布鲁诺早在英国出版的对话录《论无限性、宇宙和诸世界》中，便批评了亚里士多德关于彗星的学说。亚里士多德把彗星和陨星算在“月世界”内，否定了它们的宇宙起源的可能性。而布鲁诺，则把彗星当作天体，强调指出彗星不是绕地球运转，而是它们自己的运动。因此，彗星作为一种特殊的星，向我们靠拢或离我们而去。它靠拢时，我们觉得它越来越大，越来越亮；离去时，我们觉得它越来越小，越来越暗。如今利用新的事实，证实了他的推断。布拉盖观测1577年的彗星时，证明它是在“月下世界”的范围以外运动的。据布鲁诺看来，这个观测结果彻底推翻了亚里士多德认为彗星和陨星形成于大气层内上面几层的见解。
布鲁诺将他的部分讲义收入两篇专题论文《论卢尔的组合灯》和《论向前运动和逻辑学家的猎灯》中。这两篇论文发表于1587年，并附有一封致维滕贝格大学校长和校务会议的长信，他不想忘恩负义。人们被布鲁诺心胸的博爱精神及哲学家的使命感打动，接纳他为大学的成员，准许他私人教学及公开讲课。布鲁诺常常发表许多不仅为维滕贝格器重的哲学家们所否定而且千百年来几乎全世界都不接受的言论。当地人们的宽容令人惊异。他们并没有对他嗤之以鼻，并不咬牙切齿，并不瞎起哄，并不是以经院哲学家的恶毒辱骂他。他们表现了明智的态度，使学校自由充分显示了它的光辉。
布鲁诺一一提到教授们的名字，不吝溢美之词，对每个人都奉上悦耳的称呼、动听的恭维和高调的修饰语。
他利用一切机会唤醒沉睡的心灵。他以《论自然及宇宙一百二十题》为基础，着手写书。他扩充了那篇论文中的论据，薄薄的小册子变成了厚厚的一本书，他起了一个玄奥的书名：《坎布雷刍言》。
但是，维滕贝格的空气渐趋紧张，好勇斗狠的加尔文教徒势力日盛，党派之争激烈之极，并且波及到了大学。原先善待布鲁诺的人失势了，加尔文教徒容不得半点儿新思想。
1588年3月8日，他向维滕贝格大学发表《告别演说》，极力颂扬了大学及博士、学生们，他谨向他们这些科学明灯、科学明星们表示感激之情。
他来到布拉格。神圣罗马帝国的皇帝、匈牙利暨捷克的国王鲁道尔夫二世，历来被认为是一个慷慨资助学者的人，他一半多时间住在布拉格。
这个城市是欧洲最重要的文化中心之一。
为了挣些钱并引起别人的注意，他再版了《组合灯》，补充了一篇《概念的拈来》，对卢尔的“伟大的艺术”作了新的注释。
不久，他刊行了《驳当今数学家及哲学家一百六十题》。他责备数学家在哲学上依然囿于亚里士多德的观点，责备哲学家忽视数学。布鲁诺除了阐述他关于宇宙的主要哲学观念以外，还谈了他对几何的看法。他的数学观点的形成，尼古拉、库萨的理论起了决定性作用。尼古拉认为，无限大的三角形变成无限长的直线，无限大半径的圆也变为直线。
《一百六十题》献给了鲁道尔夫二世。布鲁诺再一次反复强调在哲学上不能随声附和别人的见解，必须通过自己的眼睛看到真理。在哲学王国里，同偏见的暴政斗争是我们的责任。
鲁道尔夫接受了布鲁诺的这一礼物，对他优礼有加，赐给他三百塔勒（德国旧时银币，一塔勒值三马克），但如果布鲁诺研究的不是宇宙的理论而是炼金术，那皇帝会万般热烈地欢迎他。
