吉川神道在神道史上先声夺人，大起大落。登峰造极的绝顶期主要集中在吉川惟足这一代，他故去之后，尽管吉川氏族仍担任幕府的“神道方”，直到幕府末期，怎奈吉川神道的高潮已过，再没有取得特别引人注目的进展。
吉川惟足52岁时，接纳江户前期的儒学家、后来名震列岛的神道家山崎暗斋为弟子。于是，在神道史上，他为后来的垂加神道的诞生提供了必要的温床。
七朱子学融合的垂加神道
山崎暗斋（1618~1682）是研究日本朱子学的大学者，他继承了度会延佳和吉川惟足的神道思想，并活用朱子学的渊博学问来提倡神儒合一，创建了自成一派的垂加神道。
山崎暗斋，名嘉，字敬义。他15岁削发入比睿山妙心寺为僧，法号绝藏主。此间受野中兼山（1615~1663）等朱熹理学学者的影响，29岁还俗，埋头钻研朱子学，儒号暗斋，神道号垂加。山崎暗斋50岁前后才通过吉川惟足的指点，开始广泛接触各派神道。他亲赴伊势，通过度会延佳和大中臣精良的指教，得到了伊势神道的真传。54岁时，山崎暗斋去了江户（今东京），悟明了吉田神道提倡的“吾唯一神道，以天地为书籍，以日月为证明”这一神道的内韵，并将之作为垂加神道的源头。山崎暗斋之所以开创神道流派，这与他的家庭教养和潜心研究朱子学以及他的宗教倾向大有干系。他研究朱子学，对其产生了深深的信仰，他大发感慨：“吾意，朱子之学，居敬穷理。即祖述孔子，而不差者。”“居敬”意为守一不移，谨慎养德；“穷理”是说潜心探究万物之理。
出于对山崎暗斋的名声的崇拜，慕名纷纷入他的门下习学朱子学和神道的弟子，总数不下3000人，其中卓有成就者约有30人。
垂加神道的学说是，道即天照大神之道，教即猿田彦神之教，猿田彦神是迎接天孙琼琼杵命下凡治理人间的神。垂加神道以朱熹的“理气说”和“五行说”来解释世世代代离奇迷幻的神话，以阴阳五行配天神七代，鼓吹尊皇忠君。大义名分，狂热宣扬以日本为世界中心的神国主义思想。由此可以明确看到来自“近世神道思想家的先驱者”北畑亲房所撰《神皇正统记》的影响。
垂加神道的生命相当久长，这一派的中坚学者除山崎暗斋外，还有竹内式部、出云路信直、梨木佑之、大山为起、谷秦山、若林强斋等，主要的教义性典籍有《神代卷风叶集》、《中臣祓风水草》、《垂加草》。
“垂加”二字是山崎暗斋取自吉川惟足所授“垂加灵社”之号，“垂加”二字出自《倭姬命世纪》：“神垂祈祷为先，冥加正直为本。”山崎暗斋以“神垂祈祷，冥加正直”为座右铭。“神垂”意思是天神垂惠，因此，对人来说顶重要的事就是祈祷；“冥加”即神虑加身，所以必须以正直为重。山崎暗斋发誓：“我愿守之，终身无惑。”他希望以祈祷和诚意求得神的帮助，并称达到这种境地的人是“神垂冥加之人”。
对于神出现的种种形式，垂加神道根据朱子学的理气论，归纳提出“四化说”，即造化、气化、身化、心化。山崎暗斋说：
我神之来封，有四品焉。造化之神，气化之神，身化之神，心化之神，拜此四神，然后可语我神道矣。（《玉签集》卷一）
四神中的造化之神是指由阴阳二气生出的天地、日月、山川草木之神；气化之神是虽然化作人的形影，但是其来无种，纯由天地之气中化育生成，如伊邪那歧命和伊邪那美命二神；身化之神又称胎化之神，由两性相交或身内生出，如天照大神等；心化之神是指感悟于神的启示而生出的神灵，如琼琼杵尊向祖母天照大神发誓时，天照大神命令琼琼杵尊携带的剑生出了以协助下凡后的“天孙”为己任的“宗像三女神”（田心姬神、湍津姬神、市杵岛姬神）即是。
垂加神道的中枢理论是“天人唯一”，即天地与人为一，即使从现象上看，似乎为二，但其根本仍归于一。意思是一贯的理法通行于天地人之间，理法的内容来自朱子学的太极图之中。垂加神道认为，神是阴阳五行之主，万物万化之源，并言称：“群臣上下，无黑心。以丹心奉大神则胡佛无所立，而观常世之神风。”垂加神道的信念中最重要的，对后世影响最大的一点，是日本人要对天皇表示绝对的敬仰。在朱子学的影响下，垂加神道强调封建的正统论，在神道史上奉行绝对尊王主义。垂加神道的代表性名著《神代卷藻盐草》中，针对天皇观写道：
异国之皇帝之上有天帝，敕命之上有天命；吾国之天皇之即为天帝，敕命即为天命也。纵令发生天灾，大风洪水或瘟疫流行，多有人亡，亦无有一人怨天，是为罪在下民，天降此灾，民当自省，须常尊天帝之清明。
