喀尔喀部派人到北京，请求康熙皇帝援助他们，制止噶尔丹的扩张行为。康熙皇帝非常同情喀尔喀人，派使者到准噶尔，要求噶尔丹退还侵占的领土。可是，噶尔丹已取得俄国政府的支持，对康熙帝的规劝毫不理会。
1688年，噶尔丹又大举进攻喀尔喀，喀尔喀的土信图汗吃了败仗，逃到漠南。康熙皇帝派人抚慰他。噶尔丹一再向康熙索要土信图汗，都遭到严词拒绝。过了两年，噶尔丹带兵征讨喀尔喀，在漠南任意杀戮。
康熙帝对噶尔丹的行为难以容忍，于是派出两路大军，讨伐噶尔丹。这是清政府对准噶尔部的第一次征讨。左路军由裕亲王福全、大阿哥率领，从古北口出发；右路军由恭亲王常宁统率，从西峰口出发。另外，康熙亲率一支部队跟在两路大军的后面，不断发号施令。
噶尔丹听说康熙前来征讨，就率领一支军队迎战。他在乌兰布通（今内蒙古克什克腾）与常宁激战，由于常宁不熟悉地形，被噶尔丹杀得大败。乌兰布通离京城只有七百里，因此噶尔丹对清政府的统治构成严重威胁。
康熙命令左路军迅速前往乌兰布通，与噶尔丹决战。9月，清朝左路军与噶尔丹相遇。噶尔丹调来一万头骆驼，使它们跪在地上，然后在驼背上加上箱子，再用湿毡紧紧裹住。这样，一座坚固的“驼城”形成了。福全见驼城极难攻破，就用火炮进攻。
在炮火的攻击下，“驼城”崩溃。清朝军队趁势杀了过去，准噶尔部队兵败如山倒，向北方逃窜。福全趁机在山口埋伏一支人马，噶尔丹部队逃到此处时，清军前后夹击，打得敌人狼狈而逃。
噶尔丹兵败之后，本部落的经济一度滑坡。为此，他派使者到北京借钱，康熙帝慨然应允。为了团结噶尔丹，康熙帝还派大臣到准噶尔部安抚，希望他们归顺朝廷，不要侵犯蒙古各部的利益。可是，准噶尔部对清朝并不服从。
一日，康熙亲临漠南地区，请噶尔丹参加盟会，共商治国大计。可是，噶尔丹不但不来，反而对清朝使者说：“我已与俄国结好，他们借给我很多枪支、弹药。如果皇帝对我不敬，我就使用俄国武器。”康熙帝得知后，勃然大怒。
1696年，康熙帝决定再次出征。他调动十万铁骑，分东、西、中三路，向准噶尔部进攻。康熙亲率中路军，在鄂尔多斯驻军。噶尔丹听说清军压境，急忙逃走。他跑到昭莫多（今宗莫德）时，与清朝西路军相遇。
西路军将领费扬古将精兵埋伏在山上茂林之处，再派四百军队诱敌。噶尔丹果然中计，追到山下。清军下马步战，听到号角之声，就乘马上山，占据了山顶险要之地。噶尔丹命士兵向山上进攻，山顶的清军乱箭齐发，噶尔丹的部队受到很大损失。
这时，费扬古的另一支人马在叛军的背后发动袭击。噶尔丹腹背受敌，折损了很多将士。他在大败之下仓皇逃命，随他逃到安全地带的只有数十名骑兵。
1697年，康熙率领大军抵达宁夏，准备对噶尔丹进行第三次征讨。康熙派出两路军队，一路由孙思克率领，另一路由费扬古率领。此时准噶尔部只有五百军队，而且粮草缺乏，因此众将纷纷至清营投降。
噶尔丹见部众不再忠于自己，终于服毒自杀。噶尔丹的侄子济拉知道无法抵挡清兵，就率领百姓投降。康熙大喜，安抚了准噶尔降将，表示既往不咎。
康熙帝平息叛乱后，对蒙古的稳定更加重视。他在蒙古草原上建立了木兰围场，定期到那里打猎，并在那里接见蒙古贵族。他还在离蒙古不远的承德建立避暑山庄，在那里接见各地宾客。
三征噶尔丹的胜利，使蒙古草原的秩序恢复稳定，有力地遏止了俄国对蒙古的渗透，保卫了祖国的安宁。
雍正大兴文字狱
康熙皇帝执政的时候，命令各级官员向朝廷推荐人才。浙江崇德有个学者叫吕留良，曾经参加过反清斗争，对清朝非常愤恨。政府举荐他做官，他誓死不为满人效力，干脆跑到寺院里削发为僧。吕留良出家后，专心创作，写了很多憎恨清朝、怀念明朝的作品。
