日本社会进入镰仓幕府时期，比较正规地确立了以封建领主经济为基础的、由武士阶级统治的国家体制，宗教界里曾经盛极一时的佛教宗派的声望，如天台宗、真言宗等开始江河日下，逐渐衰微。与此同时，取而代之的新宗派是净土宗、真宗和日莲宗。留学中国宋朝的僧人荣西（1141~1215）和道元（1200~1253）学成归国后，都为日本佛教界增添了不少鲜活的生机。他俩双峰凸起，分别创立了临济宗和曹洞宗，逐渐在日本列岛传播开去。敏感的神道界，此时掀起了反对“佛主神从”的神道教派。伊势神道便是其中的主要一派。
伊势神宫因其名声响亮，自成神道流派中的重要系统——伊势神道。伊势神道由伊势神宫外宫祠官度会行忠、度会家行、度会常昌主创，所以也称“外宫神道”或“度会神道”。伊势神道是从日本的中世（镰仓、室町时代）初斯至中期，以伊势神宫的丰受大神宫（外宫）为基础形成的神道学说。伊势神道的经典是《御镇座次第记》、《御镇座传记》、《御镇座本记》、《宝基本记》、《倭姬命世记》，俗称“神道五部书”。这些典籍的内容主要记述了内外两神宫的起源，从天地开辟说起，囊括了天照大神与丰受大神的神德、两神的关系、社殿的结构及宝器，以及开创性地将天照大神最早祭祀在伊势的、垂仁天皇的皇女倭姬命的业绩，书中提出很多神道的理念和教义。“神道五部书”的形成意图里，包含两个重要的侧面。
第一、内宫外宫同样看待，两神神格平等。以担任食物神、农业谷物神的丰受大神作为根本，因为此神与“天之御中主神”同格。这样一来，外宫的地位非但不低于内宫，竟然有高于内宫的倾向。第二，驾驭典籍和古代传说，把天照大神及其神道说成是日本开天辟地以来固有的事实和现象。其中暗示出对当时以真言宗为核心发展起来的两部神道的“神佛合一”（神佛习合）教义持反对态度，旗帜鲜明地否定“本地垂迹说”，从而使伊势神道带有纯神道的倾向。
后来，伊势神道提出了以神道为主体，儒、道、佛为从属的神道理论。它认为宇宙的本原神是随同“造化三神”出现的国之常立神，创造万物的是天御中主神，二神合为一体。宇宙本原神具有五行之首的水德；伊势神宫外宫祭祀的丰受大神恰恰是水神兼食物神，与天御中主神同体。伊势神宫内宫祭祀的天照大神是太阳神，具有火德，与丰受大神呈相互制约和依赖的关系。伊势神道还大力宣传封建道德，强调神皇一体思想，鼓吹：“大日本者，神胤也。神者君之内证，垂慈悲而同尘；君者神之外用，昭俭约而治国。”
伊势神道的五部书，简洁阐述了神道、神和人的真谛，强调把“正直”之德作为神道的中心德目，忌讳佛教对神道的浸透。五部书还认为，佛教混入神道的这种现象，完全是因为人心变坏，世风日下，天照大神一时中止了“神谕”，以致将教化的神条也临时转托给了佛教。不过到必要的时刻，天照大神还会随时通过圣女倭姬命下达“神谕”，由此便可以严格区别了神佛二者的性质。伊势神道的五部书在一定程度上借用了中国《易经》和老庄思想，将之作为参照系来整顿神道的祭祀思想，并加以理论化，以神道为基本立场，企图通过神道与道教的习合来摆脱佛教对神道的强烈影响。
伊势神道派的中坚度会家行、度会常昌、北畑亲户、慈遍等人，依据“五部书”来宣扬自己的学说，在神道史上构成一个划时代的出发点或转折点，对中世末期的吉田神道、近世初期“神主儒从”的儒家神道，都产生了不可轻视的影响，使得神道进一步关涉到人们日常生活中的一举手一投足，不再仅仅是那种手持玉串口吟神语的古老形式。
五根叶花果混映的吉田神道
继伊势神道之后，在神道史上异军突起独步一时的神道，是吉田神道。吉田神道由坐落在京都吉田神乐冈的吉田神社祠官吉田兼俱（1435~1511）所创立。吉田神道又称元本宗源神道、唯一宗源神道。吉田兼俱尊天儿屋命为祖先，他的祖上在京都神道界专门主管烧龟甲观裂纹以占卜来测定吉凶，原姓卜部，因此，吉田神道又名“卜部神道”。
