朱元璋设置锦衣卫的目的就是要监视群臣，杜绝营私舞弊、结党乱政。据说，有一天，大臣钱宰下朝回家作了一首诗：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”谁知，第二天在文华殿宴会结束时，朱元璋就对他说：“你昨天作了首好诗。但我什么时候嫌过你呢？你不如把‘午门朝见尚嫌迟’改为‘午门朝见尚忧迟’。”钱宰听后大惊失色。类似的事例还有很多，吓得大臣们都提心吊胆，人人自危。
朝野上下，并没有太多大奸大恶之人，但锦衣卫的官校们为了表功，往往捕风捉影、滥杀无辜，制造冤狱，逐渐形成一种靠构陷他人作为自己晋升跳板的风气。纵观整个明朝的锦衣卫，尽管也出过袁彬、牟斌这样比较正直的指挥使，但总的来说，其职能主要还是为明朝的极端专制制度充当帮凶。
锦衣卫的肆意滥行激起民情沸腾，以致怨声载道。洪武二十年（1387年），胡惟庸之案快要接近尾声，朱元璋认为自己的皇权已经十分牢固，不再需要一种特殊的机构来巩固自己的势力，便下令焚毁锦衣卫的刑具，所押囚犯转交刑部审理，同时下令以后一切案件归三法司审理，锦衣卫被废除。
但到了明成祖朱棣继位时，他不但恢复了锦衣卫，又创立了东缉事厂（简称东厂，因位于东安门北侧而得名）。朱棣是靠发动“靖难之役”夺取皇位的，他登位之初，国内政局还不稳定，为了巩固政权，他迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构，这就是东厂，由宦官统率。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。
后来，由于东厂的首领东厂掌印太监身处大内，与皇帝的关系密切，更容易得到皇帝的信任，这就使得东厂的权势渐渐凌驾于锦衣卫之上。他们可以不经司法机关批准，随意监督缉拿臣民，甚至连普通百姓的日常生活、柴米油盐的价格，也在东厂的侦查范围之内。
成化十三年（1477年），明宪宗朱见深成立了一个新的内廷机构——西厂，西厂厂址设在灵济宫前，以太监汪直统领。明武宗即位后，大太监刘瑾掌权，他又自建了一个内行厂，由本人直接统领，比东、西厂更为酷烈。正德五年（1510年），随着刘瑾的倒台，西厂和内行厂作为一个临时机构，也在历史上消失了。而锦衣卫和东厂，则直至明朝覆灭才被废除。
建文帝削藩
明太祖非常喜爱皇太孙朱允炆，命太常寺卿黄子澄为东宫侍读，作为皇太孙的老师。此时，明太祖的二十六位皇子都当了藩王，在各地镇守。一天，朱允炆在东角门约见黄子澄，说道：“我年纪很轻，叔叔们对我非常傲慢。等到祖父仙逝，我该怎么办呢？”
黄子澄说道：“藩王虽然统率军队，但皇帝统辖的军队更多。如果他们造反，您就调动各地军队，一定能把他们打败！西汉时吴楚七国造反，其势惊人，但仍被景帝所灭。如今的形势正与西汉时相同。”
1398年，明太祖去世，朱允炆即位。他的年号是建文，所以被称为建文帝。建文帝做了皇帝后，对各路藩王的威胁有了更深的体会。他召见黄子澄，屏退左右，但欲言又止。黄子澄说道：“陛下有什么事情，请对微臣说明，臣一定为主分忧！”
建文帝说道：“先生还记得在东角门说过的话吗？”黄子澄知道建文帝有削藩的念头，立即说道：“现在正是多事之秋，臣怎敢忘记当年的话！”黄子澄出宫后，就去找尚书齐泰商量削藩之事。
齐泰对黄子澄说：“诸王之中，燕王朱棣力量最强，野心最大。咱们应该削去他的爵位。如果制伏燕王，其他藩王必不敢轻举妄动！”黄子澄说：“我不这样认为。燕王势力雄厚，要削除他的领地谈何容易，不如先对付周王，剪除燕王的羽翼。”
