高丽时期，佛教继续得到王室的倚重和支持。高丽历代国王崇佛、建寺、敬僧，自光宗起设僧科，仿照文官科举制度遴选僧人，授予僧阶，国师及王师制度，至尊的高僧被礼为国师，次尊的高僧被奉为王师，佛教及僧侣地位崇高，境内寺刹广布。据《东国通鉴》卷十二及《高丽史》太祖本记载，太祖二年（919）在开京就创有法王、慈云、王轮、内帝释、舍那、天禅（普膺）、新兴、文殊、圆通、地藏等十寺；四年（921）建大兴寺于五冠山迎利严居之；五年（922）舍旧宅为广明寺，又创日月寺于宫城之西北；七年（924）创帝释院、九耀堂、神众院、兴国寺；十一年（928）有新罗僧洪庆得自后唐闽府的大藏经一部到来，太祖迎置于帝释院。又据《白云山内院寺事迹》云：“太祖敕诸州，建丛林，设禅院，造佛造塔，几至三千五百余所。”王室施舍给寺院的土地不断增加，例如显宗十一年（1020）施给玄化寺土地124·结（“结”指约能生产2石谷子的土地），此后又赐给云岩寺土地2240结，为死去的恭愍王妃、鲁国大长公主祈冥福，文宗时为大云寺加赐良田一百顷。寺院的土地作为私田，还享有免税的特权，遂成为寺院经济繁荣的基础。寺院还经营商业、高利贷，如文宗十年（1056）诏中批评：“今有避役之徒，托号沙门，殖货营生，耕畜为业，估贩为风”，“通商买卖，结客醉娱”。有的寺院甚分为禅师、大禅师、重大师、三重大师等位。又创至滥设“长生库”，以慈善为名向民众放高利贷。由于寺院经济的发展，僧侣人数激增，佛教僧团对政治也产生了很大的影响。
在寺刹建筑方面，禅、教并立时期的寺刹主要分为两类：一是对统一新罗后期发展出的平地型寺刹的继续沿用，这些寺刹多属教宗，而且多与王室有着密切的联系，因而地位尊崇、财力雄厚。这些寺刹与王室佛教时期的寺刹一样，仍然沿用堂塔并立式布局，寺刹以中国式木塔为中心，如兴王寺、佛日寺、万福寺、兴德寺等。而与之同时的禅宗寺刹，并没有发展出自身专门的寺刹形式，只因为禅宗寺刹多处山地，出现了一些平地寺刹所不具备的特色，简言之则是来自中国南方的山林佛寺的特色在朝鲜半岛的具体体现。
与高丽前期相比，中后期的历代高丽国王更加崇信佛教。他们当中有不少人受菩萨戒，经常读经拜佛，聘请禅僧说禅，设百座法会请僧讲经，举办各种修忏法会，或求雨，或祈福消灾，或求国泰民安，使得佛教更为泛滥，流派丛生。经过长时间的发展、演化，到高丽中后期，朝鲜半岛佛教终于形成系统比较清晰的宗派系统，进入了“宗派佛教时期”。关于高丽中后期的佛教宗派，史书上有所谓“五教二宗”的说法。但具体所指，有着各种不同的见解。比较普遍的看法是，“五教二宗”是对整个佛教界的统称，“五教”简称“教”，指禅宗以外的以佛教经论为依据的宗派，“二宗”则简称“宗”，指“教外别传”的禅宗两派。
高丽中期以后，佛教中发展出的宗派，从朝鲜初期的记录来看达11派之多，还有其他许多或大或小的支派。比较有影响力的如教宗一派的华严宗、法相宗；禅宗系统的天台宗、曹溪宗。这四大宗派各有其明确的宗旨和教义信仰体系，也有自己的寺院体系，而且略有差别。但初期的天台宗脱胎于法华经，因此天台宗的寺刹受法华信仰的影响；而曹溪宗思想脱胎于华严宗，因此与华严宗寺刹也无多大差别。所以不同宗教派别的寺院差别并非十分明显，大体来讲华严宗的寺刹向心性更强，法相宗弥陀系的寺刹更强调领域区分，弥勒系的寺刹则更强调轴线秩序，法华系的寺刹依然采用双塔形制。这些微小的差别系根据不同的教义和仪式需要而来。
高丽时代佛教寺刹的又一特点是随着佛教的普及，寺刹营造活动也逐渐扩散到境内各地方，改变了王室佛教时期寺刹主要集中在王都及周边的状况。因高丽佛教隆盛，在各地方上，寺刹往往成为一个地区的文化、经济中心，地方邑城只担负行政的功能，而统治百姓日常生活和意识形态的是佛教寺院。尤其是在高丽中期以后，许多地方邑城衰退，其部分功能被寺刹取而代之。而且，随着各地寺刹营造需求的增多，此前高度集中在新罗王都庆州或者高丽王都开京地区的工匠得以分散到地方，将先进的建筑技术扩散到各地，在总体上提高了朝鲜半岛建筑的建造水平。
