在“瓜蔓抄”的作用下，时任太常卿的黄子澄、前兵部尚书齐泰、文学博士方孝孺、户部侍郎卓敬，皆被处斩，十族被屠。而时任兵部尚书铁铉、礼部尚书陈迪、御史大夫景清、左副教御史练子宁，皆遭朱棣“磔死”；此四人的妻、子、亲戚、朋友亦遭受廷杖后被贬至蛮荒。
总之，一个人只要被扣上“奸臣”的帽子，其亲戚、朋友……凡是与之相关的人，就绝无逃脱“瓜蔓抄”的可能。
大理丞邹瑾一身清白，但因惧怕会被“瓜蔓抄”牵连，在家中自缢而亡。这反而上了朱棣的“奸臣黑名单”，朱棣认为邹瑾必定是畏罪自杀，遂将其宗族四百四十八人全部处决。
当然，也有一些人虽然被“瓜蔓抄”给“攀住”了，却幸免于死。但他们即便是活着，也是生不如死。这批“幸免于死的人”皆为花容月貌的女子，他们要不就是“奸臣”的妻子、女儿，要不就是和“奸臣”有瓜葛的人的妻子和女儿。朱棣不舍得砍掉“美人”的头，于是就把她们统统发配到妓院，使她们沦为娼妓，遭受侮辱。而她们生下的孩子，生生世世也要在妓院当龟奴……以朱棣的性格，他绝不会放弃凌辱他人的机会。
朱元璋、朱棣父子都比较热衷于屠杀，但是朱棣的残忍、变态更令人发指。朱棣对建文帝遗臣的这场屠杀，前后长达十年之久，无辜罹难者上万，难以尽数。其杀戮之惨，手段之恶，株连之广，甚至超过了异族入侵，为历朝历代所罕见。因而后人对此给予了严厉谴责。有人批评说：“当日文皇之暴，甚于嬴秦，奸党之诛，烈于东汉。”
趣味链接 磔刑、廷杖
明代酷刑有上百种，尤以剥皮、凌迟、腰斩、磔刑、廷杖最为常见。朱元璋素来喜欢“剥皮”，而朱棣则认为剥皮太过血腥，遂在其统治期间，但凡被他视作是“奸臣乱党”之徒，大多受“磔刑、廷杖”而死。明代的“磔刑”类似于车裂，就是把受刑人的头跟四肢套上绳子，由五匹快马拉着向五个方向急奔，把人撕成五块。廷杖，即在朝廷上行杖打人，惩治的对象是朝中的官吏。倘若行刑人下手重，就会使人毙命。
永乐迁都——帝都改迁，政治中心北移
朱元璋称帝时，以应天为都城。当时朝中有几位大臣建议他趁“新开纪元”为机，重新考虑建都，但朱元璋认为新建都城，耗费太大，所以没有采纳。
朱棣即位后，对都城应天潮湿多雨的气候很不适应；并且当时元朝的残余势力已退至漠北，长江岸边的应天，离重要的北部边陲过于遥远，已逐渐失去了作为政治中心的优势。因此，另择都城的建议再次被提出。当时很多大臣主张在农业发展良好的关中建都，有的主张在底蕴深厚的洛阳或开封建都，而朱棣从心里想把都城定在北平。因为北平是朱棣的藩地，是他辉煌事业的起点，也是他打江山的大本营。
当年朱棣以燕王身份就藩北平后，积极参与对元朝残余势力的征战，几次深入塞北，冲锋陷阵，后又节制诸王，联结九边，逐步成为统率北方军队的最高统帅。朱棣在北平苦苦征战了二十年之久，对这片土地有着深厚的情感。此外，朱棣的部下猛将如云，谋臣如雨，这些猛将、谋臣皆来自于北平，遂得皇帝位后，他一心想要再次回到北平。
1402年，明成祖在与诸多大臣认真商讨后，开始倾全国之力建设新都，并且亲自三次巡查、指导都城建设。经过十八年的日夜赶工，新都终于在公元1420年正式建成。朱棣将其更名为“北京”，并于当年携皇亲贵族、文武百官迁都北京。从此，北京就成为明清两朝的都城，并成为近代中国的政治、文化、经济中心。
趣味链接 迁都之议
朱棣迁都北京后不足三个月，新建的奉天、华盖、谨身三大殿就发生了火灾。古人都较为迷信，朱棣以为这是上天对他迁都之举的遣责，遂惶恐间采取了一些补过的措施。如下诏罢去不便于“民和”的事务，免去受灾地方一年的田粮等；同时他做出虚心纳谏的姿态，下诏求直言。百官信以为真，纷纷应诏上书，其中一些家在南方的大臣不习惯北方的气候，遂借机上书批评迁都，意思是火灾都是迁都惹的祸。这一下戳到了朱棣的“痛点”，他一怒之下，将赞成迁都和反对迁都的大臣都罚跪在午门之外，让他们双方辩论。后来，户部尚书夏元吉为稳定局面，主动将责任承担下来，迁都之议才得以平息。
仁宣之治——宽松治国、息兵养民
公元1424年7月，明成祖朱棣在亲征蒙古途中病逝，终年六十五岁。他遗诏皇太子朱高炽即位，是为明仁宗。
