清政府于授予种种军政大权的同时，在用人、筹饷等方面也为曾国藩大开方便之门。咸丰十年之前，曾国藩奏保属僚很少获准。咸丰九年先是为令李鸿章主持筹建淮阳水师，保奏其补授两淮盐运使而不可得，尽管李鸿章此时已是按察使衔候补道员。随后，保奏其在江西南丰原籍办理团练的老友吴嘉宾（翰林出身，受过处分）升为候补同知，亦遭吏部议驳。咸丰十年出任江督之后，曾国藩大批保奏其部将、属吏与幕僚，每次少者三四名、多者八九名不等，则几乎无不批准。有时所保人员有违成例，被吏部驳回，曾国藩则稍加修改，再次上奏，清政府只好照准，并应曾国藩的请求，在每年分发外省的新进士中特为安徽一省增额十六名，“他省不得援以为例。”（《曾国藩全集》，第6册，第3219页。）
在用人问题上，有请必应尚不为奇，尤为出格的是，中央政府对曾国藩所辖四省抚、藩大员，乃至与之相邻的闽浙总督的去留、任命，都征求曾国藩的意见。咸丰十一年夏秋曾国藩“叠奉谕旨饬令保举人才”。十一月“又钦奉寄谕令保封疆将帅”，并令其“密查”江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄“能否胜任”。曾国藩以“该二员似均不能胜此重任”（《曾文正公奏稿》，第14卷，第69、63、66页。）入奏，并荐举李鸿章、左宗棠分别办理江、浙两省军务，准许专折奏事。十二月清政府批准安徽巡抚彭玉麟的辞职要求，随即谕令曾国藩荐保安徽巡抚。上谕称：“安徽巡抚现在荐用乏人，著曾国藩于所属司道大员内择其长于吏治、熟悉军情者，不必拘定资格，秉公保奏一二员，候旨简放。”（《曾文正公奏稿》，第15卷，第1页。）同治元年正月清政府又令“曾国藩、左宗棠随时查访，将能胜苏、浙两省监司道府之员保奏前来，以备简用”，并就“福建本省吏治官常”，“着曾国藩详加访察。如闽省督抚均属未能胜任，即行据实奏参”，“并将能胜该省督抚之员，采访确实，列名具奏。”（《曾国藩全集》，第4册，第2036—2037页。）
曾国藩以恩遇太过，有侵夺君权之嫌，遂上奏申明己见，以避疆臣贪权之名。他在《金陵未克以前请不再加恩臣家片》中说：“前此叠奉谕旨，饬臣保举江苏、安徽巡抚，倾复蒙垂询闽省督抚，饬臣保举大员，开列请简。封疆将帅乃朝廷举措之大权，如臣愚陋，岂敢干预。嗣后臣如有所知勘膺疆寄者，随时恭折入告，仰副圣主旁求之意。但泛论人才、以备采择则可，指明某缺径请迁除则不可。不特臣一人为然，凡为地方督抚者，皆不宜指缺保荐督抚。盖四方多故，疆臣既有征伐之权，不当更分黜陟之柄。唯风气一开，流弊甚长，辨之不可不早，宜预防外重内轻之渐，兼以杜植私树党之端。”同时要求严格组织纪律，加强对地方大吏的管理。“其督抚有任可履者，不准迁延不到，亦不准他省奏留，庶几纲纪弥肃，朝廷愈尊”（《曾文正公奏稿》，第15卷，第17—18页。）这就是说，在曾国藩看来，清廷此举虽迫于时势，自有一番道理，但作为一个地方大吏，清廷所授予他的权力，已超过其自身，即在长江中下游地区打赢这场战争的需要，且使自己处于涉嫌越权的被动地位，为保全名声，不能不上奏郑重声明，以脱卸今日之责任，亦为将来预留地步。
在筹饷方面清政府也给予曾国藩以大力支持。同治元年五月曾国藩奏请征集广东厘金以济江苏、浙江之饷，受到两广总督劳崇光的坚决反对。清廷立刻罢免劳崇光，以奉命赴粤办理厘金的曾国藩同年晏端书接任粤督，并任命曾国藩的好友黄赞汤为粤抚。不久，曾国藩又因粤厘征管不力、所入太少，与晏、黄二人发生矛盾，清政府又罢免晏、黄，以曾国藩好友毛鸿宾、郭嵩焘分别补授广东督、抚。没有清朝中央政府的支持，作为两江总督的曾国藩根本不可能到广东抽收厘金，更不可能征足定额。而没有这一部分厘金以扩充饷源，曾国藩也难竟攻陷天京的最后一篑之功。
