清政府为镇压太平天国革命所采取的第二项重大政治对策是放权督抚将帅。当然，它在实施中也有一个发展过程。开始恐怕只是无其奈何地听任中央权力的流失，容忍地方督抚侵夺中央权力，而到后来，就有些忍痛割爱，较为主动地将中央的权力下放地方督抚了。自唐代节度使身兼军政，因地方权力过大而终致藩镇割据、走向灭亡以来，后世统治者多接受这一教训，注意正确处理中央与地方的关系，极力防止地方官权力过大，出现尾大不掉之局。以致宋代矫枉过正，颇似有点“宁与友邦，不赐家奴”的味道，不仅将三纲五常强调到灭绝人性的程度，借以约束文武官员和广大绅民的思想，而且对统军将帅多方牵制、忌刻尤深，致使武德不振、将帅无能、军力孱弱、御侮乏术，最后未亡于内而竟亡于外，与汉、唐正好相反，恰成对照。清王朝是满洲贵族建立的一代政权，为保持和巩固自己的统治地位，不仅设立民族藩篱、防止汉族官员掌握军政实权与要害部门，还要防范地方权力过大、尾大不掉，尤要禁绝汉族地方官员身兼军政、养成足可同满族皇室隐隐相抗的实力。所以，二百多年来，清王朝历代帝王都极力限制地方督抚和统兵将帅的权力，将军事、行政、财政、司法、人事大权条块分割，使地方大员各负专责、互不统属，谁都不能自行独立，只能听命于中央。从而将君主专制政体，强化到空前绝后的程度。正像有人说的那样，“东西南北，方制十余万里，手足动静，视中国之头目。大小省督抚，开府持节之吏，畏惧凛凛，殿陛若咫尺。”其“事权之一，纲纪之肃，推校往古，无有伦比。”（梅曾亮：《梅伯言全集》，《柏枧山房文集》，国学扶轮社民国六年版，第2卷，第1页。）而国家遇有战事，将则临时授符，兵则从各处搭配抽调，粮饷则另委大臣设立粮台，专门负责掌管，使他们互为依存，谁都不能拥兵自立。而督抚在战争中的地位更是无足轻重。正像薛福成所描写那样：“国家承平余二百年，凡有大寇，兴大兵役，必特简经略大臣及参赞大臣。继乃有佩钦差大臣关防及号为会办、帮办者，皆王公亲要之臣，勋绩久著，呼应素灵。吏部助之用人，户部为拨巨饷，萃天下全力以经营之。总督、巡抚不过承号令、备策应而已，其去一督抚，犹拉枯朽也。故督抚皆奉命维谨，罔敢违异。”（《庸庵海外文编》，第4卷，第12页。）这种办法行之多年，卓有成效，削平三藩、用兵西陲，乃至镇压白莲教起义，亦皆事事奏功。不料，在太平天国革命面前，这套成法不仅完全失去灵验，而且成为取得战争胜利的主要障碍，可以说生死决于一策，到了非破除不可的时候了。
清王朝镇压太平天国为中心的全国各地各族人民大起义，同嘉庆初年平定川楚白莲教起义时情况已大为不同。由于财政拮据、国库空虚，国家常备军八旗、绿营腐败，清政府既无可用之兵，亦无可筹之饷，以致粮饷多靠自筹，征战主要靠练勇。尤其咸丰十年太平军再破江南大营、顺势夺取苏常富庶地区之后，清政府兵饷两空，主要靠各地督抚将帅以自募自练的勇营艰苦支撑，而清王朝最后得以危而复安，亦全靠这些汉族地方督抚和统兵将帅。故有些满族官员对他们感恩戴德，说“若辈皆百战功臣，若非湘淮军，我们今日不知死所耶！”（《清代吏治丛谈》，浙江省警察协会1936年出版，第4卷，第197页。）然亦有人不承认这一点，拐弯抹角地否定他们的作用。同治元年曾国藩曾颇多感慨地说：“本朝军务，唯川楚一事最不足称，而今人多言之，亦是古非今之见也。”又说：“教匪倡乱，数年未尝被破府城，今粤贼则蹂躏及七八省。然彼时调兵半天下，用饷至数千万。今吾与此匪角逐十年，所用额兵不过千人，余皆自募；所用库饷不及十万，余皆自筹。与往日有劳逸之分，难易之别也矣。历来乱贼未有若是之多，亦未有若是之久，唯北魏末年与此相仿。诚史册所仅见也。”（《能静居日记》，同治元年六月初十日。）