这种天皇即天帝的信念，，不仅是垂加神道中神儒一致意识的鲜明表现，也是垂加神道道德观的核心和近世尊皇思想的源头。在企图从武士阶层夺回天皇的权力的“宝历事件”（1758）中鼓吹尊皇论的代表人物竹内式部（1712~1767），就是垂加神道理论培养出的神道家。竹内式部根据垂加神道的教理，宣扬天照大神自古以来就是日本的君主，天日的恩惠就是她的恩惠，人们生命的一切，无不受天照大神的恩惠，哪怕是一张纸一根线，都是天照大神的赐物。天照大神的子孙是日本的天皇，人就不用说了，就连草木禽鸟闪电野兽，都必须尊敬天皇。凡背叛天皇者，“虽为父母兄弟，亦当诛之归君，引为吾国之大义。”于是竹内式部严词谴责掌握实权的幕府将军不敬天皇。因此招致了幕府对他的厌恶，最终遭到流放，病死于流放八丈岛的的途中。
垂加神道教导人们学习天照大神的神德，学好神德可得“神灵”，集万善于一身，以一身可治天下。要达到这一目的，应以“三种神器”为目标，以诚心诚意的谦虚态度进行祈祷，还必须祭祀天孙下凡的先导者、土金之神猿田彦大神。因为“神道宗源在土金”，土金不可分，无土不生金，无金土不富。土金的日语读音原意中有“谨”、“敬”的意思，它是人们对待万事万物的根本要义，天地因其而成，人也因其而心身完善，时时刻刻与神灵同在，作为神道修行的一法，垂加神道还要求人们学习朱子学中的致敬静坐，安坐巡行。
垂加神道广纳各派神道思想集大成之后，以其独树一帜的学说，影响面极广，成了支配日本近世全国神道界和思想界的一大主流势力，直到近世日本国学抬头，复古神道兴起，热潮才逐渐退却。
八国学呼唤的复古神道
江户时代的元禄年间（1688~1704），第五代将军德川纲吉推行文治政策，天下泰平，政治稳定，酿出了多家自由争鸣的学术气候。在这种时代背景下，日本文化领域兴起了前所未见的“整理国故”的国学运动。
所谓国学即以古典文献学的方法为主要手段，对日本的古代文明进行实证性的、变换角度的发掘研究，旨在进一步澄清日本固有的民族精神。国学运动的中坚人物主要有荷田春满（1669~1736）、贺茂真渊（1697~1769）、本居宣长（1730~1801）、平田笃胤（1776~1843），通称“国学四大人”。立足于复古主义的国学家们通过认真发掘古史典籍，在神道界里鼓荡出一股来势强劲的复古思潮，其目的是清除融入神道中的儒学和佛教思想等外来文化要素，再现日本古神道的那种纯粹原生质，这就是所谓的复古神道。
复古神道的出现，使迄今一直在神道界独领风骚、无可匹敌的垂加神道立刻遇上了来势凶猛的强敌，招架不住，终于被复古神道夺走了曾几何时在神道界唯垂加神道独强的霸权。复古神道同垂加神道激烈交战，两派对日本神采取的态度多有迥然相异之处。复古神道通过猛烈攻击垂加神道，显赫地树起了自己的大旗。复古神道的代表文献有荷田春满的《创学校启》，本居宣长的《直毗灵》、《玉鉾百首》，平田笃胤的《古道大意》、《俗神道大意》等。
国学家荷田春满首倡复古神道。他开始是写过一部向幕府建议创建国学学校的书籍《创学校启》（1728），此书的新颖见地如火花迸溅，燃起了日本国学乃至复古神道的第一簇烽火。荷田春满在该书中对600年来神道史上的神佛融合和神儒一致现象表示强烈不满，他忧虑日本的神皇之教（古神道）将因此而濒临废绝，为了复兴神皇之教，必须提倡复古学，研究国史、律令格式（中国初唐时完成的四种法典）以及古典和歌。荷田春满直言提出：不通古语则古义不知，不知古义则不晓古学，只有借助史籍才能“正本清源”。所以，他大力强调复古神道的重要性。
与本居宣长并称为国学发展史上两大高峰的贺茂真渊，继承了先师荷田春满的学说，并在江户时代中期的儒学者荻生徂徕（1668~1728）开拓的古文辞学派的强烈刺激下，连著”五意考“——《国意考》、《语意考》、《歌意考》、《文意考》、《书意考》。他在这些论著中系统地阐述了国学的特性和日本固有的精神之同时，也确立起以廓清神皇之道为目的的日本国学体系。他的学说是，日本自神代起就存在自己固有的古神道，在它正要走向繁荣但尚未成熟的关键时刻，恰逢儒学传入日本，因此古神道受了严重的干扰；日本古神道里有说不尽的妙谛，它与天地共存亡。