吉田神道起源于室町时代后期文明年间（1469~1487）。它基本上是由神道家吉田兼俱一人独辟蹊径而成。吉田神道的根本思想是“神主佛从”，认为世间万物不分巨细都是神的显现，神是天地的根，有万物的灵性，吉田兼俱在京都神乐冈吉田山创建了吉田神道的总神社——大元宫，祭祀国之常立神、天照大神、丰受大神等八百万神，大元宫是一座诸神殿，包罗了全国所有的神。吉田神道推崇国之常立神为八百万神的中心，由此来宣扬规模宏大的神道论。
吉田兼俱强调：“国之常立神乃无形之形，无名之名，故称虚无太元尊神，一大三千界，成于此太元中。”（《神道由来记》）“所谓风波、云雾、动静、进退、昼夜、隐显、冷寒、温热、善恶之报、邪正之差，其决定者皆非吾神明莫属。”（《唯一神道名法要集》）“夫神者，先天地而定天地，越阴阳而成阴阳。”（《神道大意》）
这是一种神秘主义的境地。吉田神道还称“国之常立神一神即八百万神，八百万神归于国之常立神一神也。”（《日本书纪闻书》）可见，国之常立神是诸神的总代表，是创造天地万物一切现象的根本，此神先于天地出现而后定天地，超越阴阳而成阴阳，无始无终，无处不在，在天即为神，在万物即为灵，在人即为心。人人不分尊卑高低，肉体与天地同根，心被净化后就成为神明居住之地。人的行动和生活必须符合神道，诚心祭祀住在自己心中的神明。吉田神道认为神是万物的本体，神道是安人心、防止鬼怪之道；人心有喜、怒、哀、乐、爱、恶、欲七种机能，人身有生、长、病、老、死五种机能。为使各种机能能够和谐正常地运转，必须做“内外清净”的虔诚修行。
吉田神道主要继承了伊势神道的思想，特别是明显受到通晓伊势神道的神道家慈遍提倡的“根本枝叶花果说”神道观的影响。慈遍在其《旧事本纪玄义》中写道：“天皇之垂迹，日本神道为种子，唐儒教为枝叶，梵（印度）佛教相当于果实。”日本南北朝时代的小说《太平记》中也写道：“天照大神有时成为垂迹的佛，有时则回归神的正身。”
围绕吉田神道，吉田兼俱相继撰写了《神道大意》、《神道之由来》、《唯一神道名法要集》等论著，大体上继承了慈遍的上述神道思想传统，尤其是《唯一神道名法要集》，汲取了慈遍学说中的精粹，构成神道史上不可多见的学说。吉田兼俱根据自己的神道学说，排除异己，反对神佛习合的两部神道，大力倡导以神国主义、日本中心主义为神髓的“元本宗源神道”。换言之，这也就是主张国之常立神是万物之本。他踏袭慈遍的学说，主张神道应以树为例，佛教好比万法的鲜花和果实，中国儒学在万法中如同婆娑的枝叶，二者皆是神道的分化，唯有神道才无愧于这株巨树汲取各种营养以期生生不息的根本，至于世间流行的所谓“佛为本地神为垂迹”的思想，纯属浅显简陋之义，惟有神为本体佛为垂迹才是真相。尽管吉田兼俱把佛教、儒家文化和道教融入吉田神道中，但没有造成喧宾夺主、佛主神从、淡神的权威的结果，他一直鼓吹唯一宗源神道才是“唯一神明的真传，纯一无杂的密意。”正像他在《唯一神道名法要集》结尾中的“颂词”所言：“唯一神道，诸法根本，万行滥觞，毕竟宗源。”
吉田兼俱在神道宣传活动方面标新立异，他倡导神道灌顶、安镇法等，并极力取悦朝廷和幕府，附炎趋势，借此扩张自己的影响。他被封为“从二位神祇大副”，一时取代了朝廷世袭的神祇官首领白川氏族迄今把持的神位和神道祠官的任免大权，把全国大多数神社、祠官笼络到吉田神道的势力范围之内，将吉田神道升格为日本宗教中惟我独尊的高度。
吉田兼俱苦心经营的以“三教根本枝叶花果说”为神髓的吉田神道，传到近世，在神道领域里的覆盖面依然甚广，由于吉田兼俱的后裔代代承传，一直延续到明治时代初期。
六儒学神道的先驱吉川神道
综观文化史的大环境，神道发展到近世，可以说已经脱却了中世那种浓厚的佛教氛围，继而代之的，是占据近世文化主导地位的中国儒学。
儒学作为一门学问被日本朝廷采用，开始于大和朝廷（公元5世纪末至6世纪初奈良地方出现的日本最初的统治政权）的应神天皇（第15代天皇）时期。最早被日本聘请的儒学博士是王仁。王仁又称“和迩吉师”，生卒年不详。日本《古事记》记载：“王仁献《论语》十卷，《千字文》一卷，并十一卷。”《日本书纪》记载：“十六年春二月，王仁来之，则太子菟道稚郎子师之，习诸典籍于王仁，莫不通达。”据学者推测，王仁是被高句丽灭掉的乐浪郡的汉人血统的学者，系汉高祖刘邦的后裔，他为儒学在日本的传播作出了重大贡献。此后，儒学作为日本汲取大陆文化的重要组成部分，分“古代国家时代的儒学”、“封建制度下的儒学”、“明治以后的儒学”三个时期，在日本文化史上相继流传下来。
