捻军的猖獗
李鸿章以前平捻诸将的失当
曾国藩、李鸿章平定捻军的策略
东捻之战
西捻之战
收复了南京以后，国内的征伐之气消去了大半。不过捻军的叛乱还在继续，忧患仍然没有平歇。捻军的造反，开始于山东的无业游民。到咸丰三年（1853年）时，洪秀全攻陷了安庆、南京，安徽省全省都大为震动，捻党趁着这个机会，在宿州、亳州、寿州、蒙县等地兴起，横行于安徽、山东、河南一带。所到之处，大肆掠夺，政府官兵无法控制。有奉命率军剿逆的，都被捻军反击，且屡战屡败，所以捻军的气焰也变得越来越嚣张。到了咸丰七年（1857年）冬天，他们的游骑便开始侵扰直隶大名府等地，北京也开始戒严。
现将捻军之乱初起时到李鸿章率军到来以前，所派遣的多次平捻的统帅列表如下：
人 官 任官年份 屯驻地
善 禄 河南提督 咸丰三年 永城县
周天爵 钦差大臣 咸丰三年 宿州
吕贤基 工部左侍郎 咸丰三年 安徽
陆应谷 河南巡抚 咸丰三年 开封府
袁甲三 钦差大臣 咸丰三年 宿州（周天爵卒代之）
舒兴阿 陕甘总督 咸丰三年 陈州
英 桂 河南巡抚 咸丰四年 开封府
武隆额 安徽提督 咸丰五年 亳州
胜 保 钦差大臣 咸丰七年 督江北军
史荣春 提督 咸丰八年 曹州兖州
田在田 总兵 咸丰八年 曹州兖州
邱联恩 总兵 咸丰八年 鹿邑
朱连泰 总兵 咸丰八年 亳州
傅振邦 总兵 咸丰九年 宿州
伊兴额 都统 咸丰九年 宿州
关 保 协领 咸丰九年 督河南军
德楞额 协领 咸丰九年 曹州
胜 保 都统钦差大臣 咸丰十年 督河南军，关保为副都统
穆腾阿 副都统 咸丰十年 安徽（协助袁甲三）
毛昶照 团练大臣 咸丰十年 河南
僧格林沁 蒙古亲王 咸丰十年
曾国藩 钦差大臣 同治三年
第二次鸦片战争时，咸丰皇帝北行，避难于热河。捻党趁此机会，侵入山东，在济宁大肆掠夺。德楞额率军与捻军交战，结果大败而归。随后朝廷开始让蒙古科尔沁亲王僧格林沁统领军队，追击各路捻军，获得骁勇善战的名声。同治二年（1863年），太平军的几位首领陈得才、蓝成昌、赖汶洸等与捻军会合。捻军首领张总愚（宗禹）、任柱、牛落江、陈大喜等各自率领数万人，出没于山东、河南、安徽、湖北省的各个州县间穿梭往来，行动迅速，如同暴风骤雨一般难以捉摸。与之相比，清朝官军则疲于奔命。同治三年（1864年）九月，捻党的一支军队进入湖北省，大肆劫掠襄阳、随州、京山、德安、应山、黄州、靳州等地。舒保战死，僧格林沁的部队也屡次被打败。科尔沁亲王僧格林沁强悍勇猛有余，却不学无术，军纪不够严明，部队在所到之处肆意烧杀淫掠，和太平军、捻军没有什么区别，因此使得湖北的人民都对其大失所望。
当时南京刚刚被收复，太平军的余党有数万人并入捻军，又转到河南、山东等地，劫掠当地不少城市。同治四年（1865年）春天，僧格林沁勇猛、坚决地率领轻骑，追击捻军头目，一个昼夜奔驰三百里，到达曹州的时候，部下很多人都产生了怨愤乃至反叛的心理。四月二十五日，僧格林沁的部队中了捻军之计，大败，僧格林沁也在奋力作战之后坠马而亡。朝廷上下震惊不已，纷纷表示哀悼。而后急命曾国藩为钦差大臣，督办直隶、山东、河南的军务，又命令李鸿章代理两江总督，为曾国藩做后勤保障。