贺茂真渊的神道观引起了本居宣长发自心底的共鸣。本居宣长32岁时被贺茂真渊收为弟子，历经贺茂真渊和本居宣长的努力，复古神道得以系统地建立起来，并由平田笃胤、伴信友、橘守部、大国隆正、铃木重胤等学者继承下来。
本居宣长强烈反对人们用儒学和佛教的理念来妄断解释日本神道，他称其为失却了日本民族特色的“汉心”，进而加以严厉批判；本居宣长强调要根据《古事记》、《日本书纪》、《万叶集》、《源氏物语》等原始典籍，归纳总结出古语、古事、古意的原汁成分，以恢复古神道的原貌，阐述古神道的教义。简洁说来，复古神道就是坚决反对中世的神佛习合和近世的神儒习合，它是排除佛儒思想后纯粹的神道。复古神道对神道做了极为严密的细致区分，将儒佛教尚未传来之前、尚未受到佛、儒影响的原质神道称作“纯神道”、“古神道”、“皇道”、“大教”、“本教”。根据这个观点，本居宣长严词批判垂加神道：“如垂加辈，则惟假神典，而说儒道者，安在其为神道哉。……以五行配物，妄论牵强，至如土金，则固妄说。”（《与谷川淡斋》）平田笃胤也认为，吉田神道和垂加神道对神典的解释纯属荒谬至极的牵强附会，迄今的所有神道统统是非正宗的俗神道。
对于复古神道的概念，本居宣长的观点如下：
若问此道为何道，既非天地自然形成之道，亦非人为之道，而是自高御产巢日神之灵，祖神伊邪那岐大神与伊邪那美大神肇始，再由天照大神传承而来之道，故称神道。（本居宣长：《直毗灵》）
平田笃胤从神学角度加以规范之后提出：
神国自知神国之国体，习学神成就之事，行正人之道，即称神道。世间一切忠臣孝子乃至不悖反人道者，皆属恪守神道。（平田笃胤：《大道或问》）
复古神道的思想内容主要是，在日本的八百万神中，以天照大神为核心；作为天照大神子孙的天皇，是世间芸芸众生的核心，二神均为无穷无尽的存在，神道存在于二神之中，人必须对二神顶礼膜拜。这种主张的目的，不外乎鼓吹尊皇主义，宣扬日本中心主义，建立以神道为统治思想的世界秩序。本居宣长就曾大力宣扬日本的高天原向世界各国派遣、降临了天神。
本居宣长依据《古事记》等古籍，努力标新立异，再现古神道思想。其实，在对天照大神、国土生成神伊奘诺尊与伊奘冉尊的具体看法上，可以说，复古神道与垂加神道存在不少重合之处。从敬神、忠君这一点看，本居宣长宣扬的复古神道同垂加神道以及其他神道也呈现一定的相似性。甚至本居宣长倡扬的所谓“神道即国家统治之道”这一神道理论，与林罗山、吉川惟足、山崎暗斋等人提出的儒学神道论，在观点上也有着明显的共同性。复古神道显著的特色，是力求脱离儒佛影响，重新返回古神道的状态。
复古神宣扬一种“幽冥观”，认为世界分作显（现世）、幽（冥府）两界，现世由天照大神的子孙天皇统治，而冥府由大国主命统治，人死之后必须在幽界接受审判，善恶到头终有报，善者永生。
复古神道强调“国体皇位”，祭政一致，天皇绝对神圣化，神道是国民的心灵，复古神道体现了日本古来的精神。复古神道结合时代精神的色彩，倡说神道是日本民族的生活原理和原质信念，日本民族的传统信念和思想情操都必须借助神体现出来，神道的性质，就是心怀敬神的信念拥戴天皇，竭力尽诚建设一个正大光明的国家的那样一种精神，这种精神是发展日本国家的指导原理。显而易见，复古神道已被抬升为极度排他式的国教。复古神道通过对《古事记》等古籍的探究，竟别有用心地把纯属子虚乌有的神话说成确有的实事，使复古神道具有非合理性和超历史性。这里不难看出，复古神道大力强化敬神崇祖观念之目的，在于复活神话中诸神的作用，使复古神道在同日本皇室发生密切关联中寻找到自己的一个重要席位。
复古神道还崇拜“造化三神”，以证明皇道浩荡，灵魂不灭。它在强调排外的国粹主义之同时，还断言日本民族是天照大神的后裔，天皇是世界的主宰者。这样一来，复古神道陷入了巩固天皇统治和狂信式的天皇崇拜的涡旋之中，其实，所谓“复古”，主要是强调复辟古神道中的神国主义精神。
复古神道对江户幕府末期以后的日本思想界和神道界产生了空前的强刺激，同时对明治维新中的王政复古运动以及与之相关联的军国主义思想的滋生、蔓延和膨胀，影响甚大，流毒非浅。