五、只论寄事轻重，不论品秩尊卑。曾国藩为了鼓励弁兵为他卖命，除用高饷金招引外，还广赐翎顶、滥保虚衔，以至到了后期，湘军中不少营、哨官都已升为提、镇大员，至于副、参、游击就更是数不胜数了。但曾国藩保奏实缺和任命统领、分统、营官、哨官，却主要根据关系的亲疏和能力，资历与战功并不起多大作用。这样，久而久之就形成一个很大的反差：有人资历甚深、功劳甚大、官至提、镇、副、参，但实际任职仍为营、哨、士兵；有人参军未久、寸功未立、官秩从九品，却被任命为分统。这样就产生了一个问题，打起仗来究竟谁指挥谁、谁服从谁呢？于是，他们为了保证军事指挥的坚强有效，就在湘军中规定了一条原则：只论寄事轻重，不论品秩尊卑。意思是，不管积功擢至几品官秩，那怕已保至一、二品提、镇大员，只要在军中仍处于营、哨之位，就必须绝对服从统领、分统的命令，即使他们只是从九品。最能说明这个问题的事例，是左宗棠对吴士迈杀朱德树一案的处理。朱德树在湘军中资历较深，被杀前已保至记名总兵、浙江处州镇实缺游击，官至二品，大约因为不是左宗棠的亲信而仅充任营官。吴士迈则因得到左宗棠的赏识而职任分统，但战功太少仅保至员外郎衔中书科中书，秩从七品。吴士迈心胸偏狭，不懂军事，曾多次指挥失误，深恐朱德树瞧不起自己；又以指挥不力、与朱德树意见分歧，对之怀恨在心，蓄谋报复。同治九年左宗棠命吴士迈率马步七营赴汧阳一带增援李辉武，围歼回民起义军。朱德树所带马队营为七营之一。他为救援危在呼吸之间的李辉武，临机改变作战计划，未能按时到达吴士迈所指定的作战位置。结果，虽杀透重围救出李辉武，但回民起义军亦因而脱身东走，从而导致全军无功。吴士迈愤恨已极，认为朱德树轻蔑上司、故违将令，遂不顾众人的劝阻，立斩朱德树于军前，借以立威。第二年，朱德树的亲属向都察院控告吴士迈以七品官枉杀二品大员之罪，清廷令左宗棠查处。左宗棠复奏称，吴士迈杀朱德树一事，实乃“统领以违令杀营官，非中书杀总兵也”（左宗棠：《左文襄公全集·奏稿》（以下简称《左文襄公奏稿》），第39卷，第2页。）。不过，朱德树违令当由吴士迈禀知左宗棠，由左宗棠上奏参劾，不应擅自杀死。因而，吴士迈仅有擅杀之过，并无枉杀之罪。其理由是：“军事以号令为重，令进则进，令止则止，统领以之钤束营官，营官以之钤束哨官、什长，哨官、什长以之钤束兵勇，违者得以军法治之。”“自统领以至营、哨，节节相制，然后驱之生死之地而不摇。军兴以来，制兵不足用，各省皆募勇丁杀贼。勇丁积功擢至提、镇、副、参、游者不可数记。”因而，“军营体制只论寄事轻重，不论品秩尊卑。有保至提、镇而仍当哨官、什长，保至副、参、游而仍充亲兵、散勇者；有在他军充当统领而在此军充当营官，有在他军充当营官而在此军充当统领者。时地既殊，势分即异。当统领者必节制营、哨，当营、哨必受节制于统领，固无他说也。”（《左文襄公奏稿》，第39卷，第2—3页。）这些话虽出自左宗棠之口，而这种大别于八旗、绿营的体制则出自曾国藩的首创，不过越到后来这个问题越突出罢了。这样一来，所谓“朝廷名器”就变成无足轻重的东西，还顶不上长官的一句话。久而久之，就在湘军弁兵中养成一种观念：什么朝廷，什么国家，什么官秩尊卑，统统都是没用的东西，可以不去理睬；只有长官的意志、长官的喜怒好恶，才是最重要、最应该特别留意的。
