20世纪20年代至30年代，在政治形势总体对抗的情况下，由于暂时平衡与相对缓和，东亚各国学术界之间进行了积极交流。其中日本主动性较强，朝鲜起到中介通道作用，中国则为联系的机缘。原来东亚文化以中国为中心，朝鲜的传统儒学者主要吸收中国文化辐射于日本。而新的联系与此不同，梁白华、金九经等人应有受日本教育或留学日本的经历，他们对中国的关注，受到日本的中国研究复兴与变化的影响，同时又有朝鲜民族独立运动的作用。所以他们一方面反抗日本的殖民政策，批判中国传统的儒教伦理，一方面又与日本学者接触交往，从中国新文化运动中吸取民族复兴的养料。即使如此，东亚各国以中国文化为联系纽带的格局并不因为政治关系的变化而根本改变，政治上占据主动的日本，不能由此决定东亚的文化联系也转而以日本为中心。其鼓吹以日本为轴心的皇民文化主义，不得不完全凭借武力，随着日本的武装侵略步伐和殖民体系的扩展而逐步推进。因此，在日本全面侵华之前，东亚的学术关系仍然以中国研究为主体和主导，日本、朝鲜、蒙古研究处于从属的位置。这与国际汉学的架构基本吻合。
日本的中国研究，与政府军方的殖民侵略政策关系密切，虽然成绩突出，最终不免为基本国策服务。即使严肃的学术成果，也往往被利用作政治军事决策的依据参考。但是，学者中毕竟有人抱着良好愿望与纯粹态度，出于热爱东方文化的真心。今西龙以为北京大学担任讲义为非常光荣的事，表示要尽力帮助，“以期有所贡献于北大”，并当众誓约：“以后只要我能力可以做得到，无论在日本或在别处，我决永远为北大尽力！”来华学者所写的游记，触景生情，从欣赏自然景物中体验中国文化的精华，其真情流露，至今读来仍令人怦然心动。如青木正儿的《杭州花信》，将西湖景致作为现代中国的缩影，认为吸收调和外来文化以张大自我，正是中华文化的伟大所在与长生秘诀。桥川时雄对杨树达谈及国事时说：“日本无固有之文明与学问，故其民轻。中国人虽近于麻木，然以柔克刚，实以老子之道制胜。”杨叹为难得。泷泽俊亮也不赞成1935年日本军人侵逼华北之举。日本占领北平后，欲指派三名教授到燕京大学。为了抵制日方的干涉，燕京大学主动聘请鸟居龙藏任教。后来鸟居龙藏对中国教授遭受日本当局的迫害深表同情。
中国学者面临的形势相当复杂，对于日本，旧学者共鸣于保存东方文化的主张，新学者也有合作交流的需求，他们主张政治外交对抗，文化交流欢迎。1931年“九一八”事变前夕，桥川时雄拜访旧友席鲁思于长沙。当天大学召开排日大会，怒号可闻。但在同一校园内席宅的欢迎桥川时雄宴会，却有三四桌之盛，出席者多为开完排日会回来开欢迎会，令桥川时雄感到不可思议。他致辞时对出席者前门排日、后门欢迎之举表示感谢，有人应道：“文化而言是欢迎会，政治外交而言为排日大会。”杨树达与日本学者关系密切，并参与东方文化事业总会北平人文研究所的《四库提要续编》工作，为日本人讲课，但交往中，或直接批评“日本军人横恣过甚，遭世界之嫉视，决非日本之福”，“痛责日本侵略之无理”；或借讲湖南文化史名义，剖明“湖南人笃信民族主义，因欲保持自己民族，故感觉外患最敏，吸收外来文化最力，且在全国为最先”。希望“听者会余微意，有所警觉耳”。或题写“国与国交，能以忠恕为主，乃可免战祸，否则必生民涂炭”以为警戒。刘文典赴日访书，受到静安学会同人的款待，赋诗表达了复杂的感情：“读骚作赋二毛生，又访奇书万里行。舟过马关魂欲断，客从神户自来迎。既知文物原同轨，何事波涛总未平。记取今宵无限意，还期相敬莫相轻。”连后来附逆的周作人也曾指责日本对华行动不见文化，只有武化。
