程学启死后，李鸿章命令程的部将王永胜、刘士奇分别率领部队，与郭松林会合，从福山镇出发进攻沙山，接连作战都获得了胜利。到三河口时，斩首、俘虏了两万人。李鸿章便命令各支军队联合起来围攻常州。命令刘铭传进攻东北部，很快将其攻破；命令郭松林进攻陈桥渡大营，很快将其攻破；张树声、周盛波、郑国櫆等袭击河边的太平军营地二十多个，全都将其攻破。战败的太平军四处逃窜，想要进入常州城，却被常州的太平军守将陈坤书拒之门外，所以被清军杀死于城下的士兵不计其数。三月二十二日，李鸿章的军队进逼常州城，用大炮以及炸药轰炸城墙，城墙最终被炸开几十丈的口子，随后又挑选了几百人组成敢死队，架云梯登上城墙。陈坤书骁悍无比，勇猛善战，亲自率领精兵出城抵抗清军，修补城墙，清朝官兵因此死伤了几百人。李鸿章大怒，命令将士增加攻城的各种器具，筑起长围，连日猛烈进攻，两军的伤亡都很惨重。经过了十多天以后，李鸿章亲自督阵，刘铭传、郭松林、刘士奇、王永胜等人，身先士卒，奋勇作战，登上城墙，敌军才开始乱了阵脚。陈坤书仍然奋战不屈，与他的部将费天将共同率领身边的精锐部队，与清军展开激烈的巷战。在巷战中，郭松林奋力活捉了陈坤书，费天将也被周盛波抓获，刘铭传便大声传令：“放下武器投降者，一律赦免其罪。”当场就有上万人放下武器并投降了清军。在这场战役中，清朝官兵也阵亡了几千人。常州于是被清军成功收复，当时是四月六日。到这个时候，江苏军和金陵军（李鸿章军队和曾国藩军队）之间的联络就完全打通，江苏全省当中，除了南京城内，再也找不到一个太平军的踪影。自同治元年（1862年）壬戌春二月起，李鸿章率领八千人抵达上海，率领淮军、常胜军，转战江南各地，从松江开始，至嘉兴、常州为止，经过大大小小几十场战役，到同治三年（1864年）甲子夏四月，整整用了两年时间，终于完成了平定苏南地区太平军的功绩。
[按语：李鸿章平定苏南地区太平军大业的完成，原因固然在于淮军将士的勇猛善战、坚忍不拔，而华尔、戈登对他的帮助也非常大，常胜军不仅仅只是打胜几次仗、攻下几座城池而已。当时李秀成智勇超群，且他的军中已经多使用西式枪炮，李鸿章手下的程学启、刘铭传、郭松林、“二周”（周盛波、周盛传）、“二张”（张树声、张树珊）、潘鼎新诸位将领，虽然也英勇善战，却不过是依仗着天生的勇气与谋略，而并不懂新式作战方法的作用。所以淮军在早期和太平军交手的时候，多次失败，吃尽苦头。李鸿章考虑到这一点以后，于是命令手下诸位将领向常胜军学习，利用了不少常胜军的武器装备。而左宗棠平定浙江的功劳，同样在很大程度上得力于法国军官托格比、吉格尔等人，大清朝的起死回生，应该说英国人和法国人有不小的功劳。这些英国人和法国人的想法是希望能永远保证东亚的和平局势，将这里建设成为他们经商的乐园，却没有料到满清政府到了今天，仍然不能自觉，不思振作，将来恐怕难免会有一场Great revolution（大革命）在后。]
先前曾国荃的军队水陆相互配合，围攻南京已经有两年。到了甲子年（同治三年）正月，攻克了钟山的石头堡垒，太平军在失去了这个险要的据点之后，包围南京的部队终于得以会合在一起。太平军内外不通，向城内输送粮草的道路已经被封死，而城中的粮草已绝，洪秀全此时意识到事情无法挽回，大势已去，便于四月二十七日服毒自尽。洪秀全自尽后，诸位将领拥立他的儿子洪福继位。当时官兵并不知道这件事。朝廷多次下令，让李鸿章率领在江苏战场的胜利之师到南京，协助剿灭太平军。但曾国荃认为城中的太平军早已疲惫不堪，弹尽粮绝，马上就要被歼灭，因而耻于借助李鸿章的军队；而李鸿章同样也很知趣，不想去抢了曾国荃的功劳，于是自觉采取回避的态度，找借口说盛夏时节不适合使用火器，多次推辞，不肯进军。朝廷却不理解李鸿章的想法，再三催促他进军。曾国荃听闻后，愤慨不已，于是从五月十八日起，不分昼夜地指挥将士猛攻地保城（即龙膊子山北面的坚固堡垒，最险要的地方），很快攻了下来。并且半夜深挖地道，从五月三十日到六月十五日，成功地挖掘了十几个隧道，于是让城外的各个兵营严格戒备，各自整理装备，做好战斗准备，还重金悬赏，招募了敢死队的勇士，准备乘着城墙守备空虚的时候就猛冲进去。
