崇祯皇帝在煤山自缢，太子朱慈烺混乱中逃出皇宫。崇祯太子的下落引起各方关注。明亡后有多人以太子名义号召民众起兵反抗清朝。太子的到来也引起了南明小朝廷的极大不安。这些“太子”们破坏了既定的秩序，下场大都不妙。太子命运究竟如何，史籍记载各不相同，各种说法莫衷一是。
崇祯皇帝有七个皇子，长大成人的有三个，即周皇后所生长子朱慈娘、三子定王朱慈灿和田妃所生四子永王朱慈熠。朱慈烺生于崇祯二年二月，出生一年后被立为太子。
崇祯十七年（1644）三月十八日，李自成的农民军兵临北京城下，崇祯帝召见三个儿子，命他们换上百姓的服装，由太监护送火速出外逃生，以期他日光复明朝基业。次日，农民军进城时，崇祯帝已自缢于煤山。太子朱慈娘的下落究竟如何？有几种不同的说法。
一种说法是李自成进城后，太监栗宗周把太子献给李自成，李自成将朱慈娘留在军营中，交由刘宗敏看管，后太子被封为宋王，《明史》赞同此说。有人认为李自成把太子交给了吴三桂。吴三桂与清兵联合作战，打败李自成的军队，双方谈判，吴三桂提出的要求中就有归还太子一条。关于李自成交给吴三桂的人的真实身份，也有各种说法，或说是真太子，后来逃出吴三桂军营；或说李自成交出去的是假太子，《明史》、《明季遗闻》记载李自成山海关大败，准备西撤，四月二十九日晚放火焚毁宫殿和九城门楼，次日一早，挟崇祯帝的三个儿子往西撤退。可见太子一直在李自成的掌握中。但是，西撤后却再无太子的消息。
太子究竟存身何处？有人考证是李士淳带着太子一起潜逃，具体地点是粤东嘉应州阴那山灵光寺，结局是削发为僧。李士淳是明朝翰林院编修，曾任太子讲官，明亡后被迫接受李自成的官职，与太子同在一处，负责看护太子的刘宗敏又在战斗中负伤，且西撤后农民军节节败退，自顾不暇，给李士淳和太子的逃跑创造了好机会。广东梅县一带一直流传着“太子菩萨”的传说，在李士淳所编《阴那山志》一书中收有他的诗作：
谁人伸臂划虚空，裂碎迷云千万重。
掌握明珠山吐月，周天星斗五轮中。
天画棋盘星作子，指弹日月照将军。
不知何处神仙着，花落棋山迅耳闻。
一位方外之士的诗作却有帝王之气，确实令人生疑。随着时间推移，有关明清之际的文献材料逐渐公开，禁忌渐少。李士淳的后人李大中在《二何先生事略》一文中公开承认其祖先确曾救崇祯太子。
另一种说法是太子先被藏匿于民家，后到舅舅周奎家，周奎担心获罪，献给清朝刑部，太子遭捕遇害。如《国寿录·崇祯太子》、《甲申传信录》记载，太子被民间老太收留，三个月后，因家贫无力收养，送到周奎处。周奎不敢收留，听到清朝搜捕的命令后，便上交清朝刑部，清统治者担心崇祯太子会成为明遗民的精神支柱，下令处死。
各种说法层出不穷，有的人说太子从吴三桂军中逃出，先容身于皇姑寺，后与太监高起潜一起从天津乘海船南下，也有人说太子逃亡时死于乱军之中等等，不一而足。
种种说法导致的结果是南明弘光小朝廷和清朝的顺治、康熙两朝不断地有自称崇祯太子的人出现。顺治元年，一位青年找到周奎，自称太子，周奎上报清政府，朝廷派多人审理此案，仍然是真假难辨，最后处死了事。清初文献《尧峰文抄》中有一篇文章，记载顺治十六年（1659），一位男子在河南柘城与当地人发生争执，见官不跪，自称是崇祯第四子，被送到北京。清政府派兵部负责核查此事，很快查清，此人名叫张缙，浙江金华人，因假冒崇祯皇子被处死。康熙十二年（1673）三藩之乱时，北京有人趁势响应吴三桂，其中有人自称是崇祯三子，又有一人自称崇祯太子，在两广招兵应和吴三桂，两人被捕后，送至北京，公堂对质，竟互不认识，均被处死。清初利用崇祯太子的名义在各地号召人民起兵抗清之事很多，大多是人民不满清朝的统治，借用名义抗清。
真正造成重大影响的是南明弘光朝的假太子事件。有一少年从北方逃到浙江，自称太子，南明朝廷派内监带回南京，福王派大臣审讯，此少年认识旧日内监，并能叫出一些大臣的姓名，但不认识另一些作为太子应该认识的大臣。这位太子开始时受到礼遇，以后遭酷刑相加，他坚持自己的身份，审讯的结果断定他是假冒太子，是一位驸马的侄孙，名叫王之明，略知宫中之事，想投机碰运气。当时南明朝廷的派系斗争十分激烈，这个结果使得一些大臣极为不满，镇守长江中游的将领左良玉因此领兵沿江东下，造成极大的内乱，加速了南明王朝的灭亡。百姓因为不满南明福王政权，坚信这位年轻人是真正的崇祯太子，趁清兵南下尚未到达南京、福王逃离的短暂空隙，拥立“太子”为王监国。清兵攻陷南京后，这位太子被清将多铎带回北京，下落不明。
崇祯太子下落如何，暂且不论，围绕崇祯太子发生的风波折射出明清易代之际的真实一幕。