明治维新以后，日本的教育及学术仿从欧洲，一度欧化盛行。从19世纪80年代起，在国粹主义兴起的背景下，新兴的东洋研究逐渐形成，而且一开始就与旧式汉学明显区别。据《东亚学会杂志》创刊号所论，当时汉学研究的新气象有三：一、赴现地直接观察研究，二、不以崇奉心而以批评精神研究汉籍，三、提倡结合学习法律、音乐等专门知识和方法论研究汉籍。受此影响，大学以外的爱好者如内藤虎次郎、古城贞吉、藤田丰八、稻叶岩吉等相继来华。
1892年7月，由帝国大学汉书课毕业，任学习院大学教授的市村瓒次郎来华调查史迹。1902年，日本史学会会员长井行利用暑假到中国山东调查研究金石遗物。东京帝国大学鸟居龙藏以研究苗族与台湾土著的关系为目的，只身深入湖南、云南、贵州、四川的偏远地区进行调查，历时7个半月。1903年2月，改任东京帝国大学文科大学助教授的市村瓒次郎为研究中国历史，到上海、汉口、信阳、洛阳、潼关、西安、蓝田、襄阳、荆州等地游历3个月。专攻中国文学史的东京帝国大学研究生盐谷温也利用暑假来华考察社会风俗人情。他们虽然未与中国学者交往，但对日本的中国研究却刺激不小。市村瓒次郎助教授归国后，在法文科大学举行公开演讲会，讲演长安、洛阳的地势及其古迹遗物，预计听众为数十人，不料入场者达500名之众，宽敞的教室内座无虚席，许多人只好站立，而续来者络绎不绝，主持者不得不谢绝入场，为东京帝国大学史学会空前未有的盛况。
随着东京东洋学和京都支那学的形成发展，在帝国大学扩建、东方主义兴盛以及日本政府推行大陆政策的交相作用下，日本的东亚研究阵容迅速扩大，来华考察游历的学者日益增多，与中国的学术联系交流得到加强。蔡元培接掌北京大学后，提倡学术研究，引起东瀛学者的注意。1918年5月，东京高等师范学校教授林泰辅及该校教谕诸桥辙次到北大参观，旁听了崔適、马叙伦、朱宗莱、吴梅、黄节等人“史记探源”、“庄子”、“学术文”、“近世文学史”、“中国史学通义”等课程，并与校长蔡元培，文科学长陈独秀，教授陈汉章、黄节、马叙伦等就哲学、文学颇有所讨论。接着又参观了北京高等师范学校。1921年10月，日本学习院教授小柳司气太及中川兵三郎也到北大参观。
此后，日本东方学者来华考察几乎成为定制，不仅各帝国大学中国文史哲及政治、经济、社会等科的教师，连各专门学校甚至高等学校教师也陆续来华，相关研究人员绝足中土者几无其人，不少人还多次来游。常盘大定为考察佛教文化遗迹8次来华。后藤朝太郎到1926年即来华20余次，足迹遍及大江南北，接触社会各阶层。考察的主要目标，为出土器物、珍稀图书、宗教建筑及艺术、地理环境、风俗民情等。
随着研究的发展和来往的增多，日本学者来华不仅考察游历，还积极与中国学者进行接触，以便观赏公私所藏古物图籍。如后藤朝太郎1918年来华目的有三：一是拜访江南及徽州的金石音韵学家，二是调查殷墟甲骨出土之地，三是了解各地风俗民情以研究现代中国。他在上海先后会见了吴昌硕、王一亭、胡光炜、曾熙等旧学者，就古铜器、甲骨文等事有所请益。他对中国唯有前清老儒硕学的状况感到担忧，希望在保护旧学者的同时，涌现出新兴学者，以活跃学界及社会空气。1920年他第4次到中国游历，相继考察了东北、北京、大同等地的名胜古迹和风俗民情，拜访了北京的林万里、陈忠恕，天津的罗振玉、方若，观赏所藏历代印章印谱、龟甲兽骨、古泉瓦当、端砚书画及瓷器等，还曾设法与端方家族联系，欲观看其严密收藏的国宝彝器毛公鼎。