当时李秀成在南京城里。洪秀全死了以后，太平军发布的所有号令都出自他的手中。李秀成知人善任，恩威并重，大家都真心敬重他，就像儿子对父亲一样。五月十五日，李秀成亲自率领数百名敢死队成员，从太平门的缺口突围而出，又另派敢死队员几百人，穿上官兵的军服，从朝阳门突围而出，冲进曾国荃的军营，放火并大声叫喊。这时的官兵由于多日疲惫，战斗力已经消失殆尽，猛然间遇到这样的紧急情况，差点土崩瓦解、作鸟兽散，幸亏彭毓橘等将领率领的新兵火速赶来支援，才解除了危机。
六月十六日正午时分，地道里面装的火药发生了爆炸，一时间万雷鸣响，天地为之所动，南京城的城墙也被崩坏了二十多丈，趁此机会，曾国荃的军队呼喊着奋力登城。太平军拼死抵抗，弹丸如雨，外围的太平军当场就有四百多人战死。而官兵也愈加奋勇作战，于是很快便攻入南京城。李秀成到了此时早已下定决心以死明志，于是将自己所爱的骏马赠送给了太平天国的幼主洪福，让他出城逃跑，而李秀成亲自率军展开巷战，与官兵连续战了三天三夜，直至拼尽全力后被活捉。太平军大小将士，战死、烧死了三千多人。城内的宫室燃起了大火，连续烧了三天都没有熄灭。城中长期以来跟随洪秀全的士兵和百姓，有男女老少十多万人，没有一个人投降。从咸丰三年（1853年）洪秀全占领南京开始，到这时已经过了十二年的时间才平定了太平天国。
[按语：李秀成是真正的豪杰。在太平天国生死存亡的危急关头，满城上下，危在旦夕之时，他还能够指挥成百上千的精兵，进行突围和展开决战，并几次歼灭清朝官兵。五月十五日那一天的战役，曾国荃的军队没有灭亡，完全是天意。等到南京城已经被攻破以后，又能够用自己的爱马来救幼主的性命，自己却慷慨赴死，有和国家同生死、共存亡之志。就算是历史上的那些名臣和儒将，也不过如此。项羽的乌骓马到了最后也跑不起来，文天祥虽忧国忧民却也无力回天，这些豪杰之士的败落，是天意？还是人为？我听说李秀成在离开苏州的时候，苏州的百姓，无论男女老少，没有不痛哭流涕的。而他礼葬战死的浙江巡抚王有龄，优待投降的士兵，俨然有文明国家在战争当中遵循公法之意。南京城中有十万多人，没有一个人投降，就像齐国的田横门下的五百宾客一样，他们志向相同，事业一致。而魄力之大，则李秀成超过前人百倍，这是有史以来的战争结局中所没有过的。假如让李秀成处于洪秀全的位置上，那么今天的中国，还不知道是谁家的天下呢！李秀成被捕之后，从六月十七日到六月十九日的三天时间里，他在站笼中壮怀激烈地写下了供状，洋洋洒洒几万字。虽然经过官兵的删节，没有能够全部流传下来，但今天读起来仍然很容易感觉到他所具有的凛然气概。唉！刘邦夺得天下以后，人们就诋毁项羽，以成王败寇的标准来评论人，今天还有谁肯为李秀成的功业说句公道话呢？不过百年之后，自有定论，后世良史的记载者，怎么会怀着私心对他存有不公允的评论呢。虽然如此，物竞天择，适者生存，曾国藩、左宗棠、李鸿章等人也同样是人中豪杰。]
南京收复以后，朝廷便开始论功行赏。两江总督曾国藩被加授太子太保衔，封世袭一等侯。浙江巡抚曾国荃、江苏巡抚李鸿章，都被封为世袭一等伯。其余的将帅则都得到了不同的恩赏。曾国荃打下了南京，各派系的将领都对他立下的功劳非常嫉妒，于是诽谤和诋毁的言语一时纷纷杂杂，到处都是，即使是左宗棠这样的贤人也不能免，只有李鸿章没有说过一丝是非的话，而且还竭力参与调和，为曾国荃作辩护。
[按语：这也是李鸿章之所以得到“文忠”这个谥号的原因。朝廷曾不断下诏令他迅速会同曾国荃剿灭太平军，他却不愿分别人就快要到手的功劳；而等到事成以后，也不对推荐曾国荃的人心怀嫉妒，他的品德和胸怀方面存在过人之处。的确名不虚传，不是随便说说的。]