多年来清政府虽然对曾氏兄弟备加信用，赏赐有加，而暗中却一时一刻也没有放松对他们的警惕。咸丰十一年工部侍郎宋晋曾上奏清廷，献五省兵饷统筹之议，“请以曾国藩总统四川、湖北、湖南、江西、安徽五省，督办东征军务。”（《清史稿》，第40册，第12178页。）同治元年御史朱潮复献七省会剿之策，奏请将东南“兵事责曾国藩总之”，集湖南、湖北、江西、江苏、福建、广东、四川七省之力“协同会剿”，使“数省督抚，如出一人，千里指挥，若在肘腋”，以改变目前这种“画疆自守”（《曾国藩全集》，第4册，第2085页。）、省自为战的不利局面。这显然是让曾国藩担负类似经略大臣的使命，近于总握全国兵权。清政府当然不会授予他这样大的权力，所以，虽朱潮所奏切中东南战事“贼合而我分”的时弊，清政府仍借口“与现办情形均属不相符合”（《曾国藩全集》，第4册，第2083页。）而予以否定。据说，曾国藩攻陷天京后所得到的爵赏，清政府也打了折扣。薛福成在《曾左二相封侯》中称：“曩闻，粤寇之据金陵也，文宗显皇帝顾命颇引为憾事，谓‘有能克复金陵者，可封郡王。’及曾文正公克金陵，廷议以文臣封王，似嫌太骤，且旧制所无。因析而为四，封侯、伯、子、男各一。”（《庸庵笔记》，第2卷，第8页。）
实际上，清政府不仅限制曾国藩的权力和爵位，而且在军事上暗中早有切实布置，对他时时加以防范。自咸丰五年以来，清政府就令湖广总督官文（荆州将军改任）虎踞长江上游的武昌，以建瓴之势，自上而下地监视逐渐控制东南各省军政大权的曾国藩集团。尽管其一无作为而每年挥霍大量钱财，却仍官位连连升迁。咸丰八年授协办大学士，咸丰十年迁文渊阁大学士，同治元年晋文华殿大学士，同治三年封一等果威伯，以酬其劳。而曾国藩同治元年始授协办大学士，同治六年方迁体仁阁大学士，至死也没有升到文华殿大学士，仅以尚低一级的武英殿大学士而告终。两相对比之下，方显出清政府用心之深。此外，还令都兴阿、富明阿先后任江宁将军，统带冯子材等军，驻扎扬州、镇江一带，僧格林沁率满蒙马队及陈国瑞等军驻扎皖北一带，形成对曾国藩湘军的钳制与包围之势。追至同治三年六月吉字营等部攻陷天京后不久，清政府就抓住天京窖藏金银与幼天王下落问题，对曾氏兄弟步步进逼，命曾国藩追查与严惩放走幼天王的官员，并警告曾国荃等湘军将领，勿得“骤胜而骄”，责令曾国藩对之“随时申儆”，“庶可长承恩眷”（《能静居日记》，同治三年七月二十一日。）。而对早在一年之前就已实授浙江巡抚的曾国荃，清廷则既不令其赴任，也不准其单折奏事。曾国藩面对兔死狗烹的威胁，既乏取清自为之志，更无北伐必胜之算，只好迅速裁军，自剪羽翼，以释清廷之疑。不过，曾国藩裁军亦有自己的打算。他只撤湘军，不撤淮军，只撤曾国荃所部之勇，不撤鲍超等部之勇，更不撤湘军水师。即曾国荃所部的裁撤，亦先撤依附于吉字营的韦俊、萧庆衍等军二万五千人，再撤萧孚泗、李臣典部，最后裁张诗日部，而将刘连捷、朱南桂等部调往皖南等地，保存下来。然而，曾国藩毕竟将江宁内外的湘军裁撤几尽，只留几千人守城，并令曾国荃辞去浙江巡抚职务，回籍养病，使清政府彻底放下心来。清廷见曾国藩已经驯服，就不再追查天京窖金下落与放走幼天王的责任，也没有批准左宗棠、沈葆桢将幼天王、洪仁玕槛送京师的奏请，下令在南昌就地处死，免使曾国藩过于难堪。
与此同时，清政府还为恢复绿营额兵进行了一番努力，但最终却遭到了失败。这样，清廷无法恢复战前旧有的武装力量与军营制度，也就不能不依靠湘淮军，既依靠湘淮军，也就不能不重用靠湘淮军起家的将领、幕僚，也就无法收回这些人在战争中获得的地方军政实权，改变战争所造成的内轻外重的权力格局。同治七年清政府调两江总督曾国藩就任直隶总督，冀以改变其权力构成上内轻外重的局面。结果，自此以后，直隶总督几乎成为湘淮将帅的专席，不仅没有收回过去丧失的地方实权，反而使国家外交、乃至整个军政实权渐渐落入疆吏手中。
