第二阶段是自中宗元年至明宗末年，这是朝鲜书院大发展的准备阶段，主要背景是官学的衰落。自朝鲜世宗以来，科举流于紊乱，贵族子弟可以不经科举而入仕为官，出身寒门的儒生即便学业优秀，与贵族子弟相比也无优势可言，使得相当一部分儒生，对继续就学于乡校失去兴趣；而乡校因优秀生源的流失，也吸引不到优秀儒士讲学；中宗（1506—1544）时期，作为官学的乡校进一步衰落，社会声望荡然无存，就连作为最高学府的成均馆及四学中的儒生，竟然“全不聚会，师长亦不勤教诲”；各地乡校更加混乱不堪，甚至出现了“托名儒籍，年几六十而不识一字”者。这些情形纵然有所夸张，但至少是朝政腐败在官方学术领域的反映。对社会负有强烈使命感的儒士们，意识到“唯有书院之教盛兴于今日，则庶可以救学政之缺”。因为书院的私学性质，得以在一定程度上摆脱官方僵化意识形态的束缚，更具活力。这样的社会背景，成为促进书院发展的推动力。另一方面，中宗时期受到明朝大肆立祠、推行崇儒尊贤政策的影响，对促进朝鲜书院从单一的讲学功能转变为庙、学并重的形态，起到了重要的影响。经过著名学者如郑梦周、金光弼等人的积极推进和身体力行，建庙立祠开始在朝鲜儒士中成为一种风气。
根据韩国学者中比较公认的观点，朝鲜的书院始于李混所创之“白云洞书院”，因为书院讲学功能的逐渐强化与李混的努力是分不开的。白云洞书院在李混的努力下，名声得以广播，因而于朝鲜明宗五年（1550）得到朝廷赐额，更名为“绍修书院”，更是促进了士大夫设院讲学的风气。自此之后，书院的地位日益得到重视，在朝鲜全境开始普及，其中较著名且受朝廷赐额的如临皋书院、蓝溪书院、嵩阳书院等。这一时期设立的书院的数量相对并不甚多，而且与中国早期书院的情况类似，往往如寺刹般选择山水清幽之地，远离尘嚣。这类书院重视的是学术品质，并不追求建筑的宏大精美，有的还是“舍宅为院”或者“舍祠为院”，“斯是陋室，唯吾德馨”的意味颇浓，自然也没有一定的标准形制，例如绍修书院的情况。
作为比较原始的书院，绍修书院系由佛教寺刹一宿水寺改建而来，直接将佛教空间转换成儒学空间，因此以后的书院格局在这里并未得到体现。书院中祭祀空间与讲学空间虽然已同时出现，但相互间的关系比较松散，看不出什么有意识的联系。在讲学空间中，讲学用的讲堂和儒生们住宿读书用的斋舍之间也无明确的关系；书院的正门也只有一开间，并未如定型化后的那样成为三间（外三门）。这些特征说明，此时朝鲜书院的建筑形式和空间布局仍在摸索之中，从另一个侧面也说明儒家的伦理礼仪秩序对书院建筑的影响是决定性的，因为定型后的书院与寺刹相比，在同样的社会背景、同样的用地条件下，却表现出与寺刹完全不同的模式。
7.2.2.2繁盛期（16世纪中叶—17世纪中叶）
朝鲜书院发展的第二个时期可以认为是从明宗末年到显宗（1660—1674）时期。这百余年是书院繁盛和形制定型的时期，而且几乎与中国明代万历年间书院发展高潮同步。从朝鲜自身的历史背景来看，这一时期以儒学为根本的士大夫阶层取得了政治上的主导权，从行政的角度大力推行书院的设立，如朝廷颁布大量赐额，刺激书院的发展；颁赐土地（谓之学田）并免除学田赋税；允许书院蓄奴，而且这些院奴免于国家徭役，如此等等。这些措施，有力地促进了书院的蓬勃发展。另一方面，各地儒士对书院讲学模式逐渐热衷，也成为了书院发展的重要动力。在这样的背景下，从朝鲜庆尚道先端的书院迅速扩散到全罗道、忠清道、京畿道乃至汉江以北地区。儒士们的活动更加自由活图7.13绍修书院现状总平面跃，大大地促进了书院在全国范围内的发展。
随着儒学教育的发展，书院的功能也发生了一定的变化。与早期书院高度重视祭祀功能有所不同的是，这一时期书院的讲学上升为核心功能，进而引起了书院空间配置形态的变化，形成了以讲学空间为中心的书院布局模式。这一时期书院甚至取代了日益僵化没落的乡校，成为朝鲜儒学发展的“基地”，代表性的书院如西岳书院（1561）、道东书院（1568）、玉山书院（1573）、陶山书院（1574）、德川书院（1576）、屏山书院、鲁冈书院（1675）等。
