此时的曾国藩，其内心深处未尝没有部下诸将同样的感受。一年后他在给曾国荃的信中说：“去年三、四月间，吾兄弟正当万分艰窘，户部尤将江西厘金拨去，金陵围师几将决裂。”而攻陷天京后，“部中新例甚多，余处如金陵续保之案，皖南肃清之案，全行议驳，其余小事动遭驳诘。而言路于任事有功之臣，责备尤苛，措词严厉，令人寒心。”（《曾文正公家书》，同治四年十二月二十五日。）满汉之间本来就界线分明。清政府既然如此对待功臣，起兵造反并非没有理由；夺回汉家江山亦未尝不大快人心。更何况，论及个人能力与资历，尤远非那拉氏、奕所能相比。然曾国藩想得要比这深远得多，头脑也不像曾国荃那么简单。他心里非常清楚，清政府并非真的要追查天京窖金和幼天王下落，不过虚张声势，加大政治压力，逼迫曾国藩就范：或则匆忙起兵，或则杀羽自保，二者必居其一，且须迅速作出抉择，以免其势坐大，形成南北对峙之局。因曾国藩虽在镇压太平天国的战争中羽翼丰满，足可拥兵自立，但若与清廷争帝位，则须经几年的准备方有取胜的把握。故对清廷来说，长疼不如短疼，迟发不如速发，万不可让他积威养望，从容准备。在这种情况下，曾国藩只好选择杀羽自保之路。所谓杀羽，就是主动裁撤兵勇和停解外省厘金；所谓自保，就是保全身家名位和部属亲朋的既得利益，包括曾国荃及其部下在天京抢夺的金银财宝。于是，曾国藩在攻陷天京后主要为此做了两件事：一是裁撤或调离金陵地区的五万湘军，停解广东、江西厘金、；一是采用软拖硬抗的办法，抵制清政府对天京窖金和幼天王下落的追查。他的具体做法是，对天京窖金下落来个死不认账，明明被曾国荃的部下抢去，却硬说天京并无窖金，连自己也觉得奇怪。可说是瞪着眼睛说瞎话。而对幼天王的下落，则是随机应变，不择手段，必得保全曾国荃及其部下，以求大家相安无事。他先以幼天王自焚上报，继称其死于乱军之中，及至证据确凿、无法抵赖之时，则对上奏揭发此事的左宗棠反唇相讥：天京破城之际不过逸出一千多人，就要如此反复追查、定要严惩失职将领，若如杭州那样，太平军大开九门，逃出十万八万，那时又当如何？结果，清廷也只好不了了之，甚至连左、沈二人将幼天王解送京师的奏请也予以驳回，免致曾国藩过于难堪。
曾国藩与清廷所以这样做，是因为世间有一个胜利者无罪的原则，对功臣只可赏不可罚。当时，曾国荃及其部下已在天京发了横财，个个箱满筐溢，一心只想保住自己的这份财产，再不想为别的事打仗。然他们也曾为此付出了很大代价，受尽煎熬而不肯散去，就是为了最后能进城大抢一通。如果清廷或曾国藩威逼太紧，定治其罪，令他们吐出吞到肚里的宝物，他们必然铤而走险，起兵叛乱。所以，曾国藩对清廷严惩走脱幼天王失职将领的谕旨，坚决顶着不办，以安曾国荃等人之心。而清廷这样做，本来就是别有用心，意在逼曾国藩裁军辞饷，一旦曾国藩真的这样做了，追查之事也就达到了预期的目的，最妙之法也就莫过于不了了之了。
至于曾国藩为什么没有挥戈北上，代清自为，则大约有两个方面的原因，或则本来就无此野心，或因料无胜算而知难而退。曾国藩一生愁苦，时萌退志，常有生不如死之叹，或许真的没有称帝之心亦未可知。早在攻陷天京之前，他就曾在答复同年好友的信中表示：“年来忝窃高位，饱聆誉言，虽同年至亲如寄云、筠仙辈，亦但有赞美而无针砭，大有独夫之象，可为悚惶。惟自知之明尚未尽泯，不敢因幸获之战功，倘来之虚名，遂自忘其鄙陋。此差可为故人告者。然辖境太广，统军太多，责任太重，才力太绌，正不知以何日颠蹶，以何日取戾。万一金陵克复，拟即引退避贤者路，非爱惜微名而求自全也，实自度精神不复堪此繁剧也。”（《曾文正公书札》，第24卷，第7页。）