那拉氏虽然收回相权恢复了战前极端的君主专制制度，但却无法收回战争过程中失落到地方督抚手中的权力，也无法改变整个权力构成上内轻外重的格局。于是，便耍弄权术，利用自己至高无上的地位，千方百计地抑制汉族督抚，借以维持清王朝的统治。综合其手法，主要有两个方面：一是分化曾国藩集团，孤立和压抑曾国藩及其至亲密友；一是动员这个集团以外的力量，从舆论上压抑这个集团，以达到政治上某种程度的平衡。
曾国藩集团虽在镇压太平天国革命问题上是一致的，但其内部并非铁板一块，出于种种原因，形成曾、胡、左、江、李五大派系。江、胡死后，胡派消失，江派势弱，势力较强的主要是曾、左、李三派。各派之间，尤其曾、左之间，从历史渊源上即分别来自穆彰阿与林则徐两个派别，在镇压太平天国的战争中渐合为一，共同对敌，当其胜利在握、一步步走向最后胜利的时候，内部又趋于疏远，渐渐产生隔阂。同时，李鸿章本属第二代头目，其地位最初尚不及曾国荃。只因淮军赴沪后很快由洋枪洋炮装备起来，战斗力大为提高，加以湘军逐渐裁撤，淮军成为主要武力，故其地位迅速上升。这样，就为那拉氏的分化政策提供了可乘之机。
清政府分化曾国藩集团的政策主要可概括为佑沈压曾、佑左压曾和抑湘扬淮、抑曾扬左数条。同治三年三月正当曾国藩粮饷困难、日夜忧惧围攻天京之役功亏一篑之时，江西巡抚沈葆桢未经协商，突然奏准将原解安庆粮台的江西厘金全部截取，留充本省之饷。曾国藩闻讯惊慌，上疏力争。清政府乘机偏袒沈葆桢，不仅将曾国藩经办的江西厘金全部划拨给沈葆桢使用，户部还在复奏中谎称，曾国藩每月至少可得四川等省协饷银十万两，使曾国藩在粮饷最为困难之时骤失每月几万两的饷源，于权重自危之际背上广揽利权、贪得无厌的恶名。由此引发了曾、沈之间的一场大争大闹。沈葆桢本属曾国藩的幕僚，当其进退无依之际收入幕府，征收厘金、办理营务。曾国藩对他备加赏识，荐其才堪封疆之寄。当其负气回籍、坚卧不起之时，曾国藩又力主起用沈葆桢，清政府据此将他由道员超擢江西巡抚。这种情况，不仅当时极为罕见，即曾国藩一生所荐人员，亦只有他与李鸿章二人。其后，沈葆桢延宕不肯出山，清政府再次发谕征询曾国藩对其出处的意见，似有收回成命、改变赣抚人选之意。曾国藩重申前说，坚守成命，并担保沈葆桢很快就会赴任，方保住他的巡抚之位。由此可见，曾、沈二人虽人事渊源上并非同流，但一经结合，关系还是相当紧密的。不料，经此一闹关系疏远，二人皆受损伤，而只有清政府坐收渔人之利。更使曾国藩苦恼的是，二人从此结怨，此波平息不久，又兴更大波澜。
曾国荃攻下天京后，纵兵烧杀淫掠，防务松弛，刚刚炸开的城墙豁口，无人把守，李秀成乘机率军冲出，幼天王即在其内。李秀成本人虽中途落单被俘，而这支队伍却逃往安徽，打算与驻扎湖州的黄文金部会合。清政府探知这一消息后，曾一再令曾国藩认真查察，勿使幼天王逸出。曾国藩并未认真调查，听信部下谎报军情，声称幼天王不被大火烧死，即死于乱军之中，绝无逸出之事。李秀成被俘后，真相本已大白，但曾国藩为掩饰胞弟及其部下的过失，一直心存侥幸，不肯据实上报。不久，左宗棠从逃出的难民中得知，幼天王已随太平军逃往广德，并从广德逃往湖州，遂一面函知曾国藩，一面上奏清廷。清廷便发布谕旨，责备曾国藩所报不实，并下令惩办防范不力的将领（参见朱东安《曾国藩传》，第230—231页。），使清政府与曾家兄弟的关系骤形紧张，曾、左之间亦发生一场争斗。以笔者之见，曾国藩集团内部的这两次争闹，情况显有不同。若以统治阶级立场与利益而论，上次沈葆桢理屈，这次曾国藩理屈。对于幼天王等一千多名太平军逃出天京一事，曾国荃确有责任，曾国藩也说了谎。但曾国藩认为清政府偏向左宗棠，怨恨左宗棠吹毛求疵，不顾同乡、同事及多年患难情谊，也并非全无道理。