然而，自募自练勇营，则地方督抚须有统兵之权，而粮饷自筹则统兵将帅必须兼领地方。否则，他们皆难以为功，且难以自存。这是因为，当时的战争形势犬牙交错，各自为战，无论地方督抚还是统兵将帅，若非将军事、行政、财政、人事大权集于一身，遇事独断专行，则难以独当一面，也难获得成功。经过数年的战争，地方督抚与统兵将帅都受到严格的检验，凡这样做、做得好的，即得以生存、发展、壮大，反之，则被革、被免、被杀。懵然无知或反应迟钝者，受到历史无情的淘汰，而遇事留心者，终于掌握了这一战争发展规律，曾国藩所谓“细察今日局势，非位任巡抚有察吏之权者，决不能以治军，纵能治军决不能兼及筹饷”（《曾文正公奏稿》，第9卷，第76页。）云者，即属多年实践的切身体验，不应仅仅看作个人权力欲的暴露，即使确有其事，亦位在其次。况且，他这一思想由来已久，大约萌生于咸丰四至七年，因失去署理鄂抚一职而导致坐困江西之时。咸丰八年他在苦劝胡林翼势应夺情服官时，再次强调治军必须兼领地方的道理说：“‘讨贼则可，服官则不可。’义正词严，何能更赞一语。唯今日受讨贼之任者，不若地方官之确有凭借。晋、宋以后之都督三州、四州、六州、八州军事者，必求领一州刺史。唐末之招讨使、统军使、团练使、防御使、处置应援等使，远不如节度使之得势。皆以得治土地人民故也。”（《曾文正公书札》，第6卷，第32页。这里的“宋”指南朝的刘宋。）总之，兵、政合一已成定势，二者缺一不可，合则成，分则败。胡林翼亦有同感。他奉命抚鄂，尤其李续宾三河覆军之后，锐意兵事，苦心筹饷，决心将兵饷两事兼于一身。当左宗棠鉴于吴文镕的教训，责其不善带兵、不应出驻黄州时，胡林翼复函称：“筹饷较易，带兵较难。惟以衰绖出山，不司兵事则此身何以自处？万世之清议其不足畏耶？至公谓带兵非所长，固然。然万事可谦，兵事不可谦。太谦则怯，太谦亦近伪。况目今十八省之上座者，尚以不肖为最能兵耶？此二年之中应在黄州，兼司饷事，决不能安坐堂皇，如寻常服官模样。”又说：“此出为不得以之变局，受印不过为饷事耳。”（胡林翼：《胡文忠公遗集》，同治六年刊，第62卷，第16页。）咸丰十一年春他在敦劝李续宜速赴安徽巡抚任时还说：“理财必先政事，吏事尤为兵事之本。”“然处艰巨危难之时，非带兵不可。仅带兵而吏治不饬，民生无依，即日杀千贼无补大局。故非兼地方不可。”“为皖计，为公计，以受印为正。”（杜春和、耿来金编：《胡林翼未刊往来函稿》，岳麓书社1989年版，第79页。）也都是在讲兵事和饷事的极端重要性及二者密不不可分的关系。曾国藩统军最早，战功最著，只因不得督抚之位，长期客军虚悬，军势日弱，处境艰难。刘蓉最后兵败陕西、全军覆没，亦是辞去署抚、专领一军所致。至于督抚因不习兵事、没有自募练勇而导致败亡的例子，则更是不胜枚举，咸丰初年三江两湖被革、被杀的督抚，多属这种情况。故薛福成在论及清代督抚地位的变化和历史成因时说：“咸丰之世粤寇势张，首相赛尚阿与总督徐广缙，相继奉命督师剿贼，皆无远略以偾厥事。