同治年间发生在甘肃河西地区的以马文禄为首的回民起义，威武雄壮，震撼了嘉峪关内外，使清廷震惊，让清军寒胆。
河西回民起义，也是由于清政府支持的民团任意屠杀回民引起的。同治二年（1863年）春，古浪县大靖堡民团将无辜回民“残杀无遗”，并很快波及古浪全县及永昌、山丹、凉州等地。回族人民生命财产无保障，纷纷外逃，或东走金积堡，或南遁西宁、大通。回族人民在忍无可忍的情况下，举起了义旗。同治四年（1865年）正月，凉州（今武威）回民在马忠领导下，首先起义。二月，肃州（今酒泉）回民在妥得领导下起义，并迅速占据州城。西宁户首领马文禄（即马四）闻风而起，很快攻占嘉峪关。三月，甘州（今张掖）回民也举起义旗。马文禄被妥得封为元帅，他将当地和由陕西、宁夏、西宁、河州来投的回族、撒拉族穆斯林组织起来，聚众万余，不断出击，有力地打击了当地民团和清朝军队，使肃州成为河西反清斗争的坚强堡垒。
陕甘总督杨岳斌虽然调兵遣将，多次进攻肃州，均遭失败，损失惨重，连清廷派去支援新疆的成禄部清军，也难以通过肃州。百般无奈，成禄乃与马文禄媾和，把肃州交给马文禄管制。知州陈墉被架空，马文禄“乃得专擅兵权，威挟官民矣”（《平同志》卷3）。马文禄以兵马大元帅的名义，统一指挥陕甘回民起义军。他们不但在河西地区打击清军，还不断派队远征，足迹遍及内蒙古西部草原，并一度占领外蒙古的科布多等城，使清廷及其奴才左宗棠惊恐万分。
直到同治十年（1871年）冬，左宗棠才派遣提督徐占彪等率部进犯肃州。马文禄又邀来新疆回、维数千义军来援。徐部到处受到起义军的拦击，进展缓慢，翌年二月，才到达甘州城南的红水坝。起义军立即将徐部包围，歼其大半。左宗棠闻报，急派宋庆带10营兵来援。宋、徐合股，向起义军发动进攻。经过激战，夺取了肃州城西南的义军重要据点塔儿湾。由于清军损失惨重，无力发动大的攻势。九月，左宗棠急令陶生林、金顺等率军增援肃州。左宗棠前后共调集60多营兵力，用了一年多时间，才将肃州东西南三面包围起来。
马文禄在重兵压境之际，曾先后两次求抚，徐占彪认为他“怙恶不悛”，一定要“严惩”，不予允准。马文禄乃下决心进行“背水之役”。他从义军中选出精壮，沐浴后，身穿白衣，头扎白巾，巾上贴着“杜哇”（阿拉伯语“祈祷词”），列队向清营冲去。如此多次，吓得清军心惊肉跳，不敢恋战，只能围城，不敢“攻坚”。
在清军围城之际，口外红庙子回民起义军于同治十二年（1873年）正月派来4000多人，支援肃州义军。二月，久经沙场的白彦虎部来援，马文禄如虎添翼，与白部联合，在毛目、双树屯、白柳湾、万年渠、牛头湾等处痛击清军；并从清军手中夺回塔儿湾，击毙清肃州总兵王子龙、提督李登第等大批员弁。
此时，白彦虎曾动员马文禄放弃“死城”，带领义军出城打流动仗。马犹豫不决，白乃于四月间率部离肃出关。清军受挫，左宗棠急令宋庆部驰援。至五月中旬，宋、徐、金诸部才将肃州城合围。闰六月，义军不断冲出城外袭击清军，毙其员弁勇丁多名，连徐占彪的左腿也挨了义军两颗子弹，卧病不起。
左宗棠看到“肃州一隅劳师日久，而又伤我统将”，乃决定“前往肃州，亲督攻剿”（《平定关陇纪略》）。七月十二日，左至肃州。十四日，马文禄再次派人递禀乞抚，左不予批答。马乃率部踞城死战，数日之内击毙清军提督杨世俊等弁勇五百多名。
九月十日，刘锦棠率湘军5营及已抚回军自西宁增援至肃。陕回军功崔伟、禹中海、毕大才，甘回军功马福寿等，受主子指使，连日在城下喊降。马文禄乃于十五日出城投降。
九月廿三日，马文禄、马永福等被左宗棠处以磔刑。客回1573人“悉数骈诛”，土回5400多人“尽付焚如”。左宗棠血洗了肃州城，虽儿童妇女也在所难免。这些血淋淋的事实，就是左宗棠到肃州后所“晓谕”的“老幼妇女免死，其诚心乞抚者准诣营投审，听候分别办理”的真实写照。人们称他“左屠户”，他确实是当之无愧。
至此，坚持反清斗争达十二年之久的陕甘回民起义，在清军的野蛮镇压下，最后失败了。