明代是回族社会经济发展的一个重要历史时期，农业已经成为其社会经济的基础。
明朝初年，随着全国政治形势的稳定，社会经济也得到了恢复与发展。元以前，来华的回族先民即穆斯林“番客”多系做买卖的商人，他们经营的主要是珠宝、香料等商品；元初，统治者令大批东迁的回回人“屯聚牧养”，使回族的社会经济结构发生了重大变化，逐步以经营农业为主，经商则逐渐居于次要地位；及至明代，这种演化仍在继续进行，当回回民族形成时，农业经济终于成为其社会经济的主要形式。
在明代，促使回族形成以经营农业为主的因素很多，主要有以下几点：
（一）明初的大规模移民。经过元末的多年战乱，地处全国心腹之地的河南、安徽、山东、河北等省受祸最惨，百姓死亡过半，社会经济遭到毁灭性破坏。“以中原为家”的回回人也难逃厄运。明太祖朱元璋“极意安抚”，于是移四方之民以家之。现在河南豫东、豫北以及山东西部的不少回民，即是明初山西、北京等地移民的后裔。因宁夏境内“土田膏沃，舟楫通行”，太祖命重将镇之，招集流亡之民“务农屯田”。其中有不少回民移居宁夏山川，屯田务农。
（二）明初大规模的屯田。当初随朱元璋打天下的回回将领和士兵，在战争结束后，多就地屯田，后落籍为民。如今甘南临潭东部的回民以及云南的回民，有不少人是明初屯田官兵的后裔。明成祖将首都迁往北京时，也有大批南京附近的回民随迁。今北京、沧州、孟村一带的回民，多为南京一带北迁回族官兵的后裔。他们先是驻守屯戍，后落籍为民，逐渐形成大大小小的回族聚居区。
（三）西域回回的不断内附，有时多达数千人，明王朝将他们有的在河西肃州、沙州、甘州等地安插，垦荒种田；有的迁往湖广、江浙一带安插，从事农业生产。
在明代，回族人虽然大批移民屯田务农，使农业经济成为其重要的经济形式，但是他们的经商传统并未丢掉，不过经营的内容却发生了重大变化。明朝中后期，政府对海外贸易实行限制政策，关闭经商口岸，严禁民间出海贸易，使宋元以来盛极一时的回回人经营的海上贸易走向衰落。回回人长期经营的珠宝、香料等传统行业，只在南京、北京和东南沿海少数城市惨淡经营，远非宋元时期可比。而较多的回回商人把经营的内容转向了与回族生产休戚相关的牛、羊肉行业，清真饮食业以及贩卖牲畜、长途运输等行业。如北京宣武门外牛街一带，以宰牛为业的回民就有上万户之多，后来一直是北京回民重要的传统行业之一。在西北地区，明王朝为了解决战马缺乏的问题，在西宁、河州等地设立茶马司，以内地所产茶叶交换蒙、藏等民族地区盛产的马匹。在这种茶马互市中，回回人起了重要的桥梁作用。清真饮食业在明代也发展起来。由于善于经营，独具特色，清真饮食业越办越好，成为回族商业经济的一个重要部门，享誉国内。
在明代，回族的手工业也得到了发展。这些手工业，除了传统的香料业外，又新发展起制革、皮毛和牛羊肉加工行业。香料制作业著名的有北京的“香儿李家”、福建蒲家的香料制作业等。皮革制作和皮毛加工业，在回民地区普遍发展起来，其中以河南孟县桑坡村、甘肃的平凉、山西的长治等地尤为突出。回族的制药业在明代也有发展，著名的有北京的“王回回膏药”、马思远药锭、河北定州的白敬宇眼药等。