与此同时，清政府还任命大批曾国藩集团的首脑人物与骨干成员担任战区各省的督、抚、藩、臬及提、镇大员。继咸丰三年任命江忠源为安徽巡抚、咸丰五年任命胡林翼为湖北巡抚之后，咸丰十年闰三月任命刘长佑为广西巡抚，十月任命严树森为河南巡抚。十一年正月任命李续宜以安徽按察使署理巡抚，二月任命毛鸿宾署理湖南巡抚，五月任命张运兰为福建按察使。七月，毛鸿宾实授湖南巡抚，骆秉章补授四川总督。九月，命彭玉麟为安徽巡抚，李续宜调任湖北巡抚，刘坤一补授广东按察使。十二月，任命左宗棠为浙江巡抚，沈葆桢为江西巡抚，李桓为江西布政使。李续宜调任安徽巡抚，严树森调任湖北巡抚，彭玉麟辞安徽巡抚，改任兵部侍郎。同治元年正月命曾国藩以两江总督协办大学士，任命鲍超为浙江提督、蒋益澧为浙江布政使、曾国荃为浙江按察使、陈士杰为江苏按察使。三月命李鸿章署理江苏巡抚。五月曾国荃升浙江布政使，刘典补授浙江按察使。八月，刘长佑补授两广总督。十月李鸿章实授江苏巡抚，阎敬铭署理山东巡抚。十一月丁宝桢补授山东按察使，厉云官补授湖北按察使。十二月，刘长佑调任直隶总督。同治二年三月左宗棠晋升闽浙总督，曾国荃升补浙江巡抚，万启琛补授江苏布政使。四月唐训方补授安徽巡抚。五月毛鸿宾迁两广总督，恽世临补授湖南巡抚。六月郭嵩焘补授广东巡抚。七月刘蓉补授陕西巡抚。十一月阎敬铭实授山东巡抚。同治三年五月杨载福补授陕甘总督。六月曾国藩赐一等侯爵，曾国荃、李臣典、萧孚泗依次赐一等伯、子、男爵。九月左宗棠赐一等伯爵，鲍超赐一等子爵。在此前后，李鸿章亦赐一等伯爵。这样，曾国藩集团以三江两湖为基地，势力不断膨胀，战争发展到哪里，他们的势力便扩展到哪里，南至两广、云、贵、川，北至直隶、山东，东至苏、浙、闽，西至陕、甘，都可以碰到他们的触角。事态的发展竟为彭蕴章所不幸言中，曾国藩集团一发而不可收，终成尾大不掉之局。
§§§第四节 内轻外重的形成与清政府的对策
清政府虽然利用曾国藩、胡林翼、左宗棠、李鸿章等人和他们手中的湘淮军将太平天国革命镇压下去，使清王朝摇而不坠、危而复安，保住了满族王室至高无上的地位，但在这一遍及全国、长达十四年之久的战争过程中，很大一部分原属中央政府的权力，如军事、财政、人事等项大权，都渐渐落入地方督抚，尤其最大的地方实力派曾国藩集团手中。如前所述，绿营兵由各省提督统带，而提督又辖于总督。依照清朝制度，总督作为地方最高行政长官，且侧重于军政，是应掌有兵权的。但实际上，总督多为文官，尤其汉员总督，一向为武官所轻，除自己的督标营外，并不能超越提督直接干预营务。提督只听命满族王室，并不听命于总督。咸丰三年湖南提督鲍起豹挑动提标兵围攻曾国藩公馆，伤及亲兵。曾国藩告到湖广总督吴文镕处。吴与曾有师生之谊，且完全支持曾的做法，却对鲍起豹无可奈何，只能上奏朝廷，听候处理。曾国藩不愿在自己尚未站稳脚跟之前打这场官司，只好“打落牙齿和血吞”，并发愤练成自己的军队。至于侧重于民政的巡抚，除自己的抚标营外，更不能干预营务，只有那些不设提督、由巡抚兼任提督的省份例外。所以，无论总督还是巡抚，实质上都没有掌握兵权。迨至咸丰、同治年间，由于兵不可用，各省纷纷募练勇营同太平军作战，加以清政府无力供饷，于是，这些勇营就成为地方督抚自募、自练、自养的武装力量。