康熙帝进入鳌拜的卧室，鳌拜躺在床上说：“有劳皇上探病！”御前侍卫和公托发现床上的席子鼓起，一把掀起席子，鳌拜的匕首落到地上。康熙将匕首拾起，笑道：“咱们满洲人讲究勇武，自然刀不离身。鳌大人虽然生病，也没忘记满人的习惯，真是朝臣楷模啊！”他把匕首放回原处，带领侍卫回转宫院。
康熙无法容忍鳌拜的专权行为，他挑选了一些少年，组成一支名为“善扑营”的卫队。康熙每日与卫士们练习摔跤，玩玩闹闹。鳌拜虽然时常进宫，见过这些勇士，但以为他们是陪皇帝玩耍的，从不把他们放在心上。
康熙帝知道鳌拜一党势力雄厚，就以各种名义将他们派往外地。在圣旨的调动下，鳌拜的弟弟巴哈、侄子苏尔玛去蒙古处理民族事务，亲信济世去福建巡海。可是，鳌拜对自己的危机却浑然不觉，依旧恣意妄为。
一日，康熙召鳌拜入宫议事。鳌拜不知有诈，欣然前往。康熙历数鳌拜欺君罔上、联结党羽等罪过，说道：“你有如此多的罪行，朕若容了你，岂不被天下人所笑？来人，将逆贼与我拿下！”
善扑营的勇士们冲向鳌拜，有的拧胳膊，有的拽大腿。鳌拜虽然武艺高强，但因为寡不敌众，终于被他们捆绑起来。康熙又宣遏必隆上殿，对他说：“先帝爷用你为辅臣，对你何等信任！你竟然附和鳌拜，助纣为虐。左右将他拿下！”遏必隆当场被擒。
康熙帝将鳌拜、遏必隆关入大牢，命康亲王杰书严加审讯。康亲王审案后，给鳌拜定了三十条大罪，判以斩刑。他还认为，遏必隆有十二条大罪，其罪当绞，鳌拜同党应从严治罪，判处斩刑或绞刑。
康熙将鳌拜宣上金殿，当众进行责备。鳌拜脱去上衣，袒露出身上的伤疤。他说道：“这是微臣随太宗爷征战时留下的，希望皇上念臣立有功劳，饶臣一命。”康熙终于说道：“念你有过战功，可将死刑改为终身监禁。”
康熙又传下旨意，上面写道：“遏必隆对我朝也有功劳，判他死罪太重了些。念他并非甘心助恶，可赦其死罪，让他以公爵之位守卫皇宫。至于鳌拜党羽班布尔善、阿思哈、济世等人，心肠太坏，应予绞杀。鳌拜所推行的‘圈地’之策，立即撤销。”
后来，鳌拜在狱中死去，苏克萨哈得到昭雪，其爵位由后人承袭。朝廷对于依附鳌拜但罪过不大的官员，一律不予追究。康熙帝的威望越来越高，深为朝臣畏服。
平定三藩
康熙掌握大权后，关心民间疾苦，减轻百姓负担。清朝的经济在清兵入关的大破坏中得到恢复，老百姓安居乐业。
清朝初期，多尔衮拜吴三桂为平西王，把云南、贵州封给他；拜尚可喜为平南王，把广东封给他；拜耿仲明为靖南王，把福建封给他。这三个藩国被称为“三藩”。
在明清的烽火尚未停息之时，三藩对清朝的确立起到一定作用。可是，南明政权被消灭之后，三藩拥兵自重，搜刮民财，破坏了清朝的统一。康熙帝对“三藩”的壮大非常担心，把“三藩”“河务”“漕运”列为三件大事，写在皇宫柱子上，时时提醒自己。
那个时候，靖南王耿仲明已经去世，他的孙子耿精忠继承了王位。平南王尚可喜思念家乡，想把王位传给子孙，自己回乡居住。1673年，尚可喜给康熙上了一道奏章，上面写道：“老臣已经七十岁了，身体非常不好，唯恐耽误了国家大事。而我的儿子尚之信功劳很大，在军队中有较高的威信。人老了，就想叶落归根，回转家乡度日。我想带领属下两万四千人口回辽东养老，让尚之信继承王位，留镇广东。希望皇上批准。”
康熙帝正准备削藩，见到这封奏章格外高兴，立即作出批示：“尚可喜想回转辽东，言辞恭谨，很识大体。但平南王尚在，令其子袭爵甚为不妥。如今广东太平无事，可撤销镇南藩国，令尚氏父子一齐迁往辽东。”