1588年底，布鲁诺离开布拉格。启程赴赫尔姆施泰特，他为儒略学院的名声所动。这所大学，虽然才成立了12年，但已名噪一时。儒略是新教徒，青年时代饱尝刚愎自用的父亲和天主教神父残暴的虐待，终生痛恨教廷分子的宗教。他创办大学时，特别注意自然科学，办学不慎重金，聘请了优秀的教授，开辟了大规模的植物园，为了研究解剖学建造了专用的房舍。神学家在这所学校里被置于微末的地位，这是一所出类拔萃的大学。1589年1月13日，来自诺拉的意大利人布鲁诺的名字登上了儒略学院成员的名册。
教学之余，他写拉丁文长诗。写了《诗三重最小和广度》。他论述了三种意义上的最小：在物理上，最小的就是原子；在数学上，最小的是点；在形而上学上，最小的是单子。但他强调指出，自然界中并不存在三个最小，而只有一个三重最小，一切都归结到此，最小是万物的基质，是不变不灭，永恒存在的。
布鲁诺发展了宇宙构造的原子理论。他对德谟克利特和伊壁鸠鲁作了公正的评价，但不同意他们的太虚说。原子不是存在于太虚之中，它们靠物质以太结合在一起，要没有以太，一群原子形成不了任何东西。原子不是互相渗透，互相混合，而只是相切。使它们运动的不是什么外界的原动力，而是它们本身具有的生命力。以太中发生的结合和分离，既见于最小的物，也见于巨大的天体。
布鲁诺另一篇花了很多精力的长诗叫做《论单子、数和形》。把它作为他以往著作中阐发的思想的总结。
他嘲讽那些编制星占表的人，揶揄（yéyú）根据人诞生时分星座的位置来算命的做法。但是，他嘲笑滑头星相家的同时，并没有完全否定星占学。
如果各种现象的普遍制约性是无可争议的自然法则，那么，各天体的相互影响扩展到多远呢？地球上的事件同其他行星的运动，同它们在无限的太空中的位置有何种联系？兴许在某些星占学书籍中也能汲取到有益的东西。
他对各种现象的相互影响一贯怀有兴趣，为什么铁能被磁石吸引？总之，各种东西的相互吸引力是什么原因造成的呢？为什么狮子听见公鸡的啼叫便会逃跑？为什么鲻鱼碰上船体便会叫船停止行驶？
天地间的一切都是相互联系着的。每一个人和每一样东西都有生命本原，都有宇宙灵魂。魔法能找到宇宙灵魂和个体之间的这些联系。
布鲁诺阅读了许多谈魔法的著作，作了大量的摘录。他的文稿中有一大堆五花八门的材料，从精心观测尚未找到解释的自然现象所得的数据直到价值十分可贵的资料。
1591年头几个月布鲁诺是在苏黎世度过的，他在那里给一批年轻人讲课，然后又去法兰克福，韦赫尔的印刷所正在排印他的著作《论单子、数和形》、《论无限大和无限多》以及《论形象、符号和思想的结合》。
一天他接到两封信，是一个叫乔万尼·莫契尼戈的人写来的。这个人是威尼斯最显贵的世家的子弟，信中不惜笔墨，处处表示对布鲁诺的钦佩。他邀请布鲁诺到威尼斯当他的老师，答应为他创造一切条件进行研究，请他马上就来！
乔丹诺一直想念着意大利。他这个“太阳的儿子和宇宙的公民”尽管说过多少次，说哲学家的故乡是全世界，但他内心始终思恋着美好的那不勒斯的天空。偌大的世界，故乡却只有一个，也许威尼斯之行只是头一步，接着将是返回故土的幸福日子。
羊入虎口
1591年的秋天，布鲁诺来到威尼斯，去了他未来学生的公馆。开始，他居住在帕多瓦，以教私馆的形式招了很多学生，接着常去威尼斯给莫契尼戈上课。
莫契尼戈费尽心机地向他表示好感，给他送这送那，让他住到自己家里去，第二年的年初，布鲁诺最终迁回威尼斯，住到了莫契尼戈的公馆。
