一神道的政治实践
明治维新虽然是一场不彻底的资产阶级改良运动，但客观上毕竟使日本在相当程度上脱离了封建主义历史的重重束缚，免遭西欧列强的欺凌宰割，是日本走向近代资本主义的出发点。
1867年（庆应三年）10月14日，在国内外政治形势的强大压力下，江户幕府第15代将军德川庆喜眼见大势已去，众叛亲离，被迫把持续了265年的政权奉还给天皇主宰的朝廷，即所谓的“奉还大政”。它宣告了自镰仓幕府以来漫长的武士阶级垄断政治大权的终止，结束了由天皇和公卿组成的朝廷在日本政治舞台上软弱被动有名无实的历史。
早在江户时代前期，山崎暗斋的垂加神道和儒学神道家山鹿素行（1622~1685）就提倡国家主义政治，鼓吹天皇当居于国家权力顶点这样一种忠君尊王论。但当时的尊王论在一定程度上是拥护德川幕府封建体制，其理论根据是，幕府尊崇皇室必然会令诸候尊崇幕府，诸候尊崇幕府然会令大夫敬诸候，如此这般，上下相保，万邦协和。
可是，到了幕府后期，新理论充实了神道之后，神道开始日益激烈地批判幕府政权，有两个典型事件是神道批判幕府的重要标志，第一，垂加神道的忠实信徒竹内式部在家塾讲授《日本书记》神代卷，强烈要求“恢复朝权”，终于在宝历八年（1758）引发了“宝历事件”；第二，尊王论的鼓吹者山县大贰（1725~1767）和藤井右门等（1720~1767）向公卿们大力宣扬尊王思想，招致了幕府的反感，明和三年（1766）被幕府以谋反罪逮捕，第二年或被处死或被枭首示众，这就是被视为“倒幕思想”源头的“明和事件”。
其后，排外色彩浓厚的复古神道的神学思想成了“尊王倒幕”这场运动的主要理论基础。平田笃胤的养子平田铁胤（1799~1880）和津和野藩（位于今岛根县西端）藩士、国学学者大国隆正（1792~1872）、矢野玄道（1823—1887）继承了平国笃胤的学说，形成了明治初期新设的神祇官意识的主流。此时，复古神道完全删除了以死后赴大国主命统治的幽冥的“死后安心说”为中心的纯宗教成分，极度夸大以天皇中心论为主旨的国粹主义，将其异常政治化，从而构成了其后出现的国家神道的支柱。平田铁胤后来担任明治天皇的侍讲；矢野玄道在王政复古运动中担任明治维新的激进派、政治家岩仓具视（1825~1883）的幕宾；积极鼓吹复古精神的国学学者玉松操（1810~1872）参加了明治维新的策划。之后，玉松操在神祇官任职，为使神道狂热地依附国家政治而摇旗呐喊，与大国隆正等人一起，深受明治政府的重用。
“王政复古”是一场历史转性的政变，这股强大的政治潮流，目的是推翻江户幕府的统治，使天皇亲政。政变成功之后，明治政府为了巩固中央集权的国家体制，当即颁布了“王政复古大号令”，其中写道：“诸事原于神武天皇创业之始。”回归到神武天皇创业之初的精神，这是明治维新运动追求的理想。神武天皇创业是指传说中日本的首代天皇不畏艰险，力克万难平定了地方势力最后在大和地方开国建都，为日本迎来了黎明的这样一个源于神话的所谓“史实”。明治政府要求国民万众一心追随神武天皇，是企图为近代化统一国家的起步寻找一个必要的理论依据，换句话说，就是蓄意在人们的精神领域里树起一个纵贯日本历史并永远令人回顾的精神原点和目标。
“王政复古大号令”颁布不久，矢野玄道便紧跟形势，向明治政府献上了著名的建议书《献芹詹语》，其进谏的主要内容是：天下当务之急，是再兴古代的神祇官制度，祭祀天神地祇，贯彻“祭政一致”，以求庶政为之焕然一新。