道东书院亦由李混创建于1568年。建筑布局参考了山地型寺刹的配置形式，主要轴线南北向，门楼、讲堂、祠堂位于轴线上。玉山书院位于月城，创建于朝鲜中宗二十七年（1573）。书院一如中国的白鹿洞书院，选址于青山秀水之地，还设有溪亭等观赏游乐设施。屏山书院为纪念柳成龙而建，正门为面阔7间的晚对楼，从楼下进入讲学空间。晚对楼事实上类似于开放之亭，供师生讲论及观赏风景之用，表现了书院相对于乡校的开放自由的教学空气。讲堂悬额名“立教堂”，其前配置东、西斋；祠堂称为尊德祠，独立成院。陶山书院依山而建，主要轴线东南向，建筑群以作为讲学场所的典教堂为中心，其南对称地配置东、西斋作为儒生生活和学习的所在。作为祠堂的尚德祠配置在西北角，居次要地位，明确地反映出这一时期庙、学关系的主次变化。
7.2.2.3泛滥期（17世纪中叶一18世纪中叶）
朝鲜书院发展的第二个时期，一般认为是从肃宗朝（1675—1720）到英祖开始撤废书院的1741年。这70余年是朝鲜书院开始泛滥、种种弊端滋生以至愈演愈烈的时期。仅肃宗一朝朝鲜全国就新增书院300余所，其中得到朝廷赐额者多达105所（表7.4）。书院的泛滥不仅表现在数目的增加上，也表现在其政治组织性质的强化上。在种种复杂社会因素的影响下，相当一部分书院渐渐偏离了讲学宏道的初衷，蜕变为标明宗法传承的正统性和派系势力斗争服务的工具。再加上这一时期朝鲜经历了两次大的战乱和社会动荡（壬辰倭乱、丙子胡乱），乡村宗族势力抬头，家族意识渐强，导致书院也逐步沦为宗族势力的组成部分之一，脱离了单纯的儒学教育机构的意义。
这些变化反映到书院建筑的布局中，就是作为宗法关系象征的祠堂，在这一时期所建的书院内得到极大重视，讲学空间则相对弱化，成为次要的甚至是祠堂的附属空间。原来位于讲堂之南的东、西两斋也挪到讲堂之北、祠堂之南，以取得与祠堂更为密切的关系。为祭祀服务的附属设施也得到了相应的加强。这一时期代表性的书院如深谷书院（1650）、德峰书院（1695）、兴岩书院（1705）、竹林祠（1708）等。
7.2.2.4衰落期（18世纪中叶一朝鲜国亡）
朝鲜书院发展的第四阶段是书院日趋没落乃至消亡的时期，时间上大致是自1741年起到朝鲜被日本吞并。关于书院衰落的原因其说种种，但总结起来不外乎如下几点：一则朝鲜书院的学术思想比较封闭，基本上以“朱子之学”为正宗，对其他学说和思想采取排斥的态度，学术上相对保守，限制了自身的发展，脱离了社会的实际需要，从而也就逐渐失去了生命力。二则书院逐渐发展成为朝廷朋党之争的堡垒和言论大本营，以“儒通”“清议”等方式干扰朝政，以书院为依托形成的派系势力对朝政造成了严重的干扰。三则朝廷给予书院过多的特权和优待，如书院的田产免税、院内人员免役等，对国家财政、军事力量造成了严重危害。四则书院发展到后来也良莠不齐，有的书院渐渐脱离了当初以儒士为首讲学论道的功能，而成为家族聚资而建的一种与宗族祠堂类似的机构，对国家政权的权威性构成了挑战，有些书院甚至出现了强行霸占土地、集聚院奴、勒索钱财、庇护罪犯等种种恶行，虽然不能说这是普遍现象，但也足以大大破坏书院的形象。凡此种种，都严重地妨碍了社会的进步和发展。朝廷在严峻的形式下不得不改变鼓励、扶持书院的政策，转而对书院施以严厉的措施进行打击。仁祖时期命令，未经批准不得另设书院；孝宗时禁止“私建”；肃宗时禁止“迭设”，对违令者“论以重律”。但是，虽然自17世纪以来历代朝鲜统治者都曾试图对书院加以控制，可由于士大夫以书院派系为基础形成的盘根错节的势力的干扰，总是收效甚微，对朝鲜的政治、经济和文化发展造成了极大的困扰，以至于成为今日朝鲜、韩国某些学者提出的“儒学误国”论调的证据之一。
19世纪书院的设置更滥，对政治、社会、
经济的负面影响也更为深刻，在书院建筑布局上表现为祭祀空间的进一步发达和讲学空间的进一步萎缩，有的书院甚至干脆就连讲堂也撤销了；为刻书、藏经而设的藏板阁、藏经楼等自然也就不再设置，书院的格局起了很大的变化。这一时期所建的代表性书院如秀岩书院（1820）、縲林书院（1856）等。
终于，在朝鲜高宗八年（1871，清同治十年），朝廷因书院积弊难除，不得已采取极端措施，下达了撤除书院的诏令，全国除保留47所书院之外，其余的尽皆废弃。在此严厉打击之下，朝鲜书院日趋势微，剩下的47所书院也是名存实亡。朝鲜纯宗隆熙四年（1910，清宣统二年），日本公然吞并朝鲜，实行“皇道教育”
后，朝鲜书院终于彻底地退出了历史舞台。
7.2.3朝鲜书院的一般形制