六、各尊其长。由于以上原因，便在湘军中养成一种风气，除非招募、选拔过自己的顶头上司，其他人无论官职大小、地位高低，皆拒不从命。所以，不仅湘军以外的人不能对它进行指挥，即使湘军内部亦须节节钤束、层层下令，谁都难以越级指挥下级部队。至于不同派系之间则更是如此。江家军非江姓兄弟不能管带，刘家军非刘姓人不能指挥，湘军各部则非曾国藩统辖不可，他人无法钤束。王闿运所说的“福兴（原西安将军，奉命增援江西）等征调置不訾省，得国藩一纸千里赴急”（王闿运：《湘军志》，成都墨香书屋，第4卷，第11页。），就是指的这种情况。不过，曾国藩可以指挥各个统领，却不能撇开统领直接指挥其所属分统、营官。如若有事，非通过各个统领不可。即使曾国荃的部队，只要曾国荃在营，曾国藩亦不能越级指挥其所属各军。此外，还有一个程学启改换号服的例子，亦很能说明这个问题。程学启原为太平军将领。投降湘军后被任命为开字营营官，归曾国荃管辖。同治元年奉命随李鸿章赴援上海，改隶李鸿章，不久便改为淮军。但开字营依然穿着昔日湘军的号服，与他部淮军很不协调。为统一着装，须改穿淮军号服。不料此事虽小，却牵掣甚大。大约李鸿章不敢直接提及此事，遂转托曾国藩致信程学启，要他改换淮军号服。岂知程学启拒不从命，复信声称“必待沅帅（即曾国荃）缄谕，乃敢改换”。曾国藩碰了钉子不气反喜，对程学启此举大加赞扬，说“亦足见其不背本矣”（《曾文正公家书》，同治元年三月初八日。）。由此可见，湘军内部的上下级关系，完全是一种主人与奴才的关系，而且都是曾国藩的军制改革所一手造成的。至于他剿捻之时不能指挥淮军各将，以致作战失利，不得不中途改由李鸿章接任，亦可谓作茧自缚，自作自受。
七、各护其长。这种风气根源于各级军官自行选募所部弁勇的制度，是湘军一开始就存在的。左宗棠曾以赞赏的口吻描述塔齐布部下拼命救护其官长的情形说：“即如塔三兄之抚标，寻常除漫骂之外无一长。此次湘潭之捷，因主将偶尔不见，即相与痛哭寻觅，入群贼中若无人者。亦可想其心之固结矣。”（《左文襄公书牍），第2卷，第20页。）这本是曾国藩军制改革的目标之一，所谓“誓不相弃之死党”是也。然而，却亦由此产生了另一弊病，但凡不是招募和选拔自己的军官担任指挥，打起仗来就弃之不顾，致使湘军将领皆不敢带领别人招募的部队打仗，一旦指挥易人，军队就必须重新改编，另行选募，否则不能作战。咸丰十年萧翰庆奉命增援浙江，就是因为对原属别人的部队未加改组，以致士兵临阵逃溃，不顾主将，送掉了自家性命。事后，曾国藩时时将之引以为戒。他在给张带的信中说：“萧辅丞（翰庆字）遽尔殉难，深可悯惜。”“韦营（指太平军降将韦俊所部）是其所统之部，训营（原由唐训方统带，唐赴湖北粮道任，改由何绍彩接统）非其所招，曩所以剖析于左右者，深知训营不顾萧守也。”（《曾文正公书札》，第11卷，第31页。）于是，在湘军中就产生了另一原则：一旦主将如统领、分统、营官、哨官等战死或革差、病退，所部即予以解散，由新指挥官前去挑募；或整军、整营重新改组，选中者改换门庭，投靠新主子，遗弃者遣送回籍。例如，吴国佐因与张运兰不和而被曾国藩借故斥革，其所部几营士兵就是这样处理的。又如，原为塔齐布旧部的朱洪章，就是这样几经辗转、数易其主才投到曾国荃麾下的。这样一来，湘军中各护其长的风气便得到进一步的巩固和加强，临阵各护其长，唯恐头头死去部队改组，影响自己的前程，或被遣送回籍，失去升官发财的机会。