江户时代的统治者德川氏族执政伊始，便推行文治政策，地方各藩（诸候国）也鼓励知识分子潜心致学，儒学步入兴隆。在这种时代文化潮流左右下，神道变换方向，疏远了佛教，与儒学的习合更加紧密了。神道家创建了为数可观的儒学神道流派。藤原惺窝（1561~1619）、林罗山（1583~1657）、德川羲直（1600~1650）、德川光国（1628~1700）、中江藤树（1608~1648）、贝原益轩（1630~1714）等江户初期的儒学家们，在对儒学的探索和定性方面，不拘一格，各鸣其所善鸣，都有新颖见地。
开创儒学神道的儒学家是藤原惺窝，后来由他的弟子林罗山继承下来。儒学神道强调神儒一致的思想，对儒学体系采取不执一端的态度，重点汲纳儒学的入世理论来武装神道。此时，特别是朱子学备受青睐。藤原惺窝在《千代茂草》一文中率先提出“神儒一致论”：“日本的神道正吾心，悯万民，以施慈悲为极意；尧舜之道亦然，儒道，神道，名异而心同。”林罗山与其师的观点相同，他说：“我朝神国也，神道即王道。”（《林罗山文集》）他们的学说旨在促使神道脱离迄今接受的来自佛教的浓烈影响和从属于佛教的依附态势，倡导活用儒学理论来推动日本的神辞佛还俗，以激发出一种积极入世的精神。
在江户时代兴起的各派儒学神道中，吉川神道（亦称理学神道）是公认的一个典型派别。它是由为幕府服务的神道家吉川惟足（1616~1694）独力开创的神道。吉川惟足最初师从伊势神宫的外宫祠官度会延佳（1615~1650），39岁时专门从镰仓去了遥远的京都，求教于京都的吉田神道，深得其中奥义。尽管事实上吉川惟足继承了唯一神道（吉田神道）的某些传统，但鲜明的相异之外，是他从前代的神道思想中果断地剔除了佛教要素，大量吸收了朱子学，对朱子学的基本理念独自进行发掘之后，又掺进了武士道精神，形成了自成一家的吉川神道。它执著地倡说：“朱子学中的太极，即日本的天神国之常立神，一切的神无非都是太极的具体表现。”吉川惟足自负地宣称：“日本神道由一人单传”（《神学传承记》）。他认为神有一种奥妙奇玄、高深莫测的神理，一理生万种，而理便是神人一体、天人合一之理；日本人是神的子孙，所以在千殊万类的事物之中数敬神崇祖的观念最重要，必须让日本民族精神的根须深扎入神道的土壤之中。
吉川惟足强调“理”的作用，他称推崇儒家伦理的吉川神道是有益于治理天下的“理学神道”，认为“理”是万物的本源，具有永恒不变的本性。吉川神道借用阴阳二气之理来解释“神代记”，认为创造万物的伊邪那歧命和伊邪那美命夫妇神便是阴阳二气的结合。吉川神道又利用未生、已生的概念，阐述天上界和地上界的二者合一问题，提出“天是大体人，人是小体天”之说，认定五行中的土是万物之母，金是五行中最重要的存在，唯有土和金才能够使天地正确运行。吉川神道还指出，敬与义可以使人有道德社会有秩序，只有敬义合一，才是人伦道德的根本。
吉川惟足潜心研究神道典籍，之后，他接受诸候的聘邀，专门为王公贵族讲授神道。他强调君臣身份阶级的价值，把儒学中“孝”为五伦之首改为“忠”为五伦之首，鉴衡人伦之道必须以君臣之道为最高标准，应当将这种品位的“忠道”贯通到夫妇、父子、兄弟、朋友之道内。他鼓吹“君臣之道，万古不易”，因此而博得上层武士阶级的分外赏识。52岁时，他拜见了江户时代的统治者德川氏族第四代将军德川家纲；67岁时，他被第五代将军德川纲吉委托为幕府的“神道方”。一登龙门，声名鹊起。
吉川神道是江户时代神儒习合的神道中是一个带有典型意义的神道。当时著名的“天下三贤候”之一、以不耻下问、勤奋好学而称名天下的会津藩（今福岛县西部）藩祖保科正之（1611~1672），以及众多知名的知识分子，都纷纷慕名而来，接受了吉川神道的理念。因此，吉川神道在相当一段时期内风靡朝野上下。