联系祁门被困时曾遗嘱曾纪泽，要他长大后不可为官更不可带兵，只可一心做学问云云，或许曾国藩的人生乐趣，属文治学更多于从军从政，真的素无称帝之心。倘若并非如此，当时不仅存在着曾国藩起兵造反的客观可能性，而且他也确实具有这样的主观意图，那么终未成为事实的原因，则只能是政治上尚乏准备，军事上尤无胜算，以曾国藩之明智不肯干此蠢事，远不如继续做清王朝的忠臣孝子更为有利（参见拙著《曾国藩传》之《大功不赏》一节。）。有人说曾国藩不愿称帝是因为忠君思想的制约，似乎他满有把握做成皇帝却偏偏不肯做，令不少人为之扼腕叹息。这不过是笔记小说的惯用手法，装饰文采而已，实则经不住认真推敲。因为作者仅提到有人拥戴和曾国藩拒绝两事，并没有对当时全国的政治军事局势，尤其湘淮军集团的实际状况做出分析，其拒绝的原因决不限于一条。且支配人们是否采取行动的最后关键并非道德规范，而是对根本利害的权衡。倘若曾国藩在方方面面真的具有取清自为的胜算，所谓忠君云云就绝不会成为他的思想政治障碍。因为按照儒家思想的逻辑，成者为王，败者为寇，君臣伦理并不妨碍改朝换代。试想自古开国明君取得天下，哪个离开暴力弑君和阴谋篡逆两途？然一旦权位到手，儒家的忠君道德就由对篡弑者的谴责，变为对新帝的诚心拥戴。曾国藩熟读经史，岂不知这番道理？
在这次战略退却中，曾国藩所遇到的另一棘手问题是曾国荃的出处。曾国荃不学无术，急功贪财，饕餮之名满天下。其每克一城必纵兵大掠，而大发横财之后则必回籍购置田产，起盖大屋。其为人复张扬跋扈，不知禁忌，早在攻陷天京前即已恶名远扬，故清政府对他疑忌尤甚。同治二年三月曾国荃已由江苏布政使升任浙江巡抚，因正率军围攻天京而未赴任。按照清朝制度他是可以单独奏报军情的。然清政府却不准这样做，遇事只能由远在安庆的曾国藩转奏，不消说与左宗棠、李鸿章相比，甚至连个按察使衔兵备道都不如。攻陷天京的当天，同治三年六月十六日，按照曾国藩事先的安排，他与杨载福、彭玉麟联衔八百里驰奏报捷，随即受到清廷的严厉指责，抓住“大势粗定，遽回老营”一事横加罪名，“倘曾国荃骤胜而骄，令垂成之功或有中变，致稽时日，必唯曾国荃是问。”（《曾国藩全集》，第7册，第4214、4215页。）实际上不仅不承认他的捷报，而且节外生枝，故意吹求，以实施政治上的抑制和打击。曾国藩看透了清廷意欲将其排而去之的用心，遂于七月二十日奏请裁撤曾国荃所统兵勇之半的同时，提出是否准其本人回籍养病的问题，进行试探。称曾国荃“意欲奏请回籍，一面调理病躯，一面亲率遣撤之勇部勒南归”。而曾国藩本人尚未应允，“嘱以苟可支持，不必遽请开缺，姑在金陵安心调理，代臣料理善后事宜。”（《曾文正公奏稿》，第21卷，第8页。）谁知清廷比曾国藩还急，尚未接到这一奏请，就对曾国荃当头又施棒赫，下旨追查天京金银的下落，令曾国藩“查明报部备拨”。并对之郑重警告道：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，孰可长承恩眷。”（《曾国藩全集》，第7册，第4276—4277页。）其后清政府虽在谕旨中假意挽留，将曾国藩奏折中的话重复一遍，但却绝口不提赴任本官之事，反而肯定曾国荃奏请开缺回籍的想法“合于出处之道。”（《曾文正公奏稿》，第21卷，第27页。）曾国藩见事势难以挽回，更加坚定了自己原来的想法，遂于八月二十七日专折代曾国荃奏请开缺回籍养病，九月初四日即得到清政府的批准。其动作之快实出意外。不想，这下可惹恼了曾国荃。他本来就藐视清廷，心怀不满，加以缺乏涵养之性，遂于大庭广众之中将自己的愤懑之情公开发泄出来，致使曾国藩狼狈万状，无地自容。