否则，左宗棠攻陷杭州时十万太平军突围而去，清廷不出一词，而天京城破走脱千人何必苦苦追究，揪住不放？于是，曾国藩一面陆续裁勇，以消除清廷心病；一面包庇胞弟，抗命不办。其复奏之折不仅以无人把守豁口相搪塞，且以杭州之事反唇相讥。清廷见查无实据，曾国藩又死不认账，只好留待后议。不料这年九月，幼天王不幸与大队失散，为江西湘军席宝田部所俘。沈葆祯、左宗棠乘机报复，二人一唱一和，张大其辞，坚请将洪天贵槛送京师，以彰曾氏兄弟走脱要犯之罪。曾国藩认为，自己临渊履薄之时，被左、沈二人从背后击一猛掌，心中恼怒而有口难辩。从此关系疏远，曾、左终生不通书问，曾、沈则多年后始有书信往来。
在曾国藩集团中，曾国藩与胡林翼、李鸿章关系最好，而曾、李二人则尤为密切。李鸿章之父李文安是曾国藩的会试同年，早在道光年间，李瀚章、李鸿章兄弟就以“年家子”的身份投到曾国藩门下，读书受教，具有名副其实的师生关系。其后，兄弟二人又双双充任曾国藩幕僚，得其保奏，位至督抚，说他们的功名禄位均授自其师亦似乎并不过分。然而，时过境迁，关系却发生了变化。尤其当湘军陆续裁撤、淮军的作用越来越大，曾国藩身家地位的维持有赖于李鸿章淮军之时，则已不是李有求于曾，而是曾有求于李了。而李鸿章的性情又不同于彭玉麟、鲍超诸人，往往官迷心窍、眼睛向上，有“拼命做官”（俞樾：《春在堂随笔》，上海文明书局，第1卷，第6页。）之谓，无患难与共之称。咸丰十年就曾以其师自投“绝地”而借口离去。同治四五年间，又因曾国藩北上剿捻主要使用淮军，而李鸿章不肯交出兵权，往往暗中操纵，各将“遇有调度，阳奉阴违者颇多”，致令曾国藩大悔“撤湘军一事”，“与所亲书”，有“‘合九州铁不能铸错’之语”（徐宗亮：《归庐谈往录》，光绪十二年线装本，第1卷，第8页。）。正是根据这种情况，清政府设下抑湘扬淮之策，利用李鸿章打击曾国藩与其他湘军将领。同治五年九月，正当捻军突破河防，曾国藩剿捻失利之际，其长期在家“养病”、出任湖北巡抚不久的胞弟曾国荃，突然背着乃兄上疏参劾湖广总督官文，列有“贪庸骄蹇、欺罔徇私、宠任家丁、贻误军政”（《能静居日记》，同治六年四月二十七日。）等款，词连军机大臣胡家玉。在此期间，江西巡抚刘坤一也上奏参劾籍隶江西的胡家玉，告发他咸丰以来从未交纳过田赋。“其中警句云：‘以五百亩之多，岂无一亩膏壤？以十七年之久，岂无一岁丰稔？’”（《异辞录》第2卷，第5页。）。曾氏兄弟及其他湘淮将领靠练勇骤得高位，成为一帮新贵，早已引起满、汉旧贵的不满。及见曾国荃参劾官文，更是气忿难当。故派往湖北查办此案的钦差大臣，刑部尚书宗室绵森、户部右侍郎谭廷襄回奏时，处处为官文开脱，竟将曾国荃所列各款，全部驳回，甚至有人指责参劾官文为“肃党”一事，要求依法反坐，治其诬陷之罪。那拉氏极富政治经验，早已洞悉曾国荃参劾官文一事，纯属权力之争。为防止奕插手，整个案子由她亲自处理，完全背着军机处进行。曾国荃“参官文折进御后，皇太后传胡家玉面问，仅指折中一节与看，不令睹全文。比放谭、绵二人查办，而军机恭邸以下，尚不知始末。”（《能静居日记》，同治六年七月初九日。）由于当时剿捻战争正在进行，尚须借重湘淮军之力，故及时作出让步，于当年十一月调官文回京供职，解湖广总督任，以文华殿大学士掌刑部，兼正白旗蒙古都统。湖广总督一缺由前往查办案件的谭廷襄暂署。同日，命曾国藩卸去钦差，回两江总督本任，授江苏巡抚李鸿章为钦差大臣，专办剿捻事宜。同治六年正月，授李鸿章为湖广总督，调其胞兄、湖南巡抚李瀚章任江苏巡抚，署理湖广总督。湖南巡抚一席则由曾国藩的亲戚刘昆担任。曾国荃踌躇满志，满望可兼署湖广总督一职，结果却是竹篮子打水。不久，所部新湘军相继败溃，自己也不得不奏请辞职，再度回籍“养病”。