洪秀全在行军作战方面并不擅长，但杨秀清却有极高的军事指挥才能。金田起义后，杨秀清屡立战功，深受天王赏识，成为太平军的主要指挥者。太平天国建立后，洪秀全自称“万岁”，称杨秀清为“九千岁”，让杨秀清处理天朝的日常政务。
洪秀全、杨秀清见政权稳固，就开始讲排场，摆阔气，脱离群众。杨秀清的权势之心极其膨胀，甚至不把洪秀全放在眼里。一天，洪秀全责罚了几位女官，杨秀清故意晕倒，醒来后自称“天父”（上帝）附体，欲责打洪秀全四十大棍。洪秀全当众认错，才逃过一场大刑。
当时，北王的哥哥与东王爱妾之兄争夺房产。杨秀清勃然大怒，将北王之兄交给北王，让他严加处置。北王韦昌辉非常害怕，他为了保住自己的地位，竟然将哥哥以五马分尸之刑处死。别人向他讲情，韦昌辉却说：“我杀掉哥哥，是为了使他人得到警示！”
北王府将领张子朋责打水营士兵，导致水营造反。杨秀清大怒，用廷杖将韦昌辉责打了数百下。北王府稗将对北王说：“您因为一时失误，就被处以杖打，以后怎么与东王相处？”韦昌辉说道：“东王做事一向公正。”他将这名裨将杀死，向东王讨好。可是，杨秀清为了独揽大权，还是把北王、翼王调到外地。
1856年8月，东王杨秀清自称天父附体，命洪秀全来东王府见他。洪秀全见了东王，只得下跪。杨秀清说道：“我派你到尘世为天王，自然要你赏罚分明。东王也是我的儿子，他智慧比你高，功劳比你大，为何只称‘九千岁’？你做事太不公了！”
洪秀全只得答道：“天父说得极是，东王聪明练达，早就该加封‘万岁’。”杨秀清又问：“东王是万岁，东王世子又该如何对待？”洪秀全说道：“东王世子也是万岁。”杨秀清格外高兴，说道：“你的决定非常高明，我回转天堂了。”
此时，北王韦昌辉正在江西前线作战。他听说杨秀清已触怒天王，就伪造天王密诏，带兵回京。“天京事变”终于爆发。9月，北王包围东王府，将杨秀清满门抄斩。被擒的东王府部队有两万之众，韦昌辉将他们囚禁起来，全部杀掉。
翼王回京后，见北王欲加害于他，在城上用绳子系着，爬到城外。韦昌辉遂将他满门诛杀。天王洪秀全指责韦昌辉道：“东王虽对我不敬，可是对天朝立有大功，你怎能将他杀死？就算东王有罪，东王府将士与翼王又有什么过错！你的行为实在令朕心寒！”
韦昌辉大怒，认为天王不知好歹。11月，韦昌辉撕下“忠君爱民”的假面具，率兵围攻天王府。洪秀全率领京城军队与之激战，终于将北王军队打败。韦昌辉惊慌不已，逃出天京。可是，天王的军队很快追上韦昌辉，将他擒获。洪秀全遂将韦氏一党处死。天京事变削弱了太平天国的实力。从此，天朝开始走下坡路了。
捻军反清
19世纪初，安徽北部及河南、山东、江苏等省部分地区的农民秘密组织“捻”党，以反抗封建压迫，寻求生活出路。“捻”是淮北方言，是从捻绳而来的，意即一股一伙，团结起来就是力量。
1851年，河南南阳、南召、唐县（今唐河）等地捻党聚众起义。次年，淮北地区的亳县等地大旱，民不聊生，农民纷纷入捻。11月，张乐行、龚得树等于皖北雉河集（今涡阳西北）一带起义，捻党聚众万余人，攻克河南永城等地。1853年，太平军北伐进入黄河、淮河流域，捻党纷起响应，形成十余支相对独立的队伍，并逐步由分散、零星的斗争趋向联合。
1855年，张乐行召集各地捻子在雉河集会盟，大家公推张乐行为盟主，称他为“大汉永王”，建立黄、红、蓝、白、黑旗军制，发布“救我残黎，锄奸诛暴，以减公愤”的文告，宣布捻军行军作战19条军纪，为进行大规模反清斗争创造了条件。
