久视元年（公元700年），武则天遣使请神秀入东京洛阳传法，封为国师，享受特殊礼遇，并与帝并肩而殿。
武则天及群臣经常向他跪请问法。神秀也一时被禅宗尊为六祖。
就在神秀声名大振之际，慧能也以韶州宝林寺、大梵寺为中心，于岭南一带进行传法。与道信、弘忍禅法比较，不难看出，慧能禅法已有重大革新，与神秀的禅法迥然有别，于是，禅宗分成了南北二宗。
慧能在世时，南宗禅的影响远没有北宗禅大。二宗一南一北，并行传播，直到唐末以前，一直没有发生公开的激烈争论。
武则天将儿子唐中宗贬为庐陵王，自己即位做皇帝。武则天非常笃信和拥护佛教，将当时的大德高僧都请到宫中供养。
神龙元年乙已（公元705年）上元日，武则天下诏曰：“朕曾迎请惠安和神秀两位禅师，宫中供养；在治理万机之暇，每当参究到佛乘教理。二师推让云‘南方有能禅师，密授忍大师衣法，传佛心印，可请彼问。’今遣内侍薛简，驰诏迎请。愿师慈悲，速赴上京！”
六祖作了一道表章：“我很多病啊！年纪老了，有很多病痛。我愿终老於林麓间。”其实六祖大师没有病，因六祖大师不愿见皇帝，尤其不愿见女皇帝，更何况她不讲规矩又不守戒律。
但慧能对薛简说：“我形貌短陋，北土见了，恐怕会对我法不敬，况且先师嘱我南向传法，恐怕我不能有违师训。”
薛简便说：“京城那些禅师大德都这么说，若你想明白道法，必须要坐禅修习定力。从来没有不习禅定而能得道的。不知大师所说的法是怎样的？”
六祖答：“道由心悟，岂能坐坐就可得的！”
简又说：“弟子回京，皇上一定究问，望大师慈悲，指点心法要旨。使得奏明太后皇上两宫，并以告京城学道者。好比点亮一灯，再燃百千灯，冥者皆明，明明无尽。”
六祖说：“道无明暗，明暗是代谢之义。明明无尽，亦是有尽，明与暗只是相对而言。故净名经云‘法无有比，无相待故’。”
薛简得到六祖指教，豁然大悟，并将六祖的话记录了。于是恭敬地向六祖告别，回京城皇宫，上表奏告报，并将记录六祖的话一并呈上。
武则天看了，对慧能的说法心悦诚服。这一年九月三日，则天武后又下诏，褒谕六祖。
诏曰：“师辞老疾，为朕修道，国之福田！师若净名，托疾毗耶，阐扬大乘，传诸佛心，谈不二法。薛简传师指授如来知见；朕积善余庆，宿种善根，值师出世，顿悟上乘。感荷师恩，顶载无巳！”
同时奉赐磨衲袈裟一领及水晶钵一个，绢五百匹以资供养。磨衲袈裟是武则天送给六祖大师，上面有很多块，每块上绣一佛像，据说是武则天亲手所绣。
南华寺至今保存着武则天的圣旨一道，以及这些珍品。