明治政府这种相互制约的方法，既可以平复人民心中的怨气，也保证了对政府领导权的绝对控制，使得高级职位都掌握在“阁下”们的手中。但是，这决不意味着日本在其“各安其分”的体制下完全失去了自治权。在世界上所有的国家中，无论属于何种政治体制，上面的权力始终都会下放到地方，与地方的自治权相互碰撞。而国家之间最大的不同，则是所谓的民主到底是怎么样的，达到了一种什么程度，需要付出多少责任，国家对地方的管理存在多大的自由空间，能否对整个地方共同体负责，或者国家会不会被地方势力所垄断，以至危害社会公共安全和利益。例如，德川时代的日本就和中国的社会单位很相似，其中最小的社会单位是邻组，大约是由五到十个家庭组成的，这是居民日常生活中最小的责任单位。而作为这个“邻组”的组长，不仅对组内的一切事情具有绝对的处置权，还必须保证这个小组内所有家庭成员的态度积极和行为端正，如果遇到有可疑的人或行为出现时，应向上级报告，发现在逃犯时，不仅要及时报告，还要协助政府进行抓捕，保证组内成员甚至是整个社会的公共安全。起初的时候，明治政府的政治家们曾废除了这个最小的社会单位，但是后来又恢复了，并称为“邻组”。政府为了更好地进行社会管理，曾在市镇中积极创立并发展“邻组”这个权力虽小，但责任重大的单位。而它在农村已经起不到什么作用了，逐渐失去了它的意义。取而代之的是更为重要的单位——部落。部落在时代的进程中既没有被废除，也没有被编入到权力政府体系当中，它属于国家权力的一个盲点。部落是由十五个左右的家庭单位组成的，部落直到今时今日仍发挥着组织管理的作用。部落也和“邻组”一样，有一个领导，那就是部落长，部落长每年都会被重新选举和更换。一个部落的部落长的任务是很繁琐的，涉及生活中的方方面面，主要包括：监督部落遇丧或遭受灾难的家庭，并给予物质或者是精神上的援助；“管理部落的财产，监督其日常开支；安排耕作、修路、盖房等公共作业的日程，如果有火灾发生，则负责振铃，通晓大家；在休息日则负责敲钟击梆，以示通告。”由此可以看出，日本的部落长只负责居民的日常生活和工作，不像其他亚洲国家那样，还要肩负征收其共同体需上缴的国家的赋税这项重任。所以，部落长们所处的地位不会与上层封建统治阶级发生任何矛盾，他们只是在民主责任范围内行使自己的权力。
近代时期，日本的地方行政区域机构划分为三个等级：市、町、村。每个地区会由公选出的“长者”们推举一位头人，代表本地区与代表国家的中央政府，或者是府县公署进行交涉或办事。在农村，这个头人通常是一位久居的居民和拥有相当土地的农民家族中的成员。这个成员当上了一村之长后，在经济上会或多或少地受到一些损失，但是在权力的管理范围上却越来越宽泛，是很有权势的。村长与村里的长者们一同管理着村里的大事小情，比如：财政、公共卫生、学校，尤其是财产登记和个人情况。而村公所就是他们进行办公的综合场所，所以这里是很繁忙的，它不仅要管理着国家下拨的小学教育补助费，并监督其开支状况，还要征收由本村负担的、需要上缴的教育经费，共同管理本村的共有财产及其租贷事宜，改良土壤、植树造林，以及对一切财产买卖活动登记在册，但是这种财产买卖活动必须经过村公所的正式登记后才能合法有效。村公所要求本村的每个村民都必须进行登记，包括家庭住址、婚姻状况、子女的出生、过继和收养、有无前科以及其他相关的资料。登记的材料不只在村公所保存一份，每户家庭也需要保存同样的材料。这样，不管任何一个人到任何地方工作或者生活，关于他的材料都可以从这个地方，直接提供给这个人所在的原籍村公所并且记入他的册籍。比如某一个人在申请就业或者是法律审判、又或者需要证明其身份时，都必须给他的原籍市、町、村的公所写信，或者是本人回到原籍，获得一份本人材料的副本交给需要其身份证明的单位。所以，在外地生活和工作的人们都必须遵守法律的各项规定，不能逾越，否则是会给自己或家庭留下不良记录的。
所以，市、町、村这种行政区域的划分对人民的生活和工作负有很大的责任，是一种共同的责任。日本于1920年出现了全国性的政党，世界上的绝大多数国家都会有多党轮流执政的局面出现。但是无论是哪个政党执政，都不会影响到地方行政机构。它们仍然是为共同体服务，为“长者”们所领导。虽然地方机构不会受到上层建筑的影响，但是它也有自己的局限性，比如自治权，主要表现在以下三个方面：一、所有的教员都是由国家任用的。在日本，国家对学校的规定是很严格的，无论是学生还是教员，都必须遵守学校的各项制度，但是学校的教员并不是固定的，时常会有所调动。日本和法国一样，所有学校在同一天都使用同样的教科书，上着同样的课，所有学生每天早晨都在同一时间，同样的广播伴奏下，做着同样的早操。二、所有的法官都是由国家任命的，因为在日本，几乎所有的民事诉讼都是通过调停或者仲裁来解决的，所以法院和法官在地方行政中几乎起不到什么作用。三、所有的警官都是由国家启用的，警官这个职位比起法官来说，会更重要一些，每当有临时集会的时候，他们都必须到场维护秩序。但是，这种任务并不是常有的，警官大多数时间都会用在记录居民身份和财产上。警官和教员一样，也会被政府调来调去，以保证其局外人的身份，避免区域性的联系。因此，学校、警察和法院是受国家直接领导的，地方不能对其行使自治权。