三年后他对自己的心腹幕僚赵烈文说：“三年秋，吾进此城行署之日，舍弟甫解浙抚任，不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。”（《能静居日记》，同治六年九月初四日。）原来这一次再次地陈请开缺回籍，都是曾国藩耍的政治把戏，曾国荃从无此意，都是阿兄背着他干的。不学无术的曾国荃既不懂兔死狗烹的道理，也不懂为臣之道，更不能理解胞兄的这番苦心。所以，曾国藩欲行退却之策以保身家名位，对这位不知进退的胞弟，非瞒天过海造成既成事实，然后迫其就范不可。“舍弟”的表现虽令曾国藩当众出丑，但他毕竟达到了自己的目的，解决了一个政治上的大难题，圆满完成了这次极为关键的退却。为了消解曾国荃内心的不平之气，待其四十一岁生日那天，曾国藩不仅专门指派能说会道的赵烈文前往劝慰，还亲自特写七绝十二首为他祝寿。据说，当曾国荃读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”一句时，竟然放声大哭，以泄胸中抑郁之气（《清代通史》，第3册，第280页。）。
第八次是同治四年三月，那拉氏罢免恭亲王奕的一切职事，妄加罪名，欲陷不测，引起曾国藩等人的极大恐慌，疑为清政府卸磨杀驴的信号。曾国藩在三月二十八日的《日记》中写道：“是日早间阅京报，见三月八日革恭亲王差事谕旨，有‘目无君上，诸多挟制，暗使离间，不可细问’等语，读之寒心惴栗之至，竟日忡忡，如不自克。”于是，他苦思数日，便开始向心腹将领吹风试探，酝酿对策。四月三日他以巡察为名，相约驻扎裕溪口的水师将领彭玉麟赴下关一见，二人在一只小船中密谈良久，“言及国事与渠家事，欷歔久之”（《曾文正公手书日记》，同治四年四月初三日。）。那么，他们究竟谈何国事呢？数日后彭玉麟在给朋友的一封信中说：“议政王为九江蔡寿祺以莫须有污蔑，致出军机，中外骇闻。伏思今上当极，两宫垂帘，实赖贤王公忠体国，上下一心，华夷钦服，始有今日中兴气象。何物蔡寿祺，丧心狂吠，以珰人之授意，竟敢害于忠良。倭公不侃侃而言，亦竟阿于取好。议政其周召，若辈其管蔡乎？天下有心人能不愤恨欲死！不才欲以首领进词，而爵相极力劝阻，须俟城内动静，再作道理。兄不学无术，不平欲鸣，抑恨堇吐，其如愤火中烧何！”还说：“小人道长，国家堪忧，残喘余生安得即赋归去，遁迹山林，不阅世事耶？”（《能静居日记》，第1册，第19页。）原来，令曾、彭二人言之感伤、“欷歔久之”的“国事”，就是西太后罢黜恭亲王一事。看来他们共同的意见是，此事关系重大，决不可坐视不理。惟所不同的是，彭玉麟欲马上动手，领衔上疏谏争。而曾国藩则要他静观时变，必须从京中了解到更进一步的详情，弄清事情的原委，才能决定行止，不能仅根据一纸京报就采取行动。这件事说明，清政府追查天京窖金与幼天王下落，遭受打击的仅是曾国荃一伙。曾国藩集团的其他派系可能不闻不问，有的甚至会幸灾乐祸，煽风点火。这是因为他们太不得人心了。他们的所作所为，不仅使之在整个统治阶级中成为众矢之的，也在曾国藩集团中陷于孤立。倘若清政府欲行兔死狗烹之策，将湘淮将领一网打尽，他们就会由四分五裂走向一致，联合起来抗满自保。根据当时的形势，很可能形成南北对峙的局面，或如萧一山说的那样，挥戈北上，拥曾为帝，亦未可知。联系那拉氏死后，因摄政王载沣排斥袁世凯，拆散满洲皇室与汉大臣的联盟，从而导致清王朝迅速灭亡的事实，这种可能性并不是不存在的。只是后来那拉氏见风转舵，重新恢复了奕诉“议政王”之外的其他主要职事，才避免了这种结局，曾国藩集团也仅只虚惊一场。