不仅教授专家如此，从20世纪20年代后半起，连研究生甚至本科生在学期间也组织参观团，前来中国进行实地考察。1929年8月，东京帝国大学旅行团一行15人由团长长泽规矩也率领，到中国进行为期一个月的考察活动，团员多为东京帝国大学哲学、文学两系的高年级生，其间曾参观北京大学和北平图书馆。1931年东京帝国大学以助教授高田真治为团长的见学团，除了游览北京的风景名胜，还参观了各大学、研究机构及图书馆，其间得到燕京大学容庚，清华大学杨树达，北京大学钱稻孙、沈兼士、刘复、程衡、魏建功，中央研究院历史语言研究所董作宾，孔德学校马廉等人的热情接待，并拜访了胡玉缙、柯劭忞等老儒。在中国学者的帮助下，他们得以观看各校所藏图书以及殷墟出土的甲骨器物。与之同时来访的还有九州帝国大学中国学研究的同人。
1933年秋，东方文化学院京都研究所的冢本善隆、能田忠亮、小川茂树、长广敏雄、森鹿三等5名研究员组团游历华北，风景名胜之外，参观了故宫博物院、北平图书馆、古物陈列所、北平研究院博物馆、地质调查所、历史博物馆、国剧协会国剧陈列馆、清华大学图书馆、燕京大学图书馆及北京大学的明清史料整理室和考古学研究室，拜访了傅增湘、傅惜华，观看所藏北宋大字本《史记集解》，南宋初刊《水经注》、王国维手校《水经注》、俗曲曲谱等。与之同时来游的有东京文化研究所的仁井田陞、阿部、青山定雄，京都大学文学部的小川环树、桂太郎、滨一卫，东北帝国大学的曾我部静雄等。
1936年春，京都文化研究所研究员水野清一、长广敏雄以及嘱托羽馆易3人赴华北调查史迹，同所的梅原末治、内藤乾吉则到上海、天津、河南等地调查文物古籍，得到北平研究院考古组主任徐炳昶（旭生），史语所傅斯年、李济、梁思永、董作宾等人的帮助款待。
由于日本推行大陆政策，中国对其战略意义大为加重，政府和民间组织相继在华设立长期研究机构，其中与学术关系较密切者如三井会社中国研究室，东方文化事业总会及其北平人文研究所。主持三井会社中国研究室的今关寿麿自1918年来华，到1931年归国，在北京十余年，每年巡游大江南北，与新旧各派学者如熊希龄、陈宝琛、金绍城、董康、陈三立、蔡元培、胡适、陈衡恪、康有为、黄侃、章炳麟、沈曾植、郑孝胥、李宣龚、吴昌硕、鲁迅、完颜景贤、梁启超、戴季陶、于右任、邹鲁等相识。1922年曾撰写关于中国现代学术界状况的小册子，分别概述中国南北中各地的新旧学派。1931年又据以扩展为《近代支那の学艺》（东京，民友社，1931）的专书。
东方文化事业总会及其北平人文研究所，虽是中日双方合办，驻所办事的实际是桥川时雄和图书馆主任杉村勇造。桥川时雄与今关寿麿同年来华，此后一直住在中国，直到日本战败才被迫归国。今关寿麿好诗，与诗人文士周旋较多，桥川时雄的结交面更为广泛。他在北京相继任职于共同通信社、大和俱乐部及《顺天时报》社，经有贺长雄介绍，通过蔡元培和陈独秀，到北京大学听课，认识吴虞、黄节、胡适、李大钊、鲁迅、周作人、梁启超、伦明、林损等，并与旧学者如辜鸿铭、江瀚、樊增祥、陈宝琛、柯劭忞、杨锺羲等结识，又认识了马裕藻（幼渔）、马衡、马廉、杨树达、王国维、陈寅恪、吴宓、吴承仕、孙人和等。后来他创办《文字同盟》杂志，为爱好古代文化的中日同人开辟园地，用两种文字刊登两国文化人的消息，颇受推重。其“与中国学者交游之广，堪称现代第一人”。“凡故都耆宿，新学英流，靡不倾身延接，气谊殷拳，而吾国人士亦多乐与订交。”他根据资料及亲身接触编写成《中国文化界人物总鉴》，“取近代人士凡学问文章才艺技能有名于时者都四千六百人，人为之传”，“所录诸人，颇多亲接”。因此，后来日本学者学生想访问中国学者时，总是由桥川时雄等人引荐介绍。
研究中国道教的小柳司气太、研究中国封建制度及政治思想史的中江丑吉、研究日本和中国法制史的泷川政次郎等人，也长期在华从事研究调查活动，与中国各界人士广泛交游，小柳司气太仅北京白云观就访问了17次。