清朝统治中原之后，只要看见文章有反清倾向的，就对作者进行严厉打击。很多学者、文人由于文章的小毛病，枉送了性命。人们把因文字滥施刑罚的做法，称为“文字狱”。文字狱到了雍正之时愈演愈烈，皇家对学者、文人的打击面极宽。
雍正年间，湖南有个读书人曾静，对清朝的统治不满。他是永兴人，出身于没落地主家庭。曾静读书时显示出过人的才华，所写文章被评为“湖南第一卷”。可是，后来他几次参加科举考试都没考中，只得在村中开馆授课。
后来，曾静读了吕留良的著作，深为他的爱国精神所打动。他有感而发，写了《知凡录》《知新录》等著作，认为只有杀戮清人，才合乎圣人之道。1727年，曾静派学生张熙拜访吕家，此时吕留良已死，张熙就将吕留良的两个学生带到湖南。
曾静热情地接待了吕留良的学生，四人提起雍正都很生气，决心起来造反，推翻清朝的统治。曾静说：“光凭咱们几个书生，怎能将清人赶走？现在川陕总督岳钟琪是汉族人，手下兵多将广。如果咱们能劝他造反，大事必成！”
于是，曾静写了一封策反信，派张熙交给岳钟琪。1728年，张熙来到陕西，远远望见岳钟琪的轿子。他冲上前去，跪落尘埃，将书信递上。岳钟琪接信观看，非常吃惊，说道：“你这书生，竟敢劝人谋反，真是不知死活。”
张熙说道：“您与雍正有深仇大恨，却一心为他办事，真是好笑！”岳钟琪道：“我与皇帝有何仇恨？”张熙说：“将军是岳王（即南宋名将岳飞）的后代。当年，金人勾结秦桧，害死了岳王，而清人是金人的后裔。如今你甘心侍奉敌人，真是岳家的不肖子孙！”
岳钟琪听了这番话，更怀疑他是雍正派来试探自己的，便将他关入大牢，好好招待。可是，总督衙门经过仔细调查，发现张熙并无政治背景。岳钟琪非常生气，对张熙严刑拷问，让他招出指使人，张熙是个硬汉，宁死不招。
岳钟琪为了查清此案，将张熙放了出来，对他说：“先生受苦了！我对您施以酷刑，完全是试探您的真伪。听了您的话，我也对皇帝怀有恨意，只是现在还不是造反的时候。等到时机成熟，我一定讨伐清室，那时必请先生为我出谋划策！”
张熙对岳钟琪的话半信半疑，岳钟琪又说：“我是汉人，怎会甘心侍奉满洲？如果我不起兵反清，死无葬身之地！”张熙非常兴奋，说道：“我还以为将军甘心为清廷卖命呢！我的老师曾静足智多谋，必能助将军一臂之力！”
岳钟琪诱出张熙的实话，立即派人将曾静与吕留良的弟子抓起来。他会同满族官员审问曾静，再将调查的结果报告给雍正。雍正听说吕留良的作品有反清思想，勃然大怒，对吕氏满门作出了分外严厉的处罚。
吕留良与其子吕褒中虽然已死，清朝官吏仍将他们的尸体从坟中掘出，戮尸枭首。吕留良的小儿子吕毅中健在，立即斩首。其余吕氏家人从宽免死，发往宁古塔（今黑龙江宁安），终身为奴。吕留良的著作全部烧毁。
可是，雍正对于曾静、张熙却极为宽大。他亲自审讯他们，向他们讲述自己的经历。曾、张说道：“我们误信人言，以为皇帝是弑父杀弟的恶人。”雍正难过地说：“皇阿玛是病死的，阿其那、塞思黑谋害寡人未遂，难道我连处置他们的权利都没有？”
曾静在雍正的威逼之下，痛哭流涕，低头认罪。雍正见二人悔悟，就将他们释放，并将审讯记录编辑成书，名为《大义觉迷录》。他还命曾、张师徒到全国各地宣传《大义觉迷录》，批判自己的言行。
雍正死后，其子弘历继位，就是清高宗，又称乾隆帝。乾隆认为《大义觉迷录》宣传了皇家的矛盾，就将此书收回，再将曾静、张熙处死。
编纂《四库全书》
