清同治初年，在甘肃省河州（今临夏）地区爆发了规模宏大的以马占鳌为首的回族、东乡族的联合起义，给清统治者以有力打击，后因马占鳌的叛变投敌而失败。
河州的反清起义，首先由东乡族首领马悟真于同治二年（1863年）春天发动，不久即蔓延至西、北、南各乡及河州城郊之八方。八月，马悟真与南乡回民首领闵殿臣、八方华寺门宦始祖马来迟之后裔马永瑞、马永琳等率众围河州，久攻不下，便去向河州的泥沟何家庄老教首领马占鳌求援。
马占鳌出生在一个穆斯林家庭，先世都是念经人。他从幼年起便在本地念经，年稍长又去当时西北伊斯兰教经学兴盛之地西安进一步深造，在大学习巷清真寺学经多年。“穿衣”后回到家乡，在本村清真寺内当开学阿訇。他能言善辩，做事果断，虽然家境贫寒，尚能设法接济贫民，所以在回民中有一定威望。他见马悟真、马永瑞等来求援，沉思了一阵说：“反清非寻常小事，必须联合河州各个教派的穆斯林，才有力量，举事才有成功的希望。”于是，在这年的十一月，大家公推马占鳌为主帅，成为领导河州地区反清斗争的中心人物。
马占鳌被推为主帅后，把各教派的穆斯林组织了一番，便浩浩荡荡地向河州开去。首次攻城，出师不利，二弟殉难，败下阵来。经过一番整顿，次年正月，再次攻城，城被攻陷。紧接着，马占鳌派部众东渡洮河，进至通渭一带。四年夏，又进军洮州（今临潭）、岷州（今岷县）、狄道（今临洮）一带，打了不少胜仗，使清军十分惊慌。六年秋八月，马占鳌派部众2000人进袭兰州，围城数月，因护督穆图善调来援军，乃撤返河州。七年秋，穆图善率清军由狄道进剿河州，马占鳌派教众于太子寺（今广河县城）一带狙击，并断其粮道。清军吃了败仗，龟缩了回去。八年春，起义军乘胜东进，锋芒直指秦安、通渭一带，有力地支援了莲花城穆生华和金积堡马化龙的反清斗争。
左宗棠在镇压了宁夏回民起义之后，移驻安定（今定西），调集40营兵力，进犯河州。同治十年（1871年）八月，清军兵分三路，向河州扑来。其右路军刘明灯部在康家崖受到起义军的狙击，伤亡惨重。东乡起义军数千还渡过洮河，袭击清军运道，打死打伤清军弁勇200多人。后左宗棠急忙派来徐文秀支援，才勉强稳住了阵地。清军滞留多日，后来在康家崖搭起浮桥，才渡过了洮河。起义军为缩短战线，集中力量抗击清军，遂将主力集中于河州外围重要据点太子寺。清军以提督傅先宗为前锋，先后占领红庄、马家集等起义军重要据点，又付出重大代价攻陷通往河州的门户三甲集，进逼太子寺。马占鳌派出精明强干的助手马海宴作一线指挥。马海宴在敌人营垒中心新路坡选择了有利地形，冒着数九寒天，突击修筑了坚固的工事，带着数百名“神枪手”进入阵地。傅先宗见义军的堡垒在自己营垒中心地带筑成，既惊又怒，即刻率部来攻。马海宴沉着迎战，杀敌甚多，傅先宗也被击毙。接着，马占鳌率大军从外围杀入，势如破竹。清军溃不成军，死亡狼藉，后路指挥徐文秀当即毙命。清军吃了败仗，溃退至三甲集。
太子寺战役后，马占鳌召集各部头目开会，提出了向清军投降的问题。虽然多数头目不赞成，但马占鳌力排众议，执意要降，说什么“打了胜仗投降，比打了败仗投降好处多，免得办善后惩治重”。于是，他让手下人拟好投降禀帖，派人送到了清营。
左宗棠在安定行营得知部下在太子寺惨败，十分焦虑，正在无计可施之际，接到了马占鳌送来的求降帖，真是喜出望外，当即答应准予招降。马占鳌立即交出了马匹枪械，其部众按清军的编制编为三旗，充当了清政府的鹰犬，调过枪头来镇压其他地方的回民起义。
河州地区回族、东乡族的联合反清起义，坚持斗争达十年之久，由于马占鳌的叛变投敌，终于失败了。