1857年春，张乐行接受太平天国的印信，从此改用太平天国的旗帜。同时，洪秀全封张乐行为沃王。捻军以雉河集为根据地，四处出击牵制清军，他们运用打圈圈的战术，使敌人的马队找不到、摸不着，疲于奔命，清军急得焦头烂额。
第二次鸦片战争之后，清军加紧追剿捻军，派出科尔沁亲王僧格林沁全权督办攻捻战事，他上任后全力进攻捻军的根据地。在清军的疯狂反扑下，张乐行殉难，皖北根据地丧失。突围而出的张宗禹等部，继续以流动作战的方式，坚持斗争。
1864年夏，捻军与太平军余部在鄂、豫边境会师，改编组成新捻军，推赖文光为首领，队伍发展到十余万人。1865年，捻军在山东菏泽西北的高楼寨，痛击僧格林沁部，当场击毙僧格林沁，歼灭蒙古马队七千余人。清廷震惊，同治皇帝因惊愤三日未上早朝。
清军加大兵力追剿捻军，任命曾国藩为钦差大臣，但捻军以灵活机动的战术，粉碎了曾国藩“以静制动”和“聚兵防河”的攻捻方略。清廷不得不命李鸿章为剿捻统帅，接替曾国藩。李鸿章采取的剿捻方针是：扼地围剿，重点防守黄河、运河。
为了躲避清军的追剿，捻军在河南许州分为东、西两部。其中东捻军驰骋在山东、河南、湖北等地，西捻军在张宗禹的带领下，转战于陕西各地。
1867年，东捻军在山东寿光遭到了淮军的包围，受到了重创。东捻军残部在赖文光的带领下，虽然奋力突围，冲破了两道防线，但是李鸿章老奸巨猾，道道防线环环相扣，赖文光终究没有能够冲出李鸿章的包围圈，在扬州附近被俘。
西捻军听说东捻军被围，转兵东进救援，经山西、河南，进入直隶，于饶阳之战失利后，继续转战于山东、河北地区，但在淮军的围追堵截下，日趋被动，1868年8月，终在山东茌平徒骇河畔覆没。
长达16年的捻军起义虽然以失败告终，但是他们沉重打击了清王朝的统治，清王朝经历了太平天国和捻军起义的冲击后，已经摇摇欲坠。
火烧圆明园
在天京事变发生的同年秋天，清政府在珠江海岸发现了一艘商船，这艘叫“亚罗”号的商船被发现有贩卖私盐的罪证。清水师军官梁定国下令将船上的12名船员，全部押到了巡逻船上。
本来这是一件很正常的事情，但是在《南京条约》签订之后，英国人越来越不满足于已有的权利。于是他们硬说“亚罗号”是英国商船，向两广总督叶名琛发出了通牒：“24小时内必须释放12名船员，否则英国海军就要攻打广州。”
胆小怕事的叶名琛把人送了回去，可是英军还是不罢休，仍以此为借口，于1856年10月下旬向广州发动了进攻，第二次鸦片战争从此开始了。
英国向中国开战不久，法国人也借神甫马赖事件参加了战争，和英军一起组成英法联盟侵略中国。马赖是法国的一名传教士，他偷偷跑到广西传教，还在西林县招收了一伙流氓无赖做教徒。表面传教，实际上强抢豪夺，奸淫妇女，无恶不作。为此，西林知县张鸣凤把马赖这伙人抓起来，并把马赖和两个作恶多端的教徒处以死刑。
在中国的领土上触犯了法律，理所当然要受到制裁。可是这件合情合理的事情却成了侵略者发动战争的借口。
广州守将主张添兵设防，可是两广总督叶名琛根本不听，仍采取消极态度。结果，敌军攻克广州，俘虏了叶名琛。英法联军在广州烧杀抢掠，无恶不作，并将叶名琛送往印度的加尔各答，监禁终生。
又过一年，英法联军沿海北上，攻占大沽口，兵临天津城下。他们扬言要攻下天津、北京，推翻清朝。咸丰帝吓得慌了手脚，派人去天津讲和，与英、法、美、俄签订了《天津条约》。
四国联军在《天津条约》中取得了很多好处，但是他们仍不满足。1859年英法联军率两万余人的军队攻占大沽口，然后占领了天津，进逼北京。面对列强的进攻，腐败无能的清政府一再退让，最后咸丰皇帝和皇后、贵妃以及大批官员逃到承德避暑山庄，只留下恭亲王奕与侵略者谈判。