乾隆继位后，清王朝在历史上达到鼎盛时期。乾隆帝跟他祖父（康熙）、父亲（雍正）一样，除了武功之外，还十分重视文治。他除了继续开博学鸿词科外，还积极招收文人学者，编写各种书籍。
康熙时期曾经编纂了一部《古今图书集成》，所以到了乾隆这一朝，乾隆帝也想编辑整理一部大型丛书，来凸显自己在文治方面的功绩。
恰好这时，翰林院的一些翰林提出：明朝的《永乐大典》虽将许多当时已经散失的古籍保存了下来，但它毕竟是一部类书，许多珍贵的文献被拆散，分类容纳，无法看清许多书籍的全貌，建议将原书抄写还原。
这时候的清朝国库充足，有足够的财力支持这样一部大型丛书的编纂。同时编这样一部书，对于乾隆帝来说有三个好处：一来可以进一步笼络大批知识分子，充分显示皇帝非常重视文化的积累，二来可以借这个机会把民间藏书统统审查一下，三来可以借机褒贬言论，规范天下人的言行。这样一件好处多多的盛事很快就被批准了，乾隆下令编一部规模空前的丛书，取名《四库全书》。
1773年，乾隆帝正式下令开设四库全书馆，总裁由乾隆皇帝的几个儿子和大学士担任，副总裁由六部尚书和侍郎担任，那些所谓的总裁大多是挂个名、起监督作用的。真正担任编纂官的都是当时一些比较有名的学者，像戴震、姚鼐、纪昀等人。
我国古代常把图书分成经、史、子、集四个大类：经部指记述儒家学说的著作，像《诗经》《论语》《孟子》等；史部指记载历史兴衰治乱和各种人物以及制度沿革等的历史书；子部指记录诸子百家及其学说的书籍；集部则包括历代作家的散文、骈文、诗、词、曲等集子和文学评论著作。按照四大类集中贮藏起来就叫做“四库”。
要编一套规模如此巨大的丛书，就先得把各种书籍收集起来。1772年2月，乾隆发出上谕，全国各地开始为《四库全书》征集孤本、珍本的藏书，包括前朝作品和本朝名著。这道命令一下，各地图书果然源源不绝送到北京，只隔两年，就有两万多种，再加上宫廷内部原来拥有的大量图书，数量就很可观了。
书收集起来后，为了维护大清王朝的威严，乾隆皇帝下令，凡涉及明末清初历史而又不利于清朝的书籍，都要彻底销毁，甚至一些提倡民族大义的书，也都被烧掉。更为滑稽的是，像顾炎武的《音学五书》一类根本没涉及政治的书籍，都被连版销毁。被销毁的书中，有些还侥幸保存了一个书目，仅存目的书就达六千七百余部，九万三千五百多卷。因此，《四库全书》的编辑无形中成了对中国传统文化的一场大浩劫。
但是不管乾隆帝的动机怎样，这部规模巨大的《四库全书》到底还是编出来了，而且保存下来了。《四库全书》的总编纂纪昀在编写过程中发挥了极其重要的作用，他踏实苦干，治学严谨，每当得到一部书时，他都叫人写一篇内容提要，介绍作者的生平、书籍的版本、内容及简单的评价，汇编成为《四库全书总目提要》和《四库全书简明目录》，便于人们阅读。
就这样，经过学者们对大批图书进行编辑、校勘、抄写，足足花了十年工夫，到1782年《四库全书》正式完成，共收图书3503种，79337卷，36304册，是封建社会官方修订的最大的丛书，卷数是《永乐大典》的3.5倍。
《四库全书》编成后，为了整齐美观，一律手抄，先后抄了七部，分别贮藏在皇宫、圆明园、热河行宫（今河北承德）、奉天（今沈阳）、杭州、镇江、扬州（其中三部后来在战争中被烧毁了）。
后来，经过连年战火，《四库全书》大部分遗失，虽然如此，它仍对后代人研究我国古代的灿烂丰富的文化遗产，做出了巨大的珍贵的贡献。有人甚至将它和万里长城、大运河并列为中国古代三大工程。
和珅掌权