据杨树达、吴虞、周作人、鲁迅、张元济、郑孝胥、太虚等人的日记年谱等资料，20世纪20年代至30年代接待的来访日本学者（留学生除外）有小柳司气太、今西龙、市村瓒次郎、滨田耕作、高桥亨、原田淑人、桥川时雄、诸桥辙次、狩野直喜、服部宇之吉、盐谷温、儿岛献吉郎、小平总治、长泽规矩也、原富男、吉川幸次郎、林盛逵、真武直、目加田诚、本多龙城、高田真治、冈崎文夫、神田喜一郎、青木正儿、大村西崖、那波利贞、今关寿麿、藤冢邻、竹田复、田边尚雄、泽村专太郎、辛岛晓、水野胜邦、铃木大拙、铃木吉武、细田谦藏、平野彦次郎、木村泰贤、稻田圆成等。而中方参与的学者包括张凤举、徐耀辰、沈士远、马裕藻、马衡、马廉、单丕、刘复、钱稻孙、徐炳昶、沈尹默、沈兼士、陈百年、朱希祖、陈垣、顾孟馀、蒋梦麟、吴虞、张贻惠、陈寅恪、林砺儒、陈映广、容庚、伦明、江瀚、曾仲鲁等。
由于熟悉了解中国学术界的状况，不仅聚集于北京和江南等人文渊薮的学者受到日本学人的注视，一些相对较偏远地方的耆宿也有前来问学者。闲居闽南故里的陈衍，先后接待过台北大学教授久保得二、饭沼龙远和助教授神田喜一郎。其门人叶长青先后任教于厦门大学、金陵大学，曾与铃木虎雄书信论学。隐居青岛的劳乃宣，则见过林泰辅。湖南的叶德辉先后接待过来访的宇野哲人、高濑武次郎、铃木虎雄、诸桥辙次、后藤朝太郎等人。就连曾将日本汉学贬得一钱不值的章炳麟，也几度与桥川时雄及一些专程来华调查学术状况的日本人士会晤。
20世纪20年代，日本借退还庚款之名举办东方文化事业，引起中国各地各界人士的极大关注，长期交涉竞争，纷纷加强对日本的注视和交流。以此为契机，在政治与学术关怀的交相作用下，中日两国学者积极发展合作组织，如东方学会、中日学术协会、东方考古学协会等。东方学会成立于1923年，发起者为王秉恩、柯劭忞、陈三立、辜鸿铭、叶尔恺、郑孝胥、朱祖谋、陶葆廉、李孺、章钰、宝熙、王季烈、张美翊、徐乃昌、陈曾矩、陈毅、金梁、刘承幹、王国维、罗振玉等。筹议之际，曾公宴中外名人，如铎尔孟、钢和泰、尉礼贤、福开森等，徐森玉、沈兼士也出席。该会声称发起动机之一，是鉴于近来学术团体“或偏于学，或偏于艺，或重纯粹的研究，或重实际的运动，不是标准太高，就是限制过严”，欲救此弊，应当“一面注重纯粹的探讨，一面又努力实际的进行，不但要砥砺彼此的人格，而且要改造四周的环境”。而其目的，是要改变“中国兴学以来，数十年的光阴，大半花掉在‘保存国粹’和‘贩卖洋货’两种工作上面”的状况，“努力脱离过渡的时期，赶上创造的领域去”。
关于东方学会，或认为发端于尉礼贤，原想联合中德双方共同创办，宗旨为沟通东西方，特别注重将中国传统文化和西方现代科学联系起来，因此计划设伦理宗教部和科学部，尉氏是参与其事的唯一一位外国人，也是负责具体工作的联络人。但该会与日本不无渊源关系。是年6月，日本中东协会会长宫川一贯来华，与郑孝胥等讨论中国排日甚烈，势必发生战争，希望“与中国学者、商人暗中联络，使战后易于修好”，并劝郑赴日一游。郑为其谋划平息排日风潮的办法，其亲信大七随即访日。不久，日本对支文化事业部的冈部长景又来晤谈中日文化联合事，郑主张“先设报馆，集中日学者，揭孔孟之道，因以阐扬旧学，始热”。所以郑孝胥接到东方学会简章，即推测“必西京之狩野、内藤以大七游日事告知罗叔蕴，故有此响应之举”。
中日学术协会的发起与日本东方文化事业的关系更为直接，简直就是后者的派生物。该会成立于1923年10月14日，起因为北京大学校方召集任教于北大文科的留日出身的教授，如陈百年、张凤举、马裕藻、周作人、沈兼士、朱希祖以及在京都大学进修过的沈尹默等，商议日本对华文化事业。是年3月13日，周作人、张凤举前往日本公使馆找吉田参事官晤谈。刚好这时日本国学院大学教授田边尚雄、京都大学教授今西龙、东京帝国大学教授泽村专太郎等人相继来北大讲学或研究，与北大教授常有交流应酬，显示了北大在中日学术交流中作为国立首席大学的重要地位。
