1927年4月，京城帝国大学法文学部聘请魏建功为讲师，教授中国语上下级。魏先后就读于北京大学预科俄文班和国文系，毕业后进入国学门读研究生，治语言学。早期在整理国故中相当活跃，尚在本科生期间，就参与了整理清代内阁档案和《一切经音义》的工作，以后又在国学门编辑专门书目中负责方言书目部分，参加国学门的整理档案会、方言调查会、歌谣研究会、风俗调查会等学术组织的活动，关于歌谣、古音、古史研究等发表了不少著述，如《古阴阳入三声考》、《戴东原年谱》（载《国学季刊》，第2卷第2、3号）、《吴歌声韵类》、《到底怎么样》、《新史料与旧心理》（载《北京大学研究所国学门周刊》，第1、3、15、16期），同时又是新文学运动的积极参与者。后长期任教于北京大学，一度担任《国学季刊》编辑主任，20世纪50年代担任过副校长。他在京城帝国大学任教一年余，其间以《侨韩琐谈》为题，撰写了大量观感杂记，寄回中国发表，从这些重要信息中，可见这一时期中国知识人对韩日中关系的观念态度。
魏建功关注的问题主要在两方面，其一，朝鲜亡国的原因和中国应当吸取的教训，其二，中韩关系的状况与未来。
作为新文化运动的鼓动参与者，魏建功对朝鲜亡国原因的探讨，很自然地与中朝文化交流史相联系。在韩期间，他阅读史籍，考察遗物，认识逐渐深入。到汉城之初，他便阅读了朴趾源的《热河日记》，从其中第一种《渡江录·小序》获得两种印象，“1.朝鲜人的笃旧安素；2.无抵抗者的悲歌当哭。”“从第一点看来，我很替我们自家担忧；这种自取灭亡之道实在可怕，并非朝鲜人单独如此，黄帝子孙皆禀赋几分被压迫的根性也！第二点，可怜之外，总该还有几分可敬，至少可以算是在‘撒种’，不过往往像小孩子们‘打你不过，唾你或骂你两下’的‘撒娇’似的意味；虽是无抵抗者的无可奈何，终觉是一件怯懦无勇的衰弱病，阿Q的‘总算被儿子打了’的精神亦复在神明华胄的生命里存着呢！”
以后他进一步观察体验，觉得“朝鲜人的思想与生活几于是整个的儒教化”，不像中国掺杂佛道，“这些‘东国’道学先生的令人气闷实在不是国内的‘道学先生’可比得上的”。影响朝鲜民族近代史最大的两个中国人，“思想方面是‘朱夫子（熹）’，生活方面是‘朱天子（元璋）’”。他从朝鲜知识人所著《朝鲜佛教通史》附录的宗教小说《放牛歌》中读到作者假托发挥的感叹：“头外则朱天子之网巾束缚之，脑中则朱夫子之网巾束缚之；有此内外之束缚，人无以为活也！”“在这两个重要关系下，朝鲜思想史上的大反动，他们积极要离开中国而独立自主，那实在是有很大的需要和价值。所以明白两朱子与朝鲜的影响，就自然了悟朝鲜之所以有二十多年前的独立自主的事实，乃是一件当然的必然的结果。我们更可以明白，今日朝鲜的所由来，岂偶然哉！”
与旧士人的天朝意识不同，魏建功声称虽然“总想看一点‘大国’化育群小的‘恩泽’究竟是什么”，但“所觉到的都不是些‘嘉惠’于别人家的，而反以为处处只见得人家受了我们的累！”这种反躬自责最后还是落到对本民族地位前途的思考，“我常以为一个民族或一个国家的衰落，都不是凭空的。那过于古老的文明虽然足以夸炫于人，却也就是直趋衰落的根由。凡事死守著‘故旧’，大都在全个的大生命将委败而无力支持，和已经僵死而竭力挣扎的意味中。这其中往往有些不关痛痒的，或是心怀叵测的‘异类’来‘越俎代庖’的提倡。用时行国中的名词说，那就是‘文化侵略’——我以为‘思想麻痹’尤为切当”。
由于个人身份和所处环境的限制，魏建功不能公开指责批评日本的殖民侵略，但朝鲜民族的境遇与中国前途的危难令其感同身受，行文中不时流露出谴责意向。因职业关系，他常与日本人一起交游谈话，每当后者谈及妓生或朝鲜的任何一切，“总觉他们有一种特别玩忽的态度。我心下却一般呕气，凡是不能自己挣气的方面所遭受的刺激，我总替这一方面呕气。我更替一切玩忽的人，和一切迷恋的人可怕。迷恋的可怕还没玩忽的可怕可怕。”他认为：“大约人与人间的感情是在互相尊重的原则上来的，最好说是相互平等的观念发生出来的。”友人告以凡是日本到各国去的人，都喜欢他们各自到过的国家的人，而到过日本的各国人，却并不很欢迎日本人。魏认为这至少是一部分玩忽别人的日本人的影响。他既痛恨玩忽别人的日本人，更痛恨无时无地不被玩忽，同时又无事无物不加迷恋的感情迟钝的中国人和载厚负重的朝鲜人。