黄、齐二人上奏建文帝，派曹国公李景隆到开封削藩。李景隆调动一支军队，将周王府团团围住，捉获周王及其世子、爱妃。建文帝命人彻查，发现周王做了很多违法之事，就将他贬为平民，迁往云南。
不久，建文帝又将岷王、齐王、代王废为平民。因为代王罪行太大，被囚禁在大同。建文帝听说湘王劣迹斑斑，下了一道旨意，对他严加责备。湘王非常害怕，带领全家在宫中自焚。建文帝虽然将五位王爷迅速解决，但打草惊蛇，使燕王更加警惕。
建文帝意识到燕王可能作乱，就调动军队，派到燕国附近的开平、临清、山海关驻守，将燕王的领地围了起来。
燕王朱棣是明太祖的第四子，驻守在燕京（今北京），地区广阔，人马众多。僧人姚广孝是个多谋之人，法号道衍，深得燕王赏识。他对朱棣说：“我第一眼见到您，就知道您必能君临天下。”
相士袁拱也对朱棣说：“殿下快四十岁了。据我观察，您一过四十，会具备天子之相。如果我说得不准，您就把我的双目刺瞎。”朱棣本来对建文帝不满，受到姚、袁二人的煽惑后，造反的念头更加坚定。
1399年2月，燕王朱棣进京朝见。他进宫之时，在皇帝的专用御道上行走，见了建文帝也不参拜。户部侍郎卓敬写了一道秘密奏章，写道：“燕王非常聪慧，驭兵有术，是陛下大患。您应该把他改封到南昌，防止他起兵造反。”
建文帝将奏章放于袖中，犹豫不定。第二天，卓敬参拜建文帝，建文帝说：“卿所言有理，但燕王是孤王之叔，未必造反。”卓敬说道：“杨广是隋文帝的亲生之子，尚且夺取皇位。”建文帝想了一阵，说道：“此事休要再提。”3月，朱棣平安地回到燕京。
这年4月，正是明太祖去世一周年，朱棣派儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧去南京，代替他祭奠先皇。建文帝召见三人，与他们谈话。三人中仅朱高煦面带骄矜，其他两人都表现出谦恭的态度。建文帝终于放心。
齐泰对皇帝说：“燕王久有谋反之心，应当将他的三个儿子扣留，作为人质！”黄子澄却说：“如果扣留燕王之子，燕国必定戒备森严，咱们要想进兵就困难了。”建文帝正在犹豫，燕王的书信到了，信上说，自己得了重病，要三位王子速归。建文帝不愿与燕王决裂，最后将朱高炽三人放走。
燕王朱棣派三子入朝后，非常后悔，害怕三个儿子有什么意外。三位王子回到燕京时，朱棣格外兴奋，说道：“咱们父子能够团圆，真该感谢神明！有你们辅佐，孤的霸业必定成功！”
靖难之役
1399年夏，黄子澄、齐泰对皇帝说：“燕王的图谋非常明显，陛下应该削去他的权柄！”建文帝始终拿不定主意。黄子澄、齐泰说：“先发者制人，后发者制于人。现在情况非常危急，您不能再犹豫了。”
建文帝说道：“好吧，可以派人逮捕燕王的官吏，清除他的爪牙。”三人反复商议，派张昺、谢贵到燕京，分别担任布政使、都指挥使之职，对付燕王的属下。朱棣听说建文帝派人前来，极为恼怒。
张昺、谢贵上任以后，不但监视朱棣，还将燕王府校尉于谅、周铎骗走，送入京城斩首。这时，朱棣准备不足，不敢贸然起事，于是采取装疯的策略。
他将头发弄乱，穿上一件破衣服，在街上嬉笑不止。小孩见燕王竟是这种样子，都在后尾随。朱棣一路狂奔，感到身体疲倦，就走进一家小饭馆。他也不付钱，抓起肉来就吃，提起酒来就饮，并把食物分给追他的小孩。
到了晚上，朱棣跑到街边的沟渠中就寝。他的亲人坐着车来接他，朱棣非但不回去，反而对亲人连踢带打。
张昺、谢贵知道了这事，就去燕王府看个究竟。当时正是夏季，非常炎热，燕王却在府中摆了一座火炉，将火烧旺。他身穿羊皮袄，坐在火炉旁，大声喊着：“冷，冷。”张、谢二人与朱棣说话，朱棣语无伦次，胡言乱语。