9月，北大诸人与担任北洋政府军事顾问的著名“支那通”坂西利八郎中将及土肥原少佐相识，商议组织中日学术协会。中方以张凤举为干事，日方以坂西利八郎为干事，规定每月开常会一次。其实日方成员均非学者，其目的也不在于学术，而是鉴于北洋政府无望，想争取与国民党有渊源者搭桥过渡，以便与新政权接洽，将来谈判时保留日俄战争所取得的权利。所以坂西利八郎在成立会上说：“我们怎么配说学术二字，但是招牌却不得不这样挂。”在此名义下，北京大学与日本教育视察团团长汤原、服部宇之吉及对支文化部的朝冈健等人多次会谈文化事业。可惜日方醉翁之意不在酒，后来因形势发生变化，对北大失去兴趣，该会活动维持了约一年时间，无形停顿，硕果仅存的只有由日方出资、北大出人合办的天津中日学院。
20世纪20年代起，中国学术研究机构随教育发展而增多，与日本学术界的交往由原来以学者个人名义进行，逐渐变为有组织进行，如互赠书刊，邀请讲学。与北京大学国学门交换刊物的有东亚协会、日本考古协会、京都文学会、日本东洋协会学术调查部等。1922年底，京都大学文学部史学科教授今西龙由文部省派来中国研究史学一年，北京大学趁机请其担任朝鲜史特别讲演，并聘为北大国学门考古学通信员。在华期间，除讲授朝鲜史外，还分别为北大研究所国学门和史学会演讲“关于中国考古学之我见”及“中国历史里边的古文书学”。
1923年，东京帝国大学教授泽村专太郎、国学院大学教授田边尚雄来华，在北京大学等处讲演“东洋美术的精神”及“中国古代音乐之世界的价值”，北大国学门也聘请泽村专太郎为通信员。今西龙和泽村专太郎还参加过国学门的活动。而东洋音乐史权威田边尚雄据说是“在中国学术讲演中，与人铭感最深的日本学者”之一。他一面演讲，一面播放自己携带的中国古乐唱片，其中有《兰陵王破阵曲》、《武德太平乐》、《春莺啭》、《边城乐》、《越殿乐》、《胡饮酒》等古曲，很受听众欢迎。1925年1月，来华考察的东京美术学校教授大村西崖应邀在北大国学门讲演“风俗品的研究与古美术品的关系”。此后，市村瓒次郎、滨田耕作、原田淑人相继到北大、清华等校以及广东的大学讲演，颇受欢迎。原田淑人是另一位给中国学人留下深刻印象的讲演者，1930年他在北大、清华举行系列讲演“从考古学上看古代中日文化关系”时，因前来听讲的学生人数太多，不得不换到大教室。
五四新文化运动和20世纪20年代高等教育的加速发展，为归国留学生提供了任教的机会，而留日出身者在其中占有重要位置。这一方面强化了中国学术界对日本相关学科的关注了解，另一方面有助于日本学人的来华考察求学活动。北京大学文史学科中留日出身者人多势众，与日本学术界联系的繁密程度也十分突出。早在1916年铃木虎雄留学北京时，北大文科学长夏锡祺就是京都文科大学毕业生，他留学时京都大学的文科学长刚好是中国学派创始人之一的狩野直喜。在夏的关照下，铃木虎雄的活动得到很大的便利。清华大学的杨树达留学京都第三高等学校，而北师大的王桐龄在东京帝国大学留学十余年，与该校的中国研究者十分熟悉。这种渊源关系在中日学术交往中发生作用，来访者辗转相托，接待者则涌泉相报。20世纪20年代与30年代之交，中国甚至出现了日本研究热，大学图书馆内的日文图书杂志极多。正是在这样的背景下，1925年北京大学筹备成立东方文学系。