宗派佛教时期寺刹建筑的另一特点是，这一时期佛教的内容变得比较复杂，对寺刹的配置形态也产生了相当的影响。一则高丽时代的佛教自中国传来已久，逐步开始自身的发挥与演化，并掺杂进了风水图谶思想以及一些朝鲜半岛原有的民间信仰元素；二则高丽直接受元的统治，密宗的影响很广。这些因素使得寺刹布局逐渐发生了一些变化，主要体现在金堂改为大雄殿，表现出寺刹从对佛经教义的崇拜转向对佛本身的崇拜；寺刹中出现了成组的七星阁、应真殿、灵山殿、真殿、山神阁等建筑，有的寺刹中甚至配置有关帝庙、城隍庙等驳杂的神殿，使得佛寺的形式更为复杂，这些变化既是佛教教义的多元化的反映，也是高丽王朝为了王权的稳固而追求多种庇佑的结果。
宗派佛教时期，无论是王室兴建的兴王寺这样的大规模寺刹还是各地方民间建造的小规模寺刹，其共同特征是礼佛空间被划分为若干区域，这些区域相对独立，说明这一时期寺刹已经摆脱了单纯的供奉佛像的功能，而成为需要容纳多种活动的多功能场所，寺刹各部分按照不同的功能被分成不同的“院”；各空间有自己的中心，有各自的僧侣生活空间。从寺院具有仓库、农作物加工用建筑等等来看，寺院已成为自给自足的经济体，是僧侣、信徒以及普通民众生活和消费的经济、文化活动空间。这是朝鲜半岛宗派佛教时期寺刹的重要特点。
3.4山僧佛教时期（15世纪至朝鲜亡国）
高丽时代朝鲜半岛的佛教达到极盛，但盛极而衰，到朝鲜时代佛教发展形势发生了转折性的变化。高丽中后期以来，各代国王的政绩多在建寺、受戒、斋僧方面，目的则多为消灾祈福，佛事日隆而法门腐败，流弊丛生。后来发展到“子背父母，奴婢背主，诸犯罪者，变形伪僧，及游行乞丐之徒，来与诸僧，相杂赴斋者亦多”（《高丽史》，卷九十三）。高丽王室滥建寺院，度良民为僧，向寺院施舍大量土地财物，对国家财政构成严重危胁。如，忠宣王让位于忠肃王后，自居为“上王”，每天饭2千僧、点2千灯，称之为“万僧会”，这样规模的浪费，对国家经济施加的压力，可想而知。
由于君王大臣之信佛，多在祈福攘灾，非为解脱生死，所以佛事愈盛，愈能培养妖妄之徒的野心，致有高丽第十七代仁宗时妙清之乱的发生。仁宗（1123—1146在位）宠信的僧人妙清，权倾朝野，导致野心膨胀而至最后谋反。恭愍王（1352—1374在位）宠信僧人遍照（辛吨），让他参与国政，独断朝纲，“百官诣门议事”，后以“谋逆”罪被朝臣处死。此外，在明宗（1171）和高宗（1217）时都发生过僧人武装暴乱事件。在外部，公元10世纪末至11世纪初，北方契丹3次入侵；11至12世纪之交，女真入侵；13世纪，蒙古前后6次入侵。在这种内外交困的情况下，笃信佛教的高丽国王们却一再到寺院设供，举办法会，甚至发愿实施雕印《大藏经》，祈求佛菩萨和善神的佑助，击退外敌，使得国家动荡不安，最终亡国。虽不能说佛教乃亡国之祸，但佛教及僧人的蜕变，对高丽的国势产生了严重的消极影响。
由于佛教宗派的形成和势力逐渐强大，佛教僧团也逐渐政治化一又因为与政治权力的过度接近，使得佛教在政治权力发生变化时必然也会遭受连带的危害一对朝鲜时代初期的排佛论者而言，佛教无疑就是高丽统治阶层势力的代表，他们的排佛运动正是对高丽残余势力理直气壮的清算。另一方面，高丽时期高度发达的寺院经济带来的优裕生活，很容易造成戒律的松驰和生活的腐败；佛教思想上创造性的丧失必然会使佛教失去内在的生命力。丽末鲜初的朝鲜半岛佛教正好处在这些矛盾的交叉点上，再加上以儒学为立身之本的士林阶层势力的增长，使得朝鲜时代佛教的衰落似成历史之必然。
与此前的各政权不同，朝鲜王朝终其一朝采取的基本是崇儒排佛政策，国家权力正式排斥佛教。佛教经高丽王朝的发展，势力盘根错节甚至干涉国政，寺院遍布全国，占有很多良田和奴婢，对国家的财政和统治造成了现实的威胁，高丽后期的儒臣就多有排佛之议但未有实质行动。朝鲜王朝以儒立国，排佛运动由国家政权主导推进。佛教终于和国家政权分道扬镳，再也难复昔时盛况。到朝鲜晚期，虽然佛教信仰广泛地流布于广大人民之间，但僧尼往往被迫居于深山寺院，而且社会地位低下，佛教已趋衰微的境地。