岂料饷源的转移带来兵权的转移，当勇营成为清王朝主要的军事支柱时，国家的兵权也就落到地方督抚手中。因为粮饷掌握在他们手中，直接带兵的提镇大员也就失去了独立性，变为督抚的属员。而掌管军营日常业务的营务处（相当今天军中之参谋部），则由布政使、按察使兼领，分别为总督与巡抚掌管营务。实行稍久，渐成定例。据说，阎敬铭就曾以署理湖北布政使、署理湖北按察使的身份兼领湖北总营务处衔。（《清代吏治丛谈》第4卷，第76页。）这就是说，民以食为天，兵以饷为命，谁供饷就听命于谁。以前军队由国库供饷，属于国家所有，这些直接带兵的提镇大员听从中央政府指挥，现在军队由地方供饷，属于地方所有，这些直接带兵的提镇大员也就只听从地方督抚指挥，不再听命于中央了。
清朝各省财政，本来由布政使掌管，而布政使又直属户部。故各省每年财政收入，皆需上报户部，听候调拨，督抚不得擅自动用。而咸丰、同治以来，用兵日久，情况发生很大变化，不仅逐渐成为主要经济收入的厘金完全由督抚支配，而且原本应交户部的地丁、漕折、关税、盐课等项银两，也被督抚截留，大半充作军饷。由于他们统带的勇营武装名为官军，理应由国库供饷，中央政府既然无力发饷，也就等于欠了地方的款项，当然也就不敢调用地方常税，认真查问督抚自筹款项的收支情况了。所以，办理战争期间的地方军费报销，亦徒具形式，不过争个名份而已。同治三年曾国藩曾在一封奏折中较为明确地谈论过战争前后清朝财政制度所发生的这一变化。他说：“前代之制，一州岁入之款，置转运使主之，疆吏不得专擅。我朝之制，一省岁入之款，报明听候部拨，疆吏亦不得专擅。自军兴以来，各省丁、漕等款纷纷奏留，供本省军需。于是，户部之权日轻，疆臣之权日重。”（《曾文正公奏稿》，第20卷，第24页。）既然曾国藩敢于形诸奏章，并以此作为同沈葆桢争夺江西厘金的根据，这种情况也就成为尽人皆知的事实，并为清政府所认可，否则，是根本不可能的。这样，原来为户部执掌一省财政大权的布政使，也就转而听命于督抚，成为替督抚理财的属员。于是，中央政府的财政大权便落入地方督抚的手中。这就是说，作为一个布政使，虽仍理财，虽仍执掌一省财政大权，其隶属关系改变了，一省的财政大权也就易手了。与此同时，原来掌管一省司法、监察大权的按察使，也失去独立性，由直属刑部的地方大员变为督抚的属员。这样，原来一省之中的所谓三宪，即巡抚、布政使、按察使比肩而立的情况也就不复存在，而为督抚专政、一长独尊的局面所取代。对于此种情形，早在同治元年曾国藩就曾在一封奏折中作过生动的描写。他说：“臣在外多年，忝任封疆，窃见督抚权重由来已久。黜陟司道，荣辱终身，风旨所在能使人先事而逢迎，既事而隐饰。不特司道不肯违其情，即军民亦不敢忤其意。”（《曾文正公奏稿》，第16卷，第71页。）曾国藩这里所说的“司道”与“军民”，当然包括布政使、按察使与提督在内。而折中所涉及的官员，则主要是江宁布政使薛焕、江苏按察使查文经、江宁盐巡道英禄、江安粮道王朝纶。他在私下谈论中还说：“督抚在任，势足动天地。一举足则从者如云，一出口则诺者雷动；昼则羽仪照耀，夜则列炬星布。”（《能静居日记》，同治六年九月初四日。）可见其权势之重。薛福成亦称：“自曾文正、胡文忠诸公乘时踔起，铲去文法，不主故常，渐为风气，各省自司道府以下，罔不唯督抚令是听。于是，政权复归一。”（《庸庵文续编》，卷上，第40页。）曾、胡所“铲去”的“文法”，当然就是战前那些限制督抚权力、防其拥兵自立的种种规定。这些“文法”不“铲去”，是无法实现督抚专政的。同治六年曾国藩的心腹幕僚赵烈文所说的“师（指曾国藩）历年辛苦，与贼战者不过十之三、四，与世俗文法战者不啻十之五、六。今师一胜而天下靡然从之，恐非数百年不能改此局面”（《能静居日记》，同治六年六月二十三日。），也是讲的这个意思。