甲午战败以后，在朝鲜的中朝人关系可以说相当恶化，彼此利益冲突，成见甚深，纠纷不断。当时每天到朝鲜的中国人约有千余，在朝鲜人的心目中，生活较苦的是可以任由搓捏的劳动者，生活较优的是金玉其表败絮其中的浪荡男女，其余则是“钱锥子”的奸商。而在魏建功看来，“朝鲜人除了那些‘不逞’的，其余都算‘太逞’了。他们有悠久的附庸的历史地位，再加上新近的厚重的负载，所以大部分变成好贪小惠的习气。奴隶得到一丝一毫的好处便比什么都要高兴，感激涕零的颂念他主人的恩惠；他因此也很喜欢做别人的主人，大概是想着他的奴隶可以如他对主人一般的恭顺驯伏于他。”中国侨民在朝鲜受欺负，朝鲜侨民同样在中国受欺压，消极的中韩人民感情上的爱恶，是人类畛域的不幸，经济利益的冲突并非精神上爱恶的全部根据，“目前事实中华韩人民感情上的相恶，以及理想中华韩人民精神上的相爱，恰是‘共荣共存’的‘东亚主义’之表面与里面”。这实际上包含着对日本殖民政策及其欺骗性的谴责和揭露。
魏建功在中国学术界交友极多，滞韩期间，他与鲁迅、顾颉刚等人通信，向中国学者报告朝鲜的学风，“拟唤起国人注意朝鲜文化”。魏受科学主义影响，重汉学而轻宋学，又为新文化之风鼓动，厌读儒教言论，对于朝鲜六百年思想唯朱熹之学独霸的局面不以为然，对于史学材料则十分重视。他认为“朝鲜半岛文化本为模仿中国者，往在国中以为荒僻无足观者，及来此间乃知其为东洋史学极重要之地，国人对此素来隔膜，弟颇有感慨。初到此间，起意研究朝鲜史”，尤其注意朝鲜党争问题，认为“此当是朝鲜最重要之历史也”。虽因一部分已为日本学者整理有绪，其他则简直遍地都是材料，收集不易，无从下手，仍然提醒国内同行注意：“朝鲜著作，在思想方面无所可取，在历史方面必有极重要之价值，可以参证国中汉（今日已发掘之古物）唐宋元明史实之不足也。”
为此，他在教书研究之余，主要做了三件事：一、受北平图书馆袁同礼之托，以该馆调查员名义收购朝鲜史学书籍，并着手编辑《朝鲜书籍志》，“取其《艺文考》（《文献备考》中）及所得旧抄本、《东国艺文略》与大学图书馆所藏各重要图书馆（总督府李王职、京城府）实在书目较录，并略述鲜书版本种类”。二、注意到“朝鲜之语言如日本与中国之关系，而其发音较日本尤为明白可考”，欲下心研究“年来盘旋于胸中之古声韵问题”，并“拟就日鲜两国人发音特别情形编写一书，自发音以至文艺读物，一反他人之为到中国吸收利益而只学说话的积弊”。三、代为收集梁山伯故事等源自中国的朝鲜民俗传说，并进行翻译，以推动国内方兴未艾的民俗研究。
魏建功在京城帝国大学交往的主要是日本学者，但与朝鲜知识人也有联系，他曾经提到和日本朋友去朝鲜店铺买苔纸，价高而质次，和朝鲜朋友去买，则比较优待，全权委托朝鲜朋友办理，更是价廉物美。所结交者中的一位当是金九经。魏到京城帝国大学时，金任职于该校图书馆，半年后自动辞职，来到中国，据说是因为不满日本的殖民统治。开始住在未名社，而魏建功与未名社同人如台静农、李霁野及鲁迅等交谊甚深，疑金九经来华得到魏的帮助或引介。魏建功回国后，继续与金来往联系，曾共同参与一些学术界的交际应酬。
金九经后来在北京大学教日、朝鲜文。他与鲁迅有所交往，与周作人、钱稻孙关系尤深。1929年7月至1932年2月，金九经多次拜访周作人，并几度招宴。这期间北京大学恢复日文预科，后升为本科，由周作人负责，疑双方接洽与此不无关系。周作人的日记过于简略，由所留蛛丝马迹看，二人关系先密后疏，似有隔阂。
值得注意的是，当时日本学者来华，多与金九经联系，1928年5月，他带领引荐京都大学派来留学的冢本善隆、水野清一、仓石武四郎拜访短期来北京的鲁迅，参观其所藏造像拓本。几天后，再与水野清一同访鲁迅。6月3日，鲁迅启程归沪，金九经和魏建功、张目寒、常维钧、李霁野、台静农等人到车站相送，并赠给鲁迅《改造》一本。1930年，原田淑人、矢野仁一等人来华，日本驻京人士设宴招待，金九经和周作人、贺嗣章也出席作陪。1931年，东京帝国大学师生来华游历参观，金九经和钱稻孙、桥川时雄等人为其导游，引导参观北京大学第一、二院及北平图书馆。同年1月，胡适致函金九经，谈后者送来的铃木大拙关于楞伽宗研究的著作的意见。以后他任满洲农业大学教授，曾与奥野信太郎一起前往西城受壁胡同拜访钱稻孙。金九经告诉奥野信太郎，他离开北京后总是想起钱先生。后情况不详。遍查日本殖民当局所编流亡中国的朝鲜人状况名册，找不到关于金的记载。