1.原因
躯体疾病可以导致儿童学习困难，主要是由于以下原因所致的：
（1）某些躯体疾病可以引起学龄期儿童特殊学习技能发育障碍：如脑性瘫痪儿童的运动障碍、耳聋的儿童言语发育障碍等。
（2）躯体疾病对脑功能的影响：Rutter在英国怀特岛的调查中发现，患躯体疾病儿童的阅读障碍的发生率是正常儿童的2～3倍，有14%的儿童广泛成就测验水平落后于同龄儿童28个月。
（3）患慢性疾病的儿童由于经常缺课，使得数学这些需要循序渐进的课程学习困难。
（4）由于儿童患病使得父母和老师降低了对患儿在学业上的期望值，而很少对他们在学业上严加督促和帮助，甚至认为能学多少就学多少。另外，患儿本身对自己的学习成绩也没有高标准的要求。
2.哮喘导致儿童学习困难
哮喘儿童由于以下原因常可以导致情绪障碍，而情绪障碍常常是一些儿童出现学习困难的主要原因。
（1）由于哮喘的发作，使父母过分紧张，唯恐再次发作，因而对儿童往往采取过分关注，过度保护。这种紧张焦虑心情往往反馈给儿童，使儿童出现紧张焦虑的情绪，造成哮喘频繁发作。
（2）另一方面父母对儿童的病情的否认忽视，对儿童表现出不耐烦，甚至厌恶情绪，使儿童产生焦虑、抑郁、自我贬低，因而在情绪上表现为焦虑、抑郁。行为上表现为退缩、攻击性行为。另外，还使得患儿自我意识水平较差，自信心下降，再者由于经常缺课导致学习困难。
3.癫导致儿童学习困难
癫患儿出现学习困难主要有以下原因：
（1）癫发作本身引起的行为、情绪障碍，精神运动性发作的行为异常，发作性焦虑和其他情绪体验，突然发作的陌生感，癫大发作的一段矇眬状态。长期慢性癫有时出现的精神病状态。
（2）脑器质性损害伴发的癫常伴智力损害及行为问题。无明显脑器质损害的儿童，大多数智力正常，其智商仅轻度低于平均水平，但这类儿童的阅读障碍的发生率特别高。
（3）抗癫药物对儿童学习有影响，长期使用苯妥英钠可以导致儿童的智力减退；长期服用卡马西平、乙琥胺、扑痫酮、丙戊酸钠都可以对患儿的行为和学习产生不利的影响。常见的症状有注意力不集中、轻微的定向力障碍、烦躁。
（4）父母对儿童前途担心，害怕癫发作的忧虑，对患儿的期望值降低，导致患儿的自我意识差，依赖性强，自信心差；个别患儿担心自己发作而焦虑；有的患儿由于丧失信心不肯去上学。