1860年8月29日，英法联军进入北京城。接着，他们开始准备劫掠圆明园。圆明园位于北京城北部，是当时世界上最辉煌壮丽的建筑群，始建于明朝，康熙年间重修扩建。它吸取了历代宫殿的特点，融汇中西建筑风格，被誉为“万园之园”。其园中有园，景中有景，美不胜收。园内聚集古今中外的艺术珍品，收藏有大量的珍宝古玩、图书和历史文物。
英法联军来到这座万园之园，惊讶于它的瑰丽，更垂涎于园中的珍藏。士兵们就像发狂的疯狗一样，见到金银珠宝就往口袋里装，口袋里装不下，溢出的宝贝四处散落。他们把能带走的统统收入囊中，那些不能带走的如漂亮的瓷器等就把它们全部打碎。10月17日，联军头目下令可以自由抢劫。
《泰晤士报》驻北京记者发回的通讯曾报道说：“据估计，被劫掠的和被破坏的财产，总值超过600万镑。在场的每一个军人，都掠夺很多。在进入皇帝的宫殿后，谁也不知该拿什么东西，为了金子而把银子丢了，为了镶有珠玉的时钟和宝石又把金子丢了，无价的瓷器和珐琅瓶，因太大不能运走，竟被打碎……”就这样，圆明园被洗劫一空！
几天下来，侵略者把圆明园内能抢的抢走，不能带走的也都砸光了。最后，为了掩饰他们的罪行，于是下令焚烧了这座举世闻名、独一无二的“万园之园”。
英国陆军司令格兰特，命令骑兵团到圆明园分头同时放火。霎时，圆明园到处火光冲天，浓烟滚滚，遮天蔽日，庄严华贵的宫殿和优美玲珑的亭台楼阁被大火吞没，一座座地倒塌下去。园内奇花异草也都被践踏烧毁。整个圆明园顷刻间变成一片焦土和瓦砾，世界上最辉煌壮丽的建筑群就这样从此消失了！
慈禧太后垂帘听政
英法联军进攻北京的时候，咸丰皇帝逃到承德“避暑山庄”，之后听说英法联军放火烧了圆明园，急火攻心，不久便病倒在了床上。随着割地赔款的条约越来越多，他的身体也越来越衰弱。
1861年7月16日咸丰帝口谕，穆荫代笔写下遗诏：皇子载淳现立为皇太子；并派载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦祜瀛等，尽心辅弼，赞襄一切政务。特谕！
第二天，咸丰帝驾崩，年仅6岁的载淳即位，也就是同治帝。同治帝即位的第二天，就封原皇后为“母后皇太后”，加“慈安”的徽号，生母懿贵妃为“圣母皇太后”，加“慈禧”徽号。
之后，两太后与恭亲王奕合谋发动政变，除掉了八位赞襄政务大臣，这就是历史上有名的辛酉政变。政变后，慈禧和慈安两宫皇太后垂帘听政，从两宫太后正式垂帘听政起，同治帝发布的谕旨前都要加上“朕奉母后皇太后、圣母皇太后懿旨”。两宫太后掌握了实权，而事实上，由于慈安太后性格软弱，权力实际上掌握在慈禧一个人手中。
但是在最初的时候，权力还不稳固，慈禧必须依靠奕，于是任命奕为摄政王，入军机处任领班大臣，总理衙门大臣等，使奕的地位达到登峰造极的地步。
奕本来认为同治与两宫太后孤儿寡母，成不了气候，国家大事最后还是由他说了算。但是他的如意算盘打错了，慈禧虽然是个妇人，但生性狠毒，手段毒辣，权力欲极强。不久，奕也不得不臣服于慈禧手下，终身受制于慈禧。此后，慈禧开始了长达47年的掌权生涯。
1873年，同治帝正式亲理朝政，但仍事事必先奏与慈禧太后，一切遵守圣母太后的懿旨，实际上大权还是掌握在慈禧太后手中。且同治帝命短，亲政第二年便患病去世，年仅19岁。