毋庸讳言，日本提倡东亚研究和中日提携，背后确有政治目的和欺骗作用。所举办的东方文化事业，始终与中国存在分歧和冲突。1924年，东京帝国大学授予柯劭忞文学博士学位，也有外交与政治考虑。“据闻东大初无授其博士意，系驻华公使小幡酉吉提议。”所提出的著作《新元史》，负责审查的箭内亘认为“其价值可在博士之上，亦可在博士之下”。日本文学博士为学术界之学位而非学校之学位，本来极其严格，东洋史获此殊荣者不过数人，因此京都方面对此事颇不以为然。或谓从未听说过柯氏其人。并对柯氏从此礼敬日本所有具博士头衔者微露讽意。
中日战争爆发后，日本组织所谓东亚文化协议会，派遣以酒井正忠为团长的代表团来华，在北京召开第一次大会，成员包括宇野哲人、羽田亨、盐谷温、常盘大定、松本文三郎、原田淑人、小柳司气太等中国研究者。而部分中国学者在交往中迷失了本性，在伪满和抗日战争期间，继续与侵略者合作，参与伪组织和学术机构，如郑孝胥、罗振玉、汤尔和、董康、傅增湘、周作人、孙人和、钱稻孙、钱桐、赵荫堂、温寿链等，令人慨叹“廿载读书，所学何事耶”。在东亚文化协议会成立的晚宴上，汤尔和与盐谷温各用汉语和日语朗诵《赤壁赋》，这种变质的合作只能美化和掩饰日军的暴行。抗日战争胜利后，尚存者分别受到惩治和追究。只有陈垣因为任德国系的辅仁大学校长，奉国民政府教育部密令留平与日方周旋。
不过，更多的人则坚持民族气节，“自七七事变后，国学名家，或忠贞自持，愁苦以终；或慷慨赴义，身膏敌刃”。大批学者长途艰苦跋涉，转移大后方，历尽艰辛，苦撑待变；身陷敌后者不顾敌伪的威胁利诱，宁死不屈。1928年张元济访日时写长诗赞颂中日文化合作，由盐谷温用日语朗诵末段：“呜呼世界学说趋鼎新，天意宁忍丧斯文。遗经在抱匹夫责，焚坑奚畏无道秦。当世同文仅兄弟，区区阋墙只细事。安得尔我比户陈诗书，销尽大地干戈不祥气。”战争期间张元济坚决拒见登门拜访的日本军官。陈寅恪在香港沦陷后，不为“广州伪组织之诱迫、陈璧君之凶妄”以及伪北大的诱招所动，并拒绝日伪当局以军票20万（合港币40万）要其出面组织东亚文化协议会及审订中小教科书的要求。马幼渔对周作人借口于米盐蔬笋诸事宣称准备出山最为愤激，沈兼士则保全多人不失名节，功不可没。
中国学者虽然同情支持朝鲜人士的独立复兴运动，却很难公开指责日本，只能曲折地表达自己的感情和观念。这不仅因为外交和政治的客观限制，同时也有卸下天朝上国精神包袱的赎罪感以及两国民众感情恶化的现实逼迫。蒙古政治上附属于苏俄，独立也未得到中国政府的承认，意识形态本来对立。但蒙元史为近代边疆史地之学研究的重心，当时的中国学者，又大都对苏俄抱有希望，认为其实践可能为东方弱小民族的振兴开辟新路，加上一些受欧洲东方学训练的学者重视蒙古文资料的发掘利用，交往反而成为自然。
学术交往，作为异常情况下的正常因素，取得一定的成就。东亚各国的学术交流，首先作用于学术研究领域。由于古代中日韩三国的文化联系紧密，而史料的保存又各有缺漏，研究各自的历史文化，很有必要互相补充参证。1923年梁启超著《中国历史研究法》，强调研究中国史也须参考外国史料，但只提及欧洲和中亚的记录，而不顾朝鲜、日本的资料，令桑原骘藏大为不满，“以为当作唐、宋、元、明、清时代的研究资料，也一定要介绍朝鲜、日本的记录的”。
