曾拜访清朝驻日公使黎庶昌，以“寒士惯寒，那怕衣单”应对黎氏的问候，令后者刮目相看。以后又与近代诗坛骁将郑孝胥交游。任职商务印书馆期间，他结识了不少学者文士。归国后虽然未在大学任教，但作为在野的处士，与内藤虎次郎、狩野直喜同样主张改变日本传统汉学的粗疏和歪曲，按照同时代中国人的观念与基础治中国学问，尤其擅长中国书画和清诗。