清朝官兵在之前的剿捻过程当中，只是不断地追击，一直劳而无功；偶尔进行围攻堵截，也不过是应对一时之急罢了。总的来说，无论是攻还是守，若不是姑息苟且而使捻军有机会养精蓄锐、发展壮大，则是无计划地草率进攻而使得自己的兵力消减、士气受挫，从没有认真统筹全局，确立一个固定的作战策略，以至于兵力消耗了十五年之久，仍然一点成效都没有。曾国藩受命剿捻以后，开始制定了一个对捻军进行大包围，牵制其活动的战略规划，就是先把捻军围堵到一个角落，然后集中优势兵力将其歼灭。李鸿章秉承了这一战略方针，从而得以平定中原。
曾国藩，是一位仁人君子，向来谨言慎行、小心翼翼，常用持盈保泰、急流勇退的信条来鞭策和提醒自己。成功收复南京以后，他觉得平生的抱负已经得以实现，便急于从官场上引退。等到僧格林沁阵亡后，捻军的势力已迫近京畿之地，情况日益危急，曾国藩才临危受命于败军之际，在义不容辞的责任下又勉强赴任。然而他认为湘军暮气渐重，恐难以担当大任，便逐渐分批遣撤湘军，只用淮军来奔赴前线应敌。大概曾国藩从开始接受这一任命的时候，就希望把这个重任让给李鸿章，让他借此成就功业，而且怀有这一想法应该很久了。到了同治五年十二月，曾国藩便托病辞去此职，而李鸿章则接任为钦差大臣。曾国藩又回到他原本的两江总督的职位上，为战事筹集后勤粮饷等。
李鸿章的剿捻方略是这样的：他认为捻军已经成为流寇，因而通过围堵迫使其不能流窜，然后会师合力围剿，乃是最好的策略。明朝的孙传庭曾说，想剿灭流寇，就要将他们逼迫到绝路上，在他们困顿、垂死之时歼灭他们。如果不是这样，仅仅是你我互相攻守，通过激烈战斗在个别的城池之间争一时的胜败，那么就算取胜也和彻底消灭流寇的目标相去甚远。李鸿章就是使用了孙传庭的办法，所以在同治四年（1865年）十一月，向朝廷奏称应该将捻军乱党追逼到深山环水的复杂地带，接着弃地逃跑诱其深入，然后集合起各省的兵力，从三面或者四面将其围困。后来曾国藩剿捻大功告成，正是得益于这种策略。
同年（1865年）五月，任柱、赖汶洸等率领大队人马深入山东。李鸿章命令潘鼎新、刘铭传全力追击，想要将他们赶到登州、莱州的海角附近，然后在胶州、莱州的交通要地围困他们，让他们往北不能够窜至京畿之地，往南不能够深入到淮南地区。六月，李鸿章亲自率领军队抵达济宁，在分析了战局形势以后，认为任柱、赖汶洸等各路军队，都是身经百战的精锐部队，并收编了一些散兵游勇和黑恶势力，极其狡猾和剽悍，不能轻视。如果在兵力不足的情况下贸然对他们进行包围，而且逼得太紧、包围圈过于狭小的话，就会让他们看穿计谋，而他们势必急于突破，跳出包围圈。这就很可能稍不留神便错失良机，让战场的整个局面又发生变化。于是制定了先在运河上设防以截断捻军退路，再扼守胶州、莱州以断其咽喉的策略。当时的山东巡抚丁宝桢一心希望把捻军乱党驱逐出山东省，因此与李鸿章的想法和策略多有不和。七月，敌军突然袭击潍河，而山东省守将王心安的军队驻防在戴庙，任由其偷渡，使得胶州、莱州的防守崩溃。于是一时间对李鸿章的诽谤言论接连不断，朝廷也对其严加责备，甚至出现改变作战策略的建议。李鸿章便再次上奏，认为在运河的东、南、北三面，捻军往来流窜，政府官兵分路围追堵截，虽然使得地方受到了更大侵扰，但是受害的地区也只不过是几个府县而已，如果任由他们达到运河以西，那么将会让多个省都受到践踏，祸患无穷。都是一样的国土，都是一样的臣民，不应该有所不同，厚此薄彼。于是坚持之前的作战策略，没有太多的改变。十月十三日，刘铭传在安邱、潍县一带和捻军交战，大获全胜。二十四日，刘铭传率部追击到赣榆，和骑兵统领善庆一起奋力作战，击毙了任柱，于是东捻军的势力被大大削弱。