清末赴日本与汉学家交往的中国士人，多是借游历考察之便的业余爱好，间有专程访书者，而问学则几无其人。入于民国，日本的东亚研究国际声誉日隆，风气逐渐改变。1908年和1917年，陈垣两度赴日本访求中国医学及中外宗教关系史书籍，遍游东西两京及大阪、奈良。其间与日本学者有所交往，并开始关注日本的中国研究。第一次访日时，在医史学家富士川游博士家见到多纪元胤（号柳沜，卒于1823年）所著《医籍考》，认为“精审无比。道光以前中国医籍搜罗殆遍，为医史学一巨著，中国人未之先也”。推许其人为“日本医史学界之钱竹汀”。对于富士川游所撰《日本医学史》巨著，也赞为“考据精详，条理缜密，为东方医史界空前杰作”。第二次访日，则得知所著《元也里可温考》颇为日本学者欢迎。
从20世纪20年代起，中国前往日本访书、考察和交流的学者不绝于途，一些人还多次东渡，如董康至少先后8次到日本。北京大学的沈尹默、高一涵、陈源，北平图书馆的孙楷第，清华的刘文典以及傅增湘、伦明等相继赴日本访书、游历或进修，与东西两京学者交往。1925年，太虚率团参加在日本召开的东亚佛教大会，先后访问东京、立正、大谷、龙谷、临济等大学，与研究佛教的知名教授南条文雄、井上圆了、村上专精、大内青峦、高楠顺次郎、铃木大拙、渡边海旭、常盘大定、木村泰贤、金山穆韶等晤谈。1928年郑孝胥访日，主要目的虽不在学术，但也与东西两京学者如内藤虎次郎、狩野直喜、长尾甲、高濑武次郎、安井小太郎、古城贞吉、盐谷温、小柳司气太、今关天彭等交往。
日本东方文化事业总会北平人文研究所成立后，决定向日本派遣研究员，1929年定额为7名，同时还补助中国学者前往日本旅行。1930年6月，杨树达等一行5人即以此名义赴日，参观了八幡、别府、大阪、奈良、京都、名古屋、东京的名胜古迹，与京都大学、同志社大学、大冢文理科大学、东京帝国大学、东京文理科大学、二松学舍大学、学习院大学、庆应大学、女高师、第一高等学校、陆军学校、东洋文库、内阁文库以及斯文会的学者如狩野直喜、长泽规矩也、石田干之助、盐谷温、诸桥辙次、古城贞吉、服部宇之吉、宇野哲人、中山久四郎、小柳司气太、阪岛忠夫、山田准庆、前川三郎、高田真治、平野彦次郎、寺田范三、细田谦藏、佐久节、竹田复、山本邦彦等交往。同年伦明应斯文会邀请，到东京帮助鉴定古籍。1934年7月，周作人、徐耀辰访日，主要与东京文化研究所的日本学者交往。
中国的学术机构或团体也组织和鼓励学者赴日游历。如中华学艺社到1930年已组织7次学术视察团赴日考察，其中社会人文科学3次。1928年10月，张元济等人作为中华学艺社第5次学术视察团代表，东渡出席日本学术协会第4届大会，与东西两京学者如内藤虎次郎、狩野直喜、长泽规矩也、诸桥辙次、服部宇之吉、宇野哲人、盐谷温等往还。1930年6月，陈中凡等一行5人作为该社第7次视察团赴日考察教育，其间曾与狩野直喜、盐谷温等晤面。
辛亥以后，中国政局动荡，一些学者以日本为流亡之地。民初罗振玉、王国维、董康等人侨寓京都，结识京都学派的长老新进。1927年董康因政坛失足，再度避祸东瀛，与内藤虎次郎、狩野直喜、神田喜次郎、铃木虎雄、吉川幸次郎、仓石武四郎、石田干之助、盐谷温、稻叶岩吉以及书商田中庆太郎交游。郭沫若在大革命失败后流亡日本，用唯物史观以甲骨金石研究上古史，得到田中庆太郎、石田干之助、梅原末治、原田淑人、市村瓒次郎、古城贞吉、诸桥辙次、国分青崖、小室翠云、藤原楚水、河井荃庐、涩泽青花、土屋久泰、内藤虎次郎、林泰辅、中村不折、仁贺保香城、平井四郎等人的帮助。
以京都研究所为例，20世纪30年代在中日关系已经进一步恶化的情况下，相继接待的中国来访学者有1931年北平东方文化事业总会北平人文研究所研究员江瀚、胡玉缙，1934年同会研究员杨锺羲，由东京中国法制研究会招聘于1933年秋到日本的董康，1935年北平图书馆金石研究室刘节，1937年中央研究院经济研究所梁方仲等。访问东京的中国学者为数更多。日方成立的日华学会作用之一，便是招待来往的中国学人。所以吉川幸次郎称此为两国学术界联系最密切的时期。