中国自古有龟灵崇拜的习俗，《礼记·礼运》中将龟列人四灵之一，《大戴礼记》中也称：“介虫三百六十，龟为长。”在河图洛书的传说中，更是将龟排在四灵之首。而《淮南子·说林训》则说：“必问吉凶于龟者，以其历岁久矣。”由此可见，龟灵崇拜是中国传统文化的一个重要组成部分。从贾湖遗址的先民们大量用龟的情况来看，早在8000年前，已经形成了对灵龟的信仰。
贾湖遗址出土的龟甲主要是随葬龟甲，另在房基和灰坑下面也有零星出土，估计应与奠基有关。用龟随葬是贾湖先民的文化传统之一。在清理的349座墓葬中，共有23座墓随葬龟甲，其中有些是随葬成组的背、腹甲扣合完整的龟壳，有些随葬单个完整的龟甲，也有一些是随葬龟甲碎片。值得注意的是，在成组置于墓葬中的龟甲中，大多为背、腹甲共出，内装有数量不等的石子。这些石子，是随意从河滩上拣来的，颜色有深有浅。个别的有骨针、骨锥之类。用龟甲随葬，或以龟甲作为奠基用品，反映了贾湖的先民们对龟甲特殊的感情。用龟甲随葬的习俗，以往只是在距今五六千年的大汶口、仰韶等文化遗址中有所发现，比较典型的如安徽合山凌家滩大汶口文化遗址中还发现了玉龟。但是，贾湖龟甲的发现无疑在时代上是最早的，它至少把原始人类以龟为灵物来崇拜的历史向前推进了2000年。龟灵崇拜是万物有灵观念下的产物。由于龟在所有的动物中最善于通晓人意，又最长寿，所以人们认为它最具灵性，被赋予神秘的文化内涵，并成为巫师手中的法器，可以用来沟通天地人神。从随葬的情况可以看到，随葬龟甲的墓占总墓数的6．6％，并不是所有的墓葬都随葬龟甲。且有龟甲随葬的墓，随葬品也较为丰富，这说明其地位也远高于其他氏族成员之上。可以说，贾湖遗址的发现，同样为我们认识8000年前的氏族社会组织结构以及意识形态提供了有益的线索。
在23座随葬龟甲的墓中，除去随葬单个龟甲或龟甲碎片的墓以外，其他14座者是以2、4、6、8的偶数龟甲进行随葬，这意味着当时人已掌握了正整数的奇偶数规律。否则，分别处在三个不同时期的墓葬在长达千余年的时间内怎会保持着惊人的一致？众所周知，在中国文化史上，没有哪一种文化现象如八卦那样根深蒂固，博大精深。然而，八卦的起源始终是困扰众多学者的不解之谜。贾湖遗址出土的龟腹石子，数量不等，颜色不一，很可能是一种进行占卜的道具。当时人以石子的形状和数量来进行占卜，并已形成了相当完备的卜筮文化。过去我们在距今6000年左右的大汶口文化遗址中曾多次发现龟卜的痕迹，也曾发现有“龟腹石子”，在安徽含山凌家滩还发现了玉龟囊，由此人们多认为龟灵崇拜是大汶口文化的一个显著特点，是海岱地区的远古先民的原始信仰。现在看来，龟灵崇拜和卜筮的习俗早在8000年前的贾湖遗址就已存在。而且，这种龟卜的习俗是一脉相承的。虽然我们还不能认定中国八卦的起源就在8000年前的贾湖时期，但考古发现的实物足可证明，当时已经有了龟卜数占的习俗，有了象数思维的萌芽。
除了灵龟崇拜和龟卜之外，在贾湖遗址还发现了时代最早的太阳崇拜的实物资料。贾湖的先民在一卷沿陶罐的口沿下刻画了一个光芒四射的太阳图像，并且在龟甲上有“日”字的刻画符号，有了天象的记录，表现出贾湖人对太阳的崇拜。当时人们用单顶鹤的腿骨做成骨笛，也具有浓厚的宗教色彩。因为笛子本身也是在宗教仪式上用的，是娱神的工具。另外，还有一种叉形骨器，制作精美，很可能是与宗教仪式有关，或者说就是巫师手中的法器。