日本的政府机构与美国的政府机构是大相径庭的。在美国的政府机构中，通过选举选出来的人具有最高的行政立法权，而地方的则是由在地方指挥之下的警察和法院来进行管理的。但是，日本的政府机构却与荷兰、比利时等西欧国家在形式上没有什么两样。例如，荷兰和日本的相同表现在四个方面：一、都是由女王的内阁来负责起草一切法律条文，而不是国会。二、地方的行政长官也是由法律规定上的女王来任免，因此可以看出女王的权力是广泛的，可直达地方事务。但是荷兰女王的权力的广泛性甚至超过了1940年以前的日本。三、虽然地方长官是由地方提名的，而女王通常也不会反对，但是正式的任命却必须经过女王的批准。四、警察和法院都直接对君主负责。但是，日本的学校制度几乎全部照抄法国，而在荷兰，所有的宗派团体都有权利创办学校。在运河的开凿、围海造田以及发展地方事业方面，在荷兰，大体上都属于地方自治体的任务，而不是通过政治选举产生的官员们的任务。
其实日本政府机构和西欧各国政府机构之间的真正差异，并不在于形式，而在于职能。日本人遵守传统的恭顺习俗，按照这种在过去的经验中熔铸出来的习俗来行事，并且融进了道德和礼仪的元素。在日本，越过特权界限就是犯错误，只要政府的那些“阁下们”各安其分，守职尽责，那么他们的特权就会得到人民的尊重和拥护，但这并不意味着人民赞同他们的政策。在政府高层的眼中和心中，“人民的舆论”是没有丝毫地位的，他们只是要求能得到“国民的支持”。当国家的权限超过了其实际的管理范围，进而干涉到地方事务时，不但不会受到指责，还会获得尊重。但是对于国家政府内部发挥职能的各个机构，美国人会感到是一种无法避免的障碍，而在日本人的眼里，国家是近乎至善的。
除此之外，日本政府还十分注重国民意志的“适得其所”。只要是在合法的公众舆论领域范围内，为了国民自身的利益，日本政府还是会很努力地去恳求人民同意，这样说并不过分。例如，负责振兴农业的官员在改良旧式农耕法时，就和美国爱达华州的间行们一样，几乎不会靠权力来进行硬性推广。在鼓励建立由国家担保的农民信用合作社、农民供销合作社方面，政府官员总是要和当地的名流进行多次交谈，并最终听从他们的决定，因为地方上的事必须由地方解决。日本人的行政方式是很特别的，就是给予适当的权力并规定其行使范围，使权力在范围中运行。日本人比西方人，更加尊重“上级”，所以上级也给予他们更多的行动自由，但是“上级”也必须严守自己的本分。日本人有一句有名的格言：“万物各得其所，各安其分”。
在宗教方面，明治政府的政治家们制定了更为奇怪的制度。但是他们依然实践着自己的那条格言。他们把宗教归属于国家的管辖之下，将其称之为民族优越与统一的特殊象征，而其他信仰则属于个人自由。这种国家进行直接管理的宗教，就是国家神道。由于它被赋予了民族特征而受到了特殊尊敬，就好像美国对待国旗一样。所以，在日本人的心目中，国家神道并不是一种宗教信仰。日本政府因此要求全体国民都必须信奉国家神道，而不认为这违反了宗教信仰自由的原则。这就是一种对国家、对民族忠诚的象征，就和美国人民对国旗敬礼一样。国家神道因为不属于宗教范畴，所以可以在学校里教授，而不会受到其他西方国家的非议和责难，在学校里，国家神道成了日本神代以来的一种历史，和对“万世一系的统治者”天皇的崇拜。国家神道受国家的直接领导和财政支持。但是对其他宗教信仰而言，比如佛教、基督教，甚至是日本的其他教派的神道或祭祀神道，就是听凭个人意愿，不带有强制性，这和美国很相似。由此可见，这两种不同的教派在政治上和财政上是完全分开的：国家神道受内务省神祇局的管理，它的神官、祭招、神社等一切祭祀费用均由国库承担；而一般祭祀神道以及佛教、基督教，各种教派则由文部省宗教局管理，其经费需靠教徒自愿捐赠。
由于日本政府对国家神道的不同立场，所以说国家神道即使不是一个庞大的“国教会”，但至少可以说它是一个庞大的机构。目前全国各地有十一万多座神社，包括祭祀天照大神的伊势大神宫以及特别祭典时才进行清扫的地方小神社。而神社的神官系统的等级划分与政府系统是一样的，从最基层的神官到各郡、市和府县的神官，直到最高层被尊为“阁下”的神只官。这些神官，与其说是领导民众进行祭祀，不如说是代替民众举行仪式。上面已经说到，国家神道和其他的教派是完全不同的，它不属于宗教，而且法律禁止国家神道的神官们宣讲教义，所以它的祭拜仪式也不可能被西方人所了解。在日本普通的祭祀日里，町、村会选出一个代表进行参拜。这个代表会站立在神官面前，神官会举起一根扎着麻绳和纸条的“币帛”，在他们的头上来回挥动，为他们祛邪。接着，神官会打开神龛的内门，放开嗓子大声尖叫，祈求众神快快降临，享用丰盛的供品。这时神官会进行祈祷，参拜者们依照各自的身份进行排列，恭恭敬敬地将自己手中被称为神圣之物的小树枝供上，树枝上还垂着一些纸条。祈祷结束后，神官会再度尖声喊叫，送回众神，关闭神龛内门。但是在国家神道的大祭祀日里，天皇要出席，亲自为国民致祭，政府各部门也会放假休息。它和地方神社的祭祀日，以及佛教的祭祀日不一样，不属于群众的祭祀节日。而地方的祭祀日和佛教的祭祀日则属于个人“自由”领域，不在国家神道的范畴之内。