明治政府采纳了矢野玄道树的建议，根据复古神道的学说，采取的第一个基本施政方针就是实行“祭政一致”，把神道中的祭祀和政治结为一体，人要有进行祭祀时的宗教心境来对待政治，“政”的古意就是祭祀，它在日本古代就有“祭政一致”之意。这样一来，天皇不仅是宗教上的最高权威，同时还紧紧握住了政治大权。
神祇官最早约成立于天武、持统两个天皇时代（672~696）。大宝律令（701）问世后，神祇官的权力很大，平安中期以后，神祇伯由花山天皇（第65代天皇）的后裔白川氏族世袭，“应仁之乱”（1467~1477）爆发后，历经战乱，神祇官的权威趋于衰落，吉田氏族开始同白川氏族同时分掌神祇方面的职务。
鉴于以上历史背景，明治政府于明治元年2月设置了神祇事务局，3月13日又发出了振兴神祇的布告。14日，明治天皇亲率公卿诸候，以前所未有的隆重仪式在京都紫宸殿祭祀天神地祇。作为基本国策，天皇在神祇面前以誓言形式发表了“五条誓文”，内容是“破旧来之陋习，基天地之公道；求智识于世界，大振皇基。”明治天皇的这一举动，完全照搬了历史上在“大化改新”（645）中天皇、皇太子等在大和朝廷的发祥地飞鸟（奈良县奈良盆地南部）向神祇发誓（645年7月19日）的传统仪式。天皇率群臣向神祇盟誓，这一形式意在表明天皇是新政权的惟一主体，祭祀天照大神与大国主命等诸神，旨在祈祷战争胜利。
3月21日，明治天皇参拜了京都府石清水八幡宫，这是明治天皇首次参拜神社。7月，明治天皇在京都东山举行全国规模的招魂祭，祭奠自嘉永六年（1853）以来为使日本不沦为欧美列强的殖民地而投身维新运动的为国捐躯者。
明治维新伊始，立即恢复了古代神祇祭祀的仪式，其目标是让神祇制度回归到平安时代（794~1192）中期颁布的古代法典《延喜式》里规定的制度之中。天皇祭祀神祇，意图之一是大大有益于推翻封建的幕藩制；意图之二是在实现近代统一国家的进程中，它可堂而皇之地成为统一国民思想的惟一枢轴。从此，祭祀成了日本国民共同的宗教仪式，凡是在神社举行的祭祀仪式，纵然是偏僻村落生活共同举行的简朴祭祀，其本质和天皇举行的声势浩大的皇室祭祀上别无二致。此时，神道已不跟随时代文化发展的新趋向，甘冒二者严重错位的大忌，倒退于所谓没被外来宗教影响的古神道里，特别是倒退于其中的神国主义政治主张中。因此，神祇祭祀在促使迄今为止群雄割据的各藩国国民众心归一、敬仰天皇方面，一时间在意识形态方面起到了强劲的纽带作用。
在复古神道文化主潮的支配下，明治政府极力倡扬国粹，全国掀起了一场“唐风一洗”运动，废除一些带有着中国风习色彩的传统节日。明治六年（1872）一月，日本废除了源于中国传统风俗的五大节日：人日（1月7日）、上巳（3月3日）、端午（5月5日）、七夕（7月7日）、重阳（9月9日）。同年10月14日，按太政官第344号布告《祭日节日之件》，明治政府正式规定了具有神道意义的八个节日：元始祭（1月3日）、新年宴会（1月5日）、孝明天皇祭（1月30日）、纪元节（2月11日）、神武天皇祭（4月3日）、神尝祭（9月17日，后改为10月17日）、天长节（11月3日）、新尝祭（11月23日）。明治十一年（1878）又补定了春季皇灵祭（春分日）和秋季皇灵祭（秋分日）。