与之俱来的另一重大变化，就是原属中央的人事大权，有很大一部分落入地方督抚手中。清代定制，三品以上文武大员的任命，无由军机处在记名人员中初选数名，差额呈进，最后由皇帝硃笔圈定简放。三品以下官员缺额则一分为三，文官分别由皇帝、吏部、督抚任命，武官分别由皇帝、兵部、总督、提督任命，各有定额，不得侵混。所以，地方督抚的用人权是有限的。而自用兵以来，司道以下官员的任命，多由督抚奏定，一省人事大权也落入督抚手中。故郭嵩焘称：“往时朝廷有纠参、有保举，同官及部民相与诘于上司，有揭告。今则纠参、保举唯督抚之自为政。朝廷黜陟有言及者，多置不理。同官揭告两败俱伤，不计是非。”（郭嵩焘：《郭嵩焘日记》，咸丰八年七月廿四日。）而更有甚者，则邻省督抚的任命，有时也要征求有力督抚的意见。咸丰、同治以来此种事例甚多，除前面提到的清政府曾就江浙两省巡抚是否胜任、苏皖两省巡抚的人选，乃至闽浙总督的任免等项征求曾国藩的意见外，同治元年七月清政府还就湖北藩、臬大员的任命，令两江总督曾国藩、四川总督骆秉章于李榕等五人中奏荐人选。（《曾国藩全集》，第5册，第2541页。）而类似的例子则不只这些。据薛福成《骆文忠公遗爱》称：“当是时，曾文正公督两江，凡湖广、两粤、闽浙等省大吏之黜陟及一切大政，朝廷必以谘之；骆公督四川，凡滇、黔、陕、甘等省大吏之黜陟及一切大政，朝廷必以谘之。二公东西相望，天下倚之为重。”（《庸庵笔记》，第2卷，第10页。）李榕也说：“外臣恩遇于节帅特隆，南服之封疆将帅，凡有黜陟，皆与赞画。将也，相也，节帅之任重道远矣！”（李榕：《十三峰书屋全集·书札》（以下简称《十三峰书屋书札》），成都文伦书局，第1卷，第22页。节帅，指曾国藩。）
对满洲贵族来说，更为严重的问题是，经过一场战争之后，这些手握军政大权的督抚，汉员越来越多，旗员越来越少，有时甚至清一色汉人，没有旗员，与战前形成鲜明的对照。其时，全国总督缺额十名，巡抚缺额十五名，现仅以太平天国革命爆发时的道光三十年与标志其失败的同治三年为例加以考察。道光三十年十缺总督旗人占其四，汉人占其六；十五缺巡抚旗人占一缺，汉人占十四缺。同治三年十缺总督旗人占其二，汉人占其八；十五缺巡抚全为汉员，无旗员。值得注意的是，这些汉员督抚中的不少人，如直隶总督刘长佑、两江总督曾国藩、陕甘总督杨载福、四川总督骆秉章、闽浙总督左宗棠、两广总督毛鸿宾以及江苏巡抚李鸿章、山东巡抚阎敬铭、陕西巡抚刘蓉、浙江巡抚曾国荃、江西巡抚沈葆桢、湖北巡抚严树森、湖南巡抚恽世临、广东巡抚郭嵩焘、贵州巡抚张亮基，计有十四名，约占二十五缺的一半以上，属于最大的地方实力派曾国藩军政集团首脑、成员或朋友。而其中曾国藩、左宗棠、李鸿章手中都握有重兵，多则十万，少则六、七万。一旦天京陷落，太平天国这个主要敌人消失，这二十几万军队就成为清政府的最大威胁。不过，李鸿章资历尚浅，左宗棠、沈葆桢同曾国藩隔阂已深，都不可能有太大作为。这样，统带十万之众的曾国藩兄弟，尤其集结于江宁城内外的五万湘军，就成为清廷的最大心病。于是，“用箭当用长，擒贼先擒王”。清政府为解除汉人督抚对它的威胁，便首先拿曾氏兄弟开刀，直接带兵的前线指挥曾国荃，更是首当其冲。