张昺、谢贵对朱棣的疯癫病半信半疑，这时，建文帝的密令到了，命他们解除燕王的武装。张昺与燕王府长史葛诚、指挥卢振关系很好，让他们作为内应。
建文帝还给北平都指挥张信下了一道密令，让他协助张昺。张信却向燕王告密。朱棣大怒，将张昺、谢贵诱入王府杀掉。7月，朱棣正式起兵。他向将士们表示，自己出兵是要“清君侧”，即除掉黄子澄、齐泰，绝无称帝野心。所以这次战争被称为“靖难之役”。
朱棣攻打服从中央的城邑，他连克怀来（今河北怀来县东北）、密云、遵化，军队很快扩充到四万人。8月，长兴侯、平燕大将军耿炳文率三十万大军北上，进驻真定府，他的先锋杨松占领了雄县。
朱棣乘杨松立足未稳，于中秋节夜晚袭击雄县，将杨松属下九千将士一举全歼。燕军很快抵达真定城下，耿炳文列阵对抗。朱棣命部将张玉与敌人正面交锋，自己率一支人马绕到敌人后面袭击。耿军大败，三万人被歼，驸马李坚被俘。
建文帝调回耿炳文，拜李景隆为帅，命他统率五十万军队。消息传到燕京，朱棣笑道：“耿炳文还算一员好将，李景隆根本不懂兵法。小皇帝用他为帅，真是害他！现在我去支援永平（今河北卢龙），李景隆必攻燕京，那时我再回来，一定能把敌军打败！”
10月，李景隆果然袭击燕京。燕国世子朱高炽紧守城池，但李军实在太多，城门几乎攻陷。燕王妃徐氏带领妇女上城助战，由于军民一心，燕京防线才转危为安。不久，燕王大军回师，朱高炽也从城中杀出。疲惫不堪的李军全线崩溃，趁夜退往山东德州。
“靖难之役”打了三年，燕军占领江北各地，威震江南。1402年6月，朱棣拒绝建文帝“南北分治”的提议，从瓜洲渡江。李景隆贪生怕死，竟然打开南京城门投降。朱棣大军开进城内，黄子澄、齐泰趁乱逃走。
这时，皇宫中着了一把大火，建文帝神秘地失踪了。人们在火场中找到一具烧焦了的尸体，认为是建文帝。朱棣虽然不信，但仍把他当做小皇帝，说道：“小子无知，引来杀身大祸！”朱棣想继承皇位，命大臣方孝孺起草即位诏书。
燕军将方孝孺从狱中带出，他上殿之后，放声痛哭。朱棣逼他草诏，方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂：“大不了就是一死，要我草诏万万不能！”朱棣大怒，命人将方孝孺的嘴巴割破，直至双耳。
朱棣说：“先生虽不怕死，难道不顾你的九族吗？”方孝孺答道：“就是诛我十族，又能如何！”朱棣将方孝孺的学生也算一族，实行“诛十族”的刑罚，共杀掉八百多人。方孝孺见自己的亲人被杀，仍不屈服，引颈就义。
郑和下西洋
1402年，朱棣在南京即位，他就是明成祖。明成祖认为北方民族仍是国家的心腹之患，决心把都城迁到北方。1403年，他改燕京为北京，命人在那里修建宫室。1421年，朱棣迁都北京。从此以后，北京一直是明朝的都城。
但建文帝的去向也令明成祖忧虑不已。有人说建文帝逃到国外，明成祖担心建文帝杀回国内，吃起饭来总是不香。1405年6月，他命令宦官郑和率领一支船队出海，出使西洋各国，顺便打探建文帝的下落。
郑和本姓马，名三保，属于西域部族，出生于云南昆阳（今云南省普宁县）。他的家庭世代信仰伊斯兰教，其祖父、父亲曾经不远万里，到麦加朝圣。明军夺取云南后，十岁的马三保被送到燕王府当宦官，从此与燕王建立了深厚的感情。
在“靖难之役”中，马三保立有大功，威震三军。1404年，明成祖赐马三保姓郑，名和，称他为三宝太监。郑和备受宠信，威望越来越大。本来到外国出使属于重大任务，不应该由宦官承担，但由于郑和深孚众望，明成祖还是让他前往。