同治帝身后无子，按当时的候选人来看，应该是道光帝的曾长孙、载治的儿子溥伦。但慈禧太后不同意这个候选人，理由是溥伦的宗支太远。事实上是因为慈禧太后清楚，溥伦小自己两辈，且当时已17岁，到了可以亲政的年龄。如果溥伦继位，她的权力就要落入他人之手，慈禧太后当然不会同意这样做。
慈禧想继续垂帘听政，皇帝的候选人必须具备两个条件：一应为同治的平辈，二是须是小孩，不能亲政。当然，最后还具备一个条件，就是这个人在血缘上和她不要太疏远，否则不好管理。这个合适的人选就是醇亲王奕的次子载湉，醇亲王奕是慈禧太后的亲妹夫，载湉是慈禧的亲外甥，与同治帝平辈，当年只有4岁。
于是，慈禧太后下懿旨，迎载湉进宫入继大统，这就是光绪帝。从1876年4月21日起，光绪帝开始在毓庆宫读书。光绪帝读书很用功，但光绪帝越聪明好学，慈禧太后对他的控制就越严格。
慈禧曾派太监寇连材前去监视光绪，寇连材为光绪帝的言行所感动，竟然冒死向太后进谏，极言皇上英明仁孝，请慈禧太后宽容相待。慈禧太后震怒，将寇连材杖刑后斩首。慈禧太后对光绪帝更加严格，使光绪帝见了慈禧就战战兢兢。
1887年1月15日，光绪帝开始亲政，53岁的慈禧太后表面退居颐和园颐养天年，但实际上仍把持着国家政务。慈禧太后规定光绪帝每隔一日，必须亲自向她奏报政务，遇有重大事情，更要随时请旨。光绪帝名为皇帝，实则傀儡。
慈禧太后一方面处处限制光绪帝的权力，国家大事都要遵从她的懿旨办理；另一方面通过自己的侄女隆裕皇后及亲信太监李莲英等人，暗中监视光绪帝的行踪。
1898年8月6日，由于光绪帝主张的“维新变法”一事遭到慈禧太后的反对，随后将光绪帝囚禁于中南海瀛台，捕杀维新党人，将谭嗣同等6人斩于北京菜市口，慈禧太后重新执政，垂帘听政一直持续到1908年去世为止。
左宗棠收复新疆
左宗棠，字季高，号湘上农人，湖南湘阴人。他自幼聪颖，14岁时考童子试中第一名。曾写下“身无半文，心忧天下，手释万卷，神交古人”的对联以铭心志。道光十二年（1832年），他考中举人，后来由于在对太平军的战斗中有功，升为浙江巡抚，后又升迁至浙闽总督，封一等恪靖伯爵。
同治五年（1866年），左宗棠调任陕甘总督，主持平定西捻军和陕甘回民起义。同治六年（1867年），在俄国人的支持下，浩罕国高级军官阿古柏率兵占领了新疆的南部。接着，他又向北疆扩张，占领了乌鲁木齐。后来，阿古柏宣布在新疆成立一个哲德沙尔国，由他当国王，宣布脱离清政府的统治。早就对中国领土虎视眈眈的俄国乘此机会占据了伊犁，英国也意图染指西北。
阿古柏和俄国侵略新疆，在清政府的大官们中间，引起了争论。曾国藩和李鸿章主张放弃新疆，把原本用在西北边境的饷银用来加强海防。左宗棠则坚决反对这一提议，认为在西北“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”，尤其会招致英、俄等国家的渗透。慈禧太后采纳了左宗棠的建议，任命他为钦差大臣，领兵去收复新疆，而此时，他已经是64岁高龄的老人了。
光绪二年三月，左宗棠自兰州移师肃州（今酒泉）后，根据新疆地形的特点，提出“先北后南”“缓进急战”的方针，获得了部下将领的一致认同。于是他命令刘锦堂和金顺率大军攻打乌鲁木齐，自己则坐镇河西指挥战争。于是，清朝大军挥师西进，铁骑千万里，烽烟滚滚，直奔玉门关外，指向帝国走卒阿古柏匪帮。
驻守乌鲁木齐的是阿古柏的大将军白彦虎（中国人）。他听说左宗棠大将军杀来了，一面给阿古柏送信，一面派大兵死死守住城外的古牧场。刘锦堂一到乌鲁木齐，就下令向古牧场发动进攻。其实，清军只是佯攻，远远地开枪放炮，大声呐喊而已。