也就是说，其保护官长的动机，不仅出于最初招募的私恩私情，还受到其后共同利害的制约。正像王闿运所说的那样：“从湘军之制，则上下相维，将卒亲睦，各护其长。其将死，其军散，其将存，其军完。岂所谓以利为义者耶？”（《湘军志》，第15卷，第8页。）就是说，他们所以这样做，名之为义，实则为利。而这两种因素相互促进、恶性循环的结果，则使整个湘军乃至每军、每营、每哨，实际上都成为以本部长官为核心的谋求私利的武装集团，对内结为死党，对外力谋独立，从全体弁兵到每个组成部分、各级作战单位，都变成私人武装、家兵家将，层层兵权都落入私人手中，再不像旗、绿营兵那样为清朝最高统治者所有了。王闿运所谓“冒死之将，汩廉捐耻，日趋于乱”（《湘军志》，第15卷，第8页。），正是指的这种情况。
八、私谊至上。维系湘军的纽带，除政治、军事、经济、思想等因素外，还有同乡、同学、同年、同事、师生、亲友、兄弟等封建关系。他们不仅在战场上，士兵与下级军官间靠这种关系达到相互救援的目的，而且在政治交往及调兵、筹饷等一切问题上，各统兵将帅之间都通行一种私谊至上的原则，而把上级的命令、同级的公文，乃至朝廷的谕旨，都视为次要的东西。所以，湘军统兵将帅之间每欲奏请一事，凡涉及他人者，必待函商妥当后乃能启奏。否则，不仅达不到目的，反而会把关系弄僵，使事情更难办。曾国藩对此解释说：“盖楚军（即湘军）向来和衷之道，重在函商，不重在奏请也。”（《曾文正公书札》，第18卷，第45页。）左宗棠进攻浙江时深感兵力不足，欲奏调蒋益澧由广西赴援浙江。曾国藩让他先致函刘长佑商定后再行具折奏调（时蒋益澧正随同刘长佑在广西作战），并在信中解释道：“芗泉（蒋益澧字）之能来与否，全视乎荫渠（刘长佑字）中丞之坚留与否。阁下与荫渠为道义金石之交，如能屡函商定，然后以一片奏定，乃为妥善。否则，谕旨俞允而荫公不许，仍属无益。去年奏调萧军几成嫌隙，可以鉴也。”（《曾文正公书札》，第13卷，第42页。）左宗棠依计而行，果然奏效，刘长佑很快将蒋益澧派往浙江，助成左宗棠收浙之大功。可见，在湘军将帅的心目中，堂堂朝命远不如他们圈内人员的一纸私函；且一旦有人违背这一原则，即有朝廷谕旨，亦仍拒不从命，甚至结下私仇，不通音问。
对于曾国藩的这一套搞法以及由此引起的军营风气的变化，当时并不是无人察觉。反对曾国藩的人中，例如具有丰富历史知识的祁寯藻、彭蕴章等，就深恐湘军将来成“尾大不掉”之局，力图预为防范。清政府也不是没有看出问题。咸丰帝为“某相国”一言警醒，立刻收回成命，不让曾国藩署理湖北巡抚，甚至五六年间不肯将地方大权交给曾国藩，在相当大的程度上也是出于维护清朝体制的考虑。但随着战争形势的发展，清王朝赖以生存的所谓“经制之兵”相继瓦解，尤其咸丰十年清军江南大营再次被太平军击溃后，清政府四顾茫茫，无兵可调，无帅可派，只好把两江总督这一重要席位授予曾国藩，依靠湘军这支在一些人心目中不三不四的武装力量来支撑危局。这样，曾国藩集团也就成了清王朝的主要军事支柱和最大的地方实力派。从此以后，战争扩展到那里，湘军的势力也就发展到那里，数年之间，湖南、湖北、江西、安徽、江苏、浙江、广西、贵州、广东、陕西、甘肃等省，都成了湘淮军的地盘。倘若像嘉庆年间镇压白莲教起义时那样，战争一结束即迅速裁撤勇营，恢复旧日的军事体制，湘军这套军营制度或许不会产生这样重大和久远的历史影响。但事实上，俟战争快要结束时，各省绿营额兵大都已经土崩瓦解，或名存实亡，失去战斗力，湘淮军已经成为清政府的主要军事支柱，要将其彻底裁撤，根除湘军军制和由此而来的军营风气，已经根本不可能了。