自时厥后，或用尚书侍郎及将军提督为钦差大臣，或用各行省督抚兼任兵事，而能有成功者则在督抚为多。曾文正公以侍郎剿贼，不能大行其志，及总督两江而大功告成。以其有土地人民之柄，无所需于人也。是故督抚建树之基，在得一行省为之用，而其绩效所就之大小，尤视所冯之地以为准焉。”何哉？“大抵多事之秋莫急于筹饷，饷源以地丁、漕政、盐政、关税、厘金为大宗。”“夫承平时筹饷之权固在户部。疆事糜烂，关税而外户部提拔之檄不常至，至亦坚不应。盖事机急迫，安危系之，斯时欲待户部济饷势所不能；而疆臣竭蹶经营于艰难之中，则部臣亦不能以承平时文法掣之。故疆臣之负才略者，转得从容发舒，以成夷艰济变之功焉。”（薛福成：《庸庵全集·海外文编》（以下简称《庸庵海外文编》），光绪十三年刊，第4卷，第12、13页。）当然，对清政府来说，则不只由于对战争规律认识不清，也与其偏私、短见、缺乏气魄有关。
在清政府中，反对重用汉臣、放权督抚将帅最力者，是汉族官员中的旧贵族，其代表人物是军机大臣、大学士祁寯藻、彭蕴章。咸丰帝则摇摆于祁、彭与文、肃之间。曾国藩在湘淮将帅中地位最高、名望最隆、带兵最早、战功最著，为满汉贵族疑忌亦最深，也就不可避免地成为矛盾的焦点。
咸丰三年曾国藩出任湖南团练大臣，仅奉“帮同办理本省团练乡民搜查土匪诸事务”的命令，借机创办湘军、担当镇压太平军的重任，完全是他自作主张，并未接奉明确命令。后来虽奉命办理炮船，似亦并不包括当时业已大致办理就绪的陆师在内。所以，他要谬将“团练”一词分之为二，声言自己不办保甲而专办练勇，以使自己的做法合法化。而咸丰帝最初命湘军出省作战的上谕，亦称曾国藩之水师、塔齐布之陆师云云，并不把曾国藩视为整个湘军的统帅。因而，他所创办的湘军最初只处于半合法的地位，一旦军事受挫，就立刻出现生存危机。咸丰四年曾国藩率军东征之初，即一败于岳州、再败于靖港，长沙一片“解散”声，朝中也有人大肆挑拨，若非湘潭取胜，恐怕曾国藩性命难保，湘军也可能夭折。黎庶昌在追述其带兵经历时说：“方兵之初起，大学士某倡言于朝日：‘曾某以在籍绅士，非上所令召，而一呼万人，此其志不在小。’语浸淫上闻。湘潭克复，奏捷至京师，大臣或指为妄，上心知非是。一日特旨召见编修袁芳瑛，问所以破贼状”，“因举颠末为上备陈之。上大悦，即日授芳瑛松江知府，而公（指曾国藩）志以明。”（黎庶昌：《拙尊园丛稿》，光绪十六年刊，第3卷，第4页。袁芳瑛湘潭人，曾国藩的好友、亲家。）这就是说，湘军以其优于八旗、绿营的战斗力争得了合法地位，曾国藩以汉族文臣也取得了带兵的权力。满洲贵族一向最忌汉臣掌实权、掌兵权，尤忌像曾国藩这样有名望的汉族文臣掌握兵权。咸丰帝一时迫于太平天国的军事压力，准许曾国藩独自带兵，已经有违祖制，从祖宗家法上后退了一步，若要他再向后退，那就更加不易。所以，咸丰帝只令曾国藩带兵，不让他兼领地方。他可以任命江忠源为安徽巡抚，胡林翼为湖北巡抚，就是不肯任命曾国藩为其所在省份的巡抚。很显然，江、胡受命之时，并没有像曾国藩那样手中握有近两万人的重兵，其名望与资历也无法同曾国藩相比。故而不易勾起咸丰的心病。
