陕甘回民起义，从同治元年（1862年）五月在陕西省关中地区揭开序幕，到同治十二年（1873年）十月起义军在陕甘地区的最后一个重要据点——肃州（今酒泉市）被清军攻陷，共经历了十二个年头。在这十二年中，由于清军的肆意杀戮和汉族团练挑起的民族仇杀，使回、汉两族人民遭到一场严重的灾难。致使陕甘大部分地区田园荒芜，许多村庄变为废墟，千千万万人民死于非命。
据史籍记载，“陕西回民在事变发生前，有七八十万。自事变发生，有的死于疫，有的死于饥饿，剩下十分之一二。在剩下的十分之一二中，只有二三万还留居在西安省城，其余五六万都流亡在甘肃的宁灵和河湟等地”。
陕甘回民所遭磨难，连清廷钦差大臣左宗棠也不得不承认。他说：“以陕回人数计之，以前无事时散处各州县丁口，奚啻数十万，现计除西安城土著两三万外，余则尽族西行，陕西别无花门遗种，即含金积、河狄、西宁、凉州等处现剩陕回计之，丁口亦不过数万。其死于兵戈、饿疫、饥饿者，盖十之九，实回族千数百年未有之浩劫。”
陕甘回民起义被镇压下去以后，左宗棠便开始了他们安插降回的“善后”事宜。在处理“善后”事宜中，仍贯彻着民族歧视的观念，使回族这些“区区遗种”再次遭到不公正的待遇。
其一，对回民实行强迫同化，令其改变风俗习惯和宗教信仰，否则便遭杀戮。据史籍记载，“宗棠之诛降回，先遣人临案其家，以其家祀神者，得免于死，其时以土地祠得生者甚众。回人之祀土地，至今不懈以此”。同治年间，在陕甘地区，由于惧怕清军屠戮，不少回民被迫改变了信仰和习俗。
其二，禁绝“新教”，加强思想统治。左宗棠上奏朝廷，请求“禁绝回民新教”。他声称：“乾隆年间，逆回马明心等创立新教，惑众滋事，先后伏诛，根株未绝，至马化隆（即马化龙）之父马二等复以新教私相传授，遂酿成变乱，皆由新教行为诡僻，足以诱惑愚回迷而不悟；现在马化隆虽已伏法，而新教传染渐广，必须严加禁绝，以杜乱萌。”同治帝步骤，认为左宗棠“所奏自为思患预防起见。”能够禁绝当然再好不过了，他思虑再三，觉得“回民散居各省，同隶编氓，各安生业，若区别新教、旧教，设为厉禁，地方官稍不加察，书吏借此搜求骚扰，势必使回众惊疑，转生枝节。”因此，他责令左宗棠遵奉乾隆皇帝圣谕，“设法化导，不可区别新旧之名”。既然左宗棠已出示所属州县禁绝新教，“仍着严防该地方官妥为开导，不可操之过蹙，致生事端”。表面上看来，朝廷好像不让左宗棠区别新教、旧教，并令其“设法开导”，但已见左宗棠已经出示“禁绝新教”，并未严令制止，只是让他不可操之过蹙，这实际上是同意了左宗棠的做法。所以，在西北地区，同治以后哲赫忍耶教派实际上处于被“禁绝”的状况之下。
其三，加强对回民的所谓“化导”，企图以封建的“忠”“孝”思想来驯化回族人民。同治皇帝谕令左宗棠“慎选地方官，随时化导，加意附循，务令各安生业，以免再生事端”。左公接旨，急令化平厅有司筹办书院。有司推诿说：“初开草味，安用诗书？况在花门识字者少。书院之设，请候他日。”左公听后大怒，痛加申诉：“昔元胡崛起沙漠，拖雷之妃鲁木帖木儿助天方教人建立书院，即以回教言之，能诗之丁鹤年，河州之马应龙，何一非色目中人？何地无才，欲视培植如何耳。该意存推诿，反妇女不如矣。限其三月内，将书院修理完竣！”后书院建成，大门题额“归儒”。“归儒”二字道出了清统治者修建书院的真实用意，笔者1985年11月份去泾源县搞社会调查，在泾北乡园子村发现一清真寺为同治年间陕西回民起义首领之一的陈霖所建，大殿门框两边有恪靖伯的题词。恪靖伯乃朝廷给左宗棠的封号，其题词为：尊亲爱宗自求多福，型仁讲让同我太平。该题词令回民安分守己，不要再生事端，同清统治者共享“太平”，是清统治者“化导”回民的最好脚注。
其四，“涣其群，孤其势”，对回民进行大迁徙。在安插降回的过程中，仍存民族歧视。用左宗棠的话说：“安插之地，汉、回各有攸宜。汉民安插狄道、金县、安定、会宁一带，凡近城驿汉民聚集之处宜也。回民则近城驿非所宜，近汉庄非所宜，并聚一处非所宜……以抚局论，分起安置，涣其群，孤其势，计之得也。”左宗棠虽然声言安置降回的原则是“迁徙客回，安辑工回”。但是，他们指导思想仍然是“涣其群，孤其势”，想方设法把“土回”和“客回”一起实行大迁徙。不但使陕回失去回归关中沃土的机会，而且使众多的甘回从条件良好的黄河河套平原迁往条件极差的偏僻山区。
其安置降回，大致有以下几批：
（一）从金积堡迁出之陕甘回民。