与此同时，清政府还为恢复绿营额兵进行了一番努力。自湘军攻陷安庆、对太平军稳操胜券以来，不断有人奏请恢复绿营额兵。同治元年江西巡抚沈葆桢奏请整顿江西绿营，其后未能按计划实施。同治二年又有人要求恢复浙江绿营，左宗棠以暂行裁汰绿营额兵复奏。同治三年先是安徽巡抚唐训方，转呈僧格林沁的咨文于两江总督曾国藩，要求恢复安徽绿营，接着湖北巡抚严树森又奏请停补江苏、浙江、安徽等省绿营额兵，清廷遂令各省督抚“妥议具奏”。两江总督曾国藩会同安徽巡抚上奏提出，安徽“原设绿营额兵散亡殆尽”，应“仿照浙江成案，溃卒不准收伍，间存零星孱弱之兵，即予一律裁撤，其营汛将弁缺出，并请暂缓叙补，统俟一二年后军事大定，或挑选勇丁，或招募乡民，次第简补，以实营伍而复旧制。”（《曾文正公奏稿》，第20卷，第17、18页。）这一年，山东巡抚阎敬铭还曾奏请“饬多隆阿募北方将士，教之战阵，择其忠勇者补授提、镇、参、游，俾绿营均成劲旅”，以矫“专用南勇”之弊，兼杜“轻视朝廷之渐”（《清史稿》，第41册，第12384页。）。不料，多隆阿该年死于陕西周至，僧格林沁次年死于山东菏泽，这一打算亦随之落空。与此同时，清政府还曾令直隶总督刘长佑挑练直隶绿营，组建六军，冀成劲旅。但由于兵、户两部的干预，改造很不彻底，致使腐败依旧，战斗力太差，在西捻军面前一触即溃，实验遭到失败。同治七年捻军彻底失败，清廷下令裁撤淮军，但很快发现，撤勇之后别无劲旅，不仅京畿空虚，整个清王朝亦将失去军事支柱，只好收回成命，令湘淮军驻扎各地，维持统治秩序。迨至同治八年曾国藩就任直隶总督重新练兵时，清廷只好同意其奏请，挑选绿营精壮，完全按照湘军营制，由湘军将领进行训练，彻底割断同原绿营的一切联系。虽兵源来自绿营，但军营体制与军营风气全变，故而改名练军，再不是原来的绿营额兵。此后，各省纷纷效仿，也有力复旧制或稍加变通者，但费时耗饷，办理卒少成效。“饷项虽加，习气未改，亲族相承，视同世业，每营人数较多，更易挟制滋事：身既懒弱，多操数刻，则有怨言；性又不驯，稍施鞭笞，则必哗噪。将弁不能约束，遑论教练？至于调派出征，则闻风推诱，其不能当大敌、御外侮固不待言，即土匪盐袅亦且不能剿捕。惟直隶练军皆系勇营规模，其中多有外省勇丁，故尚可用。此外各省积弊大率相同。”（张之洞：《张文襄公奏稿》，铅印线装本，第32卷，第28—29页。）总而言之，绿营制度虽然在历史上延续了很长时期，最后与勇营一起退出历史舞台，但清政府恢复其战前地位与作用的努力，却遭到了失败（参见罗尔纲《绿营兵志》，中华书局1984年版，第74—114页。）。这样，清廷既然无法恢复战前旧有的武装力量和军营体制，也就不能不依靠湘淮军，既然依靠湘淮军，也就不能不承认勇营制度的地位和曾国藩对军营制度的改革。然而，这一改革不仅导致国家兵制和军营风气的极大改变，也使国家政治体制为之大变，由中央集权的削弱和地方分权的增强，最终走向国家分裂和军阀混战的局面。