莫契尼戈是个难教的学生，他原想一下子掌握卢尔的艺术，后来才懂得为此要辛勤努力，这时他感到很失望。他一心要学会布鲁诺的学问，特别是要学会记忆术和魔法的秘密，布鲁诺跟他无话不谈，心直口快，谈往事，谈到伦敦、巴黎的经历，频频放肆地攻击基督教。他不想成为禁欲主义者，老老实实说他喜欢女人等等。但他执拗地拒绝与莫契尼戈研讨灵学。莫契尼戈偷偷溜进他的房间，翻他的文稿，贪婪地阅读布鲁诺正在研究的手抄禁书《论赫耳墨斯之印》。他看得糊里糊涂，却认为看到了符咒秘籍，驾驭超自然力量的秘密，而布鲁诺却不愿透露给他，仍把他当小学生，给他学逻辑和记忆术。莫契尼戈有些气急败坏了，人人都知道布鲁诺已经领悟了万物最最隐秘的性质，掌握着巨大威力的钥匙，怎么才能达到目的呢？
不久各地都有僧侣到威尼斯来参加多明我修会的大会。一次在书店，布鲁诺与几个议论异端的神父争论起来，还遇见了好些熟人，他再也不能留在此，布鲁诺居然认为他能够不放弃自己的观点而返回故里，自由自在地生活，这可是愚蠢的行动。
莫契尼戈认为他离开是忘恩负义，没有把记忆和发明的艺术传授给他，却要离开。莫契尼戈改变了面孔，威胁他留下，并派人跟踪他。
布鲁诺决心已定，他把一些简单的行李打点完毕，便上床休息。突然震天动地的敲门声响了起来，莫契尼戈摆出主人的威风，骄横地进了屋子，后面跟着6个魁梧的船夫，把他关进了地下室。一个比一个可怕的威胁从他嘴里冒出来，坚持要布鲁诺把魔法的秘密告诉他。布鲁诺不为所动，他是哲学家，而不是巫师。
莫契尼戈没有得逞，便向宗教裁判们告发了他，告发他反基督，反天主教的言论，并极力诬陷他。1592年5月26日，布鲁诺被逮捕，并被关入异端监狱。
控告乔丹诺·布鲁诺案开始审理。
法庭逼迫书商乔托和贝尔塔诺揭发布鲁诺，但两个书店好像串通一气一样说从来没有听他说过任何反基督教的话。对布鲁诺的审讯也一无所获，第一次审问便结束了。
第二次审讯，布鲁诺也巧妙地没让他们抓住任何把柄。
法庭上提到他的著作时，布鲁诺呈交了一份事先准备好的书单，他的书单重点放在拉丁文作品上，最危险的几部书根本没有列入。至于书的内容，布鲁诺强调它们的哲学性质。
布鲁诺的供词不能令法庭满意。他否定了基督教的许多教义，力持令人发指的异端邪说，法庭把报告中的主要罪状一一说给他听，要他承认有罪。
几乎两个月没有传布鲁诺去过堂，一天又把他押到法庭，威胁他，要他承认他的“罪行”。
被告坚持他的说法：“过去和现在，我都毫不掩饰地悔悟我的罪过，如今听任诸位尊贵的先生摆布，只要我的毛病能够治好，通过悔罪得救。”
被告顺从之极，法庭命令他跪下，要他表明愿意悔改之决心，他服从了。
乔丹诺跪着，内心却充溢着仇恨，只要他能出狱，管它被送到哪个修道院，他一定能逃脱，跑到国外去。
有好几个人同布鲁诺关押在同一间牢房，尽管有时争论甚至吵架。布鲁诺仍把同牢房的犯人看成难友。他毫无猜疑之心，把自己的历史讲给他们听，说他从小反对天主教，看不惯圣像，他对宗教嗤之以鼻，他不跪，不参加祈祷，他不仅揶揄讥嘲，不仅干些渎神的行为，还一贯尽力解释他为什么反对宗教。
他谈到他的著作时十分严肃，尽量让难友们领悟他观点的要点，他说：
世界不是神创造的，而是永恒存在的。如果相信宇宙间只有我们这个惟一的世界，那便是最大的无知。他指点着星星，讲解着：每颗星都是一个世界，星星的数目无限多，在铁窗外面是不计其数的世界！
布鲁诺在监狱里也继续教导别人，让他们睁开眼睛。他没有放下武器，但他不得不在法庭上装假作伪，这一点叫他万般苦恼。