吴三桂、耿精忠得知这个消息，非常吃惊，他们向皇帝上奏章，请求撤销他们的藩国。其实，吴、耿二人何尝想放弃王位？他们这种举动，不过是试探皇帝而已。康熙接到二藩的奏章，决定将计就计，索性三藩尽撤，解决朝廷的隐患。
康熙帝在吴、耿二藩的奏章上作出批准意见，然后命议政王会议对此事详加讨论。多数大臣认为不可尽撤三藩，只有兵部尚书明珠等少数人支持康熙的意见。许多亲贵不怕尚、耿，却怕势力雄厚的吴三桂，只想使云南保持现状。
康熙帝也参加了此次会议，他说：“吴三桂野心勃勃，如果任凭他养成气候，对朝廷不利。撤藩，他要造反；不撤藩，他迟早也要造反。咱们不如先发制人，及早削藩，这是一劳永逸的良策。”
康熙帝还对大臣们说：“既然吴藩试探朝廷，朕即日传旨，令三藩进京朝见。如果三位王爷肯来京城，撤藩之事可以缓办；如果三藩不肯进京，撤藩之事就要急办。”大臣们见皇帝一再坚持意见，也就不再反对了。
吴三桂接到要他进京的旨意，非常气愤，说道：“我当初扶保顺治爷的时候，哪里会想到今日的事情！皇帝只是个小孩子，竟敢这样对待我。”于是，他自称有病，不肯进京朝见。康熙见吴三桂抗旨，立即下令撤藩。
吴三桂见康熙步步紧逼，终于杀死云南巡抚朱治国，打着“反清复明”的旗号造反。他自称“兵马大元帅”，跑到桂王的墓前痛哭了一场，表示自己降清是迫不得已，如今要为明朝报仇。可是，桂王是吴三桂所杀，他的惺惺作态又骗得了谁呢？
1674年，吴三桂自称周王，军队向北进攻，夺取湖南。四川巡抚罗森、广西将军孙延龄见吴三桂力量强大，都归顺于他。不久，耿精忠在福州起兵反叛。1676年，尚之信在广东起兵造反，尚可喜于同年去世。吴、尚、耿的叛乱被称为“三藩之乱”。
当时，吴三桂的儿子吴应熊娶了皇太极之女，仍留在北京。康熙果断地杀掉吴应熊，与吴三桂彻底决裂。他集中兵力，命宁南大将军勒尔锦率领对付吴三桂的主力部队。当时，吴军已得四川、陕西之地，康熙则派遣得力官员，前去攻取。
对于尚、耿二藩，康熙对他们却表现出宽容的态度。朝廷不但停撤尚、耿二藩，还命令进攻二藩的军队采取抚、征并战的策略。1676年，耿精忠投降。次年，尚之信也率众归顺。虽然二人属于叛复不定之人，康熙还是保留了他们的王位。
此时，吴三桂的军队毫无进展，丧失了军事上的优势与主动。1678年3月，他在衡州称帝，国号“大周”。可是，他的称帝之举并未改变叛军的不利形势。8月，吴三桂得了一场大病，终于丧命。他的孙子吴世璠（音fán）即位，率军退至贵州。
1680年，康熙将尚之信赐死，又将耿精忠诱至北京逮捕。第二年，清军兵分三路，将昆明团团围住。周帝吴世璠在无望中自杀，部将开城投降。三藩之乱平定后，康熙传下旨意，将耿精忠凌迟处死。
夺取台湾
三藩之乱平定后，康熙开始解决台湾问题，决定实现国家统一。当初，郑成功驱逐荷兰侵略者后，于一年后去世。其子郑经继位为延平郡王，成为台湾的统治者。公元1681年，郑经去世，其子郑克塽（音shuǎng）掌握了政权。
当时，靖海将军施琅（音láng）给康熙上了一道奏章，奏章上写道：“郑克塽继位以来，部将冯锡范专权，官员受贿成风。我朝不可放弃这个用兵良机，应当将郑氏一举扫平。”康熙看了奏章，格外高兴，与群臣商议夺取台湾之事。
施琅本是台湾将领，因为得罪了郑成功，归顺了清朝。郑成功最恨降清之人，将施琅的父亲、弟弟斩首。施琅积极支持统一大业，且与郑氏有仇，所以一再献策，要渡海灭亡郑氏。但清朝的对台政策以招抚为主，对施琅并不重视。
康熙对大臣们说：“施将军的看法颇有道理。多年来本朝与台湾讲和，也没什么成果，不如对郑氏用兵。”大臣们大多支持康熙的看法。可是，福建将军喇哈达却上奏章说：“台湾与咱们隔着大海，渡海作战凶险万分，夺取台湾之策断不可听。”