同治十年（1871年）正月，迁金积堡外来贸易之客回等三千余名，解赴平凉安插；迁金积堡当地回民老弱妇女一万二千余口，解赴固原州附近数十里，分拨荒地安插。另外，“迁王洪堡回众于灵州附近地方安插，牵马家滩回众于张家圈安插”。“计陈林一起男女一千五百余口，马振江一起男女八百余口，赫青选一起三百八十余口，马化凤一起一千二百余口，阎兴春、余兆临、拜万江、金明堂、安杰等五千五百余口，除挑壮丁四百名交安杰、兰明泰带随征剿，余具解赴平凉。实待安插之众，尚一万有奇，均发化平川安插”。“两次亲临点验，实共一万有奇，内除前安插平凉回民认领亲眷五百余口外，实发化平川安插者男女共九千四百余口。察看壮不过二千，余皆老弱疲病而已”。
（二）从河州迁出之回民。
这批陕甘回民主要迁往甘肃东部，即陇东地区。据载，“乃预饬安定、会宁、平凉、隆德、静宁州各牧，令觅水草不乏，川原相间，荒绝无主，各地自成片段者，以便安置。旋委员分途履勘，乃度其地之广狭，迁陕回杨文彦一起二百五十三名口于平凉谢家庄、曹家庄；迁陕回拜崇花一起五百三十七名口于会宁之姚王家、曲家口；迁陕回马生彦等一起六百四十三名口干净宁州隆德县之王家下堡、戴家山；迁陕回马文元一起一百五十七名口于安定之刘家沟；迁陕回马维骧七十四名口于安定之石家坪；迁陕回马振清一起三百六十三名口于安定之好地掌；迁甘回安鸿庆一起四十三于安定之刘家沟……唯陕回冯君禄一起，住河州西部二百余里黄河北岸，已于彼处耕耘，乞俟收获后迁移，听候安插；而盐茶、固原回民前寄居者，尚待清查……”
（三）西宁降回的安置。
西宁战役后，陕西回民起义军崔伟、禹得彦等部众就抚约2万多人。“戊戌，刘锦棠还西宁，安辑工回，分起解陕回二万余人赴平凉、秦安、清水。公皆遣人安抚，处之一如化平厅。”
（四）将肃州屠杀所剩不多的回民迁至兰州附近安插。
左宗棠在其奏稿《安插肃州回民片》中说：“肃州土客逆回，业已办结。其老弱妇女二千数百名，概行递解兰州。俟臣凯旋，择地安插。现在肃州实无一回羼杂。其甘州、凉州各回，死亡殆尽，亦无遗种。从此关内外花门勾结当可无虞。”肃州的2000余名回民，后来被安置在金县（即今榆中县），这是一个例外。因为金县紧靠省城兰州，是心腹之地，左宗棠为什么这样做呢？还是用他的话来回答吧。他说：“自古戌我之举，均系自内及外，无由边及腹之例。局外意论，非所敢知。然熟察情实，非此不能杜衅隙而靖边疆。”其意十分明白，因为左宗棠此时率大军正准备出关收复新疆，而河西走廊为交通要道，清除回民是为了出关扫清道路，以保证粮饷之供给。
（五）将银川回民尽数迁出。
据《宁夏纪要》记载：“（同治）乱平之后，尽驱宁夏（今银川——摘引者）回民于灵武吴忠堡一带。该处本为荒地，经回民垦殖，始成沃土，至今蔚为本省最大市镇。”银川回民被迁往河东，对开发金、灵、吴作出了重大贡献，至今吴忠仍是宁夏最大的集镇，已改为市级行政单位。然而，百多年来，银川的回民却一直较少，特别是新中国成立以后，银川是宁夏回族自治区的首府所在地，至今回族人口不到全区总人口的五分之一。这种状况的形成，与左宗棠“善后”时驱赶回民有直接关系。
（七）李得仓部回众安插于张家川。
1868年，甘肃静宁州回民起义首领李得仓率领南八营投清后，“回众三万余人，均安插于张家川等处”。
（八）迁甘陕回于固原地区。
《清史稿》左宗棠传载：“迁甘回固原、平凉，陕回化平，而编管钤束之。”《海城县志》（卷5）亦载：“同治十三年乱后，于清水、秦安回民七百余户，迁插于南乡。”海城南乡，即今西吉县一带，当地回民至今传说“来甘肃秦安莲花城”。据《隆德县志》载：“清同治年间，陕回入甘。就抚之大冯正和、马生彦等，其众近万，除该亲属认领外，男女尚五六千余，具安插屯民、韩狗、亲店各堡。”“回种各派头，则陕西回、河州回，随安插而居。及编门牌清丁口，本户十之二三，客户十之七八。”隆德县西部，后划归西吉。今西吉东部地区回民为数众多，多数为同治年后期迁入陕甘回民，即“客户十之七八”。
从以上所述，可见陕甘回民在起义失败以后，被清统治者强令编迁的概况。除少数安置在条件较好的地区外，绝大多数被安插在条件极差的边远山区，居住在破窑、烂屋之中，仅发给为数很少的籽种、耕牛和家具，从事简单的农业生产，勉强维持生计。而清政府还派兵看守，编保甲严管，没有行动的自由，俨然美国在东南亚的“战略村”。尤为可愤的是，陕西回民惨遭杀戮，留下老弱数万，仍不让回归家园。他们在关中的田园，或被清政府没收军屯，或被汉族地主豪绅霸占。他们被强令迁往甘宁贫瘠山区，从事低水平的农业生产，严重影响了其经济文化的发展。新中国成立以后，虽经党和人民政府的多方扶持，面貌大有改观，然而同治年间安置回民最多的固原、定西地区，至今仍然是全国最贫困地区之一。