1592年12月底，教皇圣使亲自到来，他要求交出布鲁诺，强调他是个特别危险的罪犯。
按罗马的指令，取道安科纳将乔丹诺·布鲁诺劫去罗马。1593年2月27日，罗马异端裁判所的监狱将他关了起来。
献身于真理
差不多有半年的时间，他好像被遗忘了，罗马的第一次过堂，没有新东西让他惊慌失措。然而，在第二次审问时，在威尼斯蹲监狱时与布鲁诺同牢房的4个难友作为证人揭露了他。他曾与他们分吃过面包，在一个杯子里喝过水，分担过他们的痛苦与烦恼。他强行按捺住自己的伤痛。
布鲁诺在审讯中的态度从根本上遭到了致命的打击，他想让法庭成员们相信他真诚悔改，这种企图失败了。布鲁诺费了多大的劲去演这出丢人现眼的喜剧：只是为了早一天逃出牢笼。然而这一切都枉费了心机。
审讯到了最后阶段，1595年2月16日，教皇亲自决定停止宣读材料，到布鲁诺的书中去寻找异端邪说。
时间也是刽子手，摧残肉体，蹂躏灵魂。一个星期接着一个星期，一个月接着一个月，事情却毫无进展。布鲁诺最后一次过堂已有两年。这些年，他历尽坎坷而矢志不移。他不让自己的精神屈服于肉体上的痛苦，即使在审讯室里也坚持他是正确的！
严刑拷打，对他用刑很重，但酷刑没有逼出一个字，他身上哪里来那么大的力量？但他的外貌根本上不像大力士，经过多年的监禁，憔悴不堪，枯瘦羸弱。
打手们一无所获，布鲁诺以令人惊奇的坚强熬过了酷刑，他们甚至把沸油浇到他身上。但是，布鲁诺坚持真理，始终不屈。他坚定地说：“高加索的冰川，也不能够冷却我心头的火炬，即使我被烧死，也不忏悔。”
他已经付出了高昂的代价。在漫长的7年中斗争。他曾经力争过，坚持过，虽然已经精疲力竭，他克服自己的软弱，振作起来忍住痛苦，把绝望情绪压下去。他经历了别人连听听都会毛骨悚然、惨绝人寰的酷刑。7年来，他呼吸着牢房的恶臭，苦于闷热和冰冷。潮气毫不留情地砭人肌骨，皮肤泛起绿色，仿佛长了霉。他在监狱的石板路上走过无数英里，领教过锁链和刑讯，习惯了镣铐，吃牢饭的时候高兴得连自己都看不起自己，在复活节和圣诞节吃到好面包便喜不自胜。
1600年2月8日，罗马宗教裁判所以“异端”罪判处布鲁诺火刑，2月17日执行。
天亮前，给布鲁诺换上了异端犯的囚衣。舌头用特制的钳子夹住，免得渎神者用他恶毒的言词把民众引入歧途。
僧侣们念着出殡的经文，睡眼惺忪，表情冷漠，拖着脚步，慢吞吞地走着。
广场上人山人海，等着押送犯人的队伍来到，犯人被铁链绑在一根高高的柱子上，直到最后一刻，各个修会的神父们还在劝说他悔罪。但，什么都动摇不了布鲁诺坚定的决心。被钳子夹住的舌头，身上绑着的铁链，慢慢燃烧的树枝、眼看化为灰烬的书——这些岂能阻挡人类思想的发展？
他以罕见的英勇迎接死亡。他在痛苦中慢慢死去。他的尸灰被抛进台伯河中。年仅52岁的布鲁诺为真理和正义贡献了自己的生命。
真理终将战胜谬误，正义定会击败邪恶。布鲁诺殉难289年以后，在社会舆论的压力下，罗马宗教法庭不得不为意大利这位杰出的思想家平反。“火并不能把我征服，未来的世纪会了解我，知道我的价值。”布鲁诺的预言，如今实现了。1886年6月9日，人们在百花广场布鲁诺遇难的地方为他树立起一尊铜像，以表示对这位伟大人物的怀念和尊敬。
布鲁诺勇敢的思想摧毁了荒诞的天球，让它荡然无存。人类的眼前展现出无限的宇宙和无数的世界。
人类飞向宇宙，是经过了火刑架的。