康熙坚决驳斥喇哈达的意见，封姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督。施琅上任以后，训练水兵，督造战船。一年之后，施琅水军已达两万多人，拥有三百艘战船。姚启圣则准备大批粮草、物资，作为施琅征战之用。
1683年，施琅率领军队从铜山港渡海，准备攻打澎湖。澎湖是台湾属地，守将刘国轩战功赫赫，向来为郑氏倚重。清军很快来到八罩岛（今澎湖望安岛），在那里歇兵数日，然后向刘国轩部队发动攻击。
几日后，清军与刘国轩主力部队展开激战。清军先锋蓝理率七艘战船，杀入郑军战阵，接连取得胜利。郑军损失了十四艘战船，被烧死的士兵共有两千之众。刘国轩在受挫之后不敢主动出击，因此贻误战机。
战斗打了五个时辰，清军大获全胜。郑军有一万两千余人战死，一百多艘战船被击沉、焚毁。刘国轩非常恐惧，率三十艘战船逃往台湾岛。刘国轩的部队是台湾水军的主力军，在这次战斗中几乎全军覆灭，给郑克塽政权带来致命打击。
施琅为尽快平定台湾，对台湾民众进行政治争取。他对于战俘格外优待，赐给他们粮食。战俘伤势痊愈后，施琅又将他们全部释放。这些人回到台湾，广泛宣扬清军的仁义，台湾百姓都对清朝产生好感，愿意归顺。
此时，郑克塽召集文武群臣，商议当前对策。有人主张抵抗到底，有人主张弃岛逃亡，刘国轩则主张归顺清人，避免更大伤亡。郑克塽思虑再三，终于同意刘国轩的看法，并派他向施琅递送降书。不久，施琅由鹿耳门进岛，进驻龙亭。
夺取台湾后，清朝一些大臣说：“台湾土地狭小，没有多少人口。我朝从台湾得不到多少税收，还要派兵镇守，浪费兵饷，这太不划算了。不如将台湾人口迁往大陆，留兵镇守澎湖，放弃台湾岛。”
姚启圣、施琅得知，急忙给皇帝上奏章。他们认为：“如果放弃台湾岛，似乎不用额外增加钱粮，但外国必定占领该岛。那时外国进犯我朝时有了据点，要想驱除他们难上加难。如果此种情况发生，我朝花费的钱财又何止亿万！”
后来，施琅上了一封《陈台湾弃留利害疏》，坚决主张在台湾驻兵。他指出，如果放弃台湾，还有以下几个坏处：第一，台湾人口较多，如果强迫他们迁走，会对他们的生计产生影响。第二，若强迁台湾之民，一定花费几年的时间，劳师动众，没有必要。第三，如果强迁台湾人有遗漏，留下的台湾人可能会啸聚山林，结成反清力量。
康熙皇帝接受了施琅的意见，决定在台湾留驻军队。1684年，康熙皇帝传下一道圣旨，将台湾纳入到清朝的行政管辖之中。圣旨中说，在台湾设一府三县，隶属福建省，一府为台湾府，三县为台湾、凤山、诸罗。
雅克萨之战
俄罗斯是中国西北方的强盛国家。16世纪，俄国奉行对外扩张政策，侵略周边国家。1632年，俄国占领了西伯利亚东部的勒拿河流域，在那里兴建城市，名为雅库次克城。俄国贵族听说中国地大物博，准备从西伯利亚向中国东北进攻，掠夺财富。
1649年，雅库次克城官员派哈巴罗夫进犯中国。哈巴罗夫带领七十名士兵，进入黑龙江流域，力图建立殖民统治。中国人民不甘心当俄国的奴隶，进行了激烈的抵抗。第二年，哈巴罗夫让斯捷潘诺夫统率士兵，自己返回雅库次克，请求上级援助。
到了夏天，哈巴罗夫重新回到黑龙江地区，并带来三门火炮和一些枪支。他们凭借先进的武器占领了雅克萨（今俄国阿尔巴金诺），并将所有男性俘虏溺死。1651年，哈巴罗夫占领了桂古达尔，六百多名达斡尔人遇害，二百多名妇女、十八名儿童被掳走。