当年明成祖朱棣夺位后，好大喜功，南征北伐，迁都北京，远航西洋，奠定了明王朝的声威以及中后期的政治格局，但也因此劳民伤财，造成国家经济十分困难。
明仁宗性格温和，一改其父所作所为，政治宽松，与民休息。他登基后立即停止了北伐蒙古、南征交趾（今越南）等处的用兵，削减土木项目，停止下西洋等劳民伤财之举，节省了一大笔花销，减轻了民众的负担。此外，他还极为重视农业生产，多次减免受灾地区的赋税。朱棣晚年用刑过重，大臣动辄入狱。明仁宗多次下诏赦免受牵连的大臣及其家人，还明确要求官吏不能滥用刑法，处理案件要根据事实，依据法律，秉公办案。
但令人遗憾的是，明仁宗在位仅十个月就病死了。后人对其评价甚高，“德化之盛，岂不与文景比隆哉”。明仁宗病逝后，其子朱瞻基即位，是为明宣宗。
明宣宗深知“水能载舟亦能覆舟，民亦如此”的道理，即位后，他继承了仁宗的衣钵并将之发扬光大。
在治国之道方面，他实行爱民、安民、与民休息的政策；在对外关系上，他撤回了明成祖时期派到安南（今越南）地区的全部兵将，免除了连年战争给人民带来的痛苦，也为明朝节省了大量的开支。此后，一直到明朝末年，明朝和安南再也没有发生过大规模的军事行动。
明仁宗、明宣宗二帝“与民休息”的政策使明王朝自开国扰乱、靖难动荡之中，走上了稳定发展的道路，也开创了明朝历史上少有的政治清明、经济发展的时期。史称“仁宣之治”。
趣味链接 郑和下西洋
公元1405年7月11日，明成祖朱棣命太监郑和率领二百四十多搜海船、二万七千四百名船员的庞大船队远航。从公元1405年到1433年，郑和一共进行了七次远航，先后拜访了三十多个在西太平洋和印度洋的国家和地区。他最远甚至抵达非洲东海岸，比狄亚士早了五十七年。郑和下西洋时间之长、规模之大、范围之广都是空前的。它不仅在航海活动上达到了当时世界航海事业的顶峰，而且还对发展中国与亚洲各国家政治、经济和文化上友好关系，作出了巨大的贡献。
土木之变——瓦剌土木堡大败明军，英宗被俘
明太祖朱元璋在位期间，吸取了历朝历代“宦官乱政”的教训，立下一条规矩：“内臣不得干预政事，预者斩。”建文帝对宦官的约束更加严厉，因此在靖难之役时多有宦官私结朱棣。朱棣继位后，对建文帝遗臣大肆杀戮，几乎杀尽，而对身边的内臣宦官则十分宠信。渐渐地，他放开了对内臣限制，命宦官出使、专征、监军、分镇、刺探民情等。此外，他还专为宦官设立书堂，教宦官学习识字。因此，朱元璋当年明令强调的“内臣不得干预政事”的规矩，逐渐被人遗忘了。
蒙古自从退居漠北后，一直都在默默发展自己的实力。明宣宗在位时，蒙古瓦剌部在其首领也先的统领下，迅速壮大，北方各部多有归之。于是，也先时刻窥伺中原，对明朝边境亦多次进犯，公元1435年，明王朝第五位皇帝明宣宗驾崩了，其年仅9岁的太子朱祁镇即位，是为明英宗。明英宗年幼，一味追求玩乐，国事皆由太皇太后张氏处理，然而张氏已步入老迈暮年，遂又把政事交由司礼监宦官王振处理。
公元1449年，瓦剌首领也先派三千名使者到北京，进贡马匹，要求朝廷给赏金，并提出和亲。王振发现也先谎报人数，不但削减了赏金，还拒绝了和亲。此举一下激怒了也先，也先率领瓦剌骑兵进攻大同。守大同的明将出兵抵抗，被瓦剌军打得大败。边境的官员向朝廷告急，明英宗慌忙召集大臣商量怎么对付。大同离王振家乡蔚州不远，王振在蔚州有大批田产，他怕蔚州被瓦剌军侵占，故竭力主张英宗带兵亲征。明英宗是个没主见的人，王振怎么说，他就怎么做，不管大臣劝谏，就仓促决定亲征。结果明军再次被瓦剌军大败，英宗携明军一面抵抗，一面败退，一直退到土木堡。
那时天色还未黑，有人劝英宗继续赶路，等到怀来城再休息，瓦剌军赶来，也可以坚守。可是王振却因为装运他财产的几千辆车子还没到，竟然让大军在土木堡停下来，结果被瓦剌军围困。明英宗和王振带着一批禁军，几次想突围都没冲出去。平时作威作福的王振，这时候吓得直发抖。禁军将领樊忠早就恨透了这个祸国殃民的奸贼，气愤地说：“我为天下百姓杀死你这个奸贼。”说着，抡起手里的大铁锤，朝着王振脑门一锤砸去，结束了王振的性命。其后，樊忠率军冲向瓦剌军，结果被流矢射中而亡。