郑和率领船队出海，目的地是西洋。那个时候，“西洋”并不指欧洲，而是南海以西，印度洋沿岸各国。郑和的船队人多势众，共有两万多人。
他们乘坐的大海船共有六十二艘，这些船长四十四丈四尺，宽十八丈，被称为“宝船”。此外的中型船只还有很多。船队成员除了士兵、海员以外，还有很多翻译、医生、技术人员。他们从南京带走了许多丝绸、瓷器、纸张和珠宝，准备送给西洋贵族，扩大明朝的影响。
郑和的船队从刘家港（今江苏太仓市浏阳河）出发，经过占城（今越南南部）、爪哇（今属印度尼西亚），来到旧港（今苏门答腊岛的巨港）。郑和来到占城时，该国国王乘着大象来迎接。郑和不敢怠慢，急忙上前参拜。
占城王从大象身上下来，对郑和说道：“贵使不必过谦，今日天朝船队来此，寡人不胜喜悦。”郑和取过金银珠宝，送与占城王。占城王则拿来象牙、犀牛角、奇南香，赏赐郑和。老百姓见两国和好，非常高兴，有的展示歌喉，有的跳起了欢快的舞蹈。
郑和来到旧港之时，受到海盗陈祖义的注意。陈祖义知道明朝海船中有很多财宝，想发动袭击，将财宝据为己有。当地人施进卿很关心明朝使团，将此事对郑和说了。郑和对部下笑道：“我这次带来两万士兵，怎会惧怕几个盗贼？”
他传下命令，让船队故意分散，引诱海盗攻击。他还让将士们准备好刀枪、火药，严阵以待。
到了夜晚，海盗们乘坐几十艘小船，对明朝船队发动攻击。郑和命人打了一炮，明朝大船纷纷出动，把海盗围了起来。陈祖义非常惊恐，奋力冲杀。可是，郑和的大船在海上占尽优势，无论盗贼如何拼杀，就是冲不出包围圈。
有的明朝士卒往敌船上投掷火把，海盗船着起火来。陈祖义的部队更加混乱，全面溃散，陈祖义也被明军所擒。
西洋各国通过与郑和的交往，了解了明朝的政治、经济、宗教等情况。各国的政治家为明朝的强盛而惊叹，或派使节去中国，或亲自拜见明成祖。有些国家早与中国断了来往，看到中国这样富有，也与明朝恢复了外交关系。
郑和及其部下到外国出使时，以日记的形式，记录了西洋各国的风俗习惯，留下了珍贵的历史资料。他们还带回外国的长颈鹿、斑马、鸵鸟等珍禽异兽，供皇室观赏。
郑和先后七次航海，访问了欧洲、亚洲的三十多个国家。他的航行路线很长，甚至在非洲东岸的麻林地（今肯尼亚的马林迪）和曼八撒（今肯尼亚的蒙马萨港）也留下他的足迹。郑和的航海是个壮举，比哥伦布发现美洲大陆早八十七年。
郑和的航海行为，得到明成祖和明仁宗的有力支持。到了明宣宗的时候，大臣们都认为航海没什么好处，不如不去。郑和死后，明宣宗不再派人出海，实行锁国政策。当时中国很少与外国交往，终于成为国际潮流的落伍者。
况钟治理苏州
明成祖死后，其子朱高炽即位，就是明仁宗。1425年，明仁宗又传位给明宣宗。1426年，宣宗之叔、汉王朱高煦起兵造反，在乐安（今山东广饶）建立割据政权。宣宗极为震怒，率大军击败叛军，将乐安团团围住。
宣宗不忍骨肉相残，接连下了几道诏书，劝汉王投降。朱高煦本想顽抗到底，但他的妻儿都跪倒在地，求他顺应天意。汉王无奈，出城投降。宽厚的宣宗没有杀掉叔叔，将他全家囚禁在北京城内的逍遥城。
一日，明宣宗想念叔叔，到逍遥城探视。朱高煦一脚将皇帝勾倒在地。明宣宗怒气不息，用一口铜缸将叔叔扣住，将煤炭置于缸上，放火点燃。朱高煦被活活烧死，几个儿子也被杀掉。
明宣宗平定内乱后，体恤灾民，提倡廉政。这些措施有利于社会安定，取得了极好的效果。在这种社会背景下，一些清官能臣脱颖而出。
1430年，明宣宗对大臣们说：“苏州本是富庶之地，可是现在却成为难治之地。朕想找一个治理苏州的能人，你们有没有合适的人选？”