不久，哈巴罗夫又来到黑龙江下游地区，在乌扎拉村攻击赫哲人。赫哲人早就听说俄国侵略者心肠狠毒，于是组织人马攻击俄军。但他们的大刀长矛敌不过俄国人的火炮，结果连吃败仗。赫哲人把黑龙江的情况向清政府报告，请求朝廷派兵剿除敌军。
1652年，清政府派出少量军队，增援黑龙江下游的百姓。中国军民团结一心，将俄国人打得狼狈而逃。哈巴罗夫带领败兵，逃往黑龙江上游地区。不久，斯捷潘诺夫遭到清朝将军明安达礼的攻击。俄国侵略军全军覆没，斯捷潘诺夫被打死。
康熙继位后，俄国又派军侵入黑龙江流域，在雅克萨、尼布楚（今俄国涅尔琴斯克）修建城堡，向东北百姓征收苛捐杂税，进行殖民统治。俄国还派人到北京出使，夸大俄国实力，恐吓清朝君臣。康熙虽无力解决北部边患，但仍表现出大国之威。
康熙平三藩、收复台湾后，准备解决东北问题。他知道俄国国力强盛，要想取胜必须对他们有所了解。于是，他抽出时间，在养心殿学习俄国的地理和语言。1682年，康熙还带着侍从去东北视察，了解边关的真实情况。
从东北回京后，康熙召见副都统郎谈、彭春，命他二人以捕鹿为名，到边境考察。郎谈离京后，立即派人去尼布楚，说自己要去边境狩猎，俄国人果然不对他们设防。郎、彭二将带领少量士兵，沿黑龙江而上，对雅克萨进行了仔细的勘察。
郎谈、彭春回京后，对康熙说：“要解决雅克萨问题，只需三千人马。”这个判断与康熙原先的估计正好相符，康熙非常高兴，抗击侵略者的信心更加坚定。
1685年，康熙帝拜彭春为黑龙江将军，命他攻打雅克萨，赶走侵略军。第一次雅克萨之战爆发。5月，三千清军来到雅克萨城下，用火炮攻城，俄军有一百多人丧命。俄国守将托尔布津无法取胜，只得投降。
彭春将俄国将士释放，不许他们再侵犯雅克萨。俄将满口答应，带兵撤退到尼布楚。彭春立即下令，将雅克萨城毁掉，然后撤退到瑷珲。转眼到了秋天，莫斯科的六百援军来到尼布楚。托尔布津胆子大起来，又回到雅克萨，修建城墙，还想侵犯东北。
康熙得知俄国人又占领雅克萨，非常愤怒，命清军再次攻击俄军。1686年，黑龙江将军萨布素率领两千清军，将雅克萨团团围住，第二次雅克萨之战打响了。在战斗中，托尔布津拒不投降，被炮火所伤，一命呜呼。俄国副将代掌军队，仍然抵抗。
清军于雅克萨城的南、北、东三个方向深挖战壕，西面河上安排战舰。这样就把敌人与外界的联系彻底切断。雅克萨被围了一年，八百多名俄军只剩六十六人，俄国沙皇听到这种情况非常吃惊。
于是，沙皇派人与康熙讲和，希望解除雅克萨的包围。康熙考虑再三，终于命前线军队停止进攻，让俄国军队撤往尼布楚。不久，清军撤到瑷珲和墨尔根，依然严阵以待。
1689年，清政府与俄国签订了《尼布楚条约》。这个条约规定，黑龙江流域、乌苏里江流域包括库页岛在内的土地都是中国领土，雅克萨归中国所有，俄国不得侵占。中国则放弃一部分领土。这个条约制止了俄国对中国的进一步侵略，使康熙腾出手来解决本国的民族矛盾。
三征噶尔丹
清朝时期，蒙古人分为三部分，即漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。漠南蒙古是内蒙古，漠北蒙古是外蒙古，主要是喀尔喀部，漠西蒙古居住在天山一带，包括准噶尔、和硕特、杜尔伯特和土尔扈特等四大部。
到了康熙时期，噶尔丹成为准噶尔部落的首领。此人野心勃勃，不断扩张势力，在草原上称王称霸。1677年，噶尔丹占领了青海的和硕特部，第二年又夺取了天山南边的叶尔羌部。他还经常进攻喀尔喀部，侵占土地，抢掠牲畜、人口，喀尔喀人对他恨之入骨。