19世纪中叶，在云南省发生了轰轰烈烈的回民起义，并且建立了杜文秀领导的大理政权，坚持了持久的革命斗争，在回族的近代史上留下了光辉的篇章。
其时，太平天国已在南京建都，清王朝在革命的风暴中摇摇欲坠。云南各族人民早已不堪忍受清统治者的残酷压榨和奴役，在太平天国革命的影响和鼓舞下，纷纷掀起反清武装起义。其中以滇西杜文秀领导的回民起义规模最大。这次起义的直接原因，是由清统治者支持汉族团练屠杀回族人民引起的。自嘉庆至道光年间，在云南先后发生悉宜厂案、白羊厂案、墨江双柏争矿案、保山惨案等案件，地方官员勾结地主团练，杀戮数千回民。杜文秀等回族人士多次进京控告，均无结果。到了咸丰六年（1856年）八月初，云南巡抚舒兴阿决定动用全省兵力，屠杀省城周围八百里范围内的回民，团练总局主持人黄琮、窦也颁布了“专主痛剿”的告示。八月九日，清军会同汉族团练，在昆明屠杀回民数千人。在此民族危亡的关头，杜文秀等率领回民在蒙化（今巍山）举起了义旗。他们在姚州与各路起义军会合后，聚众数千，向大理进军，在大理城内回民的配合下，迅速地占领了大理，建立起了革命政权。杜文秀很注意联合各族人民共同抗清，所以起义队伍不断壮大，后来汇集成以回族为主体的回、汉、白、彝、傣、纳西、景颇等众多民族参加的反清起义大军。
九月二十五日，起义军正式推举杜文秀为总统兵马大元帅，授蔡春发为扬武大都督，总各路军事；举吕藩（汉民，原太平军部将）为军师；授马金保等为将军。同时宣布：“遥奉太平天国之号召，革命清朝”，“恢复中华河山”。通令民间：一律蓄全发，着明朝的衣冠；减轻赋税，免除苛派；兴修水利，扩大农田；鼓舞农耕，助民耕牛、籽种；促进商业贸易，为商人建行店以安之；开辟通往四川和缅甸的交通；提倡文化教育，设立学校；严明纪律，抚百姓。杜文秀所颁布的法令和采取的措施，是符合各族群众要求的，从而安定了社会秩序，协调了民族关系，恢复和发展了生产，各族人民的生活得到了改善。大理地区，呈现一片生机勃勃的景象。
大理政权建立后，先后粉碎了清鹤丽镇千总张正泰的两次大规模进攻，并乘胜攻克大理北南许多州县，使大理政权得到了初步的巩固。咸丰十年（1860年），新任云南提督褚克昌率军来犯，杜文秀与滇南回民起义军首领马德新联络，南北夹击，清军溃败，褚死于宾川。
同治二年（1863年），云贵总督劳崇光令署布政使岑毓英率军西犯。杜文秀军在曲靖马联升、寻甸马荣领导的回民起义军配合下，于次年春季在镇南大败清军。
杜文秀领导的滇西回民起义军接连三次击败清军的西征，控制了滇西大部分地区，总共有20多个州县，形势对义军非常有利。然而，杜文秀安于现状，没有乘胜东进去扩大战果，击溃清军主力并占领省城昆明。这是战略上的一大失策。
同治初年，马德新、马如龙先后降清。劳崇光施用“以回攻回”的毒计，于同治五年（1866年）二月令马如龙挂帅征大理。
杜文秀等义军领导人觉得，与其被动挨打，不如趁清军主力西进和东征苗族起义军，省城空虚之机，派兵东征。于是，杜文秀集合20万兵马，在长女和十八大司率领下，兵分五路，向昆明猛扑过去。真是“戈矛耀日，旌旗遮空”，连下镇南、定远、大姚、楚雄、富民、易门、新兴（今玉溪）、晋宁、呈贡等城，于同治七年（1868年）二月抵达昆明近郊，将马如龙围困在省城之内。与此同时，滇东南回民起义军也出兵相助，形势对起义军十分有利。然而，杜文秀把主要的注意力用在政治诱降上，连向马如龙（已升提督）去书，均遭拒绝。杜军屯兵城外，围而不打，贻误战机。这年年底到次年年初，岑毓英两次从贵州派兵4万余人，援助马如龙。杜军与清军展开激战，虽有胜仗，但损失惨重，起义军的许多将领（包括杜的长女）都牺牲了，有的变节投敌。加之后路被杨玉科军切断，粮饷断绝，处于腹背受敌之势，杜军被迫后撤，东征失败了。岑毓英联合马如龙，将滇东起义军剿灭后，从同治八年（1869年）七月开始反攻，起义军拼死抵抗，无奈元气大伤，节节失利。同治十一年（1872年）三月，清军迫近大理。七月初攻下军事重镇上下两关，清军兵临城下。十一月，大理外援断绝，杜文秀率军与清军恶战八昼夜，击毙清军官兵二千余人。在此关键时刻，大司衡杨荣与敌暗通，主议投降。杜文秀宁死不屈，便于二十六日服毒自杀。十二月，清军血洗大理。
杜文秀领导的滇西回民起义，从1856年9月起事，到1873年起义军被最后消灭，坚持斗争18个年头，它震撼了南疆大地，沉重地打击了清王朝的反动统治，在回族近代史上写下了光辉的篇章。