以上十个祭祀节日中，除了新年宴会以外，其余都属于皇室的祭祀。传统节日的“四方拜”、“属星拜”（拜星辰）以及香烟缭绕的阴阳道式的一些起传统节日，从此一律废除，完全改换成参拜皇祖皇宗和天地神祇的祭祀形式。
二神佛分离运动
明治政府在实施复古神道意义上的神祇祭祀中，也存在不少棘手的难题。要彻底打破漫长历史长河中神佛融合的思维定势，首先必须清除混入神道中的佛教及其他“邪教”的各种要素。在这样的政治气候下，以神祇官为中心的政府官厅为了推行神道国教化政策，明治元年（1868）三月十五日，发布了明治政府的民众基本政策“五道禁令”（《五榜揭示》）。其中的第三道禁令规定：“切支丹邪宗门之仪应禁之。”明治元年三月二十八日，政府又向全国发布了《神道佛教分离令》，严格规定：神道与佛教必须彻底分离，禁止用菩萨等佛语作为神号，禁止以佛像做神体。这就是所谓的“废佛弃释”。然而千余年的历史文化积淀要想在一夜之间消除净尽，显然是不可能的。因此带来了前所未有的混乱。
在走向极端的“废佛弃释”风暴的袭击下，僧侣们纷纷被从神社中驱逐出来，不少僧侣还俗。过去依仗江户幕府和藩国势力为后盾、残酷统治人民的全国很多大小寺院，以及佛像、佛具等，遭到了长期受寺院压抑的人民过激的空前的大破坏。举其显著事例，奈良的兴福寺被从春日社剥离出来，寺内的经卷、佛像等一应物件被前来摧毁佛寺的民众一扫净光，国宝五重塔险些化为灰烬；京都的排佛风潮尤其激烈，天台宗总寺院比睿山的日吉山王权现神社一派上中下二十一社，在社司树下石见守茂国的带领下，均遭到惨重毁坏。“排佛毁释”的民众浩浩荡荡，撞开神殿大门之后，供为神体的佛像及经卷、佛龛等凡与佛教沾有因缘的一应物件，均遭践踏毁损，并付之一炬，化作焦土。岛根县隐岐岛上所有的佛寺和佛像，命运更是糟得无以复加，被彻底洗劫，没有留存下一寺一佛。
《神道佛教分离令》的宗旨，是把佛教从神道中剥离出来，清除神社中的佛教色彩，并不是为了在日本取消宗教领域里的佛教，以及攻击诋毁佛教。但在平田派国学学者以及儒学学者的过激宣传下，全国各地的“排佛毁释”风潮此起彼伏，一发而不可收，甚至连路旁的地藏菩萨像和观音菩萨像也难以幸免。在民众眼中，佛教已沦落为令人痛恨的封建统治的工具，欲求民众自身的解放和日本的民族统一，只能寄希望于神道。
在“排佛毁释”风暴中，明治政府给佛教以釜底抽薪般打击的手段，是没收了寺院的领地，使佛教丧失了政治方面的职能，从而剥夺了寺院对领地内人民拥有的统治权，余下的只是以禄米、现金等方式维持着寺院最低限度的传统权利。由此，历史遗留下来的神佛融合的神道，被彻底肃清。
明治元年（1868）十月二十八日，天皇前往武藏国（今东京都，崎玉县、神奈川县东北部）一宫冰川神社（坐落在崎玉县大宫市），亲自举行祭祀，为弘扬“国风”而下诏：
崇神祇，重祭祀，乃皇国之大典，政教之基本。然中世以后，政道渐衰，不举祀典，遂臻纲纪不振，朕深慨之。方今更始之秋，新置东京，亲临视政，将先兴祀典，张纲纪，欲以复祭政一致之道。
于是规定冰川神社为武藏国的镇守神社，把原德川幕府的所在地江户改称东京，定其为皇城，明治二年（1869）还都东京。就在这一年的3月12日，明治天皇一反旧规，参拜了伊势神宫，打破了自持统天皇（第41代天皇）以来天皇不参拜伊势神宫的先例。天皇参拜伊势神宫，表明天皇作为“现人神”是神道中的至高权威，同伊势神宫的内宫和外宫里祭祀的天照大神和丰受大神地位等同。