这种互补关系在考古、古籍校勘、明清史研究等方面最为明显。马衡首次参观乐浪郡汉墓及出土古物，所得印象深刻者，“一为发掘之经验，一为空前发现之漆器，时间虽短，而获益良多”。当时中国豫陕等省出土古器甚多，而漆器尚无所闻。“意漆质松脆，盗发者不知护持耳。是则公开发掘之事愈不容缓矣。”高丽版慧琳《一切经音义》，“称引宏富，凡唐以前音释古训，莫不网罗”。所引各书，多已失传，足资补辑，或与通行诸本不同，可以互雠。该书中国自五代后即佚，明天顺中高丽国得之塞北，并获释希麟《续一切经音义》十卷，由海印寺刻印。清初日本僧人翻刻，因海禁甚严，无缘流布，清代考据家多未见及，清末始由日本转入中国，光绪以后才有学者略为涉及，未尝理董全书。北京大学国学门将整理此书作为重要项目，依据日本狮谷白莲社刻本从事大规模的编辑。私家整理者则有无锡丁福保和湖北江陵田潜。
清代开国以前祖先之事实，因明清两朝的政治纠纷，“既为明史所削而不存，又为清史所讳而不著”，各种传说神话，难以征信。1932年，北平图书馆自日本获得朝鲜《李朝实录》，任教于北京大学的明清史大宗师孟森检阅之余，认为李朝之起，与清朝先世同一时间地区，双方往还密切，记载详细，因此，《李朝实录》为言清先世事迹的唯一信史。遂不分寒暑，日往北平图书馆逐卷披览，对比考证，至1934年冬，写成《明元清系通纪》。是书“正为明清两史补其共同缺陷。纵不敢言无遗漏，抑于清室之神秘，业尽发之，而与举世认识此一朝之真相矣”。本来最为扑朔迷离的清朝先世史迹，因此一跃而为历代先世史中最详实者，“前史无论何朝，其开国以前祖先之事实，未有如清之先世，彰彰可考，既详且久者也”。甚至孟森此前所著《满洲开国史》也自觉可废。
此外，关于中外关系尤其是宗教关系的史籍，中国往往多有失传，不得不求诸异域。陈垣在京都访得《贞元释教目录》，“此书言景教与佛教关系有确证，惜中国无传本，唯日本与高丽有之”。“《破邪集》为明季攻击天主教之书，在中国久成禁本，其中颇多关于教争历史，为考古者所万不可缺之书，不得以其狂吠而弃之也。日本有翻印本，然亦在禁书之列。”陈垣在东西两京遍寻不获，后在大阪觅得，叹为奇遇。
从学术交往中获益最大的还是日本。1910年章炳麟曾致函罗振玉，将日本汉学界的长老新进一一点名骂倒：“然今东人治汉学，又愈不如曩昔，长老腐朽充博士者（如重野安绎、三岛毅、星野恒辈），其文辞稍中程，闻见固陋，殊不知康成、子慎。诸少年学士，号为疏通，稍知宁人以来朴学。然大率随时钞疏，不能明大分，得伦类。”服部宇之吉、儿岛献吉郎、林泰辅、白鸟库吉等，无一幸免，令内藤虎次郎大为惊讶。但到20世纪30年代，已是“日本多学人，今中国学人，止有冯友兰之哲学，陈垣之史学，杨某（树达）之训诂学，足以抗衡日本”。
日本中国研究的发达，得益于三方面因素，即“以清朝三百年之考据学为基础，而参用欧美式之科学的研究法，加以前人未觌之新资料相继发见”。后者主要有八大类，1.殷墟甲骨，2.西陲文献器物，3.内阁大库文书，4.蒙古北部古城碑冢，5.秦汉墓石崖寺，6.华北新旧石器遗迹，7.孟津新郑铜器，8.朝鲜古坟殉葬物。日本考古学的发展，很大程度上依赖于在中国和朝鲜境内进行的发掘工作。战争期间，日本公开标榜重视古迹保护，实际上到处破坏掠夺，中国的大批珍贵文献毁于战火，学者辗转迁徙，学术发展遭受重创。而日本受到国际学术界的抵制，也进入近代学术史的黑暗时代。然而，战前彼此交往建立起来的情感友谊，虽然不足以防止和抵制战争的局面，“销尽大地干戈不祥气”，毕竟集聚了积极因素，成为第二次世界大战后东亚各国恢复了解与联系的积极因素。