明英宗眼看脱逃无望，只好跳下马来，盘着腿坐在地上等死。瓦剌兵赶上来，将之俘虏。这就是历史上着名的“土木堡之变”，又称“土木之变”。这也是明朝最耻辱的一战，明朝自此由盛转衰。
趣味链接 二十四衙门
明朝宦官制度有“二十四衙门”之说，即十二监、四司、八局。其中，司礼监是二十四衙门之首，更是宦官内部的首领部门和明朝特务机构的指挥部，权柄之重，鲜有制衡。司礼监王振帮明英宗批阅奏章的同时，也将明朝的军政大权掌控在了自己手里。于是毒害多个王朝的毒瘤——宦官，再次在明朝开始膨胀。
帝都保卫战——瓦剌攻帝都，于谦统军出战
英宗被俘、土木惨败的消息传到北京后，朝廷众官一片恐慌，他们聚集在朝廷上号啕大哭。皇太后和留守京城的郕王朱祁钰急召大臣朝议。有的大臣竟建议迁都应天。这一谬论当即遭到兵部左侍郎于谦的坚决反对。于谦说：“言南迁者，可斩也。京师天下根本，一动则大势去矣！”于谦的意见得到了吏部尚书王直、内阁学士陈循的支持。而朱祁钰和皇太后听后亦是下定决心与瓦剌抗战到底，并把抗敌重任托付给了于谦。
土木之变中，京师精锐丧失殆尽，残兵不及十万，军心震恐，上下无斗志。于谦临危受命，即刻调外省军队入京；此外，他还把当时通州仓的百万石存粮运到了京城，京师人心渐趋安定。
公元1149年8月23日，郕王朱祁钰登临午门代理朝政，于谦任兵部侍郎。王振家族无论老小一律被斩首，而王振党徒亦被抄家下狱。
内忧一经解除，于谦即刻以“英宗被俘，太子年幼”为名，请太后立郕王朱祁钰为帝。
是年9月6日，朱祁钰即皇帝位，是为明景帝，遥尊朱祁镇为太上皇。
于谦分析敌我双方的军事态势和瓦剌首领也先的性格，估计瓦剌一定不会就此罢兵。所以，他一方面继续选派得力将领增补关隘，加派援军，调整长城防守；另一方面又派遣御史白圭、编修杨鼎等十五人，在山东、山西、河南等地募兵，并招募民夫，协助沿河漕运官军。
瓦剌首领也先俘虏明英宗以后，原想利用他来作人质，威胁并诈诱明朝各边镇开城迎降。但由于于谦严令各将领坚守关隘，致使也先计划失败。遂也先又对大明朝发动了第二次进攻。
公元1149年10月，瓦剌兵分三路，一路攻辽东；一路进犯甘肃；而自己率主力越过大同，直冲京城。于谦亲自率领二十三万士兵迎击敌军，并下令尽闭各城门，以示誓与京城共存亡的决心。明朝士兵人人士气昂扬。
10月13日，也先率军进攻德胜门。于谦令石亨设伏于道旁，待敌军进入埋伏圈后，火器齐发。瓦剌军大败，也先弟孛罗中炮身亡。也先见不能取胜，命瓦剌军转攻其他城门，同样受到明军的坚决抗击。五天后，也先带兵西撤。明军一路追击，直至边关。
也先退回塞外后，仍不甘心，继续对明王朝采取攻势。他声称要送还英宗，与明廷议和，但是却对明朝边镇连续发动攻击。于谦对瓦剌军的进攻，坚决予以还击。他号令严肃、赏罚分明，在他的整顿和指挥下，明王朝边防力量大大增强，各边镇将帅亦都积极备战。因而，瓦剌的多次骚扰，均被击败。明王朝在这场危机中对蒙古瓦剌，无论在战役上还是在战略上，都取得了完全的胜利。
公元1450年8月，也先被迫将英宗送回北京。帝都保卫战至此结束。
趣味链接 瓦剌部落彻底崩溃
也先回到蒙古后，整日沉湎于女色和美酒之中。五年后，曾经骁勇善战的也先被部将阿拉刺死。蒙古诸部落联合起来乘机攻打瓦剌，瓦剌部落彻底崩溃，活下来的残兵残将向西边沙漠腹地星散逃走。瓦剌从此再也没有在中国的历史舞台上出现。
夺门之变——英宗复辟，于谦冤死，景帝暴毙
明王朝内部在“以什么方式迎接英宗”以及“英宗归来后，如何对待英宗”的问题上，产生了微妙的分歧，因为毕竟现在在位的皇帝是朱祁钰。
朝廷众臣或感于君臣之义，或顾及国家声誉，多主张应隆重迎接，认为礼不宜薄。朱祁钰显然不喜欢这样，他力主简化仪式、淡化影响。所以他迟迟不肯派遣大臣迎驾；在给也先的敕书中，也没有迎驾之语。后来，在群臣敦请下，不得不迎驾，但仪式非常简单。他只派了翰林院侍读商辂率一轿二马迎英宗于居庸关，至安定门时，才易法驾。