三国家神道的形成
明治三年（1870）一月三日，明治政府颁布了《大教宣布之诏》，提出将神道作为国民教化的政策，言称：“今天运循环，百度维新，宣明于治教，惟宣扬神之大道。故新命宣教使，天下布教。”
从此，神道的教化活动步步升级。明治三年八月八日，神祇省制定了三条教规：“一，力行敬神爱国之旨；二，明天理人道；三，奉敬皇上，遵守朝旨。”从而搭成了天皇制国家的基本意识框架。
明治四年（1871）五月四日，根据近代天皇制国家的政策，明治政府以神社信仰和皇室祭祀体系为核心，进一步将神道国教化，太政官向全国神社发布命令：神社是国家的宗祠，非一人一家之私有。因此对将神社进行了一元化的改编，使神社与皇室神道的关系空前紧密，形成了所谓的“国家神道”，在实质意义上天皇担当了国家神道的最高祭司。由此而始，明治政府废除了神社和神官的世袭制，取而代之的是官社制与神社神职任命制，神官的生活与地位得到中央政府和地方政府的特殊优待和保障，神社享有特权。
当时，散布日本全国各地的大小神社约有19万座，但大多数是地区性小神社，其中有农村、渔村中与生产和生活相关的神社；有源于自然崇拜的神社；有血缘相系的氏族私立社祠，因神社各自的历史不同，其祭祀目的自然也各不相同。
但是，根据明治政府的规定，全国星罗棋布的大小神社，按照统治者的政治企图，被划分为“官社”和“诸社”。官社又下分为官币社（由神祇官祭祀，主要祭祀天皇、皇亲和功臣的神社）和国帮社（由地方政府祭祀，主要是地方崇敬的中心神社）二种，在规格上各有大中小三等之分。“诸社”下设府社（藩社）、县社（府藩县崇敬的神社）、乡社（乡邑的产土神，一个户籍区设一神社）、村社（祭祀村落的氏神）、无级别神社。根据明治时代初期的神社明细帐记载，当时全国神社总数为176000余座，所有神社的本宗是祭祀皇室祖先神天照大神的伊势神宫，它在神社中的级别至高无上。
国家神道具有至高权威，从国家神道中派生出来的教派神道，以及佛教和基督教，在明治时代中期，自然地全都成了国家神道的附庸。国家神道的体制彻底建成后，明治二十二年（1889），《大日本帝国宪法》问世。依据宪法，各种宗教完全被纳入于天皇制体制之内，其中规定：“大日本帝国由万世一系之天皇统治之”（第1条）；“天皇神圣不可侵犯”（第3条）；“天皇即国之元首，总揽统治权。”（第4条）第28条中关于宗教信仰的自由，这样规定：“日本臣民在不妨碍安宁及不妨碍臣民义务之限定内，有信教之自由。”意思不外乎天皇作为国家神道中的最高祭司，持有祭祀神祇的特权，而国民的信仰只能局限在国家神道教义的范围之内，不可越雷池一步，否则坚决取缔。这样一来，宪法从法律上明文规定了日本作为绝对天皇制国家的正当化，也确立了国家神道在法律上所处的地位。
明治二十三年（1890），政府发布了国民教育的基本规范《教育敕语》，以其作为天皇制国家思想和理念。《教育敕语》的开头写道：
朕惟我皇祖皇宗，肇国宏远，树德深厚。我臣民克忠克孝，亿兆一心，世济厥美，此我国体之精华，教育之源源亦实存于此。
显而易见，这是强调皇祖崇拜，主张天皇有德臣民忠诚是“国体之精华”，要“义勇奉公，以扶翼天壤无穷之皇运”。《教育敕语》命令国民尽忠于天皇制国家，因为此道“实为我皇祖皇宗之遗训，子孙臣民俱须遵守。”《教育敕语》可以说是国家神道事实上教典，标志着国家神道教义的最终形成。