咸丰四年秋，曾国藩率军攻占湖北省城武昌，咸丰帝闻报大喜，立即任命尚未服阕的曾国藩署理湖北巡抚。不料，某相国一言触到其痛处，使之翻然悔悟，立刻收回成命。薛福成《书宰相有学无识》一文对此作了较为生动的描述：“捷书方至，文宗显皇帝喜形于色，谓军机大臣日：‘不意曾国藩一书生，乃能建此奇功。’某公对曰：‘曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居间里，一呼，蹶起从之者万余人，恐非国家福也。’文宗默然变色者久之。由是曾公不获大行其志者七八年。”（《庸庵文续编》，卷下，第7—8页。）这里的“某公”与上文黎庶昌所说的“某大学士”曾长期被人们认为是指当时的军机大臣、体仁阁大学士祁寯藻，后来此事传入曾国藩耳中，似乎他也指目祁寯藻。而笔者在查阅《清实录》时发现，早在曾国藩攻占武昌前祁寯藻已请假在家，随之休致，前后数月未去军机处上班，似无此可能，曾专文予以考辨，认为这里的“某公”最大的可能是指彭蕴章。彭当时也是军机大臣，未有请假之事，且反对重用汉臣，观点与祁相同。还有记载说：“蕴章在枢府日，唯阿取容，从无建白，外间戏以彭葫芦称之。久之，闻于上。一日，曾国藩奏某处大捷，文宗临朝嗟赏。蕴章忽曰：‘国藩以一书生出总师干，权力渐盛，不可不防。’文宗云：‘今日葫芦亦开口了。’肃顺将此语述之幕僚，传诸曾耳，颇为畏惧，军事不免趋于保守。”（章士钊：《热河密札疏证补》，《文史》，第2辑，第94页脚注。）此亦可作为旁证。而黎文所说的“某大学士”，却似指祁无疑。因为祁在道光末年即已晋升体仁阁大学士，而彭直到咸丰五年方授协办大学士，湘军东征事在咸丰四年。不过，有一点可以肯定，薛文中的“某公”无论指祁指彭，则他们反对重用汉臣，极力压制湘军，却是一致的。对于这一点，《清史稿》亦有记载。其彭蕴章传称：“蕴章久直枢廷，廉谨小心，每有会议，必持详慎。”“两江总督何桂清素以才敏自负，蕴章误信之，数于上前称荐。十年江宁大营溃，蕴章犹言桂清可恃。未几，苏、常相继陷，桂清逮治。文宗以蕴章无知人鉴，眷注寝衰。”（《清史稿》，第38册，第11678页，第11683页。）对照薛文“又有相国某公者，以咸丰初年入政府，后遂为首相，力荐何桂清兼资文武，必能保障江南。迄苏常告陷，犹不悟，力庇桂清，谋贳其罪。”则知此公为彭蕴章（咸丰六年入值，次年递升领班军机大臣，十年罢值）。彭于肃顺死后复“征起”，“条议时事颇备”，“其大旨谓楚军遍天下，曾国藩权太重，恐有尾大不掉之患，于所以撤楚军、削曾公权者，三致意焉。是时曾公负朝野重望，天子方倚以平贼。军机大臣见而哂之，由是不获再用。”（《庸庵文续编》，卷下，第8—9页。）因系宫廷密事，不可能见诸档案，故多属传闻，无切实记载。所以，有关他们二人的言行，传述有误或张冠李戴者都是有的，但主旨大致不错，足可说明在是否重用汉臣、允许地方督抚集权一身的问题上，清政府内部确实发生过长达数年的矛盾和斗争。而这些矛盾斗争主要在肃顺和祁、彭之间进行，其焦点又往往集中在湘军首领曾国藩身上。此亦可见，肃顺对他们的排挤与压制，并非仅仅出于个人权欲或性格上的恣横，也反映了当时战争形势的紧张和这场矛盾斗争的尖锐、激烈。也就是说，在太平天国百万大军的逼迫下，清政府已经到了生死存亡的关头，而这场斗争的结局，则将决定着清王朝的命运，且可供选择的余地亦愈来愈小。所以，当咸丰十年江南大营被毁、苏常失落之后，清政府只得将两江大权交给湘军领袖曾国藩，至于尾大不掉云云，只好留待后议了。