乾隆帝在他统治的后期，特别宠信和珅。和珅是满族正红旗人，才智过人，但参加科举考试时却屡屡碰壁。因为他祖上有军功，所以承袭了轻车都尉的职务。1769年，乾隆皇帝准备外出巡视，命令侍从们准备仪仗，可御用的黄盖却不翼而飞。
乾隆帝十分恼火，说道：“虎兕（音sì）出于柙（音xiá），龟玉毁于椟中，是谁之过？”（意思是：老虎和犀牛从木笼子里跑出来了，收藏在盒子里的龟甲和美玉毁坏了，是谁的过失呢？）随从们文化程度太浅，不知道这句话是什么意思，都吓得六神无主。
和珅趁机答道：“典守者不得辞其过也。”意思是，管事的人不能推卸责任。原来，和珅读过儒家经典，知道皇帝的话出自《论语》，就引用《论语集注》的句子回答。
乾隆帝见和珅长相漂亮，又有一定的文化修养，就把他叫到身边，问他的名字、籍贯、家庭成员情况。和珅回答得非常流利。乾隆认为和珅是个人才，立即封他为仪仗总管，不久又将他提升为三等侍卫。
乾隆帝到了晚年，听不进逆耳之言。和珅在他面前一味溜须拍马，更加受宠。除此之外，乾隆交给和珅办理的事情，和珅件件办得出色。从此，乾隆把和珅当成亲信，一天也离不了他。
在乾隆的眷顾下，和珅平步青云，官至内阁大学士、军机大臣、侍卫内大臣，权倾朝野。一天，和珅对皇帝说：“我有个儿子叫丰绅殷德，很有才学。能不能把您的女儿和孝公主嫁给他？”乾隆欣然同意。和珅成为皇亲之后，实力不断扩大，满朝文武都怕他。
和珅掌管着国库，往往把进贡的宝贝私吞，把挑剩下的东西给乾隆使用。一次，两广总督孙士毅来京，在宫门口等待乾隆帝接见，正好遇见和珅。和珅问他：“你手里拿的宝贝是什么？”孙士毅答道：“这是一把鼻烟壶，我准备献给皇帝。”
和珅拿过鼻烟壶来观看，只见这件宝贝是用一颗明珠做成，有雀卵般大小，晶莹剔透。和珅说道：“这件宝贝真是好啊！能不能送给我玩赏两天？”孙士毅非常惊讶，说道：“我进献此壶的事已经报告皇上了，如果送给你，怎么向皇帝交代？”和珅一声不吭地走了。
孙士毅进宫之后，把鼻烟壶献给乾隆，乾隆非常高兴。过了几日，孙士毅去宫中办事，又遇见了和珅。和珅掏出一个宝贝向孙士毅炫耀，说道：“你看这个宝贝怎么样呢？”孙士毅一看，正是自己进献的那把鼻烟壶，便猜想是皇帝赏给他的。
后来，孙士毅经过打听，才知道底细。原来，和珅为了显示自己的权威，竟然买通太监，将这只鼻烟壶偷了出来。
和珅还向官员们收取贿赂，极力敛财。朝臣们对他的贪婪行为很看不惯。一日，一个御史向皇帝启奏，说和珅的家奴刘全造了一座大房子，不合朝廷制度。这个御史的用意，是想借机清查和珅的财产。和珅在宫中耳目很多，他得知这个消息后，立刻让刘全将大房子拆掉。
第二天，乾隆派人去查刘全时，怎么找也找不到那所大房子。乾隆认为那位御史嫉妒和珅，胡乱奏本，就办了他个诬陷之罪，将他的官职革去。
另外一个御史也看不惯和珅的不法行为，想找机会杀杀他的威风。一天，这位御史巡查京城，发现和珅的小舅子乘坐高车，游于闹市，有横行无忌之嫌。他将和珅的小舅子赶下车来，用鞭子打了一顿，然后把他的车子烧毁。
众人对这位御史的胆量非常佩服，称他为“烧车御史”。和珅知道后非常生气，但自己的亲戚确实违法，只得忍下这口恶气。过了一段日子，和珅抓住那位“烧车御史”的一个错处，将他削职为民。
乾隆的祖父康熙当了六十一年的皇帝，所以乾隆登基时曾经表示：“如果朕健康长寿，在位时间一定不超过皇祖。”1795年，乾隆已经当了六十年的皇帝，他传下诏书，将帝位禅让给十五阿哥、嘉亲王永琰（又名颙琰，颙